genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  67  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16582882--16582911	13	2.3	13	94	0	51	66	0	0	33	0.92
16583164--16583225	19	3.3	19	77	6	63	62	1	3	32	1.20
16583278--16583332	24	2.3	24	81	6	67	43	3	0	52	1.18
16583263--16583329	24	2.8	22	74	14	62	43	4	1	50	1.31
16583398--16583449	22	2.5	20	87	6	68	28	1	1	67	1.12
16596124--16596156	15	2.2	15	94	0	57	63	0	6	30	1.18
16596141--16596188	24	2.0	24	87	4	69	66	2	14	16	1.34
16596353--16596414	30	2.0	31	84	12	83	24	29	32	14	1.94
16612238--16612302	31	2.1	31	88	5	96	52	6	6	35	1.51
16612482--16612590	3	36.0	3	90	1	173	66	0	3	29	1.08
16612636--16612707	37	1.9	37	83	10	94	58	5	5	30	1.44
16614342--16614644	54	5.6	54	97	0	561	36	17	14	30	1.90
16614671--16614954	72	3.9	72	90	3	417	32	20	16	31	1.94
16614849--16615206	126	2.8	126	95	1	635	32	20	16	29	1.95
16615098--16615273	71	2.5	71	86	5	230	30	25	15	28	1.96
16615344--16615578	127	1.8	128	87	2	348	31	22	17	28	1.96
16615472--16615663	72	2.6	72	90	1	294	32	22	16	28	1.96
16615703--16615927	81	2.9	77	87	5	303	32	23	16	28	1.96
16615336--16615847	199	2.6	202	85	5	677	32	22	16	28	1.95
16615931--16615961	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
16615865--16616125	89	2.9	88	91	2	425	36	20	16	26	1.94
16616030--16616264	72	3.2	75	83	4	302	32	20	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16616030--16616264	75	3.2	73	84	1	328	32	20	17	28	1.96
16618438--16618502	1	65.0	1	75	0	58	0	7	4	87	0.66
16618434--16618502	21	3.4	20	80	9	77	0	8	4	86	0.68
16624311--16624416	55	1.9	55	82	3	133	18	23	31	26	1.98
16624344--16624448	55	1.9	55	84	3	140	16	27	33	22	1.95
16636817--16636846	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
16637741--16637905	42	3.9	42	78	4	170	29	26	15	29	1.96
16654019--16654148	47	2.8	47	84	6	165	23	15	28	33	1.95
16672869--16673004	46	3.0	46	87	2	193	40	14	23	21	1.90
16675321--16675361	21	1.9	22	90	5	66	58	7	12	21	1.58
16675370--16675422	25	2.2	23	83	12	63	58	1	11	28	1.43
16678136--16678181	16	2.7	17	87	12	60	54	2	0	43	1.12
16678811--16678855	7	6.4	7	85	10	65	28	2	37	31	1.69
16679500--16679548	21	2.3	21	82	6	64	63	2	6	28	1.30
16682217--16682316	49	2.0	49	88	3	148	21	10	10	59	1.59
16692134--16692160	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
16694088--16694162	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
16694065--16694629	49	11.2	49	80	11	599	27	30	9	32	1.88
16694354--16694394	18	2.3	18	100	0	82	39	29	0	31	1.57
16694256--16694492	116	2.0	116	96	0	438	28	31	8	31	1.87
16694305--16694443	67	2.1	67	100	0	278	30	30	7	32	1.84
16694207--16694541	165	2.0	165	97	0	625	28	31	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16694158--16694590	214	2.0	214	95	0	776	27	31	9	31	1.88
16694112--16694629	263	2.0	263	95	0	937	27	30	9	32	1.88
16698423--16698769	40	8.7	40	93	0	568	25	27	21	24	1.99
16701105--16701179	22	3.3	22	67	17	62	28	30	9	32	1.88
16701082--16701295	49	4.4	49	95	1	360	28	30	7	32	1.85
16701273--16701313	18	2.3	18	100	0	82	39	29	0	31	1.57
16701224--16701362	67	2.1	67	100	0	278	30	30	7	32	1.84
16701175--16701411	116	2.0	116	98	0	456	29	30	8	32	1.86
16701291--16701597	49	6.3	49	96	0	569	27	31	9	31	1.89
16701529--16701777	124	2.0	124	99	0	489	30	22	11	34	1.90
16706870--16706977	4	27.0	4	100	0	216	50	25	0	25	1.50
16710101--16710133	6	5.5	6	96	0	57	21	18	12	48	1.80
16710101--16710139	18	2.2	18	85	0	51	20	23	10	46	1.81
16712524--16712652	67	1.9	66	82	4	161	33	16	28	21	1.95
16713756--16713784	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16723192--16723228	5	7.4	5	93	0	65	18	0	2	78	0.87
16733749--16733780	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
16745757--16745783	14	1.9	14	100	0	54	59	11	14	14	1.62
16746704--16746734	15	2.1	15	93	0	53	25	12	22	38	1.90
16751282--16751306	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
16758877--16759044	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
16758893--16759042	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16766892--16767059	40	4.2	40	77	3	151	23	26	22	27	1.99
16766908--16767057	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	28	1.99
16775098--16775131	13	2.6	13	90	0	50	14	26	38	20	1.91
16798314--16798358	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
16801647--16801923	44	6.3	44	74	12	203	28	25	14	30	1.95
16801624--16801923	89	3.4	89	77	7	279	28	26	15	29	1.96
16813982--16814019	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
16814033--16814086	21	2.7	19	81	13	63	59	3	3	33	1.33
16814077--16814183	14	8.4	12	70	23	60	62	1	6	28	1.31
16814138--16814198	26	2.3	27	83	13	81	63	3	4	27	1.30
16814266--16814388	6	19.8	6	69	22	51	62	0	4	32	1.19
16814309--16814370	19	3.3	19	74	17	58	64	0	1	33	1.03
16814295--16814390	30	3.6	27	76	18	101	64	0	3	32	1.09
16814293--16814385	17	5.4	17	70	20	59	65	0	3	31	1.08
16814309--16814382	37	2.0	37	82	7	89	63	0	4	32	1.13
16816137--16816186	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
16824038--16824114	40	1.9	40	86	5	111	35	24	15	24	1.94
16828814--16828977	44	3.5	46	76	12	165	23	28	20	28	1.99
16833330--16833381	18	2.8	19	82	5	70	30	5	11	51	1.61
16833327--16833391	18	3.6	18	76	2	58	30	9	12	47	1.72
16838967--16839240	94	2.9	92	75	14	265	22	29	20	27	1.99
16846783--16846808	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16854561--16854659	29	3.4	29	98	0	189	34	12	30	23	1.91
16854652--16854780	33	3.9	33	81	2	152	31	10	22	35	1.87
16854662--16854789	65	2.0	66	92	1	213	29	11	22	35	1.90
16857615--16857714	43	2.3	43	75	19	100	30	28	17	25	1.97
16860493--16860634	47	3.0	48	88	5	198	27	22	21	28	1.99
16860492--16860635	71	2.0	72	89	4	220	27	22	21	29	1.99
16860493--16860638	24	6.1	24	90	4	206	27	21	21	28	1.99
16860685--16860765	20	4.1	20	95	0	135	32	20	12	34	1.90
16860685--16860740	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
16860808--16860855	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16862010--16862093	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
16862153--16862370	27	8.0	27	80	2	184	32	10	18	38	1.84
16862163--16862438	27	10.1	27	80	5	153	33	9	19	36	1.84
16862245--16862449	54	3.8	54	81	2	169	35	9	20	34	1.85
16862336--16862566	81	2.9	81	84	2	232	39	9	21	28	1.85
16862363--16862573	27	7.8	27	87	4	291	39	9	24	27	1.86
16862570--16862631	27	2.3	27	86	5	81	29	11	22	37	1.89
16865400--16865462	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
16865654--16865796	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
16865654--16865795	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
16865653--16865796	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
16865843--16865903	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16865946--16865993	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16867146--16867229	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
16867289--16867506	27	8.0	27	80	2	184	32	10	18	38	1.84
16867299--16867574	27	10.1	27	80	5	153	33	9	19	36	1.84
16867381--16867585	54	3.8	54	81	2	169	35	9	20	34	1.85
16867472--16867701	81	2.9	81	83	4	225	40	10	21	28	1.85
16867498--16867707	27	7.9	27	86	7	261	40	9	23	27	1.85
16867715--16867802	27	3.2	27	79	6	88	34	10	17	38	1.83
16873117--16873154	17	2.2	18	85	4	51	26	10	13	50	1.73
16874052--16874112	32	1.9	32	93	0	104	39	14	14	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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