genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  260  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74662835--74663098	61	4.3	60	80	4	287	35	15	23	25	1.95
74663055--74663132	32	2.4	32	78	0	84	33	16	23	26	1.96
74662989--74663191	93	2.2	93	83	0	244	33	14	25	26	1.94
74671796--74671841	23	2.0	23	95	0	83	39	0	15	45	1.46
74671799--74671877	13	6.5	13	73	16	80	37	1	15	45	1.54
74671802--74671877	36	2.1	36	97	0	143	38	1	15	44	1.55
74672007--74672166	78	2.1	79	96	2	297	16	20	7	56	1.64
74675471--74675628	43	3.7	43	77	10	180	24	18	26	29	1.98
74683135--74683292	43	3.7	42	79	9	160	23	14	28	33	1.94
74683135--74683274	44	3.3	43	80	10	144	25	14	27	33	1.94
74689747--74689786	11	3.5	11	82	3	53	60	5	2	32	1.32
74689740--74689789	22	2.3	22	96	0	91	58	4	2	36	1.29
74696194--74696369	46	3.8	45	78	10	185	22	20	28	28	1.98
74696190--74696361	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
74698610--74698972	48	7.5	48	80	4	381	28	16	27	27	1.97
74698610--74698990	96	3.9	96	85	2	503	28	16	27	26	1.97
74698620--74698992	144	2.6	144	81	3	426	28	16	27	26	1.97
74703812--74703844	15	2.2	15	89	10	50	12	6	0	81	0.85
74707652--74707756	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
74707690--74707809	55	2.1	58	87	7	176	25	30	15	28	1.96
74707711--74707809	27	3.5	28	95	4	182	26	29	15	29	1.96
74715634--74715738	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74715672--74715792	56	2.1	58	89	6	185	25	30	15	28	1.96
74715693--74715792	28	3.5	29	94	5	186	27	29	15	29	1.96
74718097--74718166	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
74718097--74718178	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
74726094--74726163	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
74726094--74726175	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
74727939--74728083	40	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
74735960--74736104	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
74741932--74742004	25	3.0	25	83	2	94	27	16	10	45	1.81
74742835--74743009	45	4.0	45	89	4	234	24	22	28	24	2.00
74746454--74746637	40	4.7	40	78	10	191	25	21	27	25	2.00
74746454--74746634	78	2.3	80	84	8	237	25	22	27	24	2.00
74748171--74748328	68	2.3	68	76	11	151	22	27	14	35	1.93
74754373--74754446	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
74754430--74754505	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
74754373--74754505	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
74762481--74762631	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
74762517--74762647	40	3.3	40	81	4	158	24	22	26	26	2.00
74769618--74769666	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74770488--74770639	40	3.8	40	83	3	171	25	23	27	23	2.00
74770525--74770655	40	3.3	40	82	4	158	23	22	27	26	1.99
74783767--74783822	21	2.6	21	85	2	76	62	1	7	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74783767--74783824	3	19.0	3	75	3	53	62	1	6	29	1.31
74784104--74784640	3	179.3	3	69	14	263	60	2	6	29	1.38
74784892--74784933	21	2.0	21	100	0	84	57	14	14	14	1.66
74789496--74789662	46	3.6	45	79	6	165	29	19	28	22	1.98
74789682--74789809	49	2.6	49	81	2	141	31	21	23	24	1.98
74797350--74797516	46	3.6	46	76	3	147	29	20	28	21	1.98
74797534--74797659	49	2.6	49	81	0	153	30	18	26	24	1.98
74818350--74818388	20	2.0	20	89	0	60	15	38	35	10	1.81
74826611--74826636	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
74830436--74830483	25	1.9	25	86	0	69	37	25	10	27	1.88
74830529--74830585	20	2.8	20	94	0	96	35	14	21	29	1.92
74830635--74830778	24	6.0	24	89	2	209	27	20	24	27	1.99
74836229--74836404	46	3.8	46	79	12	216	21	20	29	28	1.98
74836228--74836397	93	1.8	93	96	0	313	21	20	29	28	1.98
74840858--74840914	20	2.8	20	94	0	96	35	14	21	29	1.92
74840965--74841190	24	9.4	24	89	1	328	29	19	22	28	1.98
74842690--74843005	48	6.5	48	89	3	479	36	5	25	32	1.79
74842690--74843002	148	2.1	150	90	3	503	36	5	25	32	1.79
74842690--74843015	100	3.3	98	93	2	548	36	5	25	32	1.79
74843152--74843296	37	3.9	37	94	0	245	22	18	32	26	1.97
74844985--74845116	46	2.9	44	78	7	131	24	28	18	28	1.98
74846359--74846449	45	2.0	45	93	0	155	37	24	12	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74859034--74859135	40	2.5	39	86	9	127	21	28	25	24	1.99
74866380--74866480	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
74866380--74866562	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
74874430--74874530	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
74874430--74874611	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
74881110--74881295	40	4.7	40	86	5	218	25	20	26	26	1.99
74881110--74881328	80	2.8	80	74	14	202	26	20	26	26	1.99
74888456--74888489	17	2.1	17	88	5	52	38	17	5	38	1.74
74893194--74893245	24	2.2	24	92	0	86	30	5	15	48	1.68
74894018--74894070	19	2.8	19	72	8	54	24	3	15	56	1.55
74894157--74894276	43	2.9	42	80	8	154	30	18	25	25	1.98
74897998--74898070	36	2.0	36	100	0	146	49	5	26	19	1.69
74899381--74899450	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
74899381--74899462	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
74905759--74905882	60	2.1	60	86	1	169	36	25	13	24	1.92
74907095--74907141	23	2.0	24	88	12	71	42	29	0	27	1.56
74923256--74923414	80	2.0	80	93	0	273	45	11	6	36	1.67
74925592--74925625	13	2.5	14	90	4	52	85	2	0	11	0.71
74926555--74926584	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
74927968--74928009	21	2.0	22	90	4	68	14	59	0	26	1.35
74939803--74939917	43	2.7	43	84	9	155	35	23	15	25	1.94
74940680--74940708	11	2.7	11	94	5	51	65	17	0	17	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74944984--74945008	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
74945070--74945171	29	3.5	29	87	2	134	26	29	16	27	1.97
74952948--74952972	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
74953034--74953135	29	3.5	29	87	2	134	26	29	16	27	1.97
74956120--74956277	48	3.3	47	72	9	140	33	27	12	25	1.92
74956120--74956279	24	6.7	24	68	10	94	33	28	12	25	1.92
74961363--74961411	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74962234--74962377	40	3.6	39	80	7	119	27	22	27	22	1.99
74962270--74962400	40	3.3	39	82	6	165	23	21	28	26	1.99
74969167--74969215	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
74970038--74970204	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
74978591--74978928	50	6.8	49	82	3	399	28	26	19	25	1.99
74978599--74978926	99	3.3	99	89	0	460	28	25	19	26	1.98
74978591--74978921	149	2.2	147	88	2	466	29	25	19	25	1.99
74981845--74981919	27	2.8	27	88	8	116	32	25	6	36	1.82
74981914--74982155	27	9.0	27	91	0	385	35	18	20	26	1.95
74982365--74982473	27	4.0	26	88	4	128	22	22	19	35	1.96
74982365--74982473	54	2.0	54	87	3	157	22	22	19	35	1.96
74982635--74982708	6	12.2	6	69	13	53	18	16	12	52	1.74
74988257--74988394	40	3.5	40	94	3	226	23	28	23	23	1.99
74993577--74993679	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
74993549--74993679	58	2.3	59	83	9	155	30	31	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75002314--75002538	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
75010618--75010747	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
75013104--75013272	46	3.7	46	74	12	166	30	27	18	22	1.98
75015098--75015134	16	2.3	16	90	0	65	51	21	18	8	1.72
75015360--75015459	29	3.5	29	81	1	121	28	17	29	26	1.97
75015360--75015468	57	1.9	58	86	1	157	28	16	29	25	1.97
75015345--75015459	29	4.0	28	79	8	115	29	15	26	27	1.96
75026808--75026869	31	2.0	31	100	0	124	45	3	9	41	1.53
75029875--75030040	43	3.9	42	77	9	147	26	17	23	32	1.97
75032852--75032951	27	3.7	27	82	5	121	41	22	17	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427