genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  263  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75752344--75752413	27	2.5	28	88	2	97	25	15	30	28	1.96
75754622--75754788	40	4.2	40	81	2	176	25	26	22	26	2.00
75756837--75756966	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
75756853--75757004	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
75756853--75757002	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
75765563--75765631	28	2.5	28	93	4	115	27	14	27	30	1.95
75765564--75765645	26	3.1	26	84	10	69	26	17	25	30	1.97
75766555--75766624	35	2.0	35	100	0	140	22	25	25	25	2.00
75768491--75768546	6	9.3	6	82	7	69	51	12	16	19	1.75
75768708--75768822	27	4.3	27	87	5	144	34	23	21	20	1.96
75768708--75768822	54	2.1	54	87	3	160	34	23	21	20	1.96
75768732--75768821	28	3.3	28	89	4	139	35	24	21	18	1.96
75769018--75769347	81	4.1	81	88	2	466	26	20	17	35	1.94
75769018--75769347	27	12.2	27	87	1	410	26	20	17	35	1.94
75769278--75769363	27	3.2	27	83	6	68	30	15	18	36	1.92
75771971--75772143	49	3.6	49	80	2	161	28	20	27	23	1.99
75775680--75775780	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75775709--75775784	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75779048--75779073	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
75779316--75779354	16	2.4	17	87	12	55	48	33	5	12	1.63
75780047--75780176	65	2.0	65	98	0	251	33	17	3	45	1.64
75780849--75781035	50	3.8	49	82	7	207	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75780860--75781046	101	1.9	100	85	4	261	28	27	17	26	1.98
75786636--75786736	29	3.5	29	80	1	123	27	16	27	27	1.97
75790711--75790963	68	3.9	64	76	10	163	30	16	28	24	1.97
75794529--75794637	29	3.9	29	82	8	118	28	13	31	26	1.94
75794532--75794643	57	2.0	56	82	5	136	28	14	31	25	1.95
75798967--75799416	27	16.7	27	82	4	424	41	8	21	28	1.82
75798969--75799416	54	8.3	53	84	2	477	41	8	21	28	1.83
75798968--75799416	81	5.5	81	84	3	528	41	8	21	28	1.82
75802552--75802644	42	2.2	42	86	7	127	29	26	17	26	1.97
75802597--75802872	48	5.8	47	87	1	372	28	25	18	26	1.98
75802597--75802872	143	1.9	144	90	2	439	28	25	18	26	1.98
75803851--75803894	20	2.2	20	87	0	61	20	31	25	22	1.98
75805427--75805621	43	4.6	43	78	7	202	30	26	16	26	1.97
75813470--75813535	33	2.0	33	100	0	132	39	15	9	36	1.79
75820272--75820322	25	2.0	25	100	0	102	52	19	3	23	1.62
75820881--75821056	50	3.6	49	78	8	164	25	30	18	25	1.98
75821059--75821191	41	2.9	46	74	17	118	26	27	18	28	1.98
75828215--75828253	20	1.9	21	89	5	62	79	2	7	10	1.02
75835564--75835640	18	4.3	18	77	6	66	40	11	14	33	1.82
75837906--75838119	38	5.2	38	75	17	194	31	24	14	29	1.95
75837913--75838119	85	2.4	85	95	0	369	30	25	14	29	1.95
75837951--75838157	47	4.6	47	81	11	252	31	23	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75838036--75838157	48	2.6	47	90	1	181	31	23	14	29	1.95
75840959--75841129	46	3.7	44	79	10	175	25	28	16	28	1.97
75843876--75843924	24	2.1	22	88	7	71	24	2	4	69	1.17
75849492--75849603	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
75849492--75849603	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
75856923--75857006	27	3.1	26	80	8	87	35	23	22	17	1.95
75858839--75858880	18	2.3	19	83	4	59	40	14	0	45	1.45
75862721--75862793	35	2.1	35	92	0	119	24	21	12	41	1.88
75866667--75866691	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
75868836--75868962	62	2.0	62	100	0	254	31	18	17	32	1.94
75869756--75869782	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
75871626--75871707	42	2.0	42	100	0	164	29	9	0	60	1.28
75878799--75878852	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
75879085--75879323	49	4.8	49	75	7	223	25	18	27	28	1.98
75882549--75882612	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
75882820--75882899	23	3.4	24	89	8	128	28	22	18	30	1.98
75882949--75882995	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
75887684--75887738	27	2.0	27	85	0	74	43	7	10	38	1.68
75893768--75893948	39	4.7	40	91	4	246	27	29	21	22	1.99
75893786--75893948	78	2.1	78	92	0	272	28	29	20	22	1.98
75900838--75900978	29	4.9	29	97	0	255	27	14	31	26	1.95
75903877--75904057	39	4.7	38	77	7	152	28	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75903947--75904070	39	3.2	39	90	0	194	26	30	20	22	1.98
75908374--75908475	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
75916223--75916324	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
75920023--75920196	48	3.6	48	88	1	233	27	27	19	25	1.99
75920459--75920498	19	2.1	19	85	0	53	42	20	5	32	1.73
75926846--75927031	48	3.9	48	85	2	176	26	27	17	27	1.97
75930762--75930872	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
75930876--75931057	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
75933758--75933862	40	2.6	40	80	8	115	24	24	23	26	2.00
75934522--75934707	40	4.7	40	91	3	288	24	28	21	25	1.99
75934522--75934703	78	2.3	79	90	1	294	24	28	21	25	1.99
75937262--75937372	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
75937376--75937557	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
75939905--75939967	24	2.6	24	97	0	117	30	31	15	22	1.95
75940322--75940370	20	2.4	21	80	13	57	20	8	0	71	1.11
75943732--75943902	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	22	1.98
75943727--75943898	46	3.7	45	77	13	170	29	27	20	22	1.98
75950319--75950401	24	3.4	24	81	8	98	26	27	16	28	1.97
75950388--75950452	24	2.7	24	85	0	103	29	26	16	27	1.97
75961166--75961215	21	2.4	21	100	0	100	32	16	0	52	1.44
75966256--75966371	42	2.7	41	88	6	160	31	25	13	29	1.94
75971289--75971439	40	3.8	39	79	6	144	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75980486--75980751	24	11.1	24	94	0	453	20	18	25	36	1.95
75983296--75983321	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75987168--75987394	101	2.2	101	85	2	294	34	25	14	25	1.94
75992192--75992285	37	2.6	37	73	11	86	37	12	11	38	1.80
75999764--75999806	7	6.1	7	97	0	77	2	0	55	41	1.12
76000491--76000549	31	1.9	31	89	0	91	44	11	11	32	1.78
76008119--76008303	40	4.7	40	87	5	243	25	21	26	26	2.00
76008119--76008336	79	2.7	79	78	14	243	26	21	26	25	2.00
76008119--76008336	119	1.8	119	82	7	282	26	21	26	25	2.00
76016239--76016424	40	4.7	40	89	5	245	25	21	26	26	1.99
76016239--76016457	80	2.8	80	81	11	254	26	21	26	25	1.99
76019940--76020069	66	2.0	66	85	0	179	36	11	20	31	1.89
76041754--76042182	3	145.0	3	71	13	221	31	5	1	61	1.28
76043754--76043804	26	2.0	26	84	0	66	45	11	0	43	1.40
76044529--76044569	22	1.9	22	85	5	57	12	12	4	70	1.31
76044556--76044584	12	2.3	13	94	5	51	0	10	6	82	0.83
76053050--76053148	48	2.1	48	100	0	198	37	12	23	27	1.90
76064472--76064526	19	2.8	20	77	8	67	60	0	1	38	1.08
76066576--76066657	32	2.6	32	80	3	94	51	17	3	28	1.62
76071034--76071111	40	2.0	40	89	0	120	39	8	32	19	1.82
76071020--76071129	40	3.1	34	71	17	91	45	6	33	14	1.70
76071364--76071442	43	1.9	40	84	7	104	45	3	11	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76071610--76071643	7	4.7	7	85	7	50	70	0	0	29	0.87
76074256--76074407	20	7.6	20	71	13	59	39	18	6	35	1.77
76074295--76074383	40	2.2	41	82	4	101	42	14	6	35	1.72
76074327--76074403	40	1.9	40	84	10	104	42	15	5	36	1.69
76074601--76074659	24	2.4	24	85	5	64	33	20	16	28	1.95
76074622--76074722	46	2.2	46	82	5	123	37	19	18	23	1.94
76074622--76074722	23	4.4	23	81	10	109	37	19	18	23	1.94
76077071--76077109	16	2.4	17	78	8	53	20	0	7	71	1.10
76077687--76077743	24	2.4	24	77	8	64	56	3	5	35	1.39
76078676--76079064	45	8.6	45	77	7	236	44	16	18	20	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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