genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  281  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81053220--81053266	20	2.3	20	85	0	58	29	8	8	53	1.61
81062255--81062406	49	3.1	47	81	7	146	22	29	20	27	1.98
81062286--81062406	49	2.5	49	85	8	158	22	30	21	25	1.99
81064786--81064829	21	2.1	21	95	0	79	36	4	36	22	1.75
81065003--81065101	39	2.5	39	83	0	117	46	20	2	31	1.62
81066215--81066239	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
81070252--81070536	57	5.0	57	92	0	444	29	33	17	19	1.95
81070291--81070506	29	7.6	29	73	3	186	29	34	17	18	1.94
81070266--81070534	28	9.5	28	71	4	180	29	33	18	18	1.95
81072490--81072561	28	2.6	28	88	0	99	30	27	12	29	1.93
81074133--81074170	16	2.5	15	91	4	58	63	0	5	31	1.17
81074141--81074193	16	3.0	18	83	8	56	58	3	9	28	1.47
81079022--81079056	14	2.5	14	95	0	61	54	5	22	17	1.64
81078870--81079128	91	2.9	90	82	7	296	37	18	16	27	1.93
81079048--81079271	78	3.0	71	80	11	261	31	19	16	32	1.94
81080091--81080166	40	1.9	39	94	2	134	14	17	17	51	1.77
81083797--81083911	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
81083822--81083911	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
81094343--81094381	20	2.0	20	85	5	53	58	5	7	28	1.47
81094724--81094782	24	2.5	23	81	13	68	62	3	3	30	1.28
81094977--81095014	16	2.4	16	86	4	51	60	2	5	31	1.33
81095854--81095915	28	2.3	27	79	15	67	40	1	3	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81096140--81096199	18	3.3	18	80	15	70	50	1	5	43	1.34
81096289--81096324	4	8.8	4	87	6	54	72	0	27	0	0.85
81096239--81096324	17	5.0	17	69	13	61	68	4	23	3	1.24
81109228--81109276	20	2.5	20	89	0	80	71	2	6	20	1.18
81109289--81109322	13	2.8	12	86	8	50	44	11	0	44	1.40
81110919--81110958	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
81112725--81112932	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
81112727--81112932	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
81120764--81120971	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
81120766--81120971	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
81121717--81122294	290	2.0	289	98	0	1122	35	14	19	30	1.92
81123704--81124288	291	2.0	290	97	1	1116	36	11	24	26	1.90
81125540--81125747	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
81125542--81125747	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
81133588--81133795	40	5.2	40	78	4	168	25	23	25	25	2.00
81133590--81133795	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
81139913--81139969	19	2.9	20	82	12	73	19	24	1	54	1.54
81142048--81142103	27	2.0	29	80	16	66	60	10	19	8	1.55
81149880--81149955	40	1.9	40	83	0	98	38	26	13	22	1.91
81150388--81150450	30	2.1	30	93	0	108	9	28	30	31	1.89
81153842--81154059	118	1.8	118	86	0	310	39	9	24	26	1.85
81154830--81154901	25	2.8	26	81	10	78	31	12	22	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81159319--81159448	49	2.6	50	81	4	147	21	28	21	28	1.99
81159516--81159637	46	2.7	45	81	12	142	22	27	18	31	1.97
81177984--81178142	27	5.9	27	79	11	157	35	21	23	19	1.96
81178002--81178142	54	2.6	54	90	2	212	36	22	22	18	1.95
81179721--81179828	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
81182161--81182329	48	3.6	48	81	3	189	24	27	19	28	1.99
81184334--81184363	15	2.0	15	93	0	51	26	10	26	36	1.88
81189249--81189492	40	6.1	40	89	3	334	27	27	22	23	2.00
81198090--81198195	40	2.7	40	90	0	167	22	28	23	25	1.99
81198091--81198280	40	4.7	39	79	6	159	24	25	23	26	2.00
81198090--81198239	80	1.9	80	86	5	214	22	27	24	26	2.00
81198091--81198280	80	2.4	80	82	3	195	24	25	23	26	2.00
81204909--81204941	13	2.5	13	100	0	66	21	24	54	0	1.45
81207359--81207500	45	3.3	41	76	10	115	23	19	27	28	1.99
81209141--81209179	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
81209922--81209960	20	2.0	20	85	10	53	7	7	35	48	1.61
81210461--81210534	23	3.2	23	80	5	87	21	18	18	40	1.91
81210469--81210550	23	3.6	23	86	0	101	20	15	20	42	1.89
81210659--81210848	96	2.0	95	83	5	240	30	14	22	33	1.94
81214056--81214183	46	2.8	46	95	3	222	27	14	31	26	1.95
81214155--81214326	46	3.7	46	82	7	165	29	18	27	24	1.98
81221470--81221592	46	2.7	45	85	7	151	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81229854--81229892	19	2.1	19	100	0	78	25	20	25	28	1.99
81230840--81230871	15	2.1	15	100	0	64	40	12	21	25	1.88
81231423--81231460	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
81235138--81235330	39	4.9	39	85	1	226	24	32	20	22	1.98
81243029--81243191	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
81245548--81245707	32	5.0	32	89	0	239	31	13	10	44	1.77
81247322--81247362	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
81247731--81247799	21	3.3	21	95	0	120	28	39	10	21	1.86
81248914--81248948	18	2.1	17	89	10	54	54	0	0	45	0.99
81251695--81251720	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
81252534--81252615	36	2.2	37	91	6	132	4	7	13	74	1.19
81252516--81252615	36	2.8	36	86	3	130	4	7	17	72	1.23
81259401--81259513	27	4.2	26	86	8	145	36	23	23	16	1.94
81259401--81259513	55	2.1	54	88	5	165	36	23	23	16	1.94
81262047--81262073	14	1.9	14	100	0	54	59	14	3	22	1.51
81262875--81262934	26	2.3	26	85	5	77	41	10	15	33	1.80
81264048--81264116	22	3.4	22	65	19	67	39	7	8	44	1.63
81264043--81264120	39	2.0	39	100	0	156	41	7	7	43	1.62
81264836--81264874	19	2.0	20	85	5	53	38	12	15	33	1.85
81266129--81266164	18	2.1	17	89	5	54	72	0	22	5	1.05
81272601--81272664	26	2.5	26	87	5	85	31	20	28	20	1.97
81275240--81275273	12	2.8	12	90	4	50	26	8	20	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81287668--81287750	30	2.8	30	79	17	84	22	12	2	62	1.41
81287794--81287858	25	2.6	26	83	9	75	32	6	0	61	1.21
81287806--81287858	25	2.2	24	90	6	81	32	5	0	62	1.19
81289946--81290005	22	2.9	19	83	9	66	56	1	1	40	1.19
81289946--81289978	10	3.4	10	87	8	50	57	0	0	42	0.98
81290010--81290168	19	8.7	19	71	19	108	53	0	2	44	1.14
81289988--81290140	53	2.8	55	86	4	222	52	0	3	43	1.17
81289995--81290139	26	5.4	26	83	8	193	53	0	3	42	1.17
81289991--81290152	81	2.0	81	84	8	213	52	0	3	44	1.16
81289995--81290166	26	6.6	25	79	10	159	53	0	2	43	1.15
81299377--81299452	25	2.9	24	84	9	80	59	1	1	38	1.14
81300068--81300120	24	2.2	24	90	3	81	45	0	1	52	1.11
81300665--81300706	2	20.5	2	95	4	75	50	0	2	47	1.14
81308962--81309001	19	2.1	19	90	0	62	42	7	10	40	1.67
81320221--81320253	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
81320300--81320358	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
81320329--81320388	26	2.4	24	81	8	66	30	0	3	66	1.07
81320332--81320389	25	2.3	26	79	5	66	29	0	3	67	1.07
81324915--81324979	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
81325074--81325136	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
81325084--81325147	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
81325599--81325637	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81334070--81334094	13	1.9	13	100	0	50	20	32	40	8	1.81
81339380--81339483	53	2.0	53	100	0	208	28	20	19	31	1.97
81348729--81348857	45	2.9	44	80	4	125	44	13	17	24	1.84
81349044--81349132	27	3.3	27	79	6	99	39	17	26	15	1.90
81351612--81351680	26	2.6	27	79	2	77	42	23	8	26	1.83
81351633--81351976	27	12.9	27	74	10	129	33	21	10	34	1.88
81351705--81351874	27	6.3	27	84	4	200	28	23	8	39	1.84
81351705--81351874	80	2.1	81	89	5	256	28	23	8	39	1.84
81351879--81352217	27	12.6	27	79	7	321	34	20	19	25	1.96
81352567--81352631	22	3.0	22	82	8	87	20	24	21	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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