genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63157405--63157576	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
63165504--63165604	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
63165504--63165654	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
63165500--63165671	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
63167129--63167443	43	7.3	43	86	1	416	30	26	15	27	1.96
63182566--63182745	85	2.1	85	89	3	272	25	16	26	31	1.97
63182568--63182709	43	3.3	43	73	9	137	25	16	26	31	1.97
63182590--63182746	43	3.7	43	72	17	141	25	17	25	31	1.97
63189196--63189440	49	4.9	49	84	3	310	28	26	17	26	1.98
63189207--63189440	100	2.4	98	84	2	306	29	26	17	26	1.98
63190945--63190985	20	2.0	20	95	0	73	41	24	9	24	1.85
63195017--63195187	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.98
63195020--63195192	46	3.7	47	78	13	205	21	21	27	29	1.98
63197342--63197497	27	5.8	27	82	3	134	35	26	7	31	1.83
63197342--63197484	54	2.6	54	81	2	153	34	25	6	32	1.83
63197407--63197640	27	8.7	27	77	8	154	39	19	8	32	1.82
63197500--63197649	53	2.8	52	82	8	153	40	15	11	32	1.83
63197450--63197615	80	2.1	81	80	5	185	41	18	9	31	1.81
63197643--63197832	27	7.0	27	82	2	213	34	19	21	25	1.96
63198035--63198129	25	3.8	25	92	0	145	27	25	22	25	2.00
63198035--63198142	25	4.4	24	89	3	119	29	23	22	25	1.99
63201959--63201990	15	2.1	16	94	5	57	9	0	31	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63205792--63205951	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
63207612--63207753	72	2.0	72	92	2	241	30	12	26	30	1.93
63210556--63210705	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
63210580--63210763	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
63214602--63214751	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
63214626--63214809	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
63219218--63219255	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
63221010--63221038	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
63226111--63226362	27	9.3	27	85	1	290	30	22	8	38	1.83
63226125--63226362	54	4.4	54	89	1	334	29	22	8	39	1.83
63226125--63226362	81	2.9	81	91	1	379	29	22	8	39	1.83
63226111--63226532	27	15.7	27	82	3	199	35	22	8	34	1.84
63226111--63226390	81	3.5	81	87	2	332	31	22	8	37	1.84
63226525--63226739	27	8.0	27	80	2	243	37	18	19	25	1.94
63226517--63226738	81	2.7	82	81	3	288	38	17	18	25	1.92
63226942--63227011	25	2.8	25	91	0	104	27	24	24	24	2.00
63226942--63227024	25	3.4	25	82	11	84	30	21	24	24	1.99
63229298--63229589	81	3.6	81	88	0	413	29	22	6	41	1.80
63229298--63229580	27	10.5	27	83	0	332	29	22	7	40	1.80
63229332--63229617	54	5.3	54	80	5	148	31	20	6	40	1.79
63229609--63229730	27	4.5	26	82	6	136	40	21	9	29	1.84
63229592--63229730	54	2.6	53	77	8	145	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63229637--63229759	54	2.3	53	78	4	120	38	21	8	31	1.84
63229570--63229750	81	2.2	81	80	4	213	38	21	8	32	1.83
63229610--63229789	81	2.2	80	79	7	193	39	21	8	30	1.83
63229780--63229994	27	8.0	27	86	1	288	35	19	20	25	1.96
63230197--63230266	25	2.8	25	86	0	95	28	24	21	25	1.99
63234183--63234236	21	2.5	22	84	3	65	16	35	33	14	1.90
63236278--63236351	36	2.1	36	97	0	139	37	17	8	36	1.80
63238826--63238865	20	2.0	20	100	0	80	15	25	20	40	1.90
63246027--63246074	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
63246187--63246267	24	3.4	23	88	8	110	29	17	22	30	1.96
63246187--63246281	24	4.0	24	84	6	104	28	18	22	30	1.97
63246475--63246538	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
63251354--63251533	85	2.1	85	89	3	272	27	17	25	30	1.97
63251356--63251497	43	3.3	43	76	9	164	26	18	25	29	1.98
63251356--63251534	43	4.2	44	74	11	140	27	17	24	30	1.97
63257515--63257544	11	2.6	11	94	5	51	33	6	0	60	1.23
63257980--63258179	49	4.0	50	82	6	246	30	25	17	26	1.97
63257980--63258178	100	2.0	100	92	0	335	30	25	17	26	1.97
63261507--63261678	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
63261499--63261674	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
63266110--63266186	37	2.1	37	85	0	100	24	29	19	25	1.98
63266304--63267117	47	17.3	47	96	0	1412	27	29	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63270133--63270431	27	11.1	27	77	6	158	38	20	7	32	1.81
63270232--63270372	54	2.6	54	85	1	185	41	23	5	29	1.77
63270246--63270452	80	2.6	81	81	6	208	41	19	8	30	1.81
63270299--63270452	53	2.9	53	83	7	163	39	18	9	31	1.84
63270337--63270450	27	4.3	26	85	6	131	38	18	11	31	1.86
63270442--63270622	27	6.7	27	81	6	188	33	18	21	26	1.96
63270438--63270622	54	3.4	54	82	4	212	33	18	21	27	1.96
63270442--63270602	81	2.0	81	83	2	207	34	18	20	26	1.95
63270833--63270924	25	3.7	25	83	0	121	25	23	22	28	2.00
63271145--63271215	29	2.4	29	100	0	142	26	28	28	16	1.97
63274760--63274790	15	2.0	16	93	6	55	6	0	35	58	1.24
63277165--63277305	72	2.0	72	95	0	255	30	12	25	31	1.93
63278339--63278416	34	2.3	34	84	0	93	21	21	24	32	1.98
63280308--63280440	6	21.8	6	74	17	114	48	13	18	20	1.81
63280287--63280440	30	5.1	30	84	8	179	48	13	18	20	1.81
63280308--63280440	31	4.4	30	90	4	196	48	13	18	20	1.81
63280558--63280644	27	3.3	26	88	4	102	35	24	22	17	1.95
63280843--63281030	27	7.0	27	85	0	234	25	20	19	34	1.96
63281042--63281430	27	14.4	27	76	9	337	42	9	20	27	1.84
63281042--63281430	81	4.8	81	81	6	385	42	9	20	27	1.84
63281392--63281555	27	6.1	26	77	9	125	32	8	21	37	1.84
63281042--63281430	54	7.2	54	82	6	394	42	9	20	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63281409--63281576	54	3.1	54	81	5	198	30	8	20	39	1.83
63281410--63281582	81	2.2	80	81	7	199	31	8	20	39	1.83
63283995--63284032	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
63285782--63285810	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
63290902--63291238	27	12.5	27	89	0	467	28	24	8	38	1.84
63291226--63291365	27	5.2	27	78	6	97	39	22	7	30	1.83
63290902--63291276	81	4.6	79	83	5	435	29	23	8	38	1.84
63291208--63291388	54	3.4	54	80	4	168	38	21	8	31	1.83
63291250--63291448	27	7.4	27	79	5	197	39	22	9	29	1.85
63291239--63291448	81	2.6	82	82	6	225	39	21	9	30	1.85
63291438--63291657	27	8.0	27	80	5	233	35	17	20	26	1.94
63291436--63291656	81	2.7	81	85	7	284	36	17	19	26	1.94
63291860--63291929	25	2.8	25	88	0	104	28	25	21	24	1.99
63291859--63291942	25	3.4	23	77	11	78	30	22	21	25	1.98
63293073--63293125	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
63294488--63294705	27	7.8	27	80	10	188	28	21	8	41	1.83
63294535--63294608	36	2.1	36	89	0	112	22	28	9	39	1.85
63294505--63294685	63	3.0	61	75	14	207	26	20	9	43	1.82
63294488--63294661	89	2.0	89	90	2	278	26	23	9	40	1.84
63294698--63294821	27	4.7	27	80	9	148	43	20	6	29	1.77
63294698--63294848	27	5.7	27	80	8	143	43	21	6	28	1.77
63294860--63294911	27	1.9	27	88	7	79	38	15	11	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63294964--63295055	27	3.4	27	88	4	125	34	20	25	19	1.96
63296213--63296260	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
63296299--63296355	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63296297--63296367	20	3.5	20	92	0	115	35	9	21	33	1.86
63296414--63296580	23	7.1	23	93	2	271	28	21	20	29	1.98
63296413--63296602	24	8.0	23	90	4	265	28	21	21	28	1.99
63296412--63296580	47	3.6	47	91	3	277	28	21	20	28	1.98
63296795--63296858	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
63298720--63298815	32	3.0	32	90	3	167	38	21	6	33	1.79
63298724--63298815	31	2.9	30	85	7	121	39	21	5	33	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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