genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  198  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55088917--55089085	58	2.9	58	89	2	261	23	18	29	28	1.97
55092481--55092721	48	5.0	48	93	0	392	36	5	25	32	1.80
55092854--55093000	37	4.0	37	93	0	231	23	17	31	27	1.97
55096242--55096412	6	28.3	6	72	14	120	49	12	17	20	1.79
55096323--55096437	24	4.7	24	81	6	97	48	13	17	20	1.80
55096242--55096412	30	5.9	30	75	13	160	49	12	17	20	1.79
55096353--55096427	18	4.4	18	76	20	72	46	16	17	20	1.84
55096555--55096628	27	2.8	27	78	13	82	36	20	24	18	1.95
55096579--55096636	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
55096939--55097021	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
55097220--55097415	27	7.3	27	85	0	248	25	20	19	35	1.96
55097420--55097913	27	18.3	27	84	5	588	41	10	21	26	1.85
55099114--55099319	27	7.6	27	86	1	182	40	23	7	28	1.82
55099114--55099361	81	3.1	79	80	5	230	39	22	8	29	1.83
55099139--55099372	27	8.7	27	80	4	197	38	22	8	30	1.84
55099364--55099603	27	9.0	27	85	5	310	35	21	21	22	1.96
55099364--55099602	105	2.2	106	88	5	340	35	20	21	22	1.96
55099364--55099585	78	2.8	78	87	4	311	35	21	20	22	1.96
55099894--55099934	20	2.0	20	90	0	64	12	17	31	39	1.86
55101427--55101569	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
55107943--55108129	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
55107966--55108129	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55107966--55108163	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
55115036--55115222	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
55115059--55115222	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
55115059--55115256	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
55116184--55116355	93	1.8	93	92	0	290	27	30	21	20	1.98
55116176--55116351	46	3.8	46	79	10	205	28	29	21	21	1.98
55116227--55116370	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
55119050--55119093	19	2.4	18	85	7	54	40	6	0	52	1.28
55124728--55124827	48	2.0	50	83	7	125	22	24	18	36	1.95
55124802--55124904	55	1.9	53	86	4	143	26	25	15	33	1.95
55127513--55127599	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
55127491--55127602	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
55135377--55135562	55	3.4	54	77	10	175	23	24	17	35	1.95
55137410--55137520	27	4.1	27	76	12	95	35	25	23	16	1.95
55148054--55148164	27	4.2	26	80	5	98	37	19	24	18	1.93
55148056--55148161	54	2.0	53	81	5	124	38	17	24	18	1.93
55149556--55149632	24	3.2	24	92	0	127	22	41	3	32	1.72
55151344--55151399	19	2.8	20	76	10	53	71	5	5	17	1.24
55151374--55151424	12	4.5	11	80	7	57	64	3	7	23	1.37
55151374--55151424	23	2.2	23	86	6	68	64	3	7	23	1.37
55152110--55152141	14	2.3	14	100	0	64	40	25	15	18	1.90
55152411--55152453	21	2.1	21	82	4	52	65	6	23	4	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55152450--55152503	29	1.9	27	85	7	72	51	3	29	14	1.60
55155060--55155175	27	4.3	27	88	5	155	37	18	18	25	1.94
55155060--55155160	53	1.9	53	89	4	159	36	21	16	24	1.94
55155064--55155204	27	5.3	27	85	5	119	36	20	17	26	1.94
55155064--55155204	53	2.6	52	82	7	149	36	20	17	26	1.94
55155873--55155904	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
55155901--55155960	27	2.3	27	85	2	77	21	21	20	36	1.95
55163122--55163271	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
55163146--55163329	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
55165436--55165490	25	2.2	25	100	0	110	21	25	29	23	1.99
55169878--55169989	46	2.4	47	82	5	129	26	33	15	25	1.95
55171571--55171821	40	6.2	40	89	1	315	23	26	23	27	2.00
55174809--55174959	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
55174846--55174975	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
55182821--55182971	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
55185813--55185959	40	3.7	40	100	0	294	26	23	29	21	1.99
55193956--55194205	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
55196978--55197076	27	3.7	27	87	0	144	35	16	21	27	1.94
55196978--55197081	54	1.9	53	90	1	163	34	18	20	26	1.95
55197075--55197315	27	8.9	27	79	8	186	41	18	9	31	1.82
55197067--55197315	81	3.1	81	80	5	229	40	18	9	31	1.82
55197574--55197697	41	3.0	41	86	0	185	20	21	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55197837--55197901	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
55201456--55201508	26	2.0	26	100	0	106	26	18	22	32	1.97
55201492--55201596	42	2.5	42	84	3	122	30	23	16	29	1.96
55210939--55210985	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
55211338--55211781	50	8.8	49	76	8	333	27	17	25	30	1.97
55211338--55211781	101	4.4	100	77	8	382	27	17	25	30	1.97
55211345--55211778	151	2.9	151	87	0	589	26	17	24	31	1.97
55215968--55216049	41	2.0	41	85	0	110	20	13	18	47	1.82
55219993--55220091	39	2.4	40	81	10	110	29	17	27	26	1.97
55221028--55221232	27	7.6	27	82	2	207	39	19	9	32	1.83
55221028--55221204	54	3.3	53	87	3	257	40	19	8	31	1.82
55221028--55221286	27	9.6	27	75	9	190	38	20	9	30	1.85
55221290--55221556	27	9.9	27	85	0	309	30	20	7	41	1.79
55221255--55221556	81	3.7	81	84	2	268	30	21	7	40	1.81
55222061--55222139	31	2.5	31	93	0	131	17	17	15	49	1.80
55222061--55222148	6	14.3	6	73	17	74	18	17	15	48	1.81
55226314--55226366	24	2.2	24	80	3	63	20	22	24	32	1.98
55227336--55227366	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
55248530--55248633	55	1.9	55	82	4	129	22	35	22	20	1.96
55251953--55251977	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
55268515--55268617	29	3.6	28	78	5	98	30	33	15	21	1.94
55270850--55270887	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55273314--55273356	22	2.0	22	86	9	61	39	13	0	46	1.44
55273314--55273356	23	2.0	21	82	17	52	39	13	0	46	1.44
55275789--55275829	17	2.4	17	95	0	73	31	19	31	17	1.95
55275922--55276081	49	3.3	49	92	1	252	29	30	8	31	1.87
55278118--55278298	40	4.5	40	79	9	145	23	24	24	27	2.00
55279042--55279350	40	7.8	40	92	3	500	27	28	19	25	1.98
55279042--55279350	79	3.9	80	91	3	500	27	28	19	25	1.98
55279042--55279350	119	2.6	119	92	3	505	27	28	19	25	1.98
55281328--55281368	17	2.4	17	95	0	73	31	19	31	17	1.95
55281461--55281620	49	3.3	49	92	1	252	30	29	8	32	1.86
55287797--55287840	18	2.3	20	88	11	67	27	0	4	68	1.09
55289676--55289855	48	3.9	48	76	10	201	28	25	20	26	1.99
55300644--55300841	48	4.2	48	75	8	212	27	24	21	26	1.99
55306898--55306930	15	2.2	15	100	0	66	69	0	15	15	1.19
55310625--55310651	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
55312142--55312179	19	2.0	19	100	0	76	26	26	5	42	1.76
55313594--55313631	12	3.2	12	100	0	76	47	7	26	18	1.76
55323824--55324010	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
55323847--55324010	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
55323847--55324044	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
55330921--55331107	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
55330944--55331107	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55336133--55336382	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
55339444--55339508	22	3.0	22	78	13	71	32	20	26	21	1.97
55339650--55339767	40	2.9	41	89	2	184	26	29	22	21	1.99
55339972--55340205	27	8.7	27	76	2	177	31	11	16	40	1.84
55344095--55344128	16	2.2	15	89	5	50	47	5	0	47	1.26
55361279--55361473	55	3.6	53	75	10	164	35	16	25	22	1.94
55361725--55361755	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
55373212--55373240	15	1.9	15	100	0	58	44	0	20	34	1.52
55379210--55379237	8	3.5	8	100	0	56	64	0	10	25	1.26
55379882--55379910	7	4.3	7	95	4	51	41	0	27	31	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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