genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  183  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50457057--50457102	18	2.6	18	89	0	74	19	19	15	45	1.85
50459259--50459310	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
50459934--50460164	27	8.6	27	86	0	293	24	20	19	35	1.96
50461116--50461220	56	1.9	56	82	5	133	34	20	24	20	1.96
50461141--50461220	27	2.9	28	86	5	108	31	22	25	21	1.98
50461336--50461428	28	3.3	28	92	3	143	31	8	25	34	1.86
50468324--50468559	27	8.7	27	78	3	197	41	20	8	29	1.82
50468324--50468554	81	2.9	81	80	6	236	42	19	8	29	1.80
50468566--50468735	27	6.3	27	89	0	259	30	23	7	38	1.83
50468660--50468799	27	5.2	26	84	3	109	37	24	6	32	1.81
50468317--50468824	54	9.4	54	78	4	283	37	21	8	32	1.83
50468723--50468824	27	3.8	27	81	5	107	43	19	6	30	1.77
50468350--50468824	81	5.9	81	74	5	287	38	20	8	33	1.82
50468810--50468839	15	2.0	15	100	0	60	60	20	0	20	1.37
50468826--50469101	27	10.3	27	84	3	342	35	20	20	24	1.96
50468779--50468866	42	2.1	42	83	6	108	45	19	10	25	1.81
50468826--50469083	53	4.8	54	86	3	340	35	20	19	23	1.96
50468826--50469083	109	2.4	108	85	7	371	35	20	19	23	1.96
50469528--50469592	22	3.0	22	75	8	69	20	23	23	33	1.97
50469751--50469852	27	3.8	27	84	10	136	18	20	21	39	1.93
50470012--50470099	6	14.3	6	72	17	65	19	20	13	46	1.83
50470002--50470099	31	3.2	31	89	2	144	19	20	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50471372--50471444	25	2.9	25	76	8	76	24	20	20	34	1.97
50472693--50472850	86	1.8	85	82	6	203	27	17	24	31	1.97
50472694--50472831	43	3.2	43	77	12	140	26	17	23	32	1.96
50472694--50472850	43	3.7	41	77	12	129	27	17	23	31	1.97
50476514--50476585	27	2.6	27	84	4	90	31	20	23	23	1.98
50476506--50476592	27	3.1	27	78	8	86	32	24	21	21	1.98
50477536--50477996	27	17.1	27	86	3	626	26	23	10	39	1.86
50477536--50478006	107	4.4	108	87	5	663	26	22	10	39	1.87
50478008--50478192	27	6.9	27	83	4	223	35	17	21	25	1.95
50478008--50478191	53	3.5	53	84	5	237	35	17	21	26	1.95
50478009--50478192	80	2.3	81	86	1	246	35	17	20	26	1.95
50478391--50478473	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
50478568--50478619	22	2.4	22	83	0	68	21	23	21	34	1.97
50478783--50478856	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
50478974--50479153	6	29.8	6	74	17	151	20	16	14	48	1.80
50479050--50479174	30	4.2	30	83	9	148	19	17	14	48	1.81
50481087--50481656	27	21.1	27	84	6	631	28	21	9	41	1.84
50481661--50481856	27	7.3	27	83	2	196	36	18	18	26	1.94
50482056--50482134	27	3.0	26	83	10	97	21	22	18	36	1.95
50482448--50482521	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
50482639--50482795	6	25.8	6	74	16	128	20	17	13	49	1.80
50482639--50482766	55	2.3	55	89	2	195	21	17	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50482639--50482816	30	6.1	30	77	13	165	20	17	13	48	1.80
50483438--50483531	28	3.3	28	95	1	161	30	7	26	35	1.84
50489874--50489976	40	2.6	40	92	0	170	29	26	24	20	1.99
50489826--50489976	80	1.9	80	81	0	185	29	22	25	22	1.99
50501566--50501776	46	4.6	45	77	7	185	25	19	31	23	1.98
50505187--50505362	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
50505184--50505354	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
50507510--50507595	40	2.2	40	82	0	100	29	23	27	19	1.98
50510956--50510998	2	22.0	2	95	4	79	48	0	51	0	1.00
50512536--50512609	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
50512593--50512668	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
50512536--50512668	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
50520418--50520549	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
50523017--50523073	20	2.8	20	75	17	55	40	14	0	45	1.44
50530465--50530711	27	9.1	27	81	0	278	30	20	8	40	1.81
50530497--50530709	108	2.0	108	90	0	336	30	17	7	43	1.78
50531218--50531315	25	3.7	25	75	15	97	18	21	12	47	1.80
50531271--50531336	6	10.8	6	75	15	64	16	19	15	48	1.81
50531218--50531315	31	3.4	30	72	21	91	18	21	12	47	1.80
50533282--50533374	6	15.3	6	79	10	100	19	18	12	49	1.79
50533226--50533374	55	2.7	55	86	5	185	19	19	12	48	1.79
50534406--50534447	17	2.5	17	92	0	66	16	47	23	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50540316--50540364	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
50541185--50541351	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
50549383--50549569	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50549406--50549569	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50549406--50549603	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
50556945--50557108	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
50556945--50557142	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
50559580--50559752	47	3.7	47	87	1	231	32	27	16	23	1.96
50563105--50563195	45	2.0	45	95	0	164	46	13	29	10	1.77
50564105--50564279	70	2.6	67	80	10	180	21	28	16	33	1.95
50574681--50574930	51	4.9	51	86	3	317	28	26	14	31	1.94
50576787--50576944	40	4.0	40	81	6	162	27	23	26	22	2.00
50576787--50576974	80	2.3	80	78	13	199	26	23	27	22	2.00
50583780--50583922	39	3.7	39	89	1	225	26	20	30	22	1.99
50587240--50587397	40	4.0	40	81	6	171	27	24	26	22	2.00
50587240--50587424	40	4.6	40	80	7	166	26	24	27	22	2.00
50587240--50587427	80	2.3	80	79	13	208	26	23	27	22	2.00
50591265--50591304	18	2.2	18	86	0	53	10	35	32	22	1.87
50599623--50599650	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
50600760--50600784	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
50604770--50604912	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
50604771--50604952	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50614088--50614254	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
50614088--50614254	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
50615079--50615124	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
50618156--50618319	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
50618156--50618353	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
50622470--50622699	50	4.6	50	78	10	236	23	18	27	30	1.98
50635960--50635999	21	1.9	21	85	10	55	30	30	20	20	1.97
50637949--50638116	40	4.2	40	86	2	214	23	21	28	26	1.99
50642759--50642784	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50643056--50643117	30	2.1	30	100	0	124	41	24	3	30	1.70
50643469--50643685	49	4.5	49	90	3	352	30	28	6	34	1.83
50644944--50644976	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
50649993--50650200	40	5.2	40	87	1	276	23	20	28	27	1.99
50654398--50654493	40	2.4	41	86	6	126	25	30	18	26	1.98
50670111--50670148	14	2.9	13	88	11	60	60	10	13	15	1.59
50671048--50671107	30	2.0	30	96	0	111	28	26	16	28	1.97
50672657--50672708	23	2.3	23	84	15	65	63	3	11	21	1.43
50678010--50678107	25	4.0	24	78	11	83	25	21	22	30	1.99
50678025--50678107	25	3.4	25	86	1	105	25	21	21	31	1.98
50678914--50678977	27	2.4	27	81	5	76	18	21	21	37	1.94
50679031--50679111	27	2.9	27	80	12	85	34	8	16	40	1.79
50679118--50679181	27	2.4	26	79	7	74	25	7	25	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50679194--50679285	27	3.4	27	92	0	148	41	9	22	26	1.85
50681873--50681950	24	3.2	24	89	3	95	24	23	20	32	1.98
50681883--50681950	24	2.8	24	90	2	100	25	23	23	27	2.00
50682754--50682809	27	2.1	26	86	3	76	21	25	21	32	1.98
50682739--50682817	26	3.0	27	80	8	85	22	24	18	34	1.97
50682871--50682977	27	3.9	27	78	17	96	31	7	18	42	1.78
50682868--50683003	56	2.5	54	80	7	141	31	8	19	41	1.80
50682933--50683085	27	5.8	27	77	9	131	28	9	20	41	1.83
50682932--50683054	52	2.3	53	83	8	144	27	7	21	43	1.79
50683073--50683173	27	3.9	27	82	8	120	44	8	18	27	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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