genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432255--2432287	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2434315--2434450	26	5.2	26	95	0	236	37	24	4	33	1.75
2437065--2437107	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2438058--2438099	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2441652--2441689	8	4.6	8	87	6	58	31	0	0	68	0.90
2441641--2441689	25	2.0	25	83	0	62	36	0	2	61	1.08
2441653--2441698	17	2.7	18	90	9	71	28	0	0	71	0.86
2441653--2441700	9	5.6	9	79	16	57	29	0	0	70	0.87
2441710--2441761	19	2.7	19	78	3	59	34	1	5	57	1.33
2444532--2444566	17	2.1	17	94	0	61	37	5	5	51	1.50
2452441--2452565	66	1.9	66	93	0	214	31	21	10	36	1.87
2452640--2452790	43	3.5	43	73	12	155	35	20	25	19	1.96
2452683--2453051	44	8.5	44	71	9	290	36	20	24	18	1.95
2452634--2453008	87	4.3	87	91	1	554	35	20	24	18	1.95
2452634--2453114	44	11.1	42	69	12	238	37	20	22	19	1.95
2452629--2453188	261	2.1	260	79	8	586	36	20	22	19	1.95
2453244--2453437	44	4.5	43	73	8	142	30	19	22	27	1.98
2453629--2453669	17	2.4	17	84	8	57	51	39	2	7	1.43
2454774--2454854	22	3.7	22	68	14	60	29	9	1	59	1.38
2455039--2455072	9	3.8	9	88	0	50	32	5	2	58	1.37
2455121--2455263	74	2.0	70	82	8	169	33	4	7	54	1.48
2455428--2455577	3	49.7	3	66	13	58	28	7	4	60	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2455430--2455469	14	3.0	13	82	17	55	25	7	2	65	1.32
2455421--2455542	65	1.9	65	82	3	156	28	10	4	56	1.51
2455444--2455577	3	45.0	3	67	10	60	28	7	4	59	1.44
2455685--2455710	11	2.4	11	100	0	52	34	7	0	57	1.27
2462268--2462305	20	1.9	20	100	0	76	36	26	26	10	1.89
2466163--2466230	24	2.8	24	93	0	109	33	0	4	61	1.16
2469462--2469498	17	2.2	17	90	0	56	27	13	21	37	1.91
2469520--2469546	9	3.0	9	100	0	54	22	22	22	33	1.97
2470834--2470883	19	2.5	20	80	12	57	56	0	4	40	1.18
2477661--2477826	43	3.9	43	83	0	206	31	25	16	25	1.96
2479323--2479353	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2481472--2481527	25	2.1	28	80	12	64	44	14	3	37	1.62
2483521--2483549	12	2.3	13	94	5	51	34	27	6	31	1.83
2485239--2485451	9	23.9	9	71	8	123	37	1	15	44	1.58
2485226--2485448	36	6.0	36	73	13	164	37	1	15	45	1.57
2485307--2485413	43	2.4	44	84	10	155	37	0	14	46	1.52
2492677--2492710	3	11.7	3	93	6	61	70	0	0	29	0.87
2498175--2498207	15	2.2	15	100	0	66	54	15	24	6	1.63
2500281--2500311	14	2.2	14	94	0	53	64	12	3	19	1.41
2511581--2511712	66	2.0	66	86	1	185	22	27	17	32	1.96
2511999--2512023	9	2.8	9	100	0	50	32	24	24	20	1.98
2514330--2514396	34	1.9	35	96	3	127	40	11	14	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527331--2527404	38	1.9	38	94	0	130	41	14	9	33	1.79
2527332--2527419	38	2.4	37	87	7	119	42	13	10	34	1.78
2528951--2529010	31	1.9	32	89	3	95	55	8	10	26	1.61
2530077--2530141	30	2.2	31	91	5	107	41	0	7	50	1.31
2530074--2530152	30	2.7	30	82	9	99	41	0	6	51	1.27
2531180--2531230	25	2.0	25	100	0	102	15	7	21	54	1.66
2531466--2531533	26	2.7	26	79	18	74	42	5	1	50	1.35
2559576--2559695	52	2.3	52	89	0	186	40	4	19	35	1.71
2559607--2559691	27	3.2	27	64	18	70	41	4	20	34	1.73
2560400--2560453	26	2.1	26	85	0	72	31	9	1	57	1.41
2563413--2563456	20	2.2	20	87	0	61	47	9	0	43	1.35
2565147--2565178	12	2.8	11	90	9	55	28	0	0	71	0.86
2565316--2565356	14	3.0	14	92	3	66	70	0	0	29	0.87
2566779--2566824	24	2.0	23	83	8	58	67	6	0	26	1.15
2567970--2568026	27	2.1	28	80	9	64	47	1	3	47	1.29
2569754--2569799	13	3.5	13	79	5	56	32	0	13	54	1.39
2575511--2575560	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
2581550--2581729	39	4.6	39	81	1	209	30	17	23	28	1.97
2581548--2581698	78	1.9	78	89	0	230	31	15	23	29	1.95
2582568--2582592	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2582977--2583007	16	1.9	16	93	0	53	38	25	3	32	1.72
2584499--2584525	13	2.1	13	100	0	54	29	37	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2584813--2584906	5	19.0	5	97	2	181	59	0	0	40	0.97
2587606--2587633	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
2587752--2588053	35	8.6	35	91	0	424	29	13	25	31	1.94
2590235--2590301	35	1.9	35	93	0	116	34	7	23	34	1.83
2590907--2591172	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
2591085--2591160	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
2593308--2593359	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
2594679--2594740	33	1.9	32	83	9	81	16	6	22	54	1.64
2599912--2600001	40	2.3	40	96	1	164	52	4	3	40	1.38
2599900--2600012	40	2.7	41	88	10	160	53	3	2	40	1.32
2610924--2610960	5	7.2	5	90	3	56	59	0	0	40	0.97
2617354--2617407	24	2.2	25	96	3	101	22	14	18	44	1.86
2621335--2621392	29	2.0	29	100	0	116	27	13	37	20	1.91
2625560--2625585	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
2629223--2629260	12	2.9	13	84	7	51	39	0	0	60	0.97
2629307--2629366	30	2.0	31	84	15	81	58	3	1	36	1.25
2630202--2630227	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2631351--2631410	19	3.2	19	75	15	61	61	0	1	36	1.06
2631365--2631413	20	2.6	18	78	15	55	65	0	0	34	0.93
2633057--2633489	8	55.8	8	74	15	252	0	60	0	37	1.07
2633057--2633486	6	72.8	6	74	18	246	0	60	0	37	1.06
2633065--2633350	4	70.8	4	69	18	130	1	65	0	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2633898--2633956	32	1.9	30	83	13	75	59	6	11	22	1.56
2635441--2635490	14	3.5	14	77	2	55	36	0	4	60	1.16
2640323--2640367	23	1.9	23	90	4	72	44	2	0	53	1.13
2641742--2641766	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2642245--2642338	38	2.5	38	74	11	95	64	6	0	28	1.18
2644094--2644118	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
2663003--2663027	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2673000--2673062	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
2673113--2673160	18	2.6	19	75	15	55	25	0	8	66	1.19
2678708--2678748	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2695418--2695542	60	2.1	60	81	0	142	44	13	5	36	1.67
2700292--2700324	17	1.9	17	100	0	66	60	9	6	24	1.49
2700841--2700890	14	3.1	17	77	16	61	44	2	4	50	1.32
2702304--2702359	8	7.0	8	78	15	53	5	39	1	53	1.34
2703276--2703304	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
2708661--2708710	20	2.5	20	80	0	64	54	0	4	42	1.19
2708821--2708857	14	2.6	15	87	8	51	40	8	2	48	1.47
2725097--2725262	81	2.0	81	97	0	314	28	12	17	41	1.86
2726719--2726762	23	2.0	23	90	4	72	27	11	6	54	1.61
2726728--2726770	8	5.5	8	78	15	54	27	11	4	55	1.55
2727068--2727125	23	2.5	24	83	5	66	39	3	0	56	1.16
2733880--2734640	76	10.1	75	88	3	899	28	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733898--2734728	151	5.4	151	86	5	1043	28	15	23	32	1.95
2733898--2734728	300	2.7	301	86	6	1073	28	15	23	32	1.95
2734578--2734876	88	3.4	89	86	6	369	30	15	20	33	1.94
2734810--2734845	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
2734754--2734964	90	2.4	88	81	4	219	30	15	18	34	1.93
2735038--2735280	132	1.8	132	82	5	312	31	15	25	27	1.96
2735230--2735411	44	4.1	43	85	1	193	29	14	29	26	1.95
2735240--2735411	88	2.0	88	85	2	238	27	14	30	27	1.95
2736875--2736927	25	2.2	23	83	12	63	28	11	1	58	1.43
2736996--2737044	23	2.1	23	85	7	64	18	6	10	65	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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