genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  72  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17864816--17864991	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17867371--17867459	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
17867371--17867450	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
17867382--17867459	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
17870372--17870543	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
17870364--17870539	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
17872053--17872490	133	3.3	132	89	1	615	27	22	20	29	1.98
17872372--17872580	90	2.3	90	93	1	348	27	22	21	27	1.99
17872239--17872715	223	2.1	224	90	2	744	27	23	21	28	1.99
17872552--17872760	45	4.6	45	68	13	160	25	23	20	29	1.99
17872462--17872895	135	3.2	135	91	1	669	26	23	20	29	1.99
17874036--17874099	32	2.0	32	100	0	128	31	31	12	25	1.92
17874193--17874252	24	2.4	25	81	10	70	1	21	0	76	0.87
17874193--17874272	25	3.2	24	82	12	81	1	21	0	77	0.84
17876790--17876834	21	2.1	21	87	0	63	17	22	22	37	1.94
17880541--17880613	18	4.0	18	71	16	69	17	0	54	27	1.43
17880556--17880633	37	2.1	38	95	2	140	19	0	51	29	1.47
17880626--17880661	18	2.0	18	94	0	63	22	0	52	25	1.47
17884494--17884533	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
17885020--17885065	24	2.0	24	86	4	67	41	2	2	54	1.25
17885172--17885226	25	2.2	26	90	6	87	54	3	0	41	1.18
17889430--17889454	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17898987--17899020	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
17904394--17904433	13	2.9	14	85	7	55	65	5	2	27	1.27
17904363--17904430	34	2.0	33	83	8	84	61	2	2	32	1.26
17904394--17904759	26	14.0	26	76	10	318	60	4	4	29	1.37
17904426--17904757	51	6.4	51	74	13	266	60	4	4	29	1.37
17907541--17907577	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86
17911202--17911244	22	2.0	22	100	0	86	32	27	27	11	1.92
17911721--17911755	18	1.9	18	94	0	61	45	14	17	22	1.84
17911860--17911884	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
17911909--17911952	6	7.0	6	85	10	61	77	4	0	18	0.94
17911975--17912006	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
17912937--17912987	18	2.8	18	91	5	77	41	13	7	37	1.74
17913005--17913057	18	2.9	18	88	5	72	33	15	15	35	1.88
17913182--17913297	51	2.2	53	84	4	146	41	19	20	18	1.91
17914290--17914325	18	2.0	17	89	10	54	0	25	0	75	0.81
17914303--17914354	12	3.8	13	81	18	70	0	30	1	67	1.02
17914344--17914373	15	1.9	16	93	6	53	3	13	3	80	0.97
17914379--17914406	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17914517--17914584	31	2.3	28	80	10	73	52	5	0	41	1.25
17914719--17914831	38	3.3	33	81	14	124	53	5	1	39	1.34
17914745--17914833	38	2.4	38	92	1	153	56	4	2	37	1.32
17915940--17915974	15	2.2	16	90	5	54	68	0	8	22	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17916082--17916560	3	157.3	3	69	14	146	60	3	7	28	1.39
17916168--17916226	25	2.4	25	76	15	68	61	5	6	27	1.43
17916340--17916398	23	2.6	23	86	0	73	62	1	5	30	1.26
17916358--17916417	23	2.6	23	86	0	75	61	0	8	30	1.25
17917009--17917055	13	3.7	13	80	5	60	12	0	48	38	1.41
17917306--17917347	22	1.9	22	95	0	75	50	19	0	30	1.48
17919277--17919341	27	2.4	27	94	2	112	44	15	13	26	1.84
17920450--17920586	66	2.1	66	100	0	274	39	1	7	51	1.39
17920881--17920932	20	2.6	20	84	0	68	53	15	1	28	1.52
17923367--17923405	19	2.1	19	90	9	62	56	0	5	38	1.22
17923364--17923459	10	10.0	10	69	15	69	55	0	7	37	1.28
17924168--17924218	26	2.0	26	92	0	84	41	11	17	29	1.85
17927506--17927828	127	2.5	126	87	3	468	26	15	20	37	1.93
17931098--17931138	19	2.2	19	86	8	57	31	19	7	41	1.79
17933835--17933946	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
17933835--17933946	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
17942542--17942874	45	7.6	45	73	10	258	27	20	25	26	1.99
17942531--17942921	44	8.9	44	72	11	237	28	20	25	25	1.99
17942531--17942921	89	4.4	89	86	2	443	28	20	25	25	1.99
17942892--17943002	45	2.4	45	82	4	125	33	19	18	28	1.95
17942892--17943014	46	2.7	46	81	3	142	32	19	21	26	1.97
17944996--17945025	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17945558--17945876	127	2.5	127	86	2	435	27	14	20	36	1.92
17946387--17946423	19	2.0	19	94	5	67	37	0	10	51	1.37
17947198--17947252	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
17958988--17959021	16	2.2	16	90	10	54	5	23	5	64	1.38
17958971--17959024	26	2.1	25	82	3	63	3	22	3	70	1.19
17959205--17959250	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
17961589--17961617	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
17970938--17970962	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
17971622--17971775	43	3.6	43	81	6	161	24	17	25	32	1.97
17975462--17975508	22	2.1	23	88	4	69	70	4	21	4	1.22
17975453--17975507	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
17977006--17977080	21	3.4	23	75	14	77	14	20	25	40	1.90
17979839--17979881	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
17980779--17980829	21	2.5	20	70	17	50	72	13	5	7	1.26
17981024--17981070	17	2.6	19	83	13	71	31	0	31	36	1.58
17984186--17984219	14	2.5	14	85	4	52	47	2	5	44	1.42
17984149--17984279	65	2.0	67	88	8	196	47	6	13	32	1.70
17985346--17985402	28	2.0	29	93	3	98	63	8	10	17	1.51
17985730--17985768	18	2.2	18	100	0	78	15	15	41	28	1.87
17990676--17990719	21	2.1	21	100	0	88	40	18	13	27	1.88
17991461--17991524	18	3.4	17	76	19	56	56	0	4	39	1.20
17991512--17991544	7	4.7	7	100	0	66	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17995778--17995874	25	3.9	24	74	14	81	19	26	21	31	1.97
17995829--17995890	25	2.4	25	84	10	81	22	25	24	27	2.00
17996824--17996878	18	3.3	17	78	16	62	21	43	0	34	1.53
18004757--18004783	10	2.7	10	100	0	54	29	7	29	33	1.85
18005130--18005199	25	2.9	24	74	4	77	17	24	18	40	1.91
18005130--18005212	24	3.4	24	72	6	69	16	26	20	36	1.94
18013748--18013829	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
18020727--18020834	26	4.2	26	95	0	189	30	6	26	36	1.82
18021256--18021393	41	3.4	41	95	1	251	35	26	19	18	1.95
18021551--18021590	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
18021687--18021725	14	2.8	14	100	0	78	28	0	33	38	1.57
18023534--18023576	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
18024023--18024204	61	3.0	61	97	1	337	18	8	17	55	1.66
18024023--18024257	123	1.9	121	80	11	273	18	9	17	54	1.68
18026031--18026334	49	6.4	49	89	6	473	28	32	9	29	1.88
18026052--18026329	89	3.0	89	90	6	421	28	32	8	29	1.88
18026031--18026280	138	1.8	138	96	0	464	29	32	9	28	1.88
18029950--18030194	40	6.1	40	92	0	364	25	26	20	27	1.99
18032161--18032464	49	6.4	49	89	6	473	28	32	9	29	1.88
18032182--18032459	89	3.0	89	90	6	421	28	32	8	29	1.88
18032161--18032410	138	1.8	138	96	0	464	29	32	9	28	1.88
18036305--18037600	290	4.5	290	98	0	2508	36	13	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18036305--18037600	579	2.2	579	98	0	2513	36	13	12	38	1.82
18037805--18037860	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
18037965--18038116	9	17.0	9	82	1	171	46	16	1	35	1.55
18043536--18043565	15	2.0	15	93	0	51	33	16	50	0	1.46
18043833--18043914	31	2.5	33	78	7	96	14	2	19	63	1.41
18043966--18044109	43	3.3	43	84	5	184	27	27	20	25	1.99
18046169--18046354	68	2.8	66	78	10	193	26	27	15	30	1.96
18051077--18051140	31	2.1	31	93	0	110	23	20	15	40	1.90
18051332--18051494	23	7.0	24	89	6	221	26	22	22	28	1.99
18051545--18051604	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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