genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  308  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89413965--89414142	51	3.5	51	81	6	209	28	14	29	28	1.95
89417740--89417847	26	4.2	26	95	0	189	37	23	7	32	1.82
89422957--89423126	52	3.4	50	88	4	236	28	12	31	27	1.93
89425698--89425952	39	6.5	39	92	2	390	20	21	29	29	1.98
89425697--89425952	116	2.2	116	89	4	390	20	21	28	29	1.98
89431839--89431881	19	2.3	19	80	4	52	48	2	0	48	1.14
89438798--89438844	24	2.0	24	82	0	58	48	8	12	29	1.71
89444628--89444835	91	2.3	91	82	1	247	31	13	20	34	1.91
89444927--89445030	38	2.7	39	82	4	131	33	14	16	35	1.89
89448193--89448305	38	3.0	38	85	0	145	38	14	14	33	1.86
89451938--89451972	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
89452246--89452270	10	2.5	10	100	0	50	44	0	12	44	1.41
89452557--89452622	31	2.1	31	81	10	73	45	13	10	30	1.77
89453073--89453125	21	2.5	21	81	9	54	64	16	5	13	1.47
89454150--89454297	60	2.5	58	78	6	163	47	15	16	20	1.83
89455812--89455855	3	14.7	3	100	0	88	34	0	34	31	1.58
89458781--89458924	38	3.6	38	72	15	126	31	23	12	32	1.92
89458893--89459015	48	2.6	48	83	6	153	30	21	15	31	1.95
89458785--89458976	85	2.3	84	89	1	294	31	22	13	32	1.93
89465507--89465576	27	2.5	28	93	2	115	30	14	25	30	1.95
89473492--89473561	27	2.5	28	90	2	106	28	14	25	31	1.95
89473515--89473573	27	2.2	27	87	6	84	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89478797--89478857	16	3.8	16	71	6	52	65	1	0	32	1.02
89479074--89479116	18	2.2	20	88	12	63	27	0	9	62	1.25
89479534--89479580	16	2.6	17	78	18	51	34	2	2	61	1.20
89486528--89486653	49	2.6	49	88	3	173	21	27	23	26	1.99
89486713--89486839	46	2.8	46	83	6	159	23	27	18	30	1.97
89492989--89493028	21	2.0	20	90	5	62	22	30	37	10	1.87
89493585--89493696	44	2.5	44	89	0	161	30	32	17	19	1.95
89495353--89495411	21	2.8	22	73	19	63	28	23	16	30	1.97
89495488--89495762	121	2.3	120	77	3	291	31	24	16	27	1.96
89496008--89496045	18	2.1	18	100	0	76	26	26	0	47	1.52
89497812--89498032	40	5.6	40	87	4	306	25	28	23	22	1.99
89506268--89506488	40	5.6	40	87	4	306	25	28	23	22	1.99
89509455--89509492	18	2.1	18	85	9	51	55	15	13	15	1.70
89520511--89520555	22	2.0	22	83	8	56	37	8	17	35	1.81
89524621--89524788	40	4.2	40	78	6	153	26	22	26	25	2.00
89540197--89540347	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
89541123--89541171	23	2.1	23	100	0	98	48	0	24	26	1.51
89554971--89555124	42	3.6	42	83	1	200	31	24	14	29	1.95
89561342--89561909	294	1.9	294	87	1	825	32	22	16	29	1.95
89562678--89562872	105	1.9	105	81	2	239	36	16	14	31	1.89
89569786--89569910	67	1.9	66	86	8	182	20	26	7	46	1.76
89577159--89577189	14	2.3	13	94	5	53	45	3	0	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89577326--89577360	17	2.1	17	88	0	52	51	0	2	45	1.16
89580977--89581031	21	2.7	21	77	2	58	36	5	1	56	1.33
89584530--89584568	15	2.6	15	87	0	51	61	5	2	30	1.31
89585423--89585528	29	3.7	29	81	6	126	27	29	15	28	1.96
89588139--89588186	9	5.5	8	80	11	51	22	2	2	72	1.05
89588133--89588187	27	2.0	27	100	0	110	21	5	3	69	1.25
89588265--89588311	14	3.3	14	80	14	51	27	0	2	70	0.99
89588274--89588349	30	2.5	30	79	12	84	30	2	3	63	1.26
89588516--89588568	26	2.0	26	85	7	72	58	1	1	37	1.20
89593633--89593907	135	2.0	135	98	0	532	31	10	26	30	1.91
89596746--89596896	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89596783--89596912	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89604756--89604906	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89604793--89604922	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89605794--89606405	306	2.0	305	97	1	1147	33	18	20	27	1.96
89613326--89613476	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89613363--89613492	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89621310--89621460	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89621347--89621476	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89626050--89626098	2	24.5	2	95	0	89	0	51	0	48	1.00
89634973--89635717	126	5.9	126	83	2	809	27	17	14	40	1.88
89634973--89635777	252	3.2	249	80	3	900	27	17	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89635867--89635954	28	3.1	28	93	0	140	32	14	1	51	1.50
89638440--89638582	66	2.2	65	79	12	150	24	24	25	25	2.00
89642286--89642417	48	2.7	48	88	4	185	34	29	16	18	1.94
89644162--89644186	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
89649747--89649780	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
89649768--89649861	6	15.3	6	70	12	66	48	12	17	21	1.79
89649791--89649861	31	2.3	31	90	0	106	47	14	16	21	1.81
89649996--89650052	27	2.1	27	87	6	80	36	24	22	15	1.94
89650356--89650465	27	4.0	28	88	3	145	37	20	21	20	1.95
89650708--89650848	27	5.2	27	88	1	194	25	19	20	34	1.96
89650704--89651159	54	8.3	54	88	5	599	25	21	19	33	1.97
89650704--89651159	81	5.5	81	87	5	662	25	21	19	33	1.97
89650811--89650885	37	2.0	37	92	0	123	29	16	22	32	1.95
89650848--89651159	27	11.6	27	97	0	543	25	21	19	33	1.97
89653820--89653982	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
89653820--89654012	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
89656746--89656895	39	3.8	39	95	0	264	23	20	32	24	1.98
89661827--89661858	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
89662830--89662898	20	3.5	20	81	0	84	40	21	26	11	1.87
89682428--89682557	40	3.3	39	77	8	145	23	26	23	25	2.00
89682444--89682595	40	3.8	40	79	5	146	23	25	23	28	1.99
89692778--89692823	17	2.7	18	80	10	60	39	21	19	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89703041--89703143	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
89703014--89703143	58	2.2	58	81	0	152	25	33	15	26	1.95
89711808--89711939	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
89719869--89720000	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
89731482--89731613	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
89733727--89733800	29	2.6	29	82	0	76	24	32	16	27	1.96
89736262--89736307	17	2.7	18	76	10	51	39	17	21	21	1.93
89747818--89748058	128	1.9	127	82	9	301	27	19	29	22	1.98
89747942--89748220	49	5.8	49	78	11	299	28	19	30	21	1.98
89747946--89748222	99	2.8	99	92	3	440	28	19	29	22	1.98
89751110--89751156	19	2.5	19	96	0	85	17	12	23	46	1.82
89751779--89751840	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
89751794--89751958	27	6.1	27	80	4	154	30	9	18	40	1.83
89756885--89756924	21	1.9	21	84	0	53	52	15	2	30	1.55
89758298--89758352	29	1.9	29	85	10	78	30	27	21	20	1.98
89763652--89763803	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
89771670--89771821	39	3.9	39	93	0	250	23	22	31	22	1.98
89781619--89781716	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
89789289--89789386	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
89797383--89797434	24	2.2	24	85	0	68	46	19	13	21	1.84
89803183--89803217	13	2.6	14	86	9	54	2	0	25	71	1.00
89805145--89805243	40	2.5	40	86	0	135	35	28	17	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89805280--89805361	43	1.9	43	97	0	155	50	13	7	29	1.68
89807991--89808039	24	2.0	24	88	0	71	28	16	22	32	1.95
89809892--89810044	43	3.6	42	75	7	132	25	18	23	32	1.97
89809928--89810044	42	2.7	43	80	3	130	23	16	26	33	1.96
89811845--89811908	31	2.1	31	100	0	128	39	9	21	29	1.85
89819694--89819837	55	2.6	55	78	0	144	26	31	27	14	1.95
89821471--89821638	40	4.2	40	90	0	248	27	29	21	22	1.99
89829919--89830013	27	3.5	26	81	5	109	27	6	23	43	1.78
89830311--89830367	28	2.0	28	86	6	80	29	31	12	26	1.92
89838732--89838766	17	2.0	18	94	5	63	31	22	11	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427