genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  319  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92866450--92866528	28	2.9	27	81	3	77	53	18	3	24	1.61
92866977--92867030	22	2.5	22	82	11	74	18	22	24	35	1.96
92866977--92867041	22	3.0	21	78	13	60	20	21	23	35	1.96
92867140--92867211	32	2.2	32	80	4	74	29	18	22	30	1.97
92869986--92870025	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
92873118--92873155	19	2.0	19	100	0	76	42	5	10	42	1.62
92881344--92881399	21	2.7	21	94	2	96	37	17	25	19	1.94
92886298--92886382	42	2.0	42	100	0	170	36	14	4	44	1.66
92887541--92887617	33	2.4	33	82	2	93	29	14	27	28	1.95
92891019--92891185	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
92891019--92891185	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
92892011--92892056	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
92899024--92899190	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
92899024--92899190	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
92900016--92900061	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
92915431--92915470	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
92920628--92920805	50	3.6	50	81	4	191	24	29	17	28	1.98
92922241--92922389	46	3.2	45	78	8	147	24	30	18	27	1.98
92922273--92922440	46	3.6	46	79	7	144	23	30	19	26	1.98
92926517--92926563	17	2.8	18	84	9	55	51	0	6	42	1.27
92930735--92930764	15	2.0	15	93	0	51	40	10	13	36	1.78
92937865--92938195	77	4.3	77	89	3	479	18	22	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92937865--92938195	39	8.5	39	92	2	483	18	22	29	29	1.98
92937865--92938195	115	2.8	115	90	4	495	18	22	29	29	1.98
92939984--92940043	30	2.0	30	83	3	75	13	11	11	63	1.53
92945431--92945564	46	2.9	46	75	17	141	26	14	17	41	1.88
92951717--92951861	73	2.0	73	94	0	254	26	20	26	25	1.99
92957357--92957395	21	1.9	21	89	5	62	10	33	30	25	1.89
92961931--92961963	17	1.9	17	88	11	50	84	3	9	3	0.82
92964183--92964340	43	3.7	43	81	8	169	23	14	27	34	1.94
92970699--92970768	35	2.0	35	100	0	140	34	8	8	48	1.64
92971470--92971570	42	2.3	43	86	3	132	29	16	21	31	1.96
92971473--92971582	43	2.6	43	82	4	107	29	18	21	30	1.97
92975014--92975057	2	22.0	2	86	9	63	0	45	2	52	1.13
92977539--92977575	15	2.4	16	86	13	51	27	2	0	70	1.01
92983519--92983759	106	2.3	102	80	12	265	59	13	0	26	1.39
92983552--92983756	106	1.9	106	85	8	277	58	13	0	27	1.42
92984530--92984579	24	2.0	26	84	7	68	64	6	0	30	1.18
92989706--92989736	12	2.6	12	94	0	53	32	3	19	45	1.66
93007661--93008307	50	12.9	50	84	8	814	37	6	24	31	1.80
93007654--93008307	98	6.5	98	86	7	927	37	5	24	31	1.80
93008044--93008161	62	1.9	62	94	0	209	41	4	18	35	1.70
93007948--93008259	162	1.9	160	91	2	509	38	6	23	32	1.79
93008110--93008310	48	4.1	48	89	5	305	36	6	25	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93008459--93008567	37	2.9	37	91	0	173	23	19	31	25	1.98
93009840--93010158	40	8.0	40	87	0	431	23	19	28	28	1.98
93013000--93013744	50	14.9	50	86	6	1003	36	6	24	32	1.80
93012993--93013744	98	7.5	98	84	7	987	36	5	24	32	1.80
93013385--93013696	162	1.9	162	94	1	554	37	6	24	32	1.80
93013433--93013652	112	1.9	114	92	1	372	38	5	22	33	1.78
93013337--93013744	210	1.9	210	92	2	687	36	6	25	32	1.80
93013547--93013747	48	4.1	48	91	5	323	35	6	26	31	1.82
93013896--93014004	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
93042765--93042808	16	2.7	16	82	13	54	25	2	0	72	0.96
93046858--93046905	25	1.9	25	82	0	60	31	0	20	47	1.50
93047819--93048101	18	15.3	18	73	10	176	36	14	11	37	1.83
93047810--93048101	36	7.9	36	71	10	194	36	14	11	36	1.82
93048241--93048287	6	7.8	6	100	0	94	48	17	17	17	1.81
93052781--93052852	31	2.3	31	87	0	99	19	36	22	22	1.95
93072183--93072374	29	6.5	29	81	7	208	26	30	15	28	1.96
93080314--93080502	29	6.5	29	84	3	229	26	30	15	26	1.96
93084069--93084116	23	2.1	23	100	0	96	37	22	16	22	1.94
93084899--93084938	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
93088589--93088718	47	2.8	46	87	4	181	31	28	16	23	1.96
93101480--93101541	31	2.0	31	100	0	124	38	6	16	38	1.74
93107082--93107203	6	19.8	6	70	20	83	48	15	17	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93107091--93107232	31	4.5	31	84	4	169	50	13	17	19	1.78
93107091--93107232	62	2.3	62	86	3	187	50	13	17	19	1.78
93107369--93107497	27	4.8	27	85	7	145	37	20	23	18	1.94
93107369--93107497	54	2.4	54	86	2	170	37	20	23	18	1.94
93107369--93107515	54	2.8	54	80	8	124	37	20	23	19	1.94
93107656--93107720	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
93108147--93108667	27	19.3	27	87	2	724	24	20	20	33	1.97
93108147--93108667	217	2.4	216	89	3	764	24	20	20	33	1.97
93108649--93108830	27	6.7	27	83	0	229	30	8	21	38	1.84
93108649--93108830	54	3.4	54	90	0	292	30	8	21	38	1.84
93110056--93110164	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
93110310--93110495	100	1.9	96	90	6	293	31	26	6	36	1.82
93110310--93110496	48	3.8	48	89	5	286	31	26	6	35	1.82
93110466--93110612	47	3.1	47	84	0	186	27	29	10	33	1.89
93112160--93112199	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
93115445--93115561	41	2.8	40	73	11	110	35	28	13	22	1.92
93128118--93128148	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
93128173--93128216	17	2.8	16	86	10	63	29	0	9	61	1.27
93133805--93134089	87	3.3	87	77	3	268	25	22	16	35	1.94
93139466--93139515	26	1.9	26	87	0	73	58	0	6	36	1.23
93139801--93140073	22	12.9	20	68	22	87	61	1	3	33	1.20
93139801--93139939	21	6.5	21	72	18	67	61	0	4	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93139856--93140140	24	11.6	26	69	20	129	64	1	2	31	1.15
93139798--93140070	30	9.0	30	71	19	153	61	1	3	33	1.21
93143948--93143994	21	2.1	23	80	11	62	36	4	4	55	1.39
93145133--93145189	22	2.6	22	84	15	82	14	26	22	36	1.92
93145105--93145189	44	1.9	44	85	4	118	15	23	21	40	1.91
93151245--93151352	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
93154847--93154898	21	2.5	22	81	12	65	42	0	3	53	1.19
93156962--93157016	28	1.9	29	81	3	67	25	5	12	56	1.58
93158732--93158779	21	2.2	23	88	7	73	25	31	33	10	1.89
93158734--93158788	21	2.6	21	83	11	60	21	29	36	12	1.91
93161221--93161259	20	2.0	19	85	5	51	41	7	12	38	1.72
93162598--93162634	12	3.2	12	85	14	51	54	8	0	37	1.30
93167803--93167889	38	2.3	38	100	0	174	27	14	26	31	1.95
93168560--93168665	40	2.7	40	92	0	176	24	27	27	20	1.99
93170754--93170968	47	4.6	47	73	13	147	28	19	28	23	1.98
93170703--93170968	94	2.9	92	76	10	238	28	20	28	22	1.99
93170747--93170918	91	1.9	95	83	9	230	28	19	28	23	1.98
93174567--93174930	47	7.8	46	76	14	281	28	20	28	22	1.98
93174618--93174926	94	3.3	96	83	8	341	28	19	29	22	1.98
93174602--93174929	141	2.3	141	80	7	362	28	19	28	22	1.98
93175901--93175961	28	2.2	28	90	0	95	22	24	37	14	1.92
93182433--93182613	50	3.8	47	77	11	165	28	17	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93182538--93182648	47	2.3	49	82	4	145	28	18	28	24	1.98
93182591--93182702	58	1.9	57	85	1	152	28	18	27	25	1.98
93200428--93200465	12	3.2	12	82	14	51	26	28	5	39	1.78
93203883--93203943	32	1.9	32	96	0	113	42	16	13	27	1.85
93204994--93205129	43	3.2	41	78	10	132	25	16	30	26	1.97
93205935--93206547	23	26.7	23	77	7	559	37	22	5	34	1.78
93205933--93206574	115	5.6	115	84	4	697	37	22	5	34	1.78
93210256--93210319	21	3.0	21	79	9	58	26	0	6	67	1.14
93212605--93212828	40	5.6	40	83	6	283	25	25	24	24	2.00
93212605--93212828	83	2.8	80	85	4	290	25	25	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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