genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  209  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58763055--58763085	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
58763052--58763091	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
58763282--58763536	55	4.8	54	75	11	208	22	24	15	37	1.93
58771051--58771247	55	3.6	53	79	8	175	22	25	16	35	1.94
58771998--58772025	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
58776547--58776701	43	3.6	42	77	10	127	29	25	18	26	1.98
58780398--58780473	37	2.1	37	94	0	134	56	15	18	9	1.65
58784852--58784916	29	2.3	29	89	2	96	12	4	15	67	1.37
58791563--58791649	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
58791718--58792105	49	8.1	49	92	4	648	28	27	10	33	1.90
58795807--58795860	25	2.2	25	83	12	67	40	5	0	53	1.24
58800672--58800713	18	2.3	18	100	0	84	14	4	16	64	1.45
58803846--58804067	27	8.2	27	90	0	327	29	23	8	38	1.84
58803827--58804109	81	3.5	80	82	0	287	31	23	8	36	1.84
58804055--58804237	27	6.8	27	81	2	161	40	20	8	30	1.82
58803857--58804095	54	4.4	54	87	2	194	30	23	7	37	1.84
58804060--58804237	81	2.2	81	83	4	216	41	20	8	29	1.82
58804088--58804264	27	6.6	26	81	8	101	40	20	9	29	1.84
58804060--58804268	81	2.6	81	79	8	203	39	20	9	30	1.84
58804088--58804266	54	3.3	52	79	7	180	39	20	9	30	1.84
58804258--58804472	27	8.0	27	79	1	216	37	19	18	25	1.94
58804258--58804470	54	4.0	54	84	1	239	37	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58804247--58804470	81	2.8	81	83	4	283	37	18	18	25	1.93
58804674--58804768	25	3.8	25	91	0	145	28	25	21	25	1.99
58804673--58804793	50	2.4	49	79	6	138	28	23	22	25	1.99
58807177--58807444	27	9.9	27	86	0	320	29	22	7	40	1.82
58807194--58807444	81	3.1	81	86	0	358	31	21	7	39	1.82
58807182--58807500	27	11.8	27	84	2	264	32	22	7	37	1.82
58807207--58807486	81	3.5	81	85	1	328	31	22	7	38	1.82
58807177--58807444	54	5.0	54	87	0	356	29	22	7	40	1.82
58807234--58807641	27	15.2	27	82	2	187	35	20	8	35	1.83
58807437--58807636	27	7.5	27	81	3	192	41	18	8	31	1.80
58807437--58807612	79	2.2	80	82	7	214	41	19	8	30	1.81
58807437--58807629	106	1.8	107	85	1	271	40	18	8	31	1.81
58807633--58807872	27	8.9	28	80	11	261	35	17	20	26	1.94
58807628--58807872	54	4.6	54	87	2	332	35	17	20	26	1.94
58807622--58807872	81	3.1	79	81	11	298	36	16	19	26	1.93
58808076--58808145	25	2.8	25	89	4	97	27	22	22	27	1.99
58814071--58814116	20	2.3	20	100	0	92	34	8	23	32	1.86
58820131--58820174	22	2.0	22	90	0	70	36	9	22	31	1.86
58836901--58836997	51	1.9	50	85	8	133	26	24	14	34	1.94
58837021--58837139	52	2.3	52	92	0	202	24	23	15	36	1.94
58837021--58837136	24	4.4	27	78	15	136	24	24	15	36	1.94
58839205--58839389	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58839208--58839389	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
58845888--58846137	51	4.9	51	91	2	389	29	24	14	31	1.94
58846161--58846279	52	2.3	52	91	0	193	27	23	14	34	1.94
58846161--58846276	24	4.4	27	79	15	136	27	24	13	34	1.93
58850497--58850540	13	3.5	13	81	12	65	27	9	13	50	1.72
58850493--58850540	24	2.0	24	100	0	96	29	8	12	50	1.69
58850493--58850531	12	3.2	12	79	13	53	30	7	10	51	1.64
58858367--58858497	65	2.0	65	95	0	235	41	19	6	32	1.76
58863397--58863573	46	3.8	48	84	7	204	26	18	32	22	1.97
58863400--58863573	93	1.9	95	83	9	232	26	18	31	22	1.98
58871407--58871440	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
58872682--58872726	21	2.1	21	88	8	65	51	13	15	20	1.76
58875232--58875345	46	2.4	48	86	2	151	23	25	18	32	1.97
58879270--58879493	40	5.6	40	84	5	272	25	21	25	26	2.00
58879276--58879493	83	2.7	80	85	5	271	25	22	26	26	2.00
58885769--58885822	17	3.1	17	83	2	63	68	1	29	0	1.00
58885780--58885829	21	2.4	22	71	21	54	68	0	32	0	0.90
58887897--58888172	46	6.0	46	95	0	453	39	14	23	22	1.91
58887912--58888225	46	6.7	49	91	3	309	40	14	23	21	1.90
58889942--58890003	31	2.0	31	100	0	124	22	9	16	51	1.73
58895976--58896013	20	2.0	20	84	5	51	55	0	2	42	1.14
58896939--58896996	29	2.2	28	82	14	70	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58896995--58897041	21	2.4	19	86	10	60	63	2	2	31	1.18
58906233--58906319	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
58906233--58906341	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
58906233--58906341	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
58914102--58914188	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
58914102--58914210	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
58914102--58914210	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
58918193--58918325	69	1.9	70	89	4	207	32	12	16	38	1.87
58919084--58919332	39	6.3	39	85	3	320	21	21	27	28	1.99
58919112--58919338	119	1.9	118	89	0	355	22	22	27	28	1.99
58927241--58927571	40	8.4	39	81	5	317	21	21	27	29	1.99
58927241--58927603	79	4.6	79	79	6	288	21	21	26	29	1.99
58927241--58927532	119	2.5	119	90	1	460	21	21	28	29	1.98
58927241--58927582	39	8.7	39	81	5	195	21	21	27	29	1.99
58930725--58930816	43	2.1	43	91	0	148	27	32	25	15	1.95
58940102--58940148	22	2.1	22	96	0	85	42	8	27	21	1.81
58947992--58948029	13	3.0	13	84	3	51	55	0	0	44	0.99
58955618--58955648	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
58956925--58956970	2	23.0	2	82	8	58	52	4	0	43	1.21
58961598--58961779	67	2.7	67	94	0	312	20	29	17	31	1.96
58962544--58962604	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58967431--58967623	18	10.8	18	72	20	95	37	11	14	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58967438--58967623	35	5.2	35	93	1	309	37	11	13	36	1.82
58974262--58974403	44	3.3	44	65	13	123	30	21	19	28	1.97
58974252--58974616	85	4.3	85	84	8	469	31	23	21	24	1.98
58974623--58975744	207	5.4	207	93	0	1874	29	17	23	29	1.97
58976139--58976193	18	2.9	19	91	5	94	38	10	14	36	1.81
58981995--58982034	21	2.0	20	95	5	71	35	0	20	45	1.51
58981995--58982042	21	2.3	21	86	10	64	35	2	18	43	1.62
58986309--58986378	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58994107--58994176	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58999736--58999976	43	5.6	42	82	6	281	31	27	17	23	1.97
59000003--59000037	17	1.9	19	88	11	56	31	2	5	60	1.35
59001890--59001920	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
59002997--59003310	157	2.0	157	96	0	583	31	13	17	36	1.89
59004814--59005020	40	5.2	40	82	2	220	26	22	27	24	2.00
59012831--59013038	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
59015874--59016091	40	5.5	40	93	2	354	22	22	28	25	1.99
59024327--59024545	40	5.5	40	94	2	363	22	23	28	25	1.99
59027436--59027512	20	4.0	20	78	8	88	41	23	5	29	1.76
59032788--59032859	27	2.7	27	82	0	90	36	19	23	20	1.95
59032779--59032879	27	3.8	26	76	7	87	36	20	21	20	1.95
59033015--59033153	27	5.1	27	86	0	206	24	22	20	33	1.97
59035409--59035465	30	1.9	30	85	0	78	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59036193--59036217	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59052855--59052908	23	2.3	23	84	6	65	33	16	22	27	1.95
59056446--59056662	25	8.7	25	81	3	249	44	12	22	20	1.85
59056430--59056489	31	1.9	31	96	0	111	43	13	21	21	1.87
59056446--59056662	50	4.3	51	91	3	311	44	12	22	20	1.85
59056446--59056658	100	2.1	99	91	2	345	44	12	22	20	1.85
59056787--59056887	27	3.8	26	85	5	112	37	17	24	19	1.94
59058415--59058487	29	2.5	29	97	0	137	27	30	15	27	1.96
59065307--59065525	29	7.6	29	82	1	206	26	15	32	25	1.95
59073416--59073533	29	4.1	29	93	0	200	30	13	29	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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