genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  249  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71032332--71032462	55	2.4	55	93	3	219	31	15	16	36	1.90
71034846--71034902	25	2.2	26	87	6	89	45	12	0	42	1.41
71036330--71036365	18	2.0	18	100	0	72	38	5	5	50	1.49
71036530--71036563	10	3.3	10	88	8	50	17	0	0	82	0.67
71036530--71036561	15	2.2	14	94	5	55	18	0	0	81	0.70
71036534--71036579	21	2.2	21	81	14	51	17	0	6	76	1.00
71044109--71044152	21	2.1	21	91	0	70	38	9	20	31	1.84
71051339--71051511	46	3.7	46	77	13	183	28	27	20	22	1.99
71051345--71051516	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
71051388--71051531	46	3.1	44	69	21	107	29	27	20	22	1.98
71063609--71063793	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
71063602--71063793	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
71071657--71071841	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
71071650--71071841	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
71082347--71082467	58	2.1	57	82	8	147	41	16	16	25	1.89
71083657--71083823	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
71090248--71090451	40	5.1	40	78	8	157	27	26	20	25	1.99
71090295--71090451	79	2.0	80	81	6	185	28	26	19	24	1.99
71094939--71095122	40	4.6	39	82	9	196	25	21	26	26	2.00
71101407--71101547	57	2.5	56	79	6	142	32	16	21	29	1.95
71113504--71113621	43	2.7	43	81	10	134	27	27	17	27	1.98
71113757--71113797	15	2.8	14	82	10	55	41	14	0	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71115947--71116129	63	2.8	64	76	9	185	30	16	30	22	1.96
71117212--71117246	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
71118957--71119124	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
71138291--71138325	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
71144286--71144320	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
71145050--71145102	25	2.0	27	82	13	67	45	1	0	52	1.11
71149683--71149740	25	2.3	25	82	5	64	62	3	1	32	1.22
71150405--71150439	16	2.2	16	90	5	54	60	5	0	34	1.21
71157243--71157354	50	2.3	49	83	6	129	26	25	17	30	1.97
71157266--71157364	50	2.0	50	89	0	153	27	24	17	31	1.97
71161250--71161308	30	2.0	30	89	0	91	25	27	6	40	1.80
71172321--71172394	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
71172378--71172453	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
71172321--71172453	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
71179595--71179877	24	12.1	24	94	4	456	36	25	17	20	1.94
71179601--71179877	92	3.0	91	90	6	443	36	25	17	20	1.94
71179601--71179877	116	2.4	115	94	2	484	36	25	17	20	1.94
71187642--71187812	24	7.1	24	97	0	297	36	25	17	20	1.94
71193069--71193104	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
71193056--71193096	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
71193219--71193353	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
71193593--71193631	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71194947--71194999	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
71194946--71195001	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
71196977--71197248	40	6.8	40	93	0	445	25	29	21	23	1.99
71198537--71198664	37	3.5	37	93	0	220	23	30	21	25	1.99
71198797--71199124	98	3.3	98	94	1	548	28	28	12	31	1.92
71198797--71199124	51	6.6	51	89	5	501	28	28	12	31	1.92
71198809--71199097	149	2.0	145	93	2	497	26	29	13	30	1.94
71207269--71207338	28	2.5	28	88	0	104	28	30	14	27	1.95
71207346--71207439	40	2.3	40	87	3	118	39	23	12	24	1.90
71207364--71207462	40	2.5	40	93	0	162	36	23	15	25	1.93
71211300--71211353	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
71211339--71211377	8	4.5	8	82	17	51	25	2	0	71	0.98
71213792--71213964	46	3.8	45	78	10	199	28	29	20	20	1.98
71213799--71213968	91	1.9	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
71213800--71213984	46	4.0	46	72	19	136	28	29	20	21	1.98
71221324--71221495	46	3.8	45	78	8	197	29	29	20	20	1.98
71221331--71221499	91	1.9	91	93	2	295	28	29	20	21	1.98
71221332--71221515	46	4.0	46	71	20	127	28	29	20	21	1.98
71223814--71224353	46	11.7	46	93	1	877	37	14	24	23	1.92
71230236--71230322	37	2.2	40	84	6	117	40	3	5	50	1.43
71231072--71231104	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
71231152--71231209	21	2.8	22	84	7	68	24	1	6	67	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71231180--71231239	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
71231392--71231438	16	2.9	16	93	0	76	12	55	31	0	1.38
71240682--71240722	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
71242710--71242883	39	4.5	39	94	0	294	18	22	29	28	1.98
71243758--71243904	68	2.2	68	98	0	285	23	9	19	46	1.79
71251153--71251180	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71251604--71251793	41	4.7	41	84	2	267	20	22	28	28	1.98
71251604--71251793	80	2.3	82	88	1	267	20	22	28	28	1.98
71254330--71254391	26	2.4	26	82	12	67	19	3	17	59	1.51
71256068--71256147	42	1.9	42	84	0	106	28	12	25	33	1.92
71263603--71263732	48	2.7	48	80	2	136	29	15	28	26	1.96
71266454--71266637	40	4.6	40	84	2	235	25	22	26	25	2.00
71266454--71266673	80	2.8	79	82	4	248	25	22	26	25	2.00
71268757--71268790	18	1.9	18	94	5	61	29	14	11	44	1.81
71270007--71270108	28	3.6	28	90	0	159	27	34	13	24	1.93
71270322--71270358	16	2.3	16	90	0	56	13	24	16	45	1.83
71275375--71275598	40	5.7	40	88	6	305	24	21	27	26	1.99
71280294--71280514	40	5.6	39	85	6	268	21	23	28	25	1.99
71280298--71280514	80	2.7	79	90	2	312	21	23	29	25	1.99
71287602--71287732	6	21.3	6	71	16	90	49	12	18	19	1.79
71287634--71287704	19	3.8	19	80	10	83	47	12	21	18	1.81
71287623--71287710	37	2.4	37	88	0	131	47	12	20	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71287852--71287950	27	3.7	26	81	6	99	37	17	24	21	1.94
71288116--71288180	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
71288561--71288690	27	4.8	26	79	5	125	25	20	19	35	1.95
71288576--71288690	27	4.3	27	82	3	126	23	18	21	36	1.95
71288561--71288700	54	2.6	53	81	3	154	25	18	18	37	1.94
71288683--71288915	27	8.6	27	79	5	177	29	7	23	40	1.81
71288719--71288915	54	3.7	53	78	8	202	28	8	22	40	1.82
71291848--71291903	26	2.2	26	96	0	103	32	5	26	35	1.79
71300434--71300597	42	3.9	42	81	4	186	26	23	16	33	1.96
71300434--71300597	85	1.9	84	88	1	247	26	23	16	33	1.96
71302285--71302324	21	1.9	21	85	10	55	37	22	7	32	1.82
71306730--71306767	20	1.9	20	94	0	67	47	7	13	31	1.71
71307961--71308123	85	1.9	84	83	3	211	28	22	15	33	1.94
71307961--71308123	42	3.9	42	84	3	184	28	22	15	33	1.94
71313627--71313814	49	3.8	49	78	2	214	26	17	26	30	1.97
71313626--71313809	100	1.8	100	91	0	305	25	17	26	30	1.98
71315227--71315284	27	2.1	27	93	0	98	31	20	15	32	1.94
71316986--71317088	29	3.6	29	89	0	143	24	33	16	26	1.96
71324829--71324931	29	3.6	29	89	0	143	24	33	16	26	1.96
71327103--71327174	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
71327102--71327199	28	3.4	28	84	7	90	30	27	12	29	1.93
71328866--71329037	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71328858--71329033	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
71331407--71331494	30	3.0	29	77	12	90	56	15	17	10	1.66
71331407--71331485	15	5.4	15	77	8	83	58	13	17	10	1.63
71334443--71334614	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
71334435--71334610	46	3.8	46	80	10	223	28	28	21	21	1.98
71338270--71338446	23	7.8	22	72	9	124	28	21	20	29	1.98
71338270--71338447	46	3.9	46	88	3	245	28	21	20	29	1.98
71345640--71345883	53	4.6	53	80	8	232	36	18	24	20	1.95
71345962--71346006	23	1.9	24	86	4	65	44	11	22	22	1.84
71346085--71346115	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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