genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24792763--24792792	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
24794502--24794902	44	9.1	44	82	5	468	27	28	15	28	1.96
24794502--24795195	177	3.8	178	77	10	691	27	28	15	28	1.96
24794950--24795195	45	5.5	45	87	2	345	27	30	15	26	1.96
24794954--24795195	89	2.7	90	87	2	346	27	30	15	26	1.96
24794948--24795195	134	1.9	134	88	1	381	27	30	15	26	1.96
24794662--24795236	289	2.0	288	87	3	827	28	28	15	27	1.96
24806811--24807118	131	2.4	128	76	11	282	34	18	18	28	1.95
24807618--24807642	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24808034--24808071	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
24810333--24810789	45	10.4	45	81	7	528	28	18	26	25	1.98
24810225--24810721	216	2.3	217	88	0	717	29	19	24	26	1.98
24810384--24810699	171	1.8	172	88	0	481	28	19	26	25	1.98
24810333--24810828	261	1.9	260	92	0	830	28	18	26	25	1.98
24810759--24811043	88	3.4	82	84	8	292	27	17	25	29	1.97
24810889--24811022	41	3.1	41	63	22	94	27	14	23	35	1.93
24810809--24811043	88	2.7	88	92	0	380	28	16	25	29	1.97
24812583--24812678	26	3.5	28	73	22	96	33	3	1	62	1.18
24812609--24812678	12	5.5	12	71	18	61	32	1	1	64	1.11
24812787--24812836	13	3.9	13	78	2	57	30	0	4	66	1.10
24812912--24812977	12	5.4	12	76	8	53	34	1	3	60	1.21
24812909--24812977	35	2.0	35	85	5	95	34	1	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24813049--24813096	19	2.5	19	80	6	53	29	8	0	62	1.24
24815925--24816529	318	1.9	318	83	0	789	35	15	18	30	1.92
24816500--24816548	25	2.0	25	87	0	71	16	14	44	24	1.84
24816566--24816613	24	2.0	24	100	0	96	41	20	25	12	1.87
24817038--24817122	41	2.1	41	86	0	116	38	14	22	24	1.91
24817720--24817746	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
24818110--24818140	7	4.6	7	96	4	55	16	0	22	61	1.34
24818102--24818151	21	2.4	21	71	18	50	14	0	28	58	1.37
24822087--24822179	25	3.7	25	95	0	168	8	1	26	63	1.30
24822334--24822511	83	2.1	87	80	5	213	26	19	27	26	1.99
24822356--24822540	43	4.4	43	84	4	225	23	18	29	29	1.98
24827479--24827513	12	2.9	12	86	0	52	25	22	11	40	1.88
24837593--24837781	25	7.6	25	84	2	245	17	27	19	35	1.94
24837593--24837781	75	2.5	75	87	1	272	17	27	19	35	1.94
24840161--24840206	24	1.9	24	100	0	92	52	4	21	21	1.64
24842397--24842422	13	2.0	13	100	0	52	53	30	7	7	1.57
24845000--24845104	3	35.3	3	98	1	203	66	0	33	0	0.92
24846114--24846158	23	2.0	23	95	0	81	60	0	0	40	0.97
24846120--24846189	19	3.6	19	72	14	54	62	0	0	37	0.95
24846447--24846479	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24849457--24849497	15	2.7	15	81	11	57	29	19	17	34	1.94
24858723--24858792	18	3.9	18	82	0	86	37	18	7	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24866366--24866418	26	2.0	26	82	13	65	26	11	22	39	1.88
24867904--24868011	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
24873527--24873599	37	2.0	37	100	0	146	21	23	30	24	1.99
24877713--24877766	2	28.0	2	92	7	94	50	0	0	50	1.00
24880157--24880242	43	2.0	43	100	0	172	34	30	4	30	1.78
24884184--24884232	21	2.3	21	83	13	57	14	0	8	77	0.98
24884183--24884223	14	2.9	14	88	0	55	12	0	9	78	0.98
24884385--24884641	133	1.9	133	90	0	399	28	22	18	30	1.97
24884481--24885034	176	3.1	178	88	4	836	27	24	18	28	1.98
24885145--24885394	64	4.0	64	89	3	359	37	14	16	31	1.90
24886481--24886527	13	3.7	13	80	2	51	8	4	2	85	0.81
24886495--24886540	23	2.0	24	82	4	58	10	4	4	80	0.99
24886474--24886564	40	2.3	39	83	11	105	9	7	3	79	1.04
24892234--24892258	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
24893627--24893675	14	3.4	14	80	5	53	14	0	12	73	1.10
24893628--24893668	22	1.9	21	85	14	57	12	0	12	75	1.05
24896391--24896427	14	2.6	14	86	0	56	21	8	0	70	1.13
24913834--24913880	24	2.0	24	86	0	67	34	8	25	31	1.86
24916527--24916627	27	3.6	27	68	21	80	44	18	0	36	1.50
24916531--24916657	59	2.2	59	98	0	245	47	18	0	34	1.49
24916559--24916657	32	3.2	32	65	23	86	48	17	0	34	1.47
24927517--24927568	22	2.3	23	80	3	61	42	1	1	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24940394--24940420	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
24948335--24948490	43	3.6	43	81	5	165	28	19	28	24	1.98
24948423--24948570	40	3.6	41	76	5	147	29	18	27	25	1.98
24953060--24953141	39	2.1	39	95	0	146	21	25	30	21	1.99
24958899--24959023	43	3.0	43	84	2	128	28	20	27	24	1.99
24961747--24961918	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
24961739--24961914	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
24964295--24964382	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
24964295--24964373	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
24964306--24964382	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
24967330--24967501	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
24967322--24967497	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
24974063--24974304	123	2.0	123	93	0	412	30	16	25	27	1.96
24977749--24977774	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
24995121--24995284	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24995121--24995318	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24997482--24997763	139	2.0	139	100	0	564	28	22	17	31	1.96
25001112--25001206	17	5.7	18	71	14	78	36	27	18	16	1.93
25001099--25001227	65	2.0	65	90	3	206	34	26	18	20	1.95
25008300--25008338	17	2.4	17	86	4	62	20	10	7	61	1.52
25016640--25016664	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
25020440--25020471	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25022324--25022538	46	4.6	47	79	5	222	27	18	29	25	1.98
25022324--25022586	47	5.7	46	80	5	244	26	18	29	24	1.98
25022324--25022585	93	2.8	93	86	5	334	27	18	29	24	1.98
25024058--25024189	61	2.2	61	87	1	185	41	18	26	13	1.87
25030108--25030193	43	2.0	43	90	0	136	23	26	1	48	1.58
25031296--25031338	10	4.4	9	83	13	50	4	13	0	81	0.84
25032484--25032536	4	13.8	4	74	21	51	20	1	0	77	0.87
25032483--25032536	23	2.3	24	81	12	69	20	1	0	77	0.86
25032484--25032537	27	2.0	28	89	10	85	20	1	0	77	0.86
25032484--25032562	28	2.8	28	81	14	83	20	3	0	75	0.95
25032482--25032563	34	2.4	33	84	15	105	20	3	0	75	0.95
25035696--25035748	26	2.0	27	85	3	72	50	3	0	45	1.19
25035676--25035749	22	3.3	22	70	17	62	48	4	1	45	1.29
25035680--25035785	49	2.3	44	81	14	115	47	4	0	47	1.29
25040305--25040357	26	2.0	26	100	0	106	43	15	15	26	1.85
25043425--25043468	21	2.1	21	95	0	79	31	11	29	27	1.91
25052953--25053076	42	3.0	42	78	5	144	27	18	22	31	1.97
25060990--25061021	12	2.7	12	95	0	55	71	0	0	28	0.86
25061480--25061527	12	3.8	12	76	10	51	27	6	4	62	1.38
25061567--25061634	35	2.0	34	82	2	82	25	11	4	58	1.51
25061694--25061735	22	1.9	22	90	0	66	26	7	2	64	1.32
25076465--25076541	38	2.0	38	97	0	145	20	36	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25084917--25084946	14	2.1	14	93	0	51	6	20	0	73	1.05
25109796--25109898	46	2.2	48	84	3	138	34	13	24	27	1.93
25115530--25115623	28	3.3	28	80	2	107	26	12	29	30	1.93
25119830--25119860	16	1.9	16	93	0	53	48	19	22	9	1.78
25120084--25120173	28	3.2	28	82	3	108	28	12	31	27	1.93
25124571--25124738	40	4.2	40	80	3	169	24	26	22	27	2.00
25137130--25137208	29	2.7	29	84	9	99	29	32	13	24	1.94
25143550--25143729	40	4.5	40	80	7	195	25	25	23	26	2.00
25143550--25143728	80	2.2	81	86	3	245	24	25	23	26	2.00
25151624--25151802	80	2.2	81	87	3	254	24	26	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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