genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  317  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92241932--92241996	33	2.0	33	87	0	94	27	7	29	35	1.85
92247423--92247525	42	2.4	43	83	3	127	25	16	25	33	1.96
92247374--92247524	43	3.5	43	75	10	139	25	15	23	35	1.95
92252139--92252274	55	2.5	56	78	7	154	13	25	29	30	1.94
92258658--92258701	22	2.0	22	100	0	88	27	13	22	36	1.92
92262990--92263036	18	2.7	17	80	6	58	42	14	12	29	1.83
92264578--92264688	42	2.6	45	78	15	119	26	17	22	34	1.96
92264528--92264700	44	4.0	42	70	17	122	25	16	23	34	1.96
92266685--92266775	28	3.2	28	93	1	146	34	28	7	29	1.85
92266882--92266971	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
92266882--92266996	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
92274544--92274630	26	3.2	27	91	4	140	34	25	8	32	1.85
92274736--92274825	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
92274746--92274836	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
92274736--92274850	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
92276368--92276618	47	5.4	47	90	0	380	28	30	7	33	1.86
92280365--92280407	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
92281697--92281754	30	1.9	30	85	0	80	24	27	25	22	2.00
92282812--92282845	5	6.6	5	96	3	59	20	0	0	79	0.73
92285302--92285355	26	2.1	26	100	0	108	37	18	25	18	1.94
92287710--92287801	30	3.1	30	92	4	150	23	21	15	39	1.92
92288007--92288135	24	5.4	24	93	2	197	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92288018--92288134	47	2.5	48	94	1	200	27	22	23	27	1.99
92288186--92288244	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
92288287--92288334	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
92289568--92289988	27	15.8	27	85	6	484	40	8	22	27	1.84
92292719--92292810	30	3.1	30	92	4	150	23	21	15	39	1.92
92293002--92293144	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
92293002--92293143	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
92293001--92293144	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
92293195--92293248	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
92293195--92293253	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
92293296--92293343	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
92294578--92295003	27	15.8	27	85	3	500	40	8	22	27	1.84
92305339--92305402	33	2.0	33	84	9	87	28	26	20	25	1.99
92305724--92305796	27	2.7	27	75	8	67	30	13	16	39	1.87
92308113--92308156	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
92312778--92312917	66	2.1	67	86	6	196	19	10	32	37	1.86
92312777--92312927	33	4.5	33	83	3	169	18	9	33	38	1.84
92313075--92313128	28	1.9	28	96	0	99	25	12	16	44	1.84
92314961--92315070	51	2.1	51	96	1	202	34	14	22	28	1.94
92317677--92317733	17	3.4	16	76	11	53	29	3	17	49	1.63
92318318--92318406	23	3.7	23	83	8	90	22	23	21	32	1.98
92320813--92320870	29	2.0	29	96	0	107	34	18	13	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92327135--92327192	30	1.9	30	85	0	80	18	27	32	20	1.97
92328575--92328741	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
92328575--92328741	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
92329567--92329612	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
92333075--92333240	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
92333091--92333202	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
92333091--92333240	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
92334065--92334110	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
92341076--92341242	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
92341076--92341242	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
92342067--92342112	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
92343948--92344040	24	3.8	23	75	9	62	26	21	17	34	1.95
92345950--92346126	33	5.4	33	88	0	255	19	9	31	40	1.82
92345950--92346149	99	2.0	99	85	3	269	20	9	31	40	1.83
92349407--92349599	47	4.0	48	74	10	151	32	24	15	26	1.95
92358595--92358757	46	3.6	44	83	4	175	25	27	19	28	1.98
92365235--92365296	27	2.3	27	88	2	90	25	16	24	33	1.95
92369244--92369478	100	2.4	96	79	7	235	32	25	15	26	1.95
92369285--92369478	100	1.9	100	82	4	239	33	24	15	26	1.95
92369244--92369475	47	4.8	48	78	8	193	32	25	15	26	1.95
92374978--92375029	22	2.3	22	87	9	70	53	1	3	40	1.30
92374975--92375025	23	2.3	22	84	15	70	58	1	3	35	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92375663--92375744	42	2.0	42	95	0	146	26	20	1	51	1.55
92376109--92376133	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
92376610--92376646	18	2.1	18	89	0	56	0	56	2	40	1.13
92377102--92377131	8	3.8	8	100	0	60	0	10	0	90	0.47
92378899--92378926	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
92381485--92381524	19	2.1	19	100	0	80	20	27	25	27	1.99
92383073--92383099	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
92388333--92388362	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
92388382--92388414	14	2.2	16	89	10	52	21	18	6	54	1.64
92396437--92396615	44	4.1	44	74	10	161	32	15	24	27	1.95
92396451--92396730	131	2.1	131	88	3	402	30	15	23	30	1.96
92396740--92397249	205	2.5	205	87	1	720	29	19	22	28	1.98
92399151--92399193	20	2.0	22	86	8	63	32	11	0	55	1.36
92399210--92399293	25	3.2	24	77	9	69	33	7	0	59	1.25
92400271--92400328	24	2.3	26	80	17	68	48	5	8	37	1.56
92415803--92415974	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
92415796--92415971	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
92429150--92429297	45	3.4	45	89	4	214	24	29	21	24	1.99
92429354--92429429	37	2.1	37	97	0	143	32	22	6	38	1.80
92434591--92434649	22	2.7	23	84	15	72	23	23	18	33	1.97
92434602--92434649	22	2.2	22	92	7	80	22	22	18	35	1.96
92434537--92434643	45	2.4	45	79	17	109	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92438226--92438343	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92438194--92438357	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92439149--92439192	19	2.4	19	96	3	81	31	0	15	52	1.44
92439893--92439964	33	2.1	34	87	2	101	30	25	20	23	1.99
92447286--92447473	49	3.8	48	81	6	232	30	26	17	25	1.97
92447291--92447487	100	2.0	101	91	2	324	30	27	17	24	1.97
92449474--92449543	15	4.8	14	75	13	52	62	18	10	8	1.51
92452509--92452648	49	2.8	51	89	2	203	28	26	19	25	1.99
92452513--92452653	51	2.8	49	87	4	201	28	26	19	24	1.99
92458018--92458072	28	2.0	28	92	0	92	23	9	20	47	1.78
92459740--92459857	41	3.1	41	60	28	98	33	17	27	21	1.96
92459708--92459871	71	2.3	71	97	0	319	35	17	27	18	1.94
92467264--92467318	28	2.0	28	92	0	92	23	9	20	47	1.78
92468985--92469102	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92468953--92469116	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92476553--92476670	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92476521--92476684	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
92486066--92486190	62	2.0	62	98	0	241	36	24	12	26	1.91
92487805--92487854	20	2.9	17	76	21	50	70	2	6	22	1.20
92498616--92498649	11	2.9	12	86	8	52	29	5	0	64	1.17
92498730--92498901	92	1.9	92	85	2	238	44	11	9	34	1.73
92499561--92499871	155	2.0	156	91	2	511	43	11	6	39	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92503696--92504178	44	10.7	44	70	10	204	31	20	19	28	1.97
92505947--92506136	49	3.8	49	69	15	131	29	5	3	61	1.37
92506221--92506264	20	2.1	21	84	12	56	27	2	4	65	1.23
92507538--92507600	21	3.1	21	80	8	60	68	7	0	23	1.16
92507647--92507679	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
92509223--92509287	30	2.2	30	94	5	114	24	3	13	58	1.50
92509965--92510011	23	2.0	23	100	0	94	12	21	25	40	1.89
92510139--92510176	17	2.2	17	86	9	51	50	5	0	44	1.24
92512676--92512700	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
92520579--92520618	11	3.6	11	79	0	53	60	7	10	22	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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