genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.412.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  412  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119745740--119745770	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
119747851--119747979	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
119755238--119755366	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
119760170--119760201	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
119762756--119762806	24	2.1	24	82	7	59	54	5	11	27	1.59
119762826--119762873	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
119763009--119763059	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
119765091--119765294	46	4.4	46	89	3	320	43	13	24	18	1.86
119765189--119765263	24	3.2	24	63	30	61	41	14	25	18	1.89
119765081--119765294	93	2.3	92	90	2	322	43	13	24	19	1.86
119765590--119765622	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
119774207--119774244	2	19.0	2	88	0	58	50	0	0	50	1.00
119779257--119779297	16	2.4	18	88	8	59	43	2	0	53	1.13
119780412--119780447	11	3.5	11	78	21	51	36	22	22	19	1.95
119781602--119781671	3	23.3	3	73	16	56	40	1	1	57	1.17
119781602--119781645	16	2.7	16	89	10	63	40	0	0	59	0.98
119789009--119789034	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
119789849--119789883	17	2.1	17	100	0	70	37	28	17	17	1.92
119790651--119790741	46	2.0	46	100	0	182	43	13	13	29	1.81
119795521--119795589	11	6.2	11	69	14	52	23	1	7	68	1.23
119795562--119795634	20	3.8	19	79	15	71	36	0	5	57	1.22
119795577--119795634	19	3.2	18	85	11	66	37	0	5	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119795585--119795650	20	3.4	19	85	8	71	39	1	7	51	1.40
119799074--119799115	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
119800344--119800382	20	2.0	20	84	0	51	48	0	0	51	1.00
119802163--119802197	18	2.0	18	88	5	54	28	0	0	71	0.86
119803140--119803184	11	4.3	11	73	21	51	42	4	8	44	1.56
119803918--119804099	46	4.0	46	90	1	258	21	23	14	40	1.91
119806670--119806779	26	4.2	26	94	0	184	33	4	23	38	1.75
119808556--119808842	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
119812598--119812705	26	4.2	26	87	5	150	33	4	23	38	1.75
119812598--119812705	53	2.1	49	88	6	153	33	4	23	38	1.75
119815917--119815949	17	2.1	16	88	11	50	27	3	0	69	1.03
119817415--119817470	9	6.1	9	79	8	51	60	1	1	35	1.17
119817418--119817478	28	2.2	28	81	0	77	63	3	1	31	1.20
119817676--119817757	10	9.4	9	69	21	50	30	1	2	65	1.13
119817692--119817722	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
119817684--119817758	18	4.4	17	74	15	66	32	1	2	64	1.16
119818972--119819023	13	4.1	13	75	5	52	38	21	5	34	1.77
119822314--119822423	26	4.2	26	96	0	193	33	4	24	37	1.76
119824203--119824489	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
119827157--119827233	28	2.7	29	77	15	81	61	3	1	33	1.23
119827154--119827204	9	5.6	9	75	11	50	62	1	1	33	1.17
119827339--119827380	20	2.0	21	86	4	59	38	4	2	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119827332--119827462	56	2.4	55	74	14	128	33	5	2	58	1.33
119827415--119827462	25	2.0	24	84	12	62	27	2	2	68	1.11
119827434--119827464	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
119827426--119827500	18	4.3	17	74	14	64	32	1	2	64	1.16
119832414--119832450	19	1.9	19	100	0	74	21	5	13	59	1.54
119841353--119841398	6	7.7	6	100	0	92	17	0	17	65	1.28
119852309--119852368	27	2.2	27	96	0	111	40	0	10	50	1.36
119855734--119855778	21	2.1	21	100	0	90	40	0	8	51	1.33
119857286--119857557	140	1.9	140	99	0	535	34	11	9	45	1.71
119859726--119859755	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
119859965--119859994	13	2.4	12	94	5	51	26	0	0	73	0.84
119861257--119861311	28	2.0	28	85	7	76	45	0	5	49	1.25
119870257--119870308	6	8.7	6	82	0	50	9	13	5	71	1.30
119870257--119870308	18	2.9	18	85	0	68	9	13	5	71	1.30
119873271--119873323	27	2.0	27	88	7	81	33	1	1	62	1.17
119873280--119873378	18	5.6	17	72	12	65	35	3	0	61	1.11
119873326--119873373	24	2.0	25	83	4	62	27	4	0	68	1.07
119873280--119873374	17	5.4	17	67	12	57	33	3	0	63	1.10
119881801--119881832	16	2.0	16	93	0	55	53	9	0	37	1.34
119889172--119889355	47	3.8	48	82	7	158	33	27	14	24	1.94
119889215--119889375	53	3.2	50	82	9	184	33	27	14	24	1.94
119889261--119889405	52	2.8	53	83	1	157	31	27	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119892588--119892630	15	2.7	16	82	10	52	34	2	6	55	1.39
119895067--119895112	22	2.1	21	84	4	56	45	2	0	52	1.13
119895256--119895294	18	2.4	17	87	12	55	64	5	0	30	1.15
119905819--119905885	22	3.1	22	75	10	59	55	4	1	38	1.29
119913306--119913341	11	3.4	11	88	3	56	75	8	0	16	1.04
119913308--119913352	22	2.1	21	87	4	63	75	11	0	13	1.05
119929814--119929875	30	2.1	29	82	5	72	41	3	6	48	1.45
119930905--119930947	21	1.9	24	86	13	65	39	0	2	58	1.11
119931268--119931305	19	2.0	20	89	5	60	26	0	0	73	0.83
119941332--119941357	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
119942540--119942614	20	3.6	19	74	13	69	36	1	0	62	1.04
119943315--119943349	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
119944419--119944503	31	2.7	31	83	3	109	20	20	10	49	1.77
119949371--119949599	46	5.0	46	90	0	323	40	14	23	22	1.90
119952176--119952282	35	3.1	35	90	0	178	45	11	22	20	1.82
119956054--119956130	37	2.1	37	97	0	145	37	5	18	38	1.73
119957527--119957765	43	5.6	43	94	1	401	10	23	33	32	1.90
119957528--119957765	85	2.8	86	92	2	399	10	23	32	32	1.90
119957726--119957778	27	2.0	27	92	3	90	11	16	33	37	1.85
119957726--119957792	27	2.5	26	85	7	89	8	19	34	37	1.83
119957683--119957814	70	1.9	69	88	1	201	12	21	33	33	1.90
119957971--119958129	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119958000--119958154	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
119957968--119958136	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
119962078--119962150	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
119964540--119964608	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
119964595--119964625	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
119970580--119970648	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
119970635--119970665	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
119973958--119974003	14	2.9	16	78	9	51	34	0	8	56	1.30
119975418--119975469	27	1.9	27	81	14	63	53	3	1	40	1.30
119975530--119975559	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
119981381--119981622	121	2.0	121	95	0	430	32	7	11	47	1.69
119983217--119983277	31	2.0	31	87	6	88	45	3	0	50	1.17
119990274--119990307	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
119991193--119991230	13	2.9	13	85	14	51	5	7	0	86	0.69
119991191--119991231	16	2.3	18	88	12	59	4	7	0	87	0.65
120000098--120000122	7	3.6	7	100	0	50	0	0	12	88	0.53
120002116--120002140	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
120010458--120010490	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
120010537--120010595	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
120010566--120010613	25	2.0	24	84	12	62	33	0	4	62	1.14
120010650--120010679	5	5.8	5	96	4	51	0	36	60	3	1.14
120011659--120011689	14	2.2	14	94	0	53	51	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120011787--120011836	15	3.4	15	75	5	57	62	4	0	34	1.14
120013585--120013622	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
120018927--120018995	34	2.1	34	89	8	106	53	20	4	21	1.62
120019655--120019709	22	2.5	22	83	13	69	27	3	58	10	1.49
120026132--120026170	19	2.1	19	85	4	53	38	7	2	51	1.44
120031714--120031740	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
120034748--120034913	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
120034748--120034918	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
120042236--120042401	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
120042236--120042406	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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