genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  227  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63999983--64000062	29	2.7	29	92	1	133	51	18	5	25	1.66
64007390--64007472	25	3.4	25	80	8	98	34	21	25	18	1.96
64014685--64014758	25	3.0	25	87	0	76	36	14	25	22	1.93
64014694--64014764	25	2.8	25	91	0	106	36	14	23	25	1.92
64014694--64014785	25	3.7	25	86	0	94	35	14	25	25	1.93
64018288--64018538	3	82.7	3	72	18	182	32	3	2	61	1.27
64018727--64018799	3	23.7	3	83	10	94	34	0	1	64	1.02
64022297--64022337	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
64023547--64023578	6	5.3	6	96	0	55	34	18	31	15	1.93
64024044--64024106	32	1.9	33	84	9	85	39	3	1	55	1.25
64024197--64024230	18	2.0	16	88	11	50	73	0	0	26	0.83
64030146--64030190	21	2.2	20	84	7	56	11	15	40	33	1.83
64032908--64032950	21	2.0	21	82	8	52	11	9	2	76	1.10
64034326--64034452	57	2.2	57	83	4	148	31	18	18	31	1.95
64035175--64035238	31	2.1	31	96	0	119	26	4	15	53	1.62
64038035--64038095	32	1.9	32	96	0	113	50	14	11	22	1.75
64045322--64045551	48	4.9	48	75	9	231	25	18	26	29	1.98
64045322--64045551	96	2.5	94	80	7	256	25	18	26	29	1.98
64050467--64050499	16	1.9	18	88	11	52	24	36	6	33	1.80
64052845--64052973	43	3.0	44	82	5	165	33	24	13	28	1.94
64054399--64054462	32	2.0	32	96	0	119	51	15	12	20	1.75
64058399--64058427	15	1.9	15	100	0	58	41	0	20	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64062716--64062752	19	1.9	19	94	0	65	21	35	16	27	1.94
64068999--64069064	32	2.1	32	91	5	107	34	13	9	42	1.76
64071003--64071178	47	3.6	46	69	14	129	38	13	23	25	1.91
64071050--64071353	54	5.8	54	71	12	227	36	16	23	24	1.94
64071003--64071208	101	2.0	101	94	0	358	37	13	23	25	1.92
64071003--64071233	101	2.3	101	90	0	345	37	13	22	25	1.91
64071163--64071320	55	2.9	53	81	6	158	35	17	22	25	1.95
64077214--64077394	39	4.6	39	90	1	247	22	30	23	23	1.99
64085226--64085407	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98
64085256--64085407	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
64087776--64087823	24	2.0	24	100	0	96	45	4	33	16	1.67
64095929--64095961	17	1.9	17	88	11	50	63	12	0	24	1.28
64098460--64098491	15	2.1	15	100	0	64	40	12	9	37	1.75
64099697--64099876	47	3.8	49	74	7	131	34	17	24	23	1.96
64099788--64100125	101	3.3	100	85	5	383	35	14	23	25	1.94
64099942--64100137	53	3.6	54	80	8	229	35	17	24	22	1.95
64101193--64101236	21	2.1	21	100	0	88	52	9	20	18	1.72
64101798--64101828	14	2.3	14	94	5	55	41	0	22	35	1.54
64103787--64103993	40	5.2	40	87	5	262	23	21	28	27	1.99
64103783--64103993	80	2.7	79	88	2	307	23	21	27	27	1.99
64107027--64107195	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
64110433--64110608	84	2.1	84	93	0	298	29	6	15	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64113459--64113490	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
64114777--64114906	63	2.1	63	98	0	251	20	18	6	55	1.63
64130606--64130651	15	3.0	16	71	12	51	34	0	50	15	1.44
64133484--64133532	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
64141059--64141116	25	2.3	24	82	11	64	32	18	25	22	1.97
64145630--64145669	20	2.0	20	95	0	71	50	5	17	27	1.67
64151904--64151978	3	25.0	3	100	0	150	0	33	0	66	0.92
64153624--64153799	46	3.8	46	76	10	187	21	21	27	28	1.99
64153620--64153791	93	1.8	93	89	0	272	21	22	28	27	1.99
64159816--64159854	21	1.9	20	89	5	60	12	41	30	15	1.85
64166175--64166347	47	3.6	47	78	11	163	25	17	30	26	1.98
64166170--64166345	96	1.8	96	86	8	257	25	18	30	26	1.98
64169004--64169174	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
64168996--64169176	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
64172373--64172555	48	3.9	48	75	12	200	26	20	24	28	1.99
64177046--64177147	29	3.5	29	91	0	159	26	32	15	25	1.96
64177016--64177147	58	2.3	58	85	2	176	25	34	15	24	1.95
64185021--64185122	29	3.5	29	91	0	159	26	32	15	25	1.96
64184991--64185122	58	2.3	58	85	2	176	25	34	15	24	1.95
64192993--64193085	29	3.2	29	90	3	152	26	29	16	27	1.97
64192986--64193104	57	2.1	57	84	3	150	26	33	14	25	1.94
64201857--64202179	48	6.7	48	89	3	447	24	17	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64213959--64213997	16	2.5	15	84	12	51	38	0	0	61	0.96
64215507--64215578	37	1.9	38	85	2	101	59	0	6	33	1.24
64216870--64216953	42	2.0	42	88	0	123	50	5	2	41	1.40
64217114--64217157	18	2.4	18	81	11	54	61	2	2	34	1.21
64224049--64224094	24	1.9	24	86	0	65	50	2	4	43	1.34
64224946--64225063	59	2.0	59	84	1	155	39	11	8	39	1.72
64227373--64227406	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
64227988--64228018	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
64234564--64234731	46	3.6	46	79	7	162	26	17	29	25	1.98
64234611--64234780	46	3.7	45	78	10	148	25	18	30	25	1.98
64241317--64241361	20	2.2	20	96	0	81	37	17	11	33	1.85
64243901--64243970	32	2.2	32	97	0	131	45	24	5	24	1.74
64244401--64244526	43	3.0	42	79	9	121	34	23	12	29	1.92
64244403--64244556	42	3.6	42	79	10	163	32	24	13	29	1.94
64249036--64249219	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
64249076--64249264	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
64262773--64262817	20	2.2	20	96	0	81	37	17	8	35	1.81
64264269--64264420	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
64264269--64264418	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
64268258--64268387	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
64273255--64273421	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
64273271--64273421	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64287548--64287711	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
64293212--64293246	18	1.9	18	94	0	61	31	5	25	37	1.80
64293800--64293931	26	5.2	26	81	3	162	29	21	20	28	1.98
64293800--64293931	52	2.6	52	91	3	207	29	21	20	28	1.98
64293981--64294055	20	3.8	20	79	6	75	33	17	10	38	1.84
64295478--64296163	207	3.3	207	90	2	1078	30	23	17	28	1.97
64308263--64308357	16	6.1	15	67	18	52	54	2	3	40	1.28
64308392--64308458	17	3.8	18	74	18	61	68	5	1	23	1.20
64308533--64308589	31	2.0	31	83	13	77	57	3	1	36	1.26
64319876--64319965	27	3.3	27	90	0	135	27	22	15	34	1.94
64322361--64322430	29	2.5	28	83	2	86	27	30	17	25	1.97
64322513--64322548	19	1.9	19	94	5	65	16	38	16	27	1.90
64323292--64323559	133	2.0	133	90	0	419	43	9	22	25	1.83
64329619--64329726	29	3.8	29	75	6	94	27	29	15	26	1.96
64333993--64334105	28	4.0	28	81	4	129	27	28	16	27	1.97
64335535--64335566	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
64342863--64342965	29	3.6	28	78	8	109	29	31	16	23	1.96
64345740--64345923	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
64345780--64345968	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
64354632--64354720	27	3.3	27	85	3	126	37	14	20	28	1.92
64366616--64366676	30	2.1	30	81	9	72	24	24	14	36	1.93
64367552--64367660	43	2.5	43	86	5	175	32	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64368267--64368300	5	6.6	5	96	3	59	79	0	2	17	0.86
64372670--64372696	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
64374167--64374254	30	2.9	30	75	10	81	39	5	4	50	1.47
64386923--64386954	13	2.3	15	89	10	50	68	0	9	21	1.17
64397814--64398046	81	2.9	80	85	4	281	40	21	7	30	1.81
64397814--64398091	27	10.3	27	82	4	242	38	20	8	32	1.83
64398042--64398360	27	11.8	27	88	1	424	28	23	8	39	1.84
64398015--64398371	81	4.4	81	83	3	351	29	23	8	38	1.85
64399602--64399649	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
64399697--64399752	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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