Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  398  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115401503--115401542
17
2.4
17
86
0
53
50
0
0
50
1.00
115402369--115402417
21
2.4
21
89
3
73
46
4
4
44
1.41
115408135--115408170
16
2.2
16
100
0
72
19
36
0
44
1.51
115415254--115415282
2
14.5
2
100
0
58
0
48
0
51
1.00
115415291--115415323
17
2.0
17
88
5
50
24
24
9
42
1.83
115424312--115424557
123
2.0
123
83
4
307
39
7
15
36
1.77
115427022--115427066
24
1.9
24
86
4
65
51
4
0
44
1.21
115435384--115435563
89
2.0
89
97
0
342
22
19
14
43
1.87
115435868--115435897
15
2.0
15
93
0
51
20
3
13
63
1.43
115441866--115441902
1
37.0
1
88
0
56
0
2
2
94
0.36
115441863--115441896
16
2.1
16
100
0
68
0
5
0
94
0.32
115441866--115441902
17
2.2
17
95
0
65
0
2
2
94
0.36
115441855--115441897
18
2.3
19
92
4
70
0
9
0
90
0.45
115441855--115441902
22
2.2
22
88
0
69
0
8
2
89
0.56
115449418--115449480
30
2.1
30
100
0
126
38
9
11
41
1.73
115453202--115453249
11
4.2
11
74
10
51
35
2
0
62
1.07
115455384--115455599
46
5.0
40
77
18
204
37
16
23
22
1.93
115455423--115455639
46
4.7
47
87
2
280
40
15
23
21
1.91
115455374--115455639
138
2.0
130
83
7
336
39
15
23
21
1.92
115455900--115455946
25
2.0
25
83
8
62
53
6
14
25
1.65
115456627--115456658
16
2.0
16
100
0
64
50
18
0
31
1.48
115456787--115456875
21
4.1
23
80
10
89
35
22
21
20
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115458129--115458166
14
2.4
17
87
12
55
52
0
0
47
1.00
115462651--115462685
16
2.2
16
90
5
54
54
0
5
40
1.24
115462784--115462840
23
2.5
23
75
8
64
49
0
3
47
1.18
115466077--115466106
16
1.9
16
93
6
53
50
20
0
30
1.49
115467015--115467102
41
2.1
41
82
0
104
36
26
21
15
1.94
115467035--115467263
38
5.9
38
79
4
224
33
29
22
14
1.94
115472345--115472395
25
2.0
25
92
0
84
39
5
17
37
1.74
115472348--115472395
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
115477000--115477050
25
2.0
25
92
0
84
39
5
17
37
1.74
115477003--115477050
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
115483798--115483824
10
2.7
10
100
0
54
25
0
0
74
0.83
115483922--115484276
88
4.1
86
76
14
289
35
8
16
39
1.79
115483976--115484212
86
2.7
90
83
8
272
34
8
17
39
1.81
115484354--115484710
133
2.7
132
80
5
405
31
10
7
51
1.63
115485330--115485394
32
2.0
32
84
0
85
47
3
7
41
1.48
115485534--115485583
16
3.0
17
82
8
59
42
4
0
54
1.19
115488136--115488188
21
2.3
23
75
21
58
43
0
3
52
1.19
115488302--115488356
3
18.7
3
81
10
69
38
0
1
60
1.08
115488301--115488356
16
3.6
16
85
2
78
39
0
1
58
1.08
115488389--115488421
17
1.9
17
100
0
66
72
6
21
0
1.05
115491290--115491459
46
4.0
40
77
18
166
38
16
23
21
1.93
115491332--115491499
46
3.7
46
87
1
221
40
16
23
19
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115493067--115493158
44
2.1
44
81
4
105
21
20
25
32
1.98
115499612--115499720
26
4.2
26
95
1
184
33
4
24
36
1.76
115501200--115501252
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
115501500--115501786
137
2.1
137
98
0
547
24
18
25
31
1.98
115505533--115505641
26
4.2
26
95
1
193
33
4
23
37
1.76
115507120--115507172
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
115507419--115507705
137
2.1
137
96
0
520
24
17
25
32
1.97
115509751--115509783
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
115509829--115509887
21
2.8
22
85
7
70
23
0
6
69
1.12
115509858--115509917
26
2.4
24
83
8
75
28
0
3
68
1.05
115515088--115515112
13
1.9
13
100
0
50
4
32
56
8
1.47
115515819--115515881
24
2.6
24
80
9
67
25
4
6
63
1.38
115516091--115516149
2
31.5
2
77
13
54
38
0
1
59
1.08
115516088--115516135
9
5.9
9
79
20
61
41
0
0
58
0.98
115516091--115516149
11
5.5
11
84
10
68
38
0
1
59
1.08
115516088--115516189
25
4.2
24
76
14
86
36
2
0
59
1.19
115516088--115516141
9
5.7
9
83
14
56
38
0
0
61
0.96
115516091--115516151
23
2.5
23
86
10
77
37
0
1
60
1.07
115516326--115516384
3
19.0
3
76
13
57
30
6
1
61
1.32
115521857--115521893
5
7.6
5
93
6
67
40
0
0
59
0.97
115521857--115521902
15
3.4
14
88
11
69
41
0
0
58
0.98
115523494--115523666
48
3.5
48
88
7
274
41
0
19
39
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115527311--115527431
41
2.8
43
81
7
122
29
19
23
27
1.98
115529226--115529276
18
2.8
18
74
14
50
25
9
1
62
1.36
115529283--115529345
24
2.6
24
80
9
67
25
4
6
63
1.38
115529304--115529360
24
2.4
24
81
0
69
26
3
8
61
1.42
115529550--115529624
23
3.2
23
82
17
84
37
1
2
58
1.20
115529577--115529606
16
1.9
15
93
6
51
43
0
3
53
1.17
115529777--115529814
20
2.0
20
89
5
60
26
7
0
65
1.19
115529825--115529863
3
13.0
3
94
0
69
33
2
0
64
1.08
115531283--115531330
25
2.0
25
91
4
80
35
14
8
41
1.76
115531919--115532151
77
3.0
77
100
0
466
31
23
11
33
1.91
115532439--115532520
43
1.9
43
87
5
121
32
7
12
47
1.68
115535306--115535345
2
20.0
2
94
0
71
47
2
0
50
1.14
115544130--115544443
157
2.0
157
100
0
628
29
15
23
30
1.96
115554160--115554229
22
3.2
21
72
11
61
48
1
1
48
1.19
115561286--115561515
46
5.0
46
94
0
361
22
23
14
40
1.90
115563542--115563581
17
2.4
16
87
4
53
0
32
0
67
0.91
115566506--115566597
41
2.3
41
84
1
123
36
17
16
29
1.92
115567555--115567594
19
2.0
20
85
4
55
37
7
5
50
1.53
115569125--115569221
48
2.0
48
100
0
194
36
6
10
47
1.63
115569443--115569475
11
3.0
11
95
0
57
45
15
0
39
1.46
115579677--115579710
16
2.1
16
88
0
50
38
17
2
41
1.65
115582762--115582856
42
2.3
43
83
7
124
8
25
7
58
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115584106--115584164
30
1.9
30
86
3
82
47
3
20
28
1.66
115584402--115584446
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08
115586834--115586866
17
2.0
17
94
5
59
36
15
0
48
1.45
115587147--115587425
46
6.0
47
90
1
361
21
24
13
40
1.89
115589527--115589595
33
2.2
33
80
17
83
49
4
0
46
1.21
115589562--115589611
21
2.5
20
84
9
75
46
4
0
50
1.20
115590082--115590343
46
5.7
46
87
1
330
41
14
23
20
1.89
115590085--115590343
91
2.8
92
82
2
333
41
14
23
20
1.89
115590085--115590338
137
1.9
136
87
0
346
41
14
23
20
1.89
115590624--115590656
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
115595539--115595673
35
3.7
37
77
10
143
31
9
22
35
1.87
115600327--115600502
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
115600324--115600495
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
115607897--115608072
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
115607894--115608065
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
115610053--115610095
19
2.4
19
88
7
63
39
4
2
53
1.34
115615533--115615613
39
2.1
39
82
13
96
39
1
6
53
1.34
115616446--115616474
3
9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
115619258--115619352
51
1.9
50
84
4
129
46
3
2
48
1.30
115626861--115627010
71
2.1
71
94
0
264
51
12
13
22
1.74
115628835--115628881
20
2.3
21
82
10
62
61
0
2
36
1.08
115628835--115628884
25
2.0
24
81
11
57
62
0
2
36
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115628859--115628899
15
2.9
14
83
16
50
68
0
4
26
1.10
115628860--115628905
16
2.9
16
78
15
51
69
0
6
23
1.11
115630085--115630122
6
6.3
6
87
0
58
18
18
15
47
1.83
115634450--115634486
3
12.3
3
100
0
74
0
35
0
64
0.94
115637303--115637441
69
2.0
69
97
0
260
43
7
16
31
1.77
115642145--115642177
12
2.8
12
95
0
57
24
0
27
48
1.51
115648394--115648447
26
2.1
27
82
6
67
24
14
24
37
1.93
115648411--115648486
26
2.8
27
82
4
82
27
13
22
36
1.91
115649899--115650032
26
5.2
26
91
3
209
35
24
6
32
1.82
115654055--115654096
7
6.1
7
97
2
77
42
0
0
57
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427