genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.328.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  328  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95627735--95627770	17	2.1	17	94	0	63	30	16	27	25	1.97
95629547--95629579	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95632487--95632565	12	6.7	11	73	15	61	75	1	7	15	1.08
95632509--95632558	25	2.0	26	96	4	93	76	0	6	18	0.99
95641549--95641659	56	2.0	56	100	0	222	47	7	7	37	1.59
95641821--95641851	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
95641838--95641906	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
95641833--95641924	40	2.3	40	84	3	123	55	5	1	38	1.30
95643441--95643473	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95652206--95652431	50	4.5	49	79	8	240	25	17	26	30	1.97
95652531--95652582	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
95665865--95665933	30	2.3	30	92	0	120	21	23	30	24	1.99
95679601--95679634	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
95680752--95680799	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
95680836--95680902	20	3.3	20	87	0	89	35	11	20	31	1.89
95680951--95681114	24	7.0	24	91	7	266	29	20	21	28	1.98
95681306--95681369	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
95687735--95687765	11	2.9	11	95	4	55	0	25	0	74	0.82
95688871--95688918	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
95688966--95689021	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
95688955--95689021	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
95689070--95689234	23	7.0	24	93	6	275	29	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95689070--95689234	47	3.5	48	92	6	275	29	20	21	28	1.98
95689424--95689487	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
95691706--95691733	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
95691997--95692091	23	4.1	23	90	6	140	27	20	22	30	1.98
95691975--95692092	24	5.0	23	84	12	152	26	21	22	30	1.98
95692141--95692207	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
95692141--95692196	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
95699775--95699802	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
95699789--95699851	30	2.1	30	93	0	108	23	23	15	36	1.94
95700044--95700162	24	5.0	24	90	8	181	26	21	21	30	1.98
95700213--95700273	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
95706696--95706734	20	2.0	20	94	0	69	15	12	20	51	1.76
95708472--95708505	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
95717666--95717704	20	1.9	20	84	5	51	53	17	2	25	1.56
95721798--95721835	17	2.2	17	95	0	67	63	13	5	18	1.48
95730117--95730160	23	1.9	23	86	9	63	40	15	6	36	1.74
95742910--95743074	43	3.8	43	79	3	136	26	15	23	34	1.94
95749878--95749997	43	2.8	43	84	3	154	28	15	24	31	1.96
95751911--95752037	33	3.8	33	88	0	191	34	21	8	35	1.84
95752046--95752243	31	6.5	31	87	4	167	27	25	18	28	1.98
95752077--95752254	31	5.7	31	91	1	277	27	26	17	28	1.98
95754849--95754890	21	1.9	23	90	9	70	28	9	23	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95756984--95757021	20	2.0	19	85	10	51	31	18	5	44	1.72
95763737--95763853	42	2.8	42	78	7	121	32	24	16	26	1.96
95766765--95766821	27	2.1	27	87	6	80	28	26	15	29	1.96
95766769--95766836	27	2.6	26	73	17	68	27	22	19	30	1.97
95766826--95766958	27	5.0	27	84	1	169	33	11	18	37	1.86
95766799--95766958	54	3.0	52	79	4	176	32	13	18	36	1.89
95770284--95770398	27	4.3	26	86	5	140	36	22	23	17	1.95
95770284--95770398	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
95772013--95772121	26	4.2	25	96	2	173	36	24	3	34	1.73
95772013--95772121	51	2.1	52	91	5	177	36	24	3	34	1.73
95779980--95780071	46	2.0	46	95	0	166	50	10	14	25	1.75
95782585--95782644	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
95794524--95794588	34	1.9	34	84	12	89	32	24	20	23	1.98
95795738--95795793	28	2.0	28	100	0	112	39	10	25	25	1.87
95796890--95796917	8	3.5	8	100	0	56	57	0	14	28	1.38
95797413--95797514	43	2.4	43	85	3	125	27	15	24	32	1.96
95802593--95802808	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
95802543--95802808	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
95805816--95805957	55	2.6	54	80	4	160	28	30	26	14	1.95
95816453--95816484	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
95816686--95817078	50	7.8	50	76	5	344	31	25	16	26	1.96
95816695--95816976	101	2.8	100	77	8	286	31	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95816688--95817079	151	2.6	151	90	0	586	31	25	16	26	1.96
95816888--95817077	101	1.9	101	83	0	245	32	24	16	26	1.96
95817686--95817744	30	2.0	30	86	0	82	25	25	6	42	1.79
95820021--95820080	15	4.1	14	82	8	66	53	13	20	13	1.72
95820022--95820080	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
95824905--95824936	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
95825136--95825530	50	7.9	50	76	3	362	29	26	18	26	1.98
95825147--95825530	101	3.8	100	78	5	290	29	26	17	25	1.98
95825139--95825531	151	2.6	151	92	0	660	29	25	18	25	1.98
95826147--95826205	30	2.0	30	83	6	75	27	28	6	37	1.82
95829986--95830117	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
95832810--95832843	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
95837730--95837861	29	4.6	29	82	1	140	25	32	17	25	1.97
95845079--95845139	29	2.1	29	100	0	122	36	13	13	37	1.83
95846186--95846230	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
95847889--95848074	48	3.9	48	82	5	223	33	30	18	17	1.94
95847889--95848074	96	1.9	96	84	6	252	33	30	18	17	1.94
95850068--95850193	66	1.9	66	85	6	175	29	30	23	16	1.96
95851273--95851416	43	3.4	42	80	9	159	31	24	20	23	1.98
95857364--95857390	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
95859756--95859933	48	3.7	48	87	3	268	35	30	18	15	1.92
95859758--95859931	96	1.8	96	93	0	303	35	31	18	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95862256--95862503	122	2.0	122	100	0	496	36	25	10	26	1.89
95872405--95872692	50	5.7	50	80	2	317	25	17	27	29	1.97
95872401--95872681	101	2.8	100	81	1	319	25	17	27	29	1.97
95872405--95872689	151	1.9	151	92	0	480	25	17	27	29	1.97
95873251--95873587	179	1.9	179	87	2	498	39	7	18	34	1.79
95886733--95886757	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
95887258--95887391	15	9.1	14	74	18	69	26	8	0	63	1.29
95887258--95887328	29	2.5	28	75	22	67	26	7	1	64	1.27
95887321--95887380	17	3.6	17	95	4	106	28	10	0	61	1.28
95887286--95887419	61	2.3	59	80	14	143	28	8	0	62	1.25
95888501--95888540	20	2.0	20	100	0	80	40	20	15	25	1.90
95889158--95889242	39	2.2	39	95	0	152	35	24	27	12	1.92
95889160--95889224	21	3.2	21	70	12	73	38	23	26	12	1.90
95891791--95891943	38	4.0	38	88	1	216	29	26	23	20	1.99
95897790--95898050	124	2.1	126	80	5	305	36	15	12	35	1.86
95898214--95898679	3	155.0	3	69	14	171	61	3	6	28	1.37
95898216--95898282	25	2.7	25	81	6	75	62	0	5	31	1.19
95898445--95898531	23	3.9	21	72	14	66	60	1	5	32	1.27
95899539--95899624	41	2.1	40	84	2	109	66	9	3	20	1.35
95900681--95900781	29	3.4	31	76	5	109	34	20	1	42	1.64
95900681--95900781	30	3.4	29	76	13	89	34	20	1	42	1.64
95901549--95901598	16	3.2	16	91	2	75	48	12	12	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95901815--95901847	17	1.9	17	88	11	50	33	9	3	54	1.47
95904414--95904463	24	2.1	24	88	7	75	22	22	12	44	1.85
95911771--95912370	146	4.0	145	84	6	709	32	16	18	33	1.93
95911771--95912380	218	2.7	218	85	5	797	31	16	18	33	1.93
95911782--95913359	72	19.8	77	76	14	1027	30	17	18	33	1.94
95912395--95912615	79	2.9	76	82	8	248	29	17	20	32	1.95
95912220--95912552	170	2.0	169	86	4	465	30	18	18	32	1.95
95912395--95912625	77	3.0	76	82	5	266	29	16	19	33	1.94
95912620--95912788	75	2.2	76	87	6	236	26	19	20	34	1.96
95912453--95913288	167	5.0	167	83	8	890	28	16	18	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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