genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  160  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44231088--44231251	23	7.0	24	91	6	257	27	21	22	28	1.99
44231088--44231251	47	3.5	47	92	5	262	27	21	22	28	1.99
44231089--44231230	70	2.0	69	94	4	250	27	21	21	29	1.98
44231443--44231505	30	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
44233485--44233835	40	8.8	40	88	0	506	25	27	22	24	2.00
44233485--44233835	119	2.9	120	88	0	515	25	27	22	24	2.00
44233469--44233835	199	1.8	200	86	0	538	25	28	22	24	1.99
44235311--44235447	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
44235421--44235612	47	4.1	47	93	0	294	25	30	13	31	1.93
44239236--44239296	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
44240001--44240149	67	2.2	66	81	8	167	30	17	29	22	1.96
44240025--44240208	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
44247207--44247368	42	3.8	42	84	4	211	29	24	16	29	1.97
44250095--44250248	43	3.6	43	90	3	247	29	32	25	12	1.93
44250241--44250324	38	2.2	38	91	0	132	29	27	22	20	1.98
44255188--44255331	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
44255189--44255359	78	2.2	79	91	1	272	25	21	29	23	1.99
44270264--44270391	40	3.2	39	81	6	141	27	21	26	24	1.99
44274515--44274592	40	2.0	39	82	12	97	51	12	7	28	1.67
44276197--44276381	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
44276197--44276384	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
44282801--44282951	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44282837--44282967	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
44295197--44295330	27	5.0	27	87	1	189	23	14	22	40	1.90
44295197--44295353	81	1.9	81	86	0	224	24	14	21	38	1.91
44302952--44303093	43	3.3	43	77	13	132	26	16	21	34	1.95
44302957--44303113	43	3.7	43	71	10	124	26	17	22	32	1.97
44311628--44311767	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
44311636--44311818	79	2.3	80	81	7	203	23	27	23	25	2.00
44319615--44319799	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
44319608--44319799	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
44321717--44321759	21	2.1	20	91	4	68	48	23	16	11	1.78
44321717--44321756	10	3.9	10	80	6	53	47	22	17	12	1.81
44326093--44326211	43	2.9	41	74	8	114	29	26	16	27	1.97
44326105--44326255	42	3.6	41	76	8	135	28	23	17	31	1.97
44331755--44331884	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
44335462--44335591	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
44337536--44337742	40	5.2	39	81	4	193	25	26	23	25	2.00
44337536--44337741	79	2.6	80	80	6	222	25	26	23	25	2.00
44345085--44345233	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44345126--44345233	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44348402--44348454	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
44348991--44349040	17	2.9	17	82	5	66	22	18	20	40	1.92
44349788--44349875	43	2.0	43	97	0	167	35	17	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44355380--44355431	26	2.0	26	100	0	104	46	3	7	42	1.51
44357406--44357573	40	4.2	40	77	3	178	26	22	26	25	2.00
44357406--44357573	80	2.1	80	82	3	196	26	22	26	25	2.00
44362362--44362494	55	2.4	55	76	0	149	31	29	27	12	1.92
44364423--44364593	94	1.8	94	84	5	238	31	19	27	21	1.97
44368861--44369010	40	3.8	40	92	1	221	20	27	23	28	1.99
44368845--44369048	40	5.1	40	86	3	214	24	27	22	26	1.99
44375396--44375702	47	6.5	46	73	14	227	29	20	28	20	1.98
44375396--44375702	94	3.3	93	79	11	333	29	20	28	20	1.98
44383745--44384017	47	5.8	46	75	11	209	23	30	18	28	1.97
44383760--44384014	140	1.8	140	84	6	356	23	29	18	29	1.97
44392995--44393080	43	2.0	43	100	0	172	44	13	18	23	1.86
44397009--44397110	26	4.0	26	93	5	165	30	21	19	28	1.98
44404417--44404567	40	3.8	40	74	13	123	25	24	27	21	1.99
44404498--44404599	40	2.5	40	82	0	114	22	25	29	22	1.99
44407470--44407577	26	4.4	24	86	5	137	27	21	20	30	1.98
44407626--44407700	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
44407626--44407681	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
44407643--44407699	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
44407728--44407775	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
44410538--44410571	14	2.3	15	90	5	52	44	2	2	50	1.32
44422290--44422348	25	2.4	25	94	0	100	20	20	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44422790--44422831	16	2.6	17	81	11	52	54	9	0	35	1.33
44428910--44428978	32	2.2	31	82	10	77	44	21	18	14	1.85
44429117--44429228	27	4.2	26	83	7	134	37	22	23	16	1.94
44429644--44429680	8	4.6	8	93	0	65	2	24	21	51	1.61
44430665--44430714	24	2.1	24	92	0	82	22	42	4	32	1.72
44436935--44437046	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
44436935--44437046	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
44441133--44441725	50	11.9	50	74	7	447	27	18	25	28	1.98
44441179--44441664	101	4.9	100	77	7	402	27	18	25	27	1.98
44441137--44441719	148	3.9	151	88	2	791	26	18	25	28	1.98
44441137--44441719	299	1.9	300	85	3	789	26	18	25	28	1.98
44441923--44441952	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
44451649--44451713	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
44463653--44463742	29	3.2	28	78	6	101	27	30	14	27	1.95
44468458--44468702	50	4.9	50	85	1	303	25	16	26	31	1.96
44468458--44468700	100	2.4	100	86	2	335	25	16	26	31	1.96
44469582--44469680	28	3.5	29	89	5	150	32	27	12	28	1.92
44476774--44476872	28	3.5	29	89	5	150	32	27	12	28	1.92
44478507--44478536	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
44480179--44480240	25	2.5	25	81	5	72	25	25	16	32	1.96
44483210--44483275	28	2.4	27	73	12	64	16	18	22	42	1.89
44485313--44485446	54	2.4	56	87	9	197	23	31	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44486338--44486504	46	3.6	47	79	7	171	25	28	17	29	1.97
44486334--44486507	94	1.9	92	83	7	226	24	28	18	28	1.98
44488304--44488379	30	2.5	30	86	0	107	26	25	10	38	1.88
44488364--44488535	30	5.7	30	74	10	136	22	25	12	38	1.90
44488334--44488555	91	2.5	89	80	6	250	22	26	13	38	1.90
44496483--44496610	40	3.2	39	81	6	141	27	21	26	24	1.99
44504430--44504556	40	3.2	39	81	7	141	27	21	26	24	1.99
44511216--44511343	40	3.2	40	81	0	139	23	27	22	26	2.00
44529307--44529341	17	2.1	17	94	0	61	31	11	14	42	1.81
44535275--44535495	40	5.6	40	85	4	288	26	27	22	23	2.00
44536976--44537195	40	5.6	40	82	3	241	24	26	23	25	2.00
44545026--44545246	40	5.6	40	82	2	250	24	25	23	25	2.00
44546671--44546840	92	1.8	92	94	0	304	27	29	22	20	1.98
44546663--44546842	46	3.9	46	81	5	229	27	29	21	21	1.98
44552389--44552425	18	2.1	18	100	0	74	56	5	21	16	1.59
44553667--44553790	49	2.5	48	81	10	126	25	15	30	29	1.96
44557559--44557604	21	2.0	24	84	12	62	8	32	0	58	1.28
44557941--44557978	20	1.9	20	100	0	76	42	5	15	36	1.70
44566701--44566958	129	2.0	129	91	1	419	44	10	9	35	1.71
44568353--44568405	27	2.0	27	100	0	106	50	15	15	18	1.77
44570872--44570959	44	2.0	44	95	0	158	34	13	11	40	1.81
44572703--44572762	29	2.1	29	100	0	120	23	18	35	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44576747--44576925	95	1.9	95	97	0	340	33	17	12	35	1.88
44592803--44592847	21	2.1	21	100	0	90	24	8	31	35	1.86
44593113--44593146	17	1.9	18	94	5	61	23	44	23	8	1.81
44595756--44595904	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
44595797--44595904	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
44603780--44603811	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
44605025--44605071	21	2.2	22	78	14	55	40	17	0	42	1.49
44605155--44605195	17	2.4	17	100	0	82	21	17	0	60	1.35
44607712--44607853	51	2.8	51	82	4	171	27	29	17	25	1.97
44607806--44607947	50	2.8	50	76	6	144	32	28	16	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427