genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  268  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77076087--77076391	94	3.3	94	80	7	279	29	17	28	24	1.98
77082733--77082896	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77082733--77082930	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77090309--77090472	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77090309--77090506	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77097307--77097346	21	2.0	20	90	5	62	10	35	32	22	1.87
77103939--77104008	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
77103939--77104020	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
77111736--77111805	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
77111736--77111817	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
77113606--77113725	38	3.1	38	82	13	147	23	23	25	28	2.00
77113606--77113754	78	1.9	80	83	8	200	22	22	25	29	1.99
77115326--77115590	43	6.2	43	89	0	350	12	22	31	33	1.92
77115326--77115590	86	3.1	86	89	0	395	12	22	31	33	1.92
77115744--77115909	58	2.9	58	92	0	271	21	19	29	29	1.98
77115747--77115905	29	5.5	28	71	10	115	21	19	28	30	1.98
77115835--77115930	28	3.4	27	74	9	77	22	17	31	28	1.97
77119495--77119682	40	4.7	39	77	7	166	25	23	28	23	2.00
77119495--77119675	79	2.3	81	82	7	219	24	23	27	23	2.00
77119543--77119708	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
77121192--77121337	48	3.0	48	84	0	202	30	23	6	39	1.81
77123680--77123723	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77127191--77127331	38	3.7	38	83	5	160	20	22	25	31	1.98
77144667--77144764	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77152321--77152418	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77158148--77158317	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
77166243--77166452	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
77168591--77168750	42	3.8	42	77	7	137	28	25	18	28	1.98
77172891--77172915	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77174419--77174640	48	4.6	48	96	0	408	33	7	27	31	1.85
77174685--77174770	37	2.3	37	97	0	163	25	19	31	23	1.98
77176687--77177143	40	11.5	39	89	2	288	24	20	28	26	1.99
77176804--77177147	40	8.6	40	95	1	602	24	20	28	26	1.99
77179287--77179311	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77180817--77181038	48	4.6	48	96	0	408	33	7	27	31	1.85
77181083--77181168	37	2.3	37	97	0	163	25	19	31	23	1.98
77183034--77183126	29	3.2	28	85	7	116	30	30	15	24	1.95
77183363--77183405	16	2.7	16	81	0	50	9	16	27	46	1.77
77188076--77188107	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
77202561--77202592	15	2.1	15	100	0	64	31	6	18	43	1.75
77202915--77202966	16	3.5	16	72	20	58	42	9	21	26	1.83
77202914--77202967	28	1.9	28	96	0	99	40	9	22	27	1.84
77203183--77203845	331	2.0	331	96	0	1218	29	15	23	31	1.95
77205773--77205804	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77206254--77206413	86	1.9	85	84	6	216	27	26	20	25	1.99
77206715--77206812	29	3.4	29	91	1	144	28	27	14	29	1.95
77212449--77212488	21	2.0	20	85	9	55	32	5	10	52	1.56
77216613--77216772	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
77216613--77216772	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
77224666--77224825	29	5.5	30	86	8	204	26	25	14	33	1.94
77233659--77233786	27	4.7	27	76	5	116	28	25	12	33	1.92
77240625--77240731	53	2.0	53	94	0	187	27	5	24	42	1.76
77240753--77240861	31	3.5	31	75	10	98	38	11	14	35	1.82
77242334--77242370	13	2.7	13	91	8	56	48	13	0	37	1.43
77242565--77242606	21	2.0	21	86	9	59	45	2	7	45	1.44
77242565--77242604	14	2.9	14	84	0	53	45	2	5	47	1.38
77247587--77247620	2	17.0	2	87	0	50	50	0	2	47	1.16
77262774--77262897	14	9.2	13	65	20	51	66	4	4	25	1.29
77262774--77262813	18	2.3	17	86	4	53	72	0	2	25	0.97
77262773--77262905	28	4.9	27	66	25	70	65	3	5	25	1.31
77262733--77262893	79	2.0	80	93	1	279	62	4	6	26	1.39
77268478--77268523	23	2.0	22	84	12	58	19	13	6	60	1.54
77272382--77272809	214	2.0	214	100	0	856	33	19	10	36	1.86
77274067--77274146	42	1.9	42	100	0	160	27	25	10	37	1.88
77276604--77276675	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
77287526--77287603	35	2.2	37	81	4	97	29	7	1	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77288280--77288327	6	7.7	6	81	9	60	66	0	2	31	1.03
77291483--77291537	28	2.0	28	85	7	76	58	1	0	40	1.09
77296536--77296584	24	2.1	24	85	11	66	22	0	6	71	1.08
77298365--77298581	47	4.7	45	76	8	197	25	18	29	25	1.98
77298365--77298581	93	2.4	91	82	6	242	25	18	29	25	1.98
77301667--77301883	40	5.5	40	90	3	316	24	27	23	24	2.00
77305801--77305841	18	2.3	18	86	0	55	24	7	41	26	1.81
77307922--77307955	10	3.4	10	87	0	50	44	2	5	47	1.42
77318912--77319012	41	2.5	40	78	12	98	35	15	16	31	1.91
77318986--77319058	38	1.9	38	88	0	110	32	23	20	23	1.98
77322273--77322388	29	4.1	29	81	4	103	27	15	30	26	1.96
77326545--77326579	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
77326789--77326849	29	2.1	29	90	3	97	26	14	31	27	1.95
77326801--77326882	29	2.8	29	85	3	94	24	17	31	26	1.97
77326812--77326906	29	3.3	29	82	8	90	25	15	34	24	1.95
77332913--77332968	29	1.9	29	96	0	103	42	19	1	35	1.62
77334714--77334880	48	3.5	48	85	1	226	28	23	19	28	1.99
77334857--77334903	23	2.0	23	91	0	76	25	25	19	29	1.98
77334807--77334951	71	2.0	71	90	2	229	26	25	20	28	1.99
77334946--77335030	37	2.3	37	87	0	116	25	23	20	30	1.98
77338514--77338563	21	2.4	21	100	0	100	32	16	0	52	1.44
77340129--77340210	43	1.9	43	90	5	130	24	13	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77340129--77340238	43	2.6	43	82	2	114	23	16	15	44	1.86
77342191--77342324	48	2.8	49	88	4	193	25	25	23	26	2.00
77344877--77345007	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
77348754--77348935	40	4.6	40	90	2	269	25	27	23	23	2.00
77356822--77357086	40	6.6	40	87	6	383	25	28	23	23	2.00
77356822--77357086	123	2.2	120	88	4	390	25	28	23	23	2.00
77360487--77360586	27	3.7	27	76	7	87	27	14	25	34	1.94
77360616--77360689	27	2.7	27	82	0	85	31	22	22	22	1.99
77369660--77369749	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
77369845--77370010	49	3.4	49	94	0	287	28	31	9	29	1.89
77376077--77376158	43	2.0	41	81	13	96	26	19	28	25	1.99
77383716--77384130	47	8.7	49	92	6	667	32	7	30	29	1.85
77383716--77384119	142	2.8	142	92	3	606	32	7	30	29	1.86
77383716--77384130	96	4.4	96	93	3	691	32	7	30	29	1.85
77386248--77386479	40	5.8	40	97	0	419	25	20	28	26	1.99
77390122--77390392	49	5.7	49	93	3	439	32	7	29	29	1.85
77392799--77392896	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77397428--77397525	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77405095--77405192	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
77410710--77410953	27	9.0	27	85	0	281	39	20	8	31	1.82
77410719--77410967	54	4.6	54	86	1	320	39	19	8	31	1.83
77410719--77411039	27	11.9	27	82	4	276	38	20	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77410719--77410967	81	3.1	81	88	1	356	39	19	8	31	1.83
77411071--77411375	27	11.3	27	87	0	423	35	20	20	23	1.96
77412072--77412147	27	2.8	28	86	4	93	23	21	19	35	1.96
77412287--77412412	6	20.3	6	73	20	91	19	15	15	50	1.78
77412287--77412367	31	2.6	31	86	5	110	18	12	16	53	1.73
77412317--77412403	37	2.4	37	92	0	138	17	17	14	50	1.78
77418201--77418228	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77418739--77418767	10	3.0	10	95	5	51	41	0	20	37	1.53
77423757--77423843	41	2.0	42	91	6	140	39	19	19	21	1.93
77431637--77431763	47	2.6	47	81	12	143	27	16	30	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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