genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.379.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  379  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110226769--110226827	18	3.3	18	86	11	77	10	6	5	77	1.10
110242699--110242757	30	2.0	30	86	6	84	27	3	10	59	1.46
110247480--110247522	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
110248076--110248262	48	3.9	48	91	0	302	18	17	29	34	1.94
110248775--110248813	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
110250118--110250153	18	2.0	18	94	0	63	75	0	0	25	0.81
110259985--110260614	131	4.8	128	78	8	389	28	18	17	35	1.94
110259985--110260614	132	4.8	131	78	6	506	28	18	17	35	1.94
110266687--110266743	19	3.1	19	82	7	64	56	5	0	38	1.22
110269027--110269078	19	2.8	18	77	11	52	51	0	0	48	1.00
110269257--110269299	22	2.0	22	85	0	59	65	9	13	11	1.48
110270480--110270522	23	1.9	23	95	4	79	69	0	0	30	0.88
110270893--110270943	22	2.3	23	83	12	63	25	21	3	49	1.67
110273141--110273417	130	2.1	130	89	3	434	37	2	5	54	1.40
110274886--110274931	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
110274893--110274937	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
110276898--110277054	51	3.1	50	90	1	242	31	14	23	29	1.94
110281106--110281148	20	2.2	20	83	8	52	34	16	25	23	1.95
110284925--110285237	46	6.7	48	77	11	260	27	18	30	23	1.97
110284966--110285236	47	5.8	47	75	14	215	28	18	31	22	1.97
110300222--110300254	13	2.5	13	95	0	57	3	27	51	18	1.60
110302095--110302494	46	8.7	46	88	1	489	21	24	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110303484--110303569	41	2.1	40	84	2	109	66	10	2	20	1.33
110303585--110303629	23	2.0	23	86	0	63	68	0	4	26	1.08
110304788--110304815	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
110304876--110304923	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
110309574--110309619	19	2.4	19	85	3	65	45	13	10	30	1.77
110309729--110310116	125	3.1	125	90	2	582	30	17	15	35	1.91
110309755--110310116	124	2.9	121	89	2	402	30	17	14	37	1.90
110310205--110310278	36	2.0	37	84	2	96	37	21	2	37	1.68
110312035--110312145	53	2.1	53	96	0	204	34	10	5	49	1.61
110313584--110313615	11	2.9	11	100	0	64	90	0	9	0	0.45
110313584--110313618	6	6.2	6	87	12	56	88	0	11	0	0.51
110315078--110315112	11	3.2	11	88	12	54	88	11	0	0	0.51
110315079--110315110	14	2.3	14	100	0	64	93	6	0	0	0.34
110318271--110318300	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
110320115--110320167	21	2.7	20	80	11	56	49	3	3	43	1.38
110320115--110320167	19	2.7	20	82	5	63	49	3	3	43	1.38
110323763--110323802	19	2.2	18	86	4	53	60	0	0	40	0.97
110325244--110325355	47	2.4	47	75	8	120	37	21	14	26	1.92
110327607--110327717	47	2.4	47	81	6	127	36	21	14	27	1.92
110334363--110334418	26	2.1	27	78	15	64	41	23	3	32	1.71
110334503--110334640	46	3.0	46	90	2	206	18	22	15	42	1.88
110336739--110336867	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110344120--110344248	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
110345975--110346054	15	5.4	15	83	7	101	60	13	16	10	1.59
110345986--110346063	15	5.2	15	81	9	88	57	15	15	11	1.65
110345975--110346063	30	3.0	30	83	8	110	58	15	15	10	1.63
110347987--110348133	58	2.9	46	75	21	150	23	25	14	37	1.92
110348003--110348119	58	2.0	58	94	0	207	23	25	14	36	1.93
110348049--110348073	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
110350257--110350309	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
110350257--110350322	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
110351057--110351103	12	4.2	12	76	15	55	27	0	8	63	1.23
110351061--110351101	21	2.0	21	100	0	82	24	0	7	68	1.15
110353323--110353353	4	7.8	4	100	0	62	0	22	0	77	0.77
110367575--110367647	38	1.9	38	100	0	146	57	16	9	16	1.64
110370227--110370348	37	3.1	39	70	14	108	34	20	16	28	1.94
110370910--110370945	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
110372019--110372073	21	2.6	21	88	0	74	32	7	30	29	1.84
110375499--110375544	19	2.2	20	81	14	58	43	2	0	54	1.12
110375507--110375553	19	2.6	18	84	15	62	40	0	0	59	0.97
110376192--110376230	11	3.1	13	82	17	55	66	0	0	33	0.92
110376835--110376884	23	2.2	23	82	7	57	68	0	4	28	1.08
110380588--110380626	20	2.0	20	85	10	53	2	38	0	58	1.12
110384228--110384443	107	2.0	108	97	0	407	41	9	5	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110384991--110385306	158	2.0	158	100	0	632	28	15	24	31	1.96
110387593--110387640	12	3.8	12	76	15	51	60	14	2	22	1.45
110387603--110387644	12	3.1	14	74	19	52	59	11	0	28	1.33
110387588--110387644	27	2.1	27	96	0	105	56	14	1	28	1.48
110396078--110396116	18	2.2	18	85	0	51	56	7	2	33	1.41
110396168--110396239	22	3.2	21	75	14	56	69	4	4	22	1.23
110398250--110398417	75	2.2	75	87	0	246	33	20	17	28	1.95
110398321--110399012	89	7.9	87	84	7	809	36	19	17	27	1.93
110398573--110398609	14	2.4	16	86	8	51	62	0	13	24	1.31
110398833--110398865	14	2.3	15	89	5	50	60	6	12	21	1.53
110398022--110399012	434	2.3	422	81	8	1144	35	19	16	28	1.94
110411913--110411978	12	5.4	12	75	8	53	63	3	4	28	1.29
110412576--110412604	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
110414857--110414915	31	1.9	31	86	6	84	33	15	15	35	1.89
110427161--110427194	5	6.8	5	100	0	68	0	17	61	20	1.34
110427283--110427380	50	2.0	50	85	4	135	31	11	16	40	1.83
110427630--110427664	2	17.5	2	87	0	52	57	0	0	42	0.99
110429405--110429482	39	2.0	39	100	0	156	51	7	7	33	1.59
110434307--110434348	21	2.0	21	81	13	50	38	23	0	38	1.55
110435900--110435943	21	2.1	21	83	8	54	27	18	20	34	1.96
110443013--110443073	18	3.4	18	95	0	113	39	21	9	29	1.85
110444146--110444205	16	3.8	16	75	16	54	36	1	1	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110446207--110446263	28	2.0	28	100	0	114	33	21	17	28	1.96
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110447145--110447196	10	4.8	10	82	15	59	17	3	26	51	1.62
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110448353--110448408	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
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110454120--110454159	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
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110470866--110470959	42	2.2	42	85	9	120	27	15	24	31	1.96
110470808--110470979	43	4.0	43	72	11	145	26	16	24	31	1.96
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110472133--110472193	21	2.8	22	87	9	90	34	27	24	13	1.93
110472123--110472205	21	3.8	23	81	9	84	37	25	22	14	1.92
110473648--110473683	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
110474765--110474807	23	1.9	22	90	4	68	16	4	27	51	1.64
110474765--110474816	10	4.8	10	82	15	59	17	3	26	51	1.62
110483713--110483749	16	2.3	15	86	13	56	72	10	5	10	1.25
110487730--110487805	18	4.2	18	87	0	116	42	18	10	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110488914--110488944	16	1.9	16	93	0	53	64	3	0	32	1.09
110498583--110498624	5	8.4	5	82	10	50	7	14	0	78	0.95
110498591--110498661	5	13.2	5	77	14	61	14	9	0	76	1.03
110498587--110498661	22	3.5	22	82	7	84	13	10	0	76	1.03
110498588--110498661	38	1.9	39	88	2	114	13	10	0	75	1.04
110498586--110498661	11	7.2	10	79	15	64	13	10	0	76	1.02
110498590--110498673	38	2.2	38	85	4	107	14	13	0	72	1.12
110511871--110511951	30	2.7	30	90	3	119	50	2	4	41	1.37
110511869--110511965	30	3.2	30	85	2	97	52	3	4	40	1.36
110512907--110512945	19	1.9	19	85	10	51	35	2	0	61	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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