genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  235  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66640687--66640728	20	2.2	18	87	8	57	61	2	0	35	1.09
66646014--66646098	24	3.5	24	90	3	118	32	23	17	25	1.97
66653834--66653942	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
66653834--66653942	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
66656107--66656175	34	2.0	34	97	0	129	30	20	15	33	1.94
66660227--66660460	48	4.9	48	81	2	265	27	28	17	26	1.98
66660225--66660460	96	2.5	97	88	2	352	27	27	17	26	1.98
66672589--66672644	29	2.0	28	89	3	85	19	17	26	35	1.94
66674989--66675044	13	4.3	13	77	8	60	10	37	19	32	1.86
66678620--66678717	6	15.8	6	70	17	67	46	12	20	20	1.82
66678647--66678742	30	3.2	30	84	1	129	46	14	18	19	1.83
66678620--66678708	24	3.6	24	77	10	81	46	12	21	20	1.83
66678650--66678735	18	4.7	18	80	12	70	46	13	18	20	1.83
66678647--66678717	6	11.8	6	76	11	74	47	12	18	21	1.81
66678874--66678975	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
66679133--66679197	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
66679606--66680151	27	20.3	27	90	0	763	24	20	20	34	1.96
66680081--66680340	27	9.7	26	74	12	136	26	11	23	38	1.88
66680344--66680516	27	6.4	27	87	2	240	38	6	24	30	1.82
66680136--66680540	27	15.1	27	77	7	227	32	8	23	35	1.85
66680332--66680516	81	2.3	81	88	4	277	37	7	23	30	1.83
66690648--66690730	41	2.0	41	90	0	130	26	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66693737--66693783	23	2.0	23	95	0	85	42	2	12	42	1.55
66700370--66700444	17	4.1	17	68	17	51	14	28	40	17	1.89
66704801--66704850	21	2.4	20	77	9	55	40	14	4	42	1.64
66708783--66709032	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
66716889--66717138	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
66721033--66721676	127	5.0	128	92	2	1026	48	18	6	26	1.72
66721033--66721676	256	2.5	257	92	2	1060	48	18	6	26	1.72
66722477--66723395	140	7.0	126	76	11	658	31	21	19	27	1.97
66722489--66723393	265	3.4	263	80	9	879	31	21	19	27	1.97
66723171--66723405	123	1.9	123	92	0	398	31	22	17	28	1.96
66725617--66725659	21	2.0	21	81	9	50	44	4	2	48	1.36
66730124--66730164	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
66734636--66734715	28	2.7	29	84	7	99	42	0	2	55	1.13
66734659--66734729	28	2.8	25	81	12	74	43	1	1	53	1.18
66737712--66737972	4	65.2	4	96	0	477	49	26	0	23	1.53
66738700--66738753	27	2.0	27	92	0	90	40	0	24	35	1.55
66739636--66739747	56	2.0	56	100	0	224	23	3	26	46	1.68
66748686--66748756	30	2.4	30	95	0	124	18	29	30	21	1.97
66749535--66749604	26	2.7	26	84	0	86	25	30	21	22	1.99
66755383--66755445	26	2.4	25	82	7	81	33	15	14	36	1.88
66757716--66757758	19	2.3	18	76	4	50	46	6	11	34	1.67
66764375--66764404	13	2.3	13	94	0	51	60	0	33	6	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66768509--66768547	20	1.9	21	84	5	53	35	7	12	43	1.72
66771377--66771495	39	3.1	39	96	0	220	28	24	21	26	1.99
66779471--66779594	39	3.2	39	90	0	203	29	24	20	25	1.99
66781742--66781772	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
66790165--66790366	89	2.3	89	95	3	379	31	19	23	25	1.98
66790563--66790811	44	5.7	43	88	2	336	30	16	28	25	1.96
66790080--66790763	309	2.2	305	81	8	737	31	16	24	27	1.97
66790553--66790844	132	2.2	130	81	8	347	30	15	28	25	1.96
66792334--66792363	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
66792392--66792444	21	2.6	21	81	3	54	39	3	0	56	1.17
66792511--66792580	33	2.2	33	84	7	90	28	2	4	64	1.27
66794180--66794222	13	3.2	13	81	18	52	79	4	9	6	1.06
66798528--66798711	40	4.6	40	85	4	237	26	23	25	24	2.00
66798528--66798711	80	2.3	80	88	1	262	26	23	25	24	2.00
66800816--66800851	15	2.4	15	100	0	72	22	0	25	52	1.47
66805228--66805444	46	4.6	48	77	12	184	26	18	29	24	1.98
66805362--66805539	96	1.8	99	83	9	240	24	17	31	26	1.97
66809902--66810030	48	2.7	46	85	3	159	34	29	13	21	1.92
66810536--66810594	29	2.2	26	82	14	66	30	25	3	40	1.72
66818274--66818306	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
66819000--66819131	47	2.8	48	84	4	169	33	28	15	21	1.95
66821129--66821170	16	2.6	16	100	0	84	40	0	21	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66821479--66821703	49	4.5	49	85	2	270	27	18	25	28	1.98
66821477--66821703	99	2.3	100	85	2	296	27	18	25	28	1.98
66825671--66825695	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
66830430--66830599	93	1.8	92	93	1	295	21	21	30	27	1.98
66830434--66830607	46	3.8	46	79	8	201	21	20	29	28	1.98
66835952--66836127	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
66835949--66836119	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
66837473--66837745	48	5.6	48	85	3	334	27	17	27	27	1.98
66840133--66840194	29	2.1	30	90	3	99	35	12	11	40	1.80
66849408--66849621	48	4.5	48	83	4	272	28	19	28	24	1.98
66849362--66849621	94	2.8	96	82	3	296	28	19	26	25	1.98
66849639--66849812	49	3.6	49	79	6	167	28	20	27	22	1.99
66849400--66849812	142	2.9	145	77	9	359	27	19	28	24	1.99
66849408--66849811	48	8.5	46	72	11	192	27	19	27	24	1.99
66854223--66854372	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
66854247--66854430	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
66857125--66857198	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
66857608--66857673	13	5.1	13	80	7	80	34	24	7	33	1.84
66858062--66858109	24	2.0	24	91	0	78	20	22	18	37	1.94
66860273--66860329	30	1.9	30	92	0	96	31	29	19	19	1.96
66861863--66861948	44	2.0	44	88	0	127	46	4	9	39	1.57
66862916--66862995	29	2.7	29	82	5	79	36	2	10	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66862937--66862995	29	2.0	30	90	3	93	32	3	10	54	1.51
66869020--66869240	40	5.6	41	77	11	212	25	23	26	23	2.00
66869020--66869204	80	2.3	81	84	6	234	24	24	27	23	2.00
66880876--66880957	26	3.2	26	94	0	146	35	26	7	30	1.84
66882972--66883001	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
66884952--66885017	22	2.7	25	72	18	66	37	1	6	54	1.34
66889170--66889221	26	2.0	26	100	0	104	46	11	15	26	1.80
66901338--66901369	15	2.1	15	94	0	55	21	34	9	34	1.86
66901564--66901750	59	3.2	59	76	3	187	45	14	16	22	1.84
66910904--66911076	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
66910901--66911071	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
66913913--66913972	23	2.6	23	94	0	111	25	33	31	10	1.89
66924138--66924305	91	1.8	92	83	3	221	23	28	19	28	1.98
66936826--66936886	27	2.2	27	97	2	113	21	16	24	37	1.93
66946921--66947111	40	4.8	40	78	7	185	24	24	28	23	2.00
66946974--66947112	39	3.5	39	81	6	147	24	25	28	22	2.00
66946921--66947112	78	2.4	78	81	7	183	23	24	28	23	2.00
66954979--66955090	38	2.8	39	81	5	120	26	22	28	22	1.99
66954941--66955131	40	4.8	40	79	6	167	24	24	28	23	2.00
66954940--66955123	78	2.3	80	81	9	207	24	23	27	23	2.00
66960626--66960669	20	2.2	20	88	8	63	0	61	2	36	1.09
66961235--66961265	13	2.3	14	94	5	55	38	0	9	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66974002--66974152	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66974039--66974168	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
66979033--66979117	43	2.0	43	84	9	111	27	29	18	24	1.98
66988252--66988382	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
66996265--66996395	40	3.3	40	78	2	147	25	24	27	22	2.00
67002621--67002660	21	2.0	20	86	13	57	50	0	27	22	1.50
67002705--67002749	23	2.0	22	83	12	56	31	4	17	46	1.68
67008616--67008730	40	2.9	40	83	10	130	20	26	16	35	1.94
67011464--67011634	46	3.7	46	88	1	236	21	21	26	30	1.98
67011859--67011896	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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