genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  304  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88108579--88108637	20	2.9	21	73	14	61	37	0	15	47	1.45
88108576--88108642	20	3.3	20	69	19	59	35	0	14	49	1.44
88110395--88110499	29	3.6	29	85	2	131	27	16	29	26	1.97
88121862--88121919	17	3.2	17	70	25	55	58	10	10	20	1.60
88123609--88123642	17	1.9	18	88	5	52	44	11	11	32	1.77
88123825--88123850	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
88124879--88124903	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
88126967--88127011	24	1.9	23	86	4	63	33	2	13	51	1.53
88132416--88132495	38	2.1	38	100	0	160	41	10	13	35	1.78
88139705--88139739	10	3.4	10	88	7	52	71	0	2	25	1.00
88139706--88139732	11	2.5	11	100	0	54	77	0	0	22	0.76
88145074--88145291	40	5.5	40	88	2	271	26	28	23	21	1.99
88147977--88148085	42	2.6	42	95	0	200	29	15	33	22	1.95
88148094--88148162	27	2.5	28	88	2	104	28	14	24	31	1.95
88148094--88148175	27	3.0	27	83	5	76	30	15	21	31	1.95
88150904--88151197	86	3.4	82	77	8	241	23	16	20	39	1.91
88150949--88151225	129	2.1	129	93	0	464	24	17	19	38	1.93
88151057--88151256	86	2.3	87	82	6	230	25	18	16	41	1.90
88150907--88151256	43	8.1	43	74	7	199	24	16	18	40	1.91
88150950--88151256	129	2.4	129	90	2	438	24	17	17	39	1.91
88154711--88154742	14	2.3	14	94	0	55	65	0	3	31	1.08
88158281--88158305	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88160517--88160684	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
88160533--88160684	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
88169028--88169096	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
88176666--88176725	20	3.0	20	85	2	77	75	1	6	16	1.10
88176745--88176788	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
88184784--88184816	16	2.1	16	94	0	57	18	15	12	54	1.71
88186802--88186862	32	1.9	32	93	0	104	26	24	16	32	1.96
88187116--88187357	47	5.1	47	91	1	376	26	21	23	28	1.99
88187116--88187357	24	10.2	24	87	2	346	26	21	23	28	1.99
88187116--88187357	95	2.6	95	94	0	414	26	21	23	28	1.99
88187414--88187470	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
88187407--88187472	20	3.3	20	95	0	123	31	19	12	36	1.89
88187407--88187461	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
88187508--88187555	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
88188829--88188880	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
88188827--88189072	54	4.5	54	82	5	194	32	10	18	38	1.84
88188879--88189085	27	7.7	26	77	8	166	31	9	20	37	1.85
88188919--88189070	54	2.8	54	92	0	250	31	9	19	39	1.83
88188889--88189085	81	2.4	81	83	3	227	31	10	20	37	1.86
88189063--88189301	27	8.9	27	86	1	246	38	7	25	28	1.84
88189062--88189328	81	3.3	80	78	2	255	37	8	25	29	1.85
88193697--88193749	26	2.0	26	100	0	106	35	7	30	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88194905--88195025	64	1.9	64	87	3	181	33	15	22	28	1.95
88197993--88198140	40	3.7	40	90	1	217	25	29	22	22	1.99
88197973--88198140	80	2.1	80	86	3	232	26	28	22	22	1.99
88206131--88206298	40	4.2	40	87	2	223	26	28	21	23	1.99
88214549--88214697	39	3.8	39	95	1	255	23	32	20	23	1.98
88218061--88218193	48	2.8	47	82	7	137	51	3	10	33	1.54
88218328--88218391	11	5.9	11	74	3	58	40	1	17	40	1.59
88219509--88219533	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
88222468--88222494	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
88237529--88237684	39	4.0	38	88	2	186	32	29	20	17	1.96
88237556--88237684	39	3.3	38	92	2	195	31	28	21	18	1.97
88246767--88246799	17	1.9	17	100	0	66	30	27	6	36	1.81
88250204--88250251	23	2.1	23	100	0	96	39	4	20	35	1.72
88252400--88252450	19	2.6	20	81	6	68	19	31	33	15	1.93
88253750--88253879	47	2.8	47	87	0	179	21	15	27	35	1.94
88257485--88257535	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
88260631--88260674	19	2.3	19	100	0	88	27	4	27	40	1.75
88273827--88273964	55	2.5	55	75	3	125	31	31	23	13	1.94
88296814--88296840	5	5.4	5	100	0	54	59	40	0	0	0.98
88319063--88319238	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
88319059--88319230	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
88322184--88322252	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88322175--88322262	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
88324645--88324820	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
88324641--88324812	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
88338901--88339006	27	3.9	28	79	7	121	40	16	18	24	1.90
88338897--88339003	54	2.0	54	88	0	160	40	17	18	23	1.91
88339778--88339818	22	2.0	22	85	9	59	24	7	2	65	1.30
88343353--88343423	29	2.5	29	90	6	110	28	14	28	29	1.95
88349785--88349885	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
88349814--88349885	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
88352512--88352558	20	2.4	20	86	10	62	17	2	0	80	0.80
88358734--88358775	21	2.0	21	86	9	59	28	11	21	38	1.89
88359354--88359420	33	2.0	33	97	0	125	43	10	14	31	1.80
88370587--88370630	14	3.1	14	80	6	52	20	0	15	63	1.31
88371740--88371807	31	2.3	29	82	12	77	29	11	26	32	1.92
88371772--88371906	56	2.4	56	91	4	220	28	14	23	33	1.94
88371772--88371935	56	2.9	55	82	7	206	28	14	24	32	1.94
88384292--88384548	39	6.5	39	90	2	383	19	21	28	30	1.98
88391736--88391903	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
88391736--88391903	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
88401157--88401221	29	2.2	29	91	2	103	32	16	27	23	1.96
88404838--88404881	20	2.2	20	100	0	88	36	9	13	40	1.76
88407857--88407882	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88410854--88410938	44	2.0	40	82	10	100	27	15	21	36	1.93
88415279--88415498	45	4.9	45	86	1	271	30	27	20	21	1.98
88415491--88415614	38	3.3	38	93	0	203	31	25	22	20	1.98
88425315--88425480	48	3.5	48	80	3	185	29	19	25	24	1.99
88427311--88427349	20	2.0	20	84	0	51	30	5	17	46	1.70
88431749--88431780	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
88436597--88436641	21	2.1	21	100	0	90	42	11	8	37	1.72
88445977--88446034	30	1.9	30	93	6	100	15	29	34	20	1.94
88452980--88453019	20	2.0	20	95	0	71	30	17	25	27	1.97
88454420--88454548	58	2.2	58	75	6	138	33	17	21	27	1.96
88457435--88457557	25	5.0	25	78	12	130	21	22	24	30	1.99
88457435--88457581	49	3.0	49	86	1	195	24	21	23	31	1.98
88459456--88459503	25	1.9	25	100	0	96	35	20	12	31	1.90
88459571--88459694	61	2.0	61	98	0	239	26	6	30	36	1.82
88459696--88459815	24	4.8	25	92	2	172	25	25	23	25	2.00
88459706--88459828	24	4.9	26	87	8	102	26	25	22	26	2.00
88460035--88460107	31	2.4	31	97	0	137	32	16	27	23	1.96
88469056--88469223	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
88478644--88478810	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
88480615--88480710	26	3.8	26	90	2	135	26	25	22	26	2.00
88480625--88480723	25	3.9	26	83	11	93	26	24	22	27	2.00
88480929--88481014	31	2.8	31	89	5	129	33	16	24	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88482679--88482735	29	2.0	29	92	0	96	26	24	31	17	1.97
88488493--88488522	12	2.6	11	90	10	51	73	6	13	6	1.24
88489039--88489067	13	2.2	13	100	0	58	34	13	27	24	1.93
88489159--88489198	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
88493850--88493889	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
88497283--88497376	30	3.1	30	92	6	163	27	34	23	14	1.94
88504880--88505010	47	2.8	47	86	0	172	32	28	16	22	1.96
88506169--88506224	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
88508709--88508754	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
88516146--88516272	54	2.4	52	75	12	139	34	22	9	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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