genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  318  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92522074--92522135	29	2.1	31	82	11	76	41	8	1	48	1.42
92527626--92527653	13	2.2	13	100	0	56	53	0	32	14	1.41
92527639--92527720	43	1.9	43	100	0	164	48	10	19	20	1.79
92528108--92528151	21	2.0	22	82	13	54	31	4	2	61	1.28
92530000--92530030	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
92529997--92530036	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
92530403--92530484	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
92532107--92532265	27	5.9	27	83	10	193	19	25	21	33	1.97
92532104--92532265	54	3.0	54	92	2	256	19	25	21	33	1.96
92532107--92532265	81	2.0	80	85	6	214	19	25	21	33	1.97
92534596--92534748	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
92536590--92536796	55	3.8	54	80	8	226	23	25	17	34	1.96
92536590--92536789	108	1.8	109	87	7	300	23	25	18	33	1.96
92540983--92541467	228	2.1	228	94	0	855	25	30	20	23	1.98
92543166--92543200	15	2.3	15	90	0	52	62	11	2	22	1.41
92544033--92544062	12	2.5	12	94	0	51	33	46	20	0	1.51
92546465--92546496	16	2.1	15	94	5	55	25	21	18	34	1.96
92551163--92551329	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92559157--92559323	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
92561841--92561972	27	4.9	27	79	7	108	37	18	11	32	1.86
92561898--92561986	27	3.3	27	76	6	83	40	17	12	29	1.86
92563539--92563606	29	2.3	31	85	12	90	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92563584--92563608	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
92563556--92563609	21	2.7	20	72	11	56	29	0	1	68	1.00
92565697--92565856	81	2.0	81	82	2	196	36	16	12	34	1.87
92565695--92565881	54	3.5	54	76	7	175	36	18	12	32	1.88
92565697--92565856	27	5.9	27	81	4	171	36	16	12	34	1.87
92565834--92565894	27	2.3	27	82	0	77	37	18	16	27	1.92
92566249--92566308	22	2.7	22	78	0	66	21	25	21	31	1.98
92569323--92569517	43	4.6	42	72	7	126	31	16	24	26	1.97
92575588--92575628	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
92576016--92576075	28	2.2	26	77	11	66	28	26	8	36	1.85
92576023--92576101	28	2.8	28	86	0	113	29	24	10	36	1.88
92583537--92583583	23	2.0	25	87	8	71	51	4	6	38	1.47
92586618--92586670	25	2.1	25	100	0	106	39	0	16	43	1.49
92589577--92589834	46	5.6	45	75	9	173	28	17	29	24	1.97
92590728--92590834	26	4.0	28	75	18	104	31	5	4	57	1.42
92590828--92590886	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
92591006--92591035	16	1.9	15	93	6	51	33	0	3	63	1.11
92602964--92603223	75	3.5	72	85	5	315	30	18	21	30	1.96
92604613--92604664	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
92604690--92604748	25	2.3	26	77	8	68	37	5	3	54	1.39
92604757--92604864	22	4.9	22	70	11	78	31	6	5	56	1.48
92604763--92604849	24	3.5	24	77	12	70	32	5	5	56	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92604762--92604854	23	4.0	22	77	10	80	32	5	5	56	1.44
92604702--92604888	101	1.8	99	79	13	211	33	5	6	54	1.50
92604982--92605016	16	2.3	15	90	5	52	31	5	0	62	1.18
92617332--92617373	18	2.4	17	77	14	50	42	4	0	52	1.22
92617309--92617535	127	1.8	122	82	11	291	39	4	8	47	1.54
92621069--92621116	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
92629272--92629296	12	2.1	12	100	0	50	12	40	0	48	1.40
92630266--92630321	26	2.2	26	83	6	69	33	0	5	60	1.19
92634225--92634370	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
92634257--92634408	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
92645877--92646048	89	1.9	93	83	7	226	33	20	19	26	1.97
92646021--92646254	87	2.7	87	88	1	344	32	18	20	28	1.96
92646021--92646282	87	3.0	83	80	8	274	32	17	20	28	1.96
92646984--92647008	12	2.1	12	100	0	50	12	40	0	48	1.40
92647979--92648034	26	2.2	26	83	6	69	35	0	3	60	1.14
92648016--92648045	11	2.6	11	94	5	51	33	0	0	66	0.92
92656958--92657088	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
92656958--92657088	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
92661121--92661183	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
92666530--92666567	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
92669027--92669065	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
92681212--92681271	24	2.5	24	94	0	102	21	15	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92699311--92699520	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
92707445--92707654	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
92711045--92711117	28	2.6	28	80	8	87	28	9	28	32	1.89
92712760--92712830	32	2.2	32	92	2	117	19	33	30	15	1.93
92713115--92713292	48	3.7	50	76	12	162	20	30	20	28	1.98
92715303--92715330	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
92719689--92719823	67	2.0	67	100	0	270	30	16	19	34	1.94
92719996--92720090	49	1.9	49	89	0	145	46	8	14	30	1.74
92721106--92721185	39	2.1	39	100	0	160	22	33	5	38	1.76
92725080--92725212	60	2.2	60	81	7	164	27	23	18	30	1.98
92725529--92725592	26	2.4	27	81	2	76	26	12	26	34	1.92
92727509--92727535	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
92731274--92731391	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
92731249--92731405	71	2.2	71	100	0	314	35	17	28	18	1.93
92731968--92732040	36	2.0	36	100	0	146	32	8	21	36	1.83
92733707--92733821	37	3.0	40	72	10	112	29	26	16	27	1.97
92745422--92745508	38	2.3	38	100	0	174	27	14	26	31	1.95
92746104--92746324	40	5.6	41	78	11	221	25	23	27	23	2.00
92755291--92755328	16	2.4	16	86	8	51	65	0	0	34	0.93
92755515--92755540	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
92759397--92759431	13	2.6	14	91	8	56	62	0	0	37	0.95
92759399--92759425	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92763290--92763418	46	2.8	45	85	5	177	27	22	30	20	1.98
92768902--92768926	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
92770374--92770491	48	2.5	48	92	2	202	30	22	21	25	1.99
92771969--92772076	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
92774662--92774710	3	16.3	3	86	0	71	0	30	2	67	1.02
92774767--92774807	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
92780798--92780894	49	2.0	49	87	4	142	23	24	5	46	1.73
92782158--92782243	43	2.0	43	86	4	120	24	22	2	51	1.60
92787943--92787967	12	2.1	12	100	0	50	28	8	8	56	1.57
92811334--92811434	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
92811363--92811438	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
92819192--92819292	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
92819221--92819296	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
92827057--92827157	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
92827086--92827161	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
92835711--92835742	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
92836306--92836456	43	3.5	43	79	6	171	28	15	23	32	1.95
92841900--92841938	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
92842965--92843005	20	2.0	20	100	0	82	36	24	4	34	1.77
92843631--92843716	43	2.0	43	81	4	102	23	23	1	52	1.54
92846871--92847103	40	5.8	40	85	3	245	21	22	29	26	1.99
92852345--92852560	40	5.5	40	88	5	264	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92852345--92852560	79	2.7	80	85	7	273	22	23	28	25	1.99
92860460--92860641	40	4.5	40	86	2	222	21	22	28	27	1.99
92860460--92860675	40	5.4	39	82	6	204	23	22	27	26	1.99
92864130--92864223	41	2.3	41	92	0	152	31	27	21	19	1.97
92866170--92866279	27	4.1	27	87	0	139	32	17	20	30	1.95
92866262--92866464	27	7.5	27	82	2	210	42	19	7	30	1.80
92866235--92866456	54	4.1	53	76	11	202	40	19	9	30	1.84
92866235--92866464	81	2.8	81	71	8	193	41	19	9	30	1.83
92866422--92866500	36	2.2	35	86	6	106	56	17	1	24	1.48
92866450--92866528	27	2.9	28	83	3	81	53	18	3	24	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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