Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  53  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12828734--12828769
16
2.3
15
86
9
54
55
11
0
33
1.35
12828944--12829001
21
2.7
21
84
7
73
56
3
6
32
1.42
12829505--12829546
21
2.0
22
86
13
61
57
0
4
38
1.20
12829539--12829602
24
2.6
25
80
9
60
59
6
0
34
1.23
12829656--12829708
9
6.0
9
80
10
65
66
1
0
32
1.03
12831163--12831189
13
2.1
13
100
0
54
29
0
0
70
0.88
12831172--12831221
18
2.5
21
78
12
61
28
0
4
68
1.08
12832881--12832907
14
1.9
14
100
0
54
74
0
0
25
0.83
12832953--12832984
15
2.1
15
94
0
55
65
0
3
31
1.08
12832945--12832977
3
11.0
3
87
12
50
66
0
0
33
0.92
12833373--12833419
23
2.1
23
85
14
64
51
8
2
38
1.45
12836129--12836237
26
4.2
26
92
1
184
36
24
4
33
1.76
12841834--12841943
26
4.2
26
90
0
184
36
24
5
33
1.79
12842543--12842604
25
2.5
25
84
10
74
54
1
6
37
1.36
12842781--12842866
3
28.7
3
73
9
59
62
4
2
30
1.28
12842783--12842874
24
3.8
24
80
8
80
63
4
2
30
1.26
12844609--12844644
18
2.1
18
89
5
56
44
5
2
47
1.41
12844879--12844924
22
2.1
22
100
0
92
65
8
13
13
1.48
12848899--12848935
18
2.1
18
100
0
74
21
35
0
43
1.53
12851743--12851782
13
3.0
13
85
7
53
22
0
2
75
0.93
12851886--12851936
25
2.0
26
81
11
61
50
9
9
29
1.67
12857503--12857560
26
2.2
26
78
6
64
51
3
0
44
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12857502--12857559
25
2.2
28
81
9
68
53
3
0
43
1.17
12862220--12862252
5
6.6
5
96
0
57
57
0
3
39
1.14
12867075--12867120
23
2.0
23
100
0
92
30
21
4
43
1.72
12869186--12869220
14
2.6
13
82
8
52
22
0
8
68
1.16
12870283--12870401
59
2.0
60
91
1
195
33
0
12
52
1.45
12870404--12870562
72
2.2
74
90
3
259
30
0
14
55
1.40
12870423--12870535
34
3.2
34
72
14
120
33
0
12
53
1.38
12870611--12870864
98
2.5
102
84
9
317
30
1
15
52
1.53
12870853--12870896
16
2.8
16
92
0
70
40
0
4
54
1.21
12872777--12872863
33
2.6
33
80
10
97
19
47
9
24
1.78
12873062--12873204
78
1.9
76
86
4
207
32
6
5
55
1.48
12878082--12878118
19
2.0
19
89
5
58
40
2
0
56
1.13
12878228--12878298
15
4.7
15
74
13
58
63
4
1
30
1.22
12878278--12878321
23
1.9
23
90
0
70
61
4
6
27
1.41
12881842--12881874
6
5.5
6
92
0
57
54
0
27
18
1.44
12885525--12885571
23
2.0
23
100
0
94
25
12
27
34
1.92
12885527--12885579
23
2.3
23
93
0
88
22
15
22
39
1.91
12888631--12888670
18
2.3
17
95
4
71
40
25
20
15
1.90
12893402--12893462
31
2.0
31
93
0
104
39
8
14
37
1.76
12893880--12893948
36
1.9
36
100
0
138
42
17
15
24
1.88
12911776--12911815
16
2.5
16
91
0
62
40
27
12
20
1.88
12912617--12912667
17
2.9
17
79
2
57
15
17
0
66
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12918773--12918965
63
3.1
63
78
4
210
31
21
26
20
1.98
12938262--12938296
18
2.0
17
94
5
61
42
0
0
57
0.99
12938723--12938770
11
4.7
10
80
12
53
2
37
0
60
1.09
12939867--12939913
6
7.8
6
85
0
67
6
46
29
17
1.72
12941363--12941398
15
2.4
15
100
0
72
22
25
27
25
2.00
12947758--12947815
20
3.0
20
82
7
75
50
3
3
43
1.36
12947766--12947827
18
3.4
18
86
6
63
50
3
1
45
1.27
12947764--12947822
20
3.0
20
85
11
79
50
3
1
44
1.28
12948305--12948450
47
2.9
48
85
9
186
24
36
11
27
1.90
12948736--12948771
15
2.4
15
100
0
72
25
33
5
36
1.79
12949180--12949216
15
2.5
15
95
0
65
35
24
18
21
1.96
12963893--12964019
62
2.0
64
96
3
240
37
12
13
37
1.83
12969860--12969898
14
2.6
16
80
19
57
30
0
10
58
1.31
12976010--12976043
14
2.4
14
85
0
50
47
5
2
44
1.42
12978162--12978190
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
12979586--12979613
4
7.0
4
100
0
56
50
25
0
25
1.50
12984083--12984128
23
2.0
23
100
0
92
52
17
17
13
1.75
12988727--12988761
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
12993425--12993507
31
2.7
31
81
9
107
45
13
6
34
1.68
12996890--12996947
18
3.2
18
100
0
116
25
17
0
56
1.40
12996897--12996946
9
5.6
9
73
17
50
24
18
0
58
1.40
13004078--13004129
10
5.1
10
90
4
86
69
0
11
19
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13004076--13004129
21
2.6
21
94
2
92
68
0
11
20
1.19
13004754--13004782
13
2.2
13
100
0
58
0
13
0
86
0.58
13004754--13004788
15
2.3
15
85
5
52
0
14
0
85
0.59
13006567--13006667
42
2.4
44
80
6
118
29
16
22
30
1.96
13006896--13006977
41
2.0
41
97
0
155
34
6
14
45
1.70
13009576--13009617
5
8.4
5
100
0
84
80
0
0
19
0.70
13009584--13009644
20
3.1
20
84
11
65
78
0
3
18
0.88
13012759--13012847
4
21.8
4
79
4
88
4
25
3
66
1.26
13018858--13018968
47
2.4
47
83
6
145
36
23
15
25
1.94
13019729--13019757
4
7.2
4
100
0
58
0
24
0
75
0.80
13019826--13019859
14
2.5
13
90
9
50
55
2
0
41
1.15
13021859--13021885
9
3.0
9
100
0
54
77
0
0
22
0.76
13022747--13022789
21
2.0
21
100
0
86
69
0
9
20
1.15
13022749--13022789
10
4.0
10
93
6
73
70
0
9
19
1.14
13031992--13032041
11
4.1
12
81
18
59
40
0
12
48
1.40
13031984--13032041
30
1.9
30
82
6
73
41
0
12
46
1.41
13031991--13032041
15
3.4
15
75
17
52
39
0
11
49
1.40
13037064--13037214
53
2.8
53
88
4
205
25
15
27
30
1.96
13039398--13039436
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
13045399--13045427
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
13046542--13046584
17
2.5
17
96
0
77
25
37
20
16
1.93
13047149--13047193
22
2.0
22
83
8
56
40
4
0
55
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13049869--13049963
25
3.8
25
98
0
181
34
24
21
20
1.96
13059736--13059842
35
3.1
35
100
0
214
19
19
5
55
1.63
13061906--13062172
24
11.1
24
94
0
417
34
25
18
20
1.96
13066713--13066752
10
4.0
10
81
12
55
67
2
7
22
1.28
13070595--13070667
36
2.0
36
100
0
146
38
27
10
23
1.88
13070936--13070961
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
13074861--13074899
19
2.1
19
90
9
62
33
0
17
48
1.48
13075872--13075904
16
2.1
16
100
0
66
30
12
18
39
1.87
13076943--13076968
7
3.7
7
100
0
52
30
57
0
11
1.34
13079875--13079966
40
2.3
39
81
7
96
35
6
9
47
1.62
13079887--13079967
40
2.0
41
87
2
119
34
7
11
46
1.67
13079963--13080008
16
2.8
16
83
3
56
36
2
2
58
1.22
13087798--13087825
6
4.7
6
100
0
56
0
0
14
85
0.59
13092836--13092871
18
2.0
18
94
0
63
75
5
8
11
1.19
13092839--13092878
17
2.3
18
86
4
55
82
5
5
7
0.94
13092897--13092968
27
2.7
27
86
0
81
16
23
37
22
1.94
13093093--13093940
150
5.7
151
86
6
1150
56
7
6
29
1.51
13093093--13093940
302
2.9
297
87
4
1238
56
7
6
29
1.51
13093597--13093940
136
2.4
138
85
7
449
56
6
6
29
1.52
13093917--13093949
17
1.9
17
93
0
57
54
9
6
30
1.56
13094107--13094203
38
2.5
38
77
8
99
42
2
4
51
1.32
13094237--13094319
27
3.1
27
98
0
157
19
39
28
12
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13095191--13095245
6
9.2
6
95
0
101
32
1
18
47
1.59
13102630--13102684
27
2.0
27
100
0
110
49
18
10
21
1.78
13105315--13105341
7
3.9
7
100
0
54
14
14
25
44
1.84
13105693--13105754
20
3.2
19
75
25
58
46
0
0
53
1.00
13106221--13106262
19
2.2
20
91
8
70
61
0
0
38
0.96
13111449--13111738
42
6.7
42
82
7
312
50
6
16
26
1.69
13111449--13111738
84
3.4
84
82
6
355
50
6
16
26
1.69
13115493--13115865
139
2.7
140
80
6
414
35
10
26
28
1.89
13115934--13115971
18
2.1
18
85
9
51
47
13
15
23
1.81
13119410--13119470
26
2.4
26
79
15
74
57
4
11
26
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427