genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  130  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34860851--34860953	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
34860850--34860983	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
34868845--34868947	29	3.5	29	94	2	188	24	24	14	36	1.93
34868844--34868977	59	2.2	60	92	1	225	25	25	14	35	1.93
34872435--34872644	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
34880567--34880776	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
34882763--34882913	43	3.5	43	81	6	189	33	23	13	29	1.93
34887126--34887150	10	2.5	10	100	0	50	44	0	20	36	1.52
34892809--34892854	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
34895323--34895400	41	1.9	41	89	0	120	33	21	21	23	1.97
34895384--34895530	38	3.8	39	75	4	120	36	27	20	15	1.93
34897146--34897212	20	3.5	19	67	21	50	32	22	16	28	1.95
34898953--34898984	14	2.2	15	94	5	57	34	0	0	65	0.93
34901084--34901254	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
34901088--34901259	46	3.7	46	75	10	170	22	19	27	30	1.98
34903844--34904015	86	2.0	86	100	0	344	39	11	20	27	1.88
34906195--34906278	40	2.2	40	86	4	118	20	17	27	34	1.95
34909718--34909880	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
34909718--34909910	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
34916905--34917066	39	4.2	39	91	2	254	23	19	32	24	1.98
34916916--34917066	77	1.9	78	93	2	259	23	20	31	23	1.98
34919963--34919988	12	2.2	12	100	0	52	23	0	15	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34929191--34929294	43	2.5	42	80	7	122	31	16	25	26	1.96
34932431--34932460	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
34932666--34933100	50	8.7	49	74	6	291	32	25	14	26	1.95
34932665--34933058	151	2.6	151	87	1	549	31	25	16	26	1.96
34932665--34933102	151	2.9	149	83	4	522	32	25	15	26	1.95
34934639--34934814	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
34934636--34934807	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
34942194--34942369	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
34942191--34942362	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
34949738--34949767	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
34950029--34950365	50	6.7	50	74	10	238	29	24	18	26	1.98
34949971--34950365	151	2.6	151	88	2	564	30	24	18	26	1.98
34949977--34950365	101	3.9	100	75	8	315	30	25	17	26	1.97
34962562--34962691	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
34970616--34970745	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
34979670--34979799	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
34987737--34987866	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
34996032--34996105	34	2.2	35	85	4	98	29	21	18	29	1.97
34999220--34999273	18	3.0	18	91	0	90	44	9	20	25	1.81
35022662--35022780	43	2.8	42	74	12	125	36	14	21	26	1.92
35024449--35024523	37	2.0	37	100	0	150	42	24	2	30	1.68
35025131--35025205	23	3.3	23	86	1	98	33	22	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35025142--35025238	23	4.3	23	85	1	106	35	20	20	23	1.96
35027376--35027489	58	2.0	58	92	0	192	33	20	14	31	1.93
35030362--35030529	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
35032239--35032425	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
35032262--35032425	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35032262--35032459	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
35039809--35039995	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
35039832--35039995	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
35039832--35040029	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
35053134--35053203	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
35053133--35053216	25	3.4	24	83	8	98	28	21	22	27	1.99
35064776--35064803	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
35064800--35064878	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
35064801--35064882	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
35064837--35064882	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
35065035--35065191	27	5.8	27	89	0	224	29	23	7	39	1.82
35065008--35065181	54	3.2	53	85	3	213	28	24	8	38	1.84
35064996--35065201	27	7.6	27	80	4	110	32	23	8	36	1.84
35065183--35065624	27	16.4	27	88	0	596	35	18	19	26	1.95
35066046--35066124	37	2.1	37	85	0	104	22	20	11	45	1.83
35066080--35066154	6	12.3	6	72	13	64	18	17	13	50	1.77
35066061--35066145	37	2.3	37	89	0	125	20	20	10	49	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35066034--35066133	31	3.0	31	72	16	92	21	19	12	48	1.80
35067425--35067528	30	3.5	30	82	0	127	25	24	23	26	2.00
35067908--35067972	32	2.0	32	100	0	130	49	21	4	24	1.68
35068925--35068964	8	5.0	8	96	0	71	0	12	2	85	0.71
35069394--35069450	30	1.9	30	88	0	87	19	12	7	61	1.53
35069618--35069805	19	9.6	19	69	19	77	36	2	2	58	1.24
35069749--35069806	12	4.8	12	69	26	50	32	1	1	63	1.14
35070197--35070233	18	2.1	18	90	5	58	24	0	5	70	1.08
35071150--35071236	23	3.9	22	76	10	86	34	19	22	22	1.97
35071136--35071245	45	2.4	44	80	5	130	30	21	23	23	1.99
35071160--35071236	23	3.4	23	81	3	93	33	19	22	24	1.97
35073520--35073633	27	4.3	26	80	9	122	35	21	21	21	1.96
35082139--35082287	80	1.9	80	81	2	183	22	30	25	21	1.99
35082180--35082330	40	3.8	39	77	8	126	21	27	25	25	2.00
35092449--35092536	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
35092449--35092527	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
35092460--35092536	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
35095436--35095606	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
35095428--35095603	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.99
35098180--35098355	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
35098177--35098348	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
35105615--35105780	46	3.6	46	75	16	180	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35108926--35108956	15	2.1	15	100	0	62	48	6	6	38	1.55
35111506--35111653	70	2.1	70	87	2	208	34	12	16	36	1.87
35112027--35112185	44	3.7	44	74	5	146	24	20	25	29	1.99
35114098--35114175	38	2.0	39	80	14	90	33	20	5	41	1.74
35125172--35125205	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
35125875--35125937	20	3.2	20	72	17	58	47	20	23	7	1.76
35134529--35134579	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
35134774--35134798	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
35141006--35141039	12	2.8	12	100	0	68	32	17	0	50	1.47
35142638--35142673	13	2.8	13	95	0	63	38	8	19	33	1.82
35143841--35143873	17	1.9	17	93	0	57	21	36	0	42	1.53
35153386--35153603	40	5.5	40	90	1	314	22	23	27	25	2.00
35167517--35167557	9	4.4	9	81	6	55	56	0	4	39	1.21
35172776--35173034	46	5.9	45	77	12	245	19	23	15	41	1.90
35173906--35173946	20	2.0	20	100	0	82	24	17	14	43	1.86
35173855--35173997	71	2.0	71	97	0	268	25	19	13	41	1.88
35180111--35180521	135	3.1	135	78	7	423	31	18	23	25	1.98
35180648--35180864	45	4.8	45	78	8	185	31	17	24	25	1.97
35180681--35180853	90	1.9	89	81	5	206	31	16	24	27	1.96
35180869--35181141	91	3.0	91	91	1	440	32	15	20	31	1.94
35180932--35181076	41	3.3	41	66	19	112	34	16	19	29	1.94
35181551--35181578	13	2.2	13	100	0	56	39	53	0	7	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35181702--35181753	25	2.1	24	85	3	68	55	9	21	13	1.66
35182391--35182424	14	2.4	14	95	0	59	32	0	5	61	1.20
35182045--35182417	3	123.3	3	67	11	95	26	6	2	63	1.34
35183715--35183759	24	1.9	23	82	13	56	24	20	6	48	1.73
35183975--35184013	19	2.1	19	100	0	78	25	15	5	53	1.62
35192392--35192595	40	5.1	40	87	1	268	26	27	21	24	1.99
35194473--35194605	48	2.8	48	85	5	180	34	29	18	18	1.94
35195412--35195605	97	2.0	97	100	0	388	37	14	17	30	1.90
35195604--35195659	26	2.2	26	100	0	112	23	7	7	62	1.46
35201153--35201289	40	3.5	40	89	4	199	23	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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