genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  131  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35209231--35209431	39	5.4	39	85	12	255	23	23	27	24	2.00
35219732--35219785	27	2.0	27	100	0	108	40	11	29	18	1.85
35237247--35237302	24	2.3	24	81	0	76	25	41	23	10	1.86
35238818--35238866	20	2.5	20	80	3	55	42	2	2	53	1.24
35238982--35239017	17	2.1	17	100	0	72	47	11	5	36	1.63
35241876--35241911	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
35246436--35246560	45	2.8	45	84	8	143	23	28	24	24	1.99
35246891--35247002	43	2.6	43	98	0	215	29	33	25	10	1.90
35246995--35247078	38	2.2	38	84	0	114	32	27	19	21	1.97
35262511--35262541	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
35266803--35266990	40	4.7	40	93	3	326	24	27	22	25	2.00
35266780--35266990	80	2.7	80	91	4	331	24	27	22	26	2.00
35270157--35270275	27	4.4	27	89	0	184	26	25	9	38	1.86
35270132--35270260	54	2.4	54	82	0	150	30	24	9	35	1.87
35270288--35270406	27	4.4	27	80	6	89	39	21	10	27	1.87
35270307--35270429	27	4.6	27	82	6	142	43	21	7	27	1.79
35270552--35270635	27	3.1	27	89	3	125	30	20	26	22	1.98
35271462--35271509	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
35271458--35271513	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
35271458--35271509	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
35271627--35271685	20	2.8	21	71	16	59	57	5	6	30	1.46
35271664--35271728	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35271744--35271809	25	2.5	27	73	9	73	60	1	3	34	1.21
35271841--35271886	25	1.9	25	86	8	69	60	2	4	32	1.28
35272381--35272489	30	3.6	30	86	4	112	22	4	45	27	1.71
35272375--35272489	60	1.9	60	85	3	160	20	4	46	27	1.69
35273237--35273286	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
35273266--35273726	74	6.0	73	75	11	429	33	21	17	27	1.95
35273495--35273522	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
35273414--35273580	91	1.8	90	87	3	246	34	19	17	28	1.94
35273347--35273653	164	1.9	163	88	2	463	32	21	17	28	1.96
35273258--35273726	238	2.0	238	96	1	861	34	20	17	27	1.95
35285562--35285626	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
35285647--35285784	23	5.6	25	69	20	67	56	2	4	36	1.34
35285739--35285784	25	1.9	25	86	8	69	60	2	4	32	1.28
35286275--35286374	30	3.3	30	83	2	130	20	4	48	28	1.67
35286319--35286389	30	2.4	30	90	0	106	18	5	46	29	1.72
35286275--35286389	60	1.9	60	80	7	135	20	5	46	27	1.72
35286954--35287011	27	2.1	27	96	0	107	17	24	25	32	1.96
35288227--35288388	42	3.9	41	78	3	171	29	27	14	28	1.96
35288228--35288398	85	2.0	84	86	3	236	29	27	14	28	1.95
35294889--35294996	50	2.2	50	91	0	171	43	21	11	24	1.84
35297313--35297485	51	3.4	51	83	3	170	27	28	16	27	1.97
35301482--35301560	31	2.5	31	97	0	149	27	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35301584--35301675	42	2.2	42	96	0	166	36	21	11	29	1.89
35301823--35301917	25	3.8	24	87	6	120	28	22	25	24	1.99
35302730--35302804	27	2.8	26	73	16	73	20	21	21	37	1.95
35302845--35302951	27	3.9	27	75	16	85	29	7	18	43	1.77
35302880--35302978	27	3.6	27	74	16	78	27	5	20	47	1.71
35302851--35303029	55	3.3	54	79	7	150	30	6	20	43	1.77
35302907--35303029	27	4.6	27	77	8	117	29	5	21	43	1.76
35303067--35303448	27	14.1	27	85	1	460	40	7	22	29	1.81
35306080--35306183	46	2.3	46	86	3	138	41	16	11	30	1.84
35307981--35308169	55	3.5	53	83	5	218	20	24	19	34	1.96
35308159--35308277	47	2.5	47	90	0	202	26	23	12	36	1.91
35313745--35313915	43	4.0	44	75	8	163	27	11	26	34	1.91
35319894--35320079	50	3.7	50	83	1	230	26	19	25	28	1.99
35319894--35320079	101	1.9	101	87	2	277	26	19	25	28	1.99
35321516--35321673	40	3.9	40	88	0	208	25	25	22	26	2.00
35324868--35324968	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
35332813--35332913	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
35340280--35340452	46	3.7	46	78	13	192	21	21	27	29	1.98
35347245--35347270	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
35350593--35350631	18	2.2	18	95	0	69	28	2	10	58	1.44
35352157--35352423	43	6.3	43	81	7	294	31	25	17	25	1.97
35352156--35352423	85	3.1	86	80	7	285	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35352270--35352442	43	4.0	43	88	7	228	34	26	15	23	1.94
35352162--35352460	85	3.5	85	79	8	275	32	24	17	25	1.96
35353818--35353855	16	2.5	15	84	16	51	31	10	0	57	1.32
35358225--35358302	14	5.6	14	74	7	52	46	33	1	19	1.58
35358447--35358498	22	2.4	22	80	3	61	57	23	0	19	1.40
35358468--35358525	28	2.1	28	87	6	82	55	25	0	18	1.43
35359722--35359765	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
35360405--35360430	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
35365442--35365722	113	2.4	116	85	4	372	26	23	18	31	1.97
35365657--35365737	40	2.0	40	87	0	117	27	27	18	27	1.98
35365888--35365935	17	2.7	18	83	9	62	64	2	6	27	1.28
35368657--35368688	7	4.6	7	100	0	64	28	0	0	71	0.86
35370208--35370235	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
35384456--35384496	18	2.2	19	83	12	50	26	9	4	58	1.50
35386038--35386063	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
35386647--35386688	18	2.2	20	87	8	61	64	0	16	19	1.30
35386897--35386973	3	25.7	3	86	5	111	28	1	0	70	0.96
35389832--35389863	16	2.0	16	93	0	55	15	25	18	40	1.90
35394712--35394816	5	21.0	5	100	0	210	40	0	0	60	0.97
35394896--35394931	17	2.0	17	89	10	54	72	0	27	0	0.85
35394850--35394929	25	3.2	24	77	8	72	66	3	26	3	1.26
35404550--35404673	61	2.0	61	87	0	176	27	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35406221--35406272	20	2.6	19	78	6	59	67	3	0	28	1.08
35406228--35406280	11	5.1	10	76	15	54	67	3	0	28	1.07
35408987--35409014	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
35409483--35409531	18	2.7	18	84	9	55	48	2	4	44	1.33
35423250--35423294	21	2.1	21	83	0	54	62	2	4	31	1.27
35424444--35424511	31	2.1	31	83	8	82	13	32	29	25	1.93
35425960--35426144	39	4.7	40	88	0	205	24	31	21	23	1.98
35425990--35426152	39	4.2	39	91	0	254	25	31	19	23	1.98
35428511--35428656	74	2.0	74	94	0	256	36	22	9	30	1.86
35429207--35429247	17	2.7	16	82	17	52	29	0	0	70	0.87
35429312--35429340	12	2.4	12	100	0	58	31	0	0	68	0.89
35429304--35429383	21	3.7	20	69	25	56	31	0	1	67	0.99
35429323--35429383	26	2.4	25	84	7	79	32	0	1	65	1.02
35432395--35432680	142	2.0	142	95	0	509	44	23	10	21	1.82
35434143--35434171	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
35436040--35436109	29	2.4	29	92	2	115	44	0	0	55	0.99
35436256--35436290	16	2.1	16	89	10	52	77	0	0	22	0.78
35436351--35436408	27	2.2	26	81	9	64	58	0	8	32	1.28
35439901--35439945	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
35443591--35443641	3	16.7	3	95	4	93	66	0	0	33	0.92
35443747--35443775	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
35443776--35443824	20	2.5	20	86	0	62	65	0	8	26	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35443777--35443820	17	2.6	17	81	0	52	65	0	6	27	1.17
35446762--35446872	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
35447634--35447722	4	21.8	4	79	4	88	4	25	3	66	1.26
35454010--35454120	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
35454881--35454909	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
35456860--35457265	192	2.1	192	89	4	618	33	18	12	35	1.89
35470981--35471011	14	2.2	14	94	0	53	16	6	0	77	0.97
35471676--35471730	3	18.3	3	88	7	85	30	0	1	67	1.01
35472036--35472095	25	2.4	25	77	8	68	31	6	1	60	1.33
35472061--35472097	11	3.2	12	81	11	51	29	5	0	64	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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