genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  326  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95128966--95129036	35	2.0	35	81	5	81	29	21	22	26	1.99
95130839--95131061	48	4.7	45	77	10	173	28	21	28	21	1.99
95130839--95131006	47	3.6	46	77	8	171	29	20	26	23	1.99
95130839--95131059	94	2.3	94	82	4	257	28	21	27	21	1.99
95138202--95138237	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
95138189--95138229	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
95138352--95138486	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
95138724--95138762	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
95140080--95140132	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
95140079--95140134	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
95141884--95141918	1	35.0	1	88	0	52	5	0	0	94	0.32
95144621--95144656	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
95144608--95144648	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
95144771--95144905	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
95145144--95145182	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
95146499--95146543	5	9.0	5	80	9	56	55	2	0	42	1.12
95147119--95147157	14	2.8	14	100	0	78	20	7	12	58	1.58
95148111--95148323	27	7.9	27	78	12	215	35	22	23	19	1.96
95148129--95148323	54	3.6	54	91	1	311	35	23	23	18	1.96
95148129--95148323	81	2.4	81	84	8	238	35	23	23	18	1.96
95148429--95148502	28	2.8	26	79	4	76	33	9	20	36	1.85
95149935--95150042	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95154478--95154556	35	2.3	35	84	0	95	26	24	26	22	2.00
95156128--95156156	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
95156075--95156561	88	5.8	86	84	8	521	27	17	20	34	1.95
95156249--95156753	77	6.5	75	79	12	513	30	16	20	32	1.94
95156459--95156487	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
95156161--95156713	243	2.3	234	89	3	811	28	16	20	34	1.94
95156492--95156773	146	1.9	149	79	10	317	30	16	19	33	1.94
95156473--95156748	72	3.7	73	85	4	344	30	16	18	34	1.93
95156782--95156969	53	3.4	53	69	23	168	27	12	22	37	1.90
95157590--95157671	35	2.4	34	93	2	137	19	51	9	19	1.74
95158136--95158174	18	2.2	18	85	0	51	0	51	0	48	1.00
95158126--95158171	11	4.2	11	91	8	76	0	54	0	45	0.99
95158645--95158687	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
95158788--95158847	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
95159063--95159132	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
95163208--95163243	12	3.0	12	91	0	54	25	25	8	41	1.83
95171529--95171557	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
95171476--95172035	166	3.4	166	93	3	915	28	17	20	34	1.95
95171861--95171889	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
95171894--95172141	72	3.3	74	87	3	349	31	16	18	32	1.94
95171894--95172175	72	3.8	76	85	2	243	31	16	18	32	1.93
95172184--95172371	53	3.4	53	69	23	168	27	12	22	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95172581--95172679	44	2.2	44	80	0	99	38	15	15	31	1.88
95172992--95173073	35	2.4	34	91	2	128	19	50	9	20	1.76
95173529--95173563	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
95174038--95174251	3	69.0	3	74	14	118	31	2	6	59	1.36
95174467--95174539	33	2.3	30	82	11	92	36	5	2	54	1.38
95183752--95183790	17	2.3	17	86	13	62	58	0	0	41	0.98
95186706--95186753	20	2.4	19	83	13	60	25	4	2	68	1.18
95196354--95196378	12	2.1	12	100	0	50	32	0	36	32	1.58
95198706--95199378	333	2.0	332	89	2	1030	35	9	27	28	1.87
95201617--95201688	30	2.4	30	83	6	83	61	2	5	30	1.33
95209832--95209875	19	2.3	20	81	14	58	52	0	2	45	1.13
95209871--95209922	22	2.4	21	72	15	52	30	3	1	63	1.23
95211144--95211214	25	2.8	25	72	8	72	28	22	26	22	1.99
95211243--95211313	27	2.7	27	73	18	76	32	23	29	14	1.94
95212700--95212769	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
95221672--95221796	46	2.7	46	85	5	144	29	19	29	21	1.97
95221727--95221848	46	2.6	47	83	3	140	27	20	29	22	1.99
95224647--95224867	67	3.4	65	74	11	200	23	27	15	33	1.95
95224769--95224895	68	1.9	68	81	6	159	24	27	15	32	1.96
95227387--95227430	22	2.0	22	86	0	61	54	4	2	38	1.33
95230345--95230378	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
95230560--95230601	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95247552--95247585	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
95248703--95248750	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
95248798--95248853	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
95248787--95248853	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
95248902--95249021	24	5.0	24	91	7	190	30	20	21	27	1.98
95249211--95249273	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
95255637--95255670	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
95256788--95256835	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
95256882--95256938	11	5.5	11	72	16	50	36	12	19	31	1.89
95256872--95256938	20	3.3	20	85	0	89	35	11	20	31	1.89
95256987--95257179	24	8.0	24	89	9	295	30	20	21	27	1.98
95256987--95257179	49	4.0	48	90	9	295	30	20	21	27	1.98
95256987--95257179	72	2.6	73	95	4	336	30	20	21	27	1.98
95257371--95257434	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
95259217--95259301	25	3.4	24	85	6	98	38	21	22	17	1.93
95263008--95263081	17	4.6	16	72	11	62	2	21	1	74	1.02
95263656--95263778	63	2.0	63	83	3	158	26	26	24	22	2.00
95268661--95268778	40	3.0	40	89	0	182	23	17	27	30	1.97
95282446--95282503	30	2.0	29	89	3	89	43	8	20	27	1.81
95283214--95283385	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
95283238--95283421	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
95312471--95312981	255	2.0	255	94	0	905	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95316234--95316292	13	4.5	13	72	16	50	32	1	0	66	1.02
95316697--95316725	13	2.2	13	100	0	58	34	0	20	44	1.52
95316661--95316757	43	2.3	43	100	0	194	36	4	15	44	1.66
95317034--95317073	15	2.6	16	82	17	50	65	2	5	27	1.27
95316955--95317124	69	2.5	66	79	5	189	53	11	5	28	1.60
95317472--95317513	14	3.1	14	81	18	54	59	0	4	35	1.19
95319096--95319959	90	9.6	90	90	0	1246	27	26	14	31	1.95
95328081--95328112	14	2.1	16	88	11	50	43	12	25	18	1.85
95331435--95331474	15	2.6	16	82	17	50	65	2	5	27	1.27
95331356--95331525	69	2.5	66	81	5	198	54	11	5	28	1.58
95331877--95331915	14	2.8	15	81	18	57	56	0	5	38	1.22
95334753--95334804	10	4.8	12	75	20	60	42	13	26	17	1.86
95334755--95334804	21	2.3	22	89	3	84	42	14	28	16	1.86
95334843--95334945	32	3.2	32	80	4	109	15	40	19	24	1.90
95335067--95335138	31	2.3	30	82	15	85	72	1	25	1	1.01
95335088--95335145	20	3.1	18	76	11	62	79	0	18	1	0.82
95335086--95335139	28	1.9	28	85	7	74	75	0	22	1	0.89
95335088--95335144	8	7.2	8	76	7	55	78	0	19	1	0.83
95335534--95335609	19	3.8	19	84	8	98	35	9	17	38	1.81
95335534--95335609	38	1.9	40	89	7	120	35	9	17	38	1.81
95342126--95343100	132	7.4	132	94	0	1599	31	17	23	27	1.96
95343679--95343735	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95343679--95343757	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
95343679--95343757	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
95350207--95350240	17	2.0	17	100	0	68	11	17	23	47	1.81
95361986--95362015	12	2.5	12	88	0	51	26	13	13	46	1.80
95362119--95362161	21	2.0	21	86	9	59	32	2	6	58	1.38
95362119--95362167	21	2.3	20	83	13	55	30	2	6	61	1.32
95363108--95363138	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
95363270--95363315	24	2.0	23	84	12	60	60	2	6	30	1.34
95363759--95363785	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
95371180--95371215	2	17.5	2	94	5	63	50	2	0	47	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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