genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52165317--52165389	31	2.4	31	88	0	101	49	13	17	19	1.80
52165745--52165809	22	3.0	21	73	13	60	32	23	24	20	1.98
52166241--52166714	27	17.9	27	85	5	583	24	21	16	37	1.94
52166474--52166510	19	1.9	19	88	0	56	24	18	5	51	1.67
52166678--52166946	81	3.3	81	79	8	212	33	11	17	37	1.86
52166760--52166946	27	7.0	25	81	10	169	34	11	16	37	1.84
52166771--52167193	54	8.1	54	77	10	364	31	10	18	39	1.85
52166770--52166963	53	3.6	53	87	3	255	35	10	14	39	1.82
52166966--52167193	27	8.5	27	79	7	214	28	10	20	39	1.86
52166758--52167172	230	1.8	230	89	1	661	31	10	18	39	1.85
52170360--52170540	40	4.6	40	88	2	258	24	22	25	26	2.00
52173327--52173376	25	2.0	24	84	3	64	20	2	2	76	0.99
52173330--52173390	12	4.8	12	76	8	50	22	4	1	70	1.15
52183222--52183561	27	12.6	27	86	2	432	28	23	9	39	1.85
52183514--52183574	27	2.3	27	85	0	77	32	21	8	37	1.83
52184889--52184945	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
52184887--52184949	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
52185004--52185193	24	8.0	24	88	3	260	29	22	21	26	1.99
52185003--52185193	71	2.7	71	86	5	260	29	22	20	26	1.99
52185003--52185194	47	4.0	47	87	4	269	30	22	20	26	1.98
52185387--52185450	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
52186635--52186686	27	2.0	27	85	7	72	55	11	9	23	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52188747--52188802	15	3.7	15	76	7	51	21	1	1	75	0.99
52194917--52195143	48	4.8	48	80	8	252	27	21	22	28	1.99
52200394--52200458	24	2.7	25	71	7	62	13	1	12	72	1.20
52201024--52201069	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
52206294--52206327	16	2.1	16	100	0	68	61	11	0	26	1.30
52215525--52215639	41	2.8	42	73	17	107	29	28	18	23	1.98
52224268--52224308	20	2.0	20	100	0	82	39	34	4	21	1.75
52231038--52231226	40	4.8	40	82	7	215	34	15	25	23	1.95
52231038--52231226	79	2.4	80	86	2	247	34	15	25	23	1.95
52236257--52236355	34	2.9	34	88	4	139	65	9	6	19	1.42
52236257--52236405	34	4.4	34	74	10	108	63	12	6	17	1.48
52238589--52238950	48	7.5	48	74	10	258	28	18	28	24	1.98
52238671--52238747	25	3.2	25	65	20	63	29	15	28	25	1.96
52238591--52238957	144	2.5	144	78	6	341	28	19	27	24	1.98
52238586--52238955	96	3.9	94	78	7	329	28	18	28	24	1.98
52242100--52242167	35	1.9	35	93	0	118	26	25	22	26	2.00
52244215--52244335	43	2.8	43	78	14	126	28	26	18	26	1.98
52247636--52247762	40	3.2	41	82	9	156	23	29	24	22	1.99
52249939--52250069	46	2.8	47	79	14	164	22	19	29	29	1.98
52252431--52252470	21	2.0	21	90	5	64	12	37	22	27	1.90
52257263--52257573	155	2.0	155	99	0	613	32	15	27	24	1.95
52258844--52259114	48	5.6	48	78	5	244	29	19	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52258831--52259117	96	3.0	95	83	6	346	29	18	26	25	1.98
52260077--52260123	22	2.1	22	100	0	94	17	17	31	34	1.92
52264683--52264725	21	2.0	21	86	8	61	46	2	0	51	1.13
52265254--52265422	83	2.0	83	98	0	329	42	12	13	31	1.81
52268173--52268295	43	2.9	43	81	4	151	33	24	15	26	1.95
52275389--52275519	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
52280370--52280633	49	5.4	49	93	0	447	31	7	29	30	1.86
52280409--52280491	27	3.3	27	61	22	70	31	3	30	34	1.75
52282635--52282955	40	8.0	40	96	0	561	24	21	28	25	1.99
52286631--52286892	49	5.4	49	92	1	429	31	8	30	30	1.86
52289378--52289501	43	2.9	42	81	9	144	30	26	16	26	1.96
52293871--52294055	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
52293871--52294053	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
52293872--52294088	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
52301938--52302122	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
52301938--52302120	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
52301939--52302154	79	2.7	79	78	13	239	25	21	27	25	1.99
52302897--52302930	16	2.1	17	88	5	52	55	0	14	29	1.40
52311339--52311363	11	2.3	11	100	0	50	40	28	24	8	1.83
52318018--52318122	47	2.2	47	94	0	183	28	29	7	34	1.85
52322846--52322969	43	2.9	42	74	7	124	30	25	15	29	1.96
52323807--52323835	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52327344--52327441	24	4.0	23	84	9	124	36	4	36	22	1.73
52327344--52327441	48	2.0	49	86	5	137	36	4	36	22	1.73
52333376--52333502	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
52333392--52333542	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
52333392--52333541	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
52338230--52338351	43	2.9	42	74	11	122	28	22	16	31	1.96
52339740--52339854	55	2.1	56	80	11	130	34	21	24	19	1.96
52339765--52339854	28	3.2	28	80	13	105	32	23	24	20	1.98
52339960--52340052	28	3.3	28	95	3	161	30	7	27	34	1.85
52340300--52340331	16	2.1	15	94	5	55	0	18	31	50	1.48
52341119--52341151	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
52342900--52343125	40	5.7	40	90	4	282	25	26	21	26	2.00
52357508--52357621	39	2.9	39	94	1	192	22	20	32	24	1.98
52361174--52361354	29	6.3	29	82	5	190	27	32	13	27	1.94
52361174--52361354	57	3.2	57	86	2	247	27	32	13	27	1.94
52361421--52361458	19	2.1	19	90	5	60	13	36	18	31	1.89
52363527--52363919	200	2.0	199	93	1	680	35	21	6	35	1.81
52364952--52365014	33	1.9	33	83	6	83	28	12	26	31	1.93
52369212--52369361	42	3.5	42	76	5	140	32	16	22	28	1.96
52372509--52372609	27	3.7	27	83	0	103	21	14	21	41	1.89
52372644--52372680	18	2.1	18	100	0	74	43	16	10	29	1.82
52374031--52374076	17	2.7	17	86	0	65	32	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52381395--52381570	50	3.5	49	85	3	226	28	26	19	25	1.98
52381395--52381578	101	1.8	99	87	2	269	28	27	19	25	1.99
52387984--52388101	43	2.8	41	83	5	137	26	16	24	32	1.96
52389234--52389275	20	2.1	20	95	0	75	35	16	21	26	1.94
52397663--52397757	47	2.0	47	100	0	190	43	16	16	23	1.88
52401983--52402049	30	2.2	30	97	0	125	41	0	17	40	1.50
52405404--52405502	28	3.5	28	79	6	101	29	27	15	28	1.96
52407507--52407554	21	2.3	21	88	0	69	25	25	31	18	1.98
52407522--52407563	21	2.0	21	90	0	66	26	21	33	19	1.97
52408454--52408489	9	3.9	9	85	7	54	86	0	8	5	0.72
52408453--52408486	13	2.8	12	86	8	50	85	0	5	8	0.75
52410034--52410065	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
52418457--52418494	19	2.0	19	100	0	76	42	21	10	26	1.85
52427396--52427702	49	6.3	49	91	2	478	28	28	8	34	1.86
52431000--52431191	40	4.7	40	87	5	278	24	28	22	25	2.00
52430987--52431191	84	2.5	80	89	3	304	24	28	21	24	1.99
52433547--52433821	49	5.7	48	88	6	371	29	29	8	33	1.86
52433547--52433821	96	2.9	96	87	5	387	29	29	8	33	1.86
52434917--52435046	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
52442914--52443043	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
52442930--52443078	80	1.9	79	83	4	192	22	28	24	25	1.99
52447036--52447207	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52447028--52447203	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52472770--52472926	43	3.7	43	79	9	169	24	18	25	31	1.98
52475471--52475729	68	3.9	64	77	11	204	24	28	15	30	1.96
52479992--52480083	25	3.7	25	95	0	157	21	22	27	28	1.99
52480893--52480970	27	2.9	26	78	14	86	20	20	21	37	1.95
52481011--52481118	27	3.9	27	75	13	85	31	7	19	41	1.79
52481060--52481201	27	5.2	27	77	5	126	28	7	21	41	1.81
52481229--52481320	27	3.4	27	86	3	123	43	7	20	28	1.79
52486527--52486668	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
52486559--52486710	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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