Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  93  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24528957--24529072
47
2.5
44
75
19
110
36
6
0
56
1.30
24529271--24529311
2
21.0
2
95
5
75
48
0
0
51
1.00
24529364--24529429
17
3.9
17
73
16
66
34
1
0
63
1.04
24531690--24531720
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
24539274--24539424
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
24539311--24539440
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
24547298--24547448
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
24547335--24547464
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
24554496--24554705
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
24562632--24562841
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
24565164--24565335
46
3.7
46
77
13
190
27
27
22
21
1.99
24565169--24565337
93
1.8
93
92
0
284
27
28
22
21
1.99
24565760--24565819
30
2.0
30
86
0
84
31
23
8
36
1.84
24567841--24567995
66
2.3
66
78
2
159
30
23
15
30
1.95
24572422--24572483
31
2.0
31
96
0
115
48
24
6
20
1.73
24581748--24581785
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
24583564--24583596
2
17.0
2
87
6
50
54
0
0
45
0.99
24587942--24588043
29
3.5
28
74
12
82
26
35
17
20
1.95
24600041--24600207
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
24600041--24600207
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
24601030--24601075
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
24603335--24603436
29
3.5
28
74
12
82
26
35
17
20
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24606491--24606517
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
24619042--24619078
18
2.1
18
100
0
74
40
10
0
48
1.38
24625342--24625449
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
24626829--24627042
119
1.8
112
82
6
266
51
12
5
30
1.60
24627502--24627658
5
31.2
5
70
22
82
64
0
1
33
1.09
24627508--24627660
34
4.6
32
81
10
157
64
0
1
33
1.10
24627485--24627624
54
2.6
53
83
8
185
63
1
2
32
1.15
24627485--24627656
54
3.2
54
77
15
169
63
1
1
32
1.14
24627505--24627743
54
4.7
51
71
18
155
61
1
1
35
1.14
24627692--24627748
29
2.0
29
89
0
87
68
0
0
31
0.90
24627672--24627740
22
3.0
22
76
13
70
63
0
1
34
1.03
24627909--24627966
30
1.9
30
82
6
73
56
6
13
22
1.61
24628950--24629104
27
5.7
27
81
11
176
35
21
23
18
1.96
24628968--24629104
54
2.5
54
92
2
231
35
23
23
17
1.95
24630729--24630836
26
4.2
26
91
0
180
36
25
7
31
1.83
24632280--24632856
90
6.4
90
87
2
800
27
25
14
31
1.95
24632357--24632903
45
12.2
45
68
13
295
26
26
14
32
1.95
24639967--24640041
25
3.0
25
96
0
141
17
20
26
36
1.94
24644400--24644613
119
1.8
112
83
6
275
52
12
4
30
1.59
24644655--24644689
18
1.9
18
94
0
61
74
5
0
20
1.02
24645066--24645243
5
36.2
5
71
22
103
65
0
1
33
1.05
24645066--24645245
55
3.3
54
80
10
192
65
0
1
33
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24645076--24645244
78
2.2
79
86
7
240
65
0
1
33
1.05
24645232--24645270
21
2.0
21
85
10
55
46
2
2
48
1.29
24645488--24645545
30
1.9
30
82
6
73
56
6
13
22
1.61
24646199--24646350
17
8.6
17
83
8
180
37
11
14
36
1.82
24646199--24646350
35
4.3
35
92
4
243
37
11
14
36
1.82
24646199--24646357
69
2.3
72
88
7
247
37
10
15
36
1.82
24652089--24652143
1
55.0
1
81
0
65
90
0
9
0
0.44
24652090--24652143
21
2.7
20
91
5
90
90
0
9
0
0.45
24653094--24653317
43
5.3
43
68
19
148
32
23
20
23
1.98
24653084--24653372
82
3.4
84
85
7
408
31
23
21
23
1.98
24653374--24654581
207
5.8
207
98
0
2247
29
18
23
28
1.98
24654978--24655130
35
4.3
35
94
2
252
37
11
14
37
1.82
24657030--24657089
18
3.2
18
75
13
59
58
0
6
35
1.24
24657977--24658048
19
4.0
18
70
22
53
23
1
5
69
1.17
24657978--24658052
9
8.3
9
68
21
50
22
1
5
70
1.15
24658004--24658052
20
2.8
17
80
19
64
18
2
6
73
1.14
24663678--24663821
39
3.7
39
84
1
182
25
21
26
26
2.00
24663787--24663861
39
1.9
39
81
5
89
22
21
26
29
1.99
24663678--24663841
78
2.1
78
79
5
172
25
21
26
26
1.99
24664052--24664077
13
2.0
13
100
0
52
61
0
0
38
0.96
24678897--24679005
37
2.9
37
91
0
173
28
31
17
22
1.97
24679152--24679336
48
3.8
48
91
4
300
30
26
7
35
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24679152--24679335
98
1.9
97
92
4
309
30
26
7
35
1.84
24679306--24679499
47
4.1
47
89
1
282
26
29
11
32
1.91
24679399--24679470
22
3.1
22
64
24
58
23
29
13
33
1.93
24679259--24679499
94
2.6
94
84
5
283
27
29
10
32
1.90
24682667--24683033
183
2.0
183
97
1
698
34
15
10
39
1.82
24684959--24685064
36
3.1
36
75
18
118
32
29
12
26
1.92
24684959--24685123
66
2.5
67
80
5
167
32
24
12
30
1.92
24688183--24688216
17
2.0
17
88
11
52
67
0
0
32
0.91
24688466--24688508
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
24688474--24688510
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
24688474--24688533
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
24688800--24688833
17
2.0
17
88
11
52
32
0
0
67
0.91
24694613--24694713
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
24694642--24694717
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
24696795--24696829
18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
24697119--24697172
17
2.9
19
89
10
94
35
14
11
38
1.82
24701451--24701481
11
2.8
11
95
0
53
38
9
41
9
1.71
24705119--24705278
29
5.5
29
82
4
180
26
16
31
25
1.97
24713276--24713435
29
5.5
29
82
4
180
26
16
31
25
1.97
24715516--24715545
15
2.0
15
93
0
51
56
0
0
43
0.99
24718854--24718894
18
2.2
18
86
8
55
53
2
2
41
1.27
24727250--24727321
35
2.1
35
97
0
135
41
16
20
20
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24735271--24735346
10
7.5
10
69
18
50
39
10
2
47
1.52
24736889--24736963
18
4.0
18
75
13
71
58
0
4
37
1.17
24736902--24736968
20
3.5
20
71
17
52
59
0
4
35
1.18
24736938--24736976
19
2.0
19
85
5
51
64
2
2
30
1.21
24737868--24737914
20
2.5
18
89
6
67
17
2
8
72
1.19
24738223--24738302
19
4.3
19
82
6
110
37
7
16
38
1.77
24738223--24738302
38
2.2
37
90
4
126
37
7
16
38
1.77
24744824--24744863
17
2.3
17
86
4
53
87
0
7
5
0.66
24745904--24746113
84
2.5
84
93
1
368
31
21
21
24
1.98
24745988--24746250
137
1.9
137
96
0
490
31
22
22
23
1.98
24745812--24746331
221
2.4
220
95
0
923
30
22
22
24
1.99
24746125--24746535
84
4.9
84
87
4
587
30
22
22
23
1.99
24746122--24746504
171
2.3
168
89
4
601
30
22
22
24
1.99
24747295--24747374
19
4.3
19
85
6
119
36
7
17
38
1.78
24747295--24747374
38
2.2
37
93
4
135
36
7
17
38
1.78
24759585--24759697
53
2.1
53
91
0
181
19
36
21
23
1.95
24764894--24764925
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
24766692--24766724
2
17.0
2
87
6
50
54
0
0
45
0.99
24770001--24770039
17
2.2
17
86
9
51
58
2
0
38
1.12
24778051--24778260
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
24783323--24783380
30
2.0
29
89
3
89
32
1
1
63
1.14
24783423--24783493
12
6.0
12
75
18
60
32
1
1
64
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24783416--24783492
26
3.0
26
70
14
77
33
1
1
63
1.11
24783461--24783501
21
2.0
20
85
9
55
39
0
0
60
0.96
24783601--24783650
13
3.9
13
78
2
57
30
0
4
66
1.10
24783724--24783772
17
2.7
17
84
12
62
32
0
2
65
1.04
24783719--24783781
17
3.6
17
74
14
56
39
0
1
58
1.07
24783878--24783961
27
3.4
26
75
10
70
28
3
2
65
1.22
24783896--24783967
35
2.1
35
85
12
98
30
1
2
65
1.15
24789862--24789912
25
2.0
25
81
7
59
72
0
21
5
1.05
24791370--24791606
129
1.8
129
86
1
341
33
18
18
29
1.95
24792760--24792811
8
6.8
8
78
8
54
40
3
9
46
1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427