genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.417.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121236765--121237168	113	3.6	113	91	1	641	17	17	35	29	1.93
121236765--121237168	170	2.4	169	93	2	677	17	17	35	29	1.93
121236795--121237122	28	11.6	29	71	8	253	17	17	36	29	1.92
121242108--121242177	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
121244976--121245016	18	2.3	18	91	4	66	29	4	0	65	1.13
121258355--121258408	24	2.2	24	78	12	58	29	5	9	55	1.54
121258369--121258422	24	2.3	23	84	6	72	29	1	12	55	1.48
121259634--121259707	28	2.5	30	76	6	80	50	5	1	43	1.33
121277391--121277431	21	2.0	21	90	9	66	43	4	9	41	1.59
121278326--121278360	17	2.1	17	94	0	61	51	0	5	42	1.25
121281155--121281179	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
121290684--121290743	23	2.6	22	82	7	66	60	0	40	0	0.97
121291077--121291137	30	2.0	31	87	3	88	59	13	1	26	1.44
121292065--121292100	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
121292052--121292092	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
121292734--121292780	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
121293972--121294005	4	8.2	4	87	6	50	0	29	0	70	0.87
121294063--121294094	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
121294862--121294940	39	2.0	39	95	0	140	21	0	10	68	1.19
121295850--121295878	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
121295985--121296032	19	2.5	20	86	10	64	64	2	6	27	1.28
121296330--121296370	20	1.9	23	85	14	61	70	4	0	24	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121296551--121296597	22	2.2	22	84	3	60	36	2	6	55	1.37
121296551--121296607	21	2.7	21	81	7	62	38	1	5	54	1.33
121301888--121301932	19	2.3	19	84	3	54	42	2	4	51	1.34
121302356--121302664	169	1.8	169	88	4	480	40	11	13	34	1.82
121312765--121312829	21	3.1	21	86	0	94	24	9	43	23	1.83
121312811--121313089	93	3.0	92	89	3	425	35	16	28	19	1.94
121313730--121313841	54	2.1	54	87	0	161	38	18	18	24	1.93
121315386--121315487	45	2.3	45	89	0	159	19	54	2	22	1.57
121315362--121315513	45	3.5	44	82	4	139	22	48	3	25	1.67
121315439--121315669	84	2.8	84	86	2	268	19	45	4	29	1.71
121315524--121315668	42	3.5	42	66	14	127	19	45	5	29	1.73
121315477--121315669	84	2.3	84	91	3	327	19	44	5	31	1.72
121315477--121315756	84	3.3	85	84	5	277	19	42	6	32	1.76
121315834--121316542	198	3.4	207	74	12	673	20	45	6	26	1.76
121316205--121316336	42	3.2	42	75	10	155	21	51	4	21	1.66
121316175--121316331	81	1.9	81	92	0	260	23	48	5	22	1.72
121316449--121316581	39	3.3	39	69	10	124	22	48	6	22	1.72
121316410--121316622	81	2.7	81	95	2	378	23	50	4	22	1.66
121316481--121316603	39	3.1	39	68	13	115	23	49	4	21	1.69
121317053--121317185	33	4.0	33	93	0	212	21	45	24	9	1.80
121321307--121321340	16	2.2	16	90	10	54	0	11	0	88	0.52
121331831--121331870	18	2.2	18	86	0	53	40	37	22	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121331837--121331883	6	7.8	6	87	0	67	38	34	27	0	1.57
121333166--121333190	10	2.5	10	100	0	50	76	8	0	16	1.02
121337862--121337893	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
121340889--121340955	31	2.2	31	97	0	125	34	8	16	40	1.80
121342455--121342503	23	2.0	23	84	7	62	53	2	2	42	1.24
121346753--121347219	231	2.0	231	97	0	891	43	18	17	20	1.88
121349595--121349619	9	2.8	9	100	0	50	72	0	0	28	0.86
121349592--121349635	20	2.2	20	84	11	56	68	0	0	31	0.90
121351360--121351405	23	2.0	23	95	0	83	54	4	6	34	1.46
121354766--121355059	152	1.9	152	83	1	374	27	10	13	47	1.76
121357033--121357071	20	2.0	20	85	5	53	35	2	0	61	1.10
121362311--121362340	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121364456--121364496	2	21.0	2	90	5	66	48	0	2	48	1.14
121364449--121364499	12	4.5	11	85	11	68	50	1	1	45	1.24
121364849--121364934	3	28.3	3	72	17	63	63	1	4	30	1.21
121364849--121364931	12	6.8	12	76	11	71	63	1	4	30	1.22
121364849--121364935	27	3.4	27	70	13	76	64	1	4	29	1.21
121365232--121365281	26	2.0	26	88	4	75	54	24	2	20	1.55
121365266--121365313	23	2.2	23	85	7	64	56	29	2	12	1.48
121365827--121366640	44	18.5	44	77	7	706	25	22	19	32	1.98
121365772--121366700	176	5.3	176	81	6	1013	25	22	19	32	1.97
121365993--121366702	132	5.4	132	96	0	1244	25	23	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121366755--121366953	68	2.9	68	88	3	287	27	21	23	28	1.99
121366971--121367882	132	7.0	133	76	9	675	20	22	21	34	1.96
121367060--121367654	89	6.8	89	76	9	379	19	22	22	35	1.96
121367104--121367884	217	3.6	217	97	0	1429	20	22	22	34	1.96
121367934--121368060	66	1.9	66	95	0	227	35	12	19	32	1.90
121373900--121373985	3	28.3	3	72	17	63	63	1	4	30	1.21
121373900--121373982	12	6.8	12	76	11	71	63	1	4	30	1.22
121373900--121373986	27	3.4	27	70	13	76	64	1	4	29	1.21
121374284--121374333	26	2.0	26	88	4	75	54	24	2	20	1.55
121374318--121374365	23	2.2	23	85	7	64	56	29	2	12	1.48
121374823--121375824	176	5.7	176	83	4	1069	25	22	19	32	1.97
121374878--121375783	264	3.4	264	89	2	1279	25	22	19	32	1.97
121375097--121375886	132	6.0	132	89	2	1187	24	22	19	32	1.98
121375939--121376126	68	2.8	69	88	4	283	25	22	22	29	1.99
121376155--121377050	44	20.6	43	70	17	430	20	23	21	34	1.96
121376155--121377065	132	7.0	133	75	10	609	20	23	21	34	1.96
121376287--121377067	217	3.6	217	96	0	1393	20	23	21	34	1.96
121376141--121376927	349	2.3	347	82	7	952	20	23	21	34	1.96
121377118--121377244	66	1.9	66	93	0	218	34	12	20	32	1.90
121378950--121379035	3	28.3	3	72	17	63	63	1	4	30	1.21
121378950--121379032	12	6.8	12	76	11	71	63	1	4	30	1.22
121378950--121379036	27	3.4	27	70	13	76	64	1	4	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121379334--121379383	26	2.0	26	88	4	75	54	24	2	20	1.55
121379368--121379415	23	2.2	23	85	7	64	56	29	2	12	1.48
121381291--121381336	18	2.6	18	86	10	67	34	0	0	65	0.93
121386420--121386455	17	2.1	18	89	5	56	30	0	0	69	0.89
121395834--121396092	60	4.3	60	74	12	244	30	31	16	21	1.96
121401879--121402178	63	4.9	63	79	6	310	30	33	17	18	1.94
121401879--121402176	126	2.4	123	85	5	372	30	33	17	18	1.94
121405203--121405313	56	1.9	56	80	10	125	46	15	13	24	1.81
121406862--121406891	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121413835--121413945	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
121415887--121415925	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
121419274--121419308	2	18.0	2	88	5	54	51	0	0	48	1.00
121425381--121425429	14	3.4	14	79	20	64	26	6	2	65	1.27
121425381--121425429	16	3.2	16	76	18	52	26	6	2	65	1.27
121426058--121426089	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
121426603--121426703	52	1.9	54	80	8	118	38	2	7	50	1.47
121436309--121436349	8	5.0	8	85	5	55	68	0	0	31	0.90
121436309--121436348	12	3.2	12	82	3	53	67	0	0	32	0.91
121437814--121437917	18	5.8	18	79	5	95	36	13	15	34	1.87
121437919--121437962	17	2.5	18	85	7	63	36	9	13	40	1.76
121438929--121438958	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
121439524--121439572	24	2.0	24	96	0	89	42	16	6	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121441784--121441822	17	2.3	17	95	0	69	46	2	0	51	1.14
121442126--121442299	79	2.2	79	77	6	190	42	5	5	46	1.50
121442319--121442384	20	3.2	20	69	2	60	56	0	1	42	1.08
121443298--121443369	35	2.1	35	100	0	144	47	2	12	37	1.56
121443794--121443842	22	2.3	20	78	18	55	51	6	0	42	1.27
121444803--121445096	155	1.9	156	82	8	368	41	4	6	47	1.48
121448969--121449017	16	3.1	16	85	8	57	38	0	2	59	1.09
121452122--121452151	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
121452213--121452238	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
121452126--121452300	87	2.0	87	98	0	341	47	8	14	29	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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