Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  405  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117597870--117597968
5
18.4
5
76
10
63
56
0
21
22
1.42
117597892--117597953
16
3.8
16
84
2
79
56
0
19
24
1.42
117597913--117597968
16
3.5
16
78
9
60
62
0
17
19
1.33
117598176--117598262
14
6.2
14
72
24
76
70
0
6
22
1.11
117598192--117598242
11
4.5
11
72
18
50
70
0
5
23
1.09
117598161--117598262
37
2.9
35
80
15
111
66
0
8
24
1.20
117598182--117598266
19
4.5
19
71
14
77
68
0
8
23
1.16
117598181--117598262
24
3.5
24
80
20
102
69
0
7
23
1.13
117598193--117598296
35
3.1
32
83
13
113
67
0
9
23
1.20
117598228--117598296
25
3.0
23
82
15
81
68
0
10
21
1.19
117598154--117598291
56
2.4
57
81
10
174
64
0
10
25
1.24
117598212--117598321
34
3.3
34
80
12
113
67
0
9
23
1.19
117603293--117603406
3
38.7
3
74
10
83
58
1
7
31
1.37
117604248--117604290
20
2.2
19
83
4
50
69
2
18
9
1.26
117605135--117605166
17
1.9
17
93
6
57
59
0
12
28
1.34
117615119--117615202
3
28.0
3
100
0
168
33
0
0
66
0.92
117615576--117615622
3
15.7
3
86
0
67
27
0
2
70
0.99
117615680--117615729
21
2.3
21
89
3
73
24
6
24
46
1.75
117615944--117615969
10
2.6
10
100
0
52
23
19
15
42
1.89
117616428--117616498
15
4.6
15
72
16
56
47
2
1
47
1.25
117617912--117617969
27
2.1
27
81
12
66
46
10
1
41
1.48
117624207--117624258
9
5.8
9
83
0
68
51
17
3
26
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117624207--117624258
18
2.9
18
88
0
86
51
17
3
26
1.62
117624301--117624361
17
3.4
17
68
12
50
52
14
3
29
1.58
117624258--117624366
37
2.9
37
93
0
191
45
17
5
31
1.71
117627027--117627240
71
3.0
71
98
0
410
60
10
4
23
1.48
117627779--117627820
20
2.1
20
86
0
57
57
4
2
35
1.33
117628148--117628204
13
4.6
13
80
12
66
14
0
47
38
1.44
117637581--117637755
46
3.8
46
78
13
205
29
29
20
20
1.98
117637589--117637759
93
1.8
93
93
0
297
28
29
21
20
1.98
117641364--117641421
23
2.5
23
86
5
73
36
1
10
51
1.46
117644715--117645033
46
7.0
46
89
1
408
38
15
24
21
1.92
117644715--117645054
137
2.5
138
84
2
427
39
15
23
21
1.91
117648628--117648676
3
16.3
3
100
0
98
32
0
0
67
0.91
117653543--117653579
18
2.1
18
100
0
74
35
10
16
37
1.83
117654061--117654112
20
2.5
21
82
11
63
69
3
0
26
1.06
117655166--117655230
23
2.6
25
79
18
73
35
0
0
64
0.94
117655166--117655224
25
2.2
27
85
8
77
32
0
0
67
0.91
117655282--117655341
27
2.2
27
100
0
120
15
35
36
13
1.86
117659341--117659389
24
2.0
24
84
0
62
2
36
34
26
1.68
117660447--117660474
11
2.5
11
100
0
56
57
7
0
35
1.26
117661531--117661598
3
22.7
3
79
11
68
0
33
0
66
0.92
117661553--117661599
23
2.0
23
88
8
69
0
27
0
72
0.85
117661728--117661791
27
2.4
27
94
0
119
12
34
35
17
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117661849--117661907
25
2.2
27
85
8
77
67
0
0
32
0.91
117662358--117662403
9
5.2
9
84
5
58
69
0
0
30
0.89
117662350--117662403
18
3.2
18
84
10
78
66
0
0
33
0.92
117662358--117662426
8
8.4
8
81
10
59
69
0
1
28
0.97
117662356--117662444
41
2.2
41
82
9
110
66
0
1
32
0.99
117662350--117662417
33
2.1
32
83
10
84
67
0
1
30
0.99
117662349--117662426
17
4.9
16
77
16
63
66
0
1
32
1.00
117662421--117662460
19
2.2
18
86
4
53
62
0
0
37
0.95
117669380--117669434
26
2.1
27
83
10
69
45
3
0
50
1.19
117674513--117674567
25
2.2
25
78
12
60
67
1
3
27
1.17
117678025--117678346
159
2.0
159
100
0
644
41
16
13
28
1.85
117685187--117685243
19
3.1
17
72
20
51
52
1
1
43
1.21
117699983--117700067
29
2.9
29
77
7
82
48
0
1
50
1.08
117700214--117700241
5
5.6
5
100
0
56
21
0
0
78
0.75
117703570--117703625
28
2.0
28
100
0
112
25
3
17
53
1.60
117706676--117706725
25
2.0
25
100
0
100
44
12
4
40
1.60
117706986--117707020
18
1.9
18
88
0
52
68
2
0
28
1.04
117707804--117707873
31
2.3
31
87
0
95
40
8
7
44
1.62
117712032--117712148
27
4.6
26
72
13
82
33
20
25
20
1.97
117713312--117713345
17
2.0
17
88
11
52
26
17
11
44
1.83
117716703--117716871
46
3.7
46
87
1
230
40
15
24
19
1.90
117716703--117716871
93
1.8
93
88
2
259
40
15
24
19
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117721123--117721171
26
1.9
25
95
4
89
61
8
26
4
1.42
117724178--117724202
7
3.6
7
100
0
50
56
0
16
28
1.41
117724831--117724862
13
2.4
14
94
5
57
25
0
0
75
0.81
117726795--117726828
6
5.7
6
89
0
50
44
17
20
17
1.87
117730908--117730980
23
3.3
21
74
9
65
54
4
0
41
1.19
117731038--117731093
29
1.9
29
85
7
78
71
5
5
17
1.24
117731688--117731727
20
2.0
20
100
0
80
35
25
20
20
1.96
117735051--117735113
13
4.9
13
78
3
65
39
20
4
34
1.74
117742205--117742231
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
117744317--117744368
23
2.3
23
79
0
59
36
1
0
61
1.07
117744627--117744684
29
2.0
27
81
15
64
58
1
1
37
1.18
117748771--117748946
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
117748768--117748939
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
117756350--117756525
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
117756347--117756518
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
117766248--117766400
39
3.9
39
90
0
225
24
30
20
24
1.99
117766217--117766399
78
2.3
79
90
1
278
23
29
22
24
1.99
117775010--117775039
5
5.8
5
96
4
51
23
0
0
76
0.78
117776039--117776095
24
2.4
25
85
8
75
36
0
1
61
1.07
117776059--117776111
24
2.2
24
83
10
63
41
0
0
58
0.98
117776953--117776985
2
17.0
2
90
6
50
45
0
0
54
0.99
117778129--117778289
79
2.0
79
98
0
313
42
16
4
35
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117785623--117785707
43
2.0
43
97
2
163
55
4
21
18
1.61
117786240--117786271
16
2.0
16
93
0
55
34
6
0
59
1.23
117792086--117792124
12
3.3
12
85
3
53
2
25
0
71
0.98
117798418--117798527
47
2.3
47
83
6
143
36
21
14
27
1.93
117799288--117799382
42
2.3
43
87
7
142
7
26
7
58
1.51
117805429--117805491
26
2.5
26
84
2
74
49
6
7
36
1.58
117805695--117805730
3
12.0
3
100
0
72
66
0
0
33
0.92
117805758--117805793
17
2.1
17
89
0
54
22
0
2
75
0.94
117810835--117810890
23
2.5
23
83
11
64
69
1
1
26
1.08
117811029--117811078
20
2.7
18
76
11
55
62
2
2
34
1.18
117811347--117811401
27
2.0
27
100
0
110
40
10
10
38
1.76
117811496--117811522
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
117811995--117812024
10
3.0
10
100
0
60
10
0
30
60
1.30
117812310--117812356
12
3.9
12
91
0
67
19
8
12
59
1.58
117812310--117812349
18
2.2
18
86
8
55
17
7
15
60
1.57
117812371--117812440
36
1.9
36
82
0
86
25
10
15
48
1.76
117812475--117812588
48
2.4
49
88
4
171
24
8
18
48
1.76
117812900--117812941
13
3.0
14
89
10
68
14
7
38
40
1.73
117815724--117815862
59
2.4
59
96
0
251
30
19
12
36
1.90
117816406--117816456
26
2.0
26
84
7
68
1
39
0
58
1.09
117818323--117818397
37
2.0
37
100
0
150
13
24
10
52
1.72
117820061--117820085
11
2.3
11
100
0
50
48
0
0
52
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117836921--117836954
17
2.1
16
88
5
50
79
2
2
14
0.97
117837736--117837797
30
2.1
30
88
8
92
25
4
11
58
1.53
117839773--117839811
21
1.9
20
89
5
60
28
2
7
61
1.37
117840472--117840689
121
1.8
121
85
6
307
26
16
18
38
1.92
117845678--117845703
10
2.6
10
100
0
52
57
0
7
34
1.27
117849185--117849321
70
2.0
70
88
2
204
20
13
23
42
1.88
117849365--117849394
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
117849504--117849546
21
2.0
20
82
8
50
62
2
0
34
1.08
117849507--117849559
22
2.5
20
76
11
52
67
3
0
28
1.07
117861861--117862000
70
2.0
71
98
1
273
41
10
11
37
1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427