genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24217507--24217546	18	2.3	18	91	4	64	50	0	5	45	1.23
24227878--24227935	13	4.5	13	84	0	80	37	27	6	27	1.82
24230651--24230733	27	3.3	27	63	16	77	33	28	4	32	1.78
24230601--24230760	49	3.3	49	92	1	252	30	30	8	31	1.86
24239007--24239063	6	9.5	6	88	0	78	77	3	1	17	1.00
24239007--24239063	18	3.2	18	92	0	87	77	3	1	17	1.00
24245091--24245514	212	2.0	211	99	0	830	26	16	16	39	1.90
24248880--24248938	30	2.0	30	83	6	75	16	27	35	20	1.94
24251474--24251509	17	2.1	17	94	0	63	33	0	2	63	1.08
24251475--24251533	27	2.1	28	81	12	68	28	1	3	66	1.18
24251550--24251580	14	2.2	14	94	0	53	12	0	3	83	0.75
24253223--24253280	30	1.9	30	85	0	80	29	25	17	27	1.97
24256101--24256151	23	2.2	23	85	0	66	15	35	27	21	1.94
24257700--24257770	35	2.0	35	91	0	115	28	33	23	14	1.94
24258499--24258578	22	3.5	22	76	10	81	8	10	5	76	1.15
24258513--24258572	21	2.8	21	85	9	77	5	8	5	81	0.97
24262803--24262828	13	2.0	13	100	0	52	23	15	30	30	1.95
24267271--24267296	12	2.2	12	100	0	52	46	7	15	30	1.74
24267345--24267415	30	2.3	31	85	11	92	50	0	2	46	1.16
24269497--24269709	62	3.4	62	81	4	225	19	26	27	26	1.99
24275144--24275184	16	2.5	16	84	4	55	78	4	9	7	1.10
24276777--24276841	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24290003--24290030	14	2.0	14	100	0	56	21	7	14	57	1.61
24293168--24293377	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24301303--24301512	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
24304286--24304365	18	4.4	18	95	0	124	35	26	10	28	1.89
24306838--24306871	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
24306848--24306882	18	2.0	18	88	5	54	57	0	2	40	1.14
24306908--24306952	23	2.0	23	100	0	90	48	6	13	31	1.68
24311873--24312099	40	5.7	40	89	4	309	25	22	27	24	2.00
24311873--24312099	119	1.9	119	85	7	318	25	22	27	24	2.00
24319055--24319310	40	6.5	39	86	6	306	25	23	26	23	2.00
24319051--24319277	40	5.7	40	88	4	318	25	23	26	23	2.00
24325838--24325906	27	2.6	27	88	4	95	31	27	11	28	1.92
24327787--24328043	40	6.5	40	85	2	324	25	28	23	23	2.00
24335873--24336124	39	6.5	40	83	7	297	25	28	22	23	1.99
24335887--24336124	77	3.1	77	88	3	334	25	28	22	22	1.99
24335873--24336123	38	6.5	38	83	9	285	25	28	22	23	1.99
24339804--24339954	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
24339841--24339970	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
24341319--24341356	19	2.0	19	94	0	67	13	15	39	31	1.86
24342055--24342086	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
24342297--24342881	50	11.6	50	77	5	518	31	25	16	26	1.96
24342398--24342830	101	4.3	101	80	3	471	31	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24342398--24342877	202	2.4	203	88	4	695	32	26	15	26	1.96
24356413--24356582	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
24364507--24364716	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24374659--24374691	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
24378546--24378579	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
24379139--24379381	40	6.1	40	94	0	398	23	21	25	28	1.99
24382458--24382504	6	7.8	6	87	0	67	14	6	0	78	0.93
24382459--24382524	24	2.7	25	81	13	75	18	6	0	75	1.00
24385423--24385455	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
24389474--24389642	46	3.7	46	76	10	182	23	20	26	29	1.99
24389467--24389637	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
24396711--24396774	28	2.3	28	91	0	101	18	17	37	26	1.93
24397091--24397349	27	9.7	27	79	6	267	38	16	10	34	1.82
24397091--24397349	53	4.8	54	81	4	301	38	16	10	34	1.82
24397091--24397349	80	3.2	80	86	2	360	38	16	10	34	1.82
24397327--24397416	27	3.3	28	78	4	94	40	15	15	28	1.88
24397127--24397376	53	4.7	53	81	4	175	39	17	10	33	1.83
24404750--24404783	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24405480--24405735	40	6.5	40	83	4	272	23	22	28	25	1.99
24405480--24405735	80	3.2	79	87	2	336	23	22	28	25	1.99
24412253--24412373	51	2.3	54	87	9	189	53	9	20	15	1.70
24413628--24413884	40	6.5	39	88	3	340	22	24	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421994--24422042	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
24422865--24423031	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
24423424--24424108	78	8.8	78	89	2	944	32	18	23	25	1.97
24424138--24424303	45	3.7	45	86	3	217	31	13	28	26	1.94
24424139--24424309	89	1.9	89	86	3	245	30	14	28	26	1.94
24424654--24424763	36	3.0	36	83	9	118	40	10	11	36	1.77
24424675--24424763	35	2.4	38	87	11	139	39	11	13	35	1.80
24424675--24424763	19	4.8	19	89	9	139	39	11	13	35	1.80
24425044--24425077	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
24432677--24432725	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
24433547--24433713	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
24440686--24440734	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
24441557--24441723	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
24446714--24446748	2	18.0	2	88	5	54	54	0	0	45	0.99
24446717--24446746	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
24446715--24446748	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
24450055--24450093	18	2.2	18	85	0	51	48	2	2	46	1.29
24451734--24451763	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
24453393--24453420	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
24462989--24463193	40	5.2	39	82	4	225	25	22	26	25	2.00
24462990--24463178	77	2.4	80	84	3	231	26	23	25	24	2.00
24465741--24465847	17	5.9	18	89	6	164	39	11	13	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24465749--24465847	35	2.8	35	96	3	180	38	12	13	36	1.81
24471755--24471872	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24471723--24471886	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24478861--24478978	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
24478829--24478992	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24480973--24481021	6	7.7	6	79	20	55	83	0	16	0	0.64
24480966--24481024	15	3.5	17	82	15	77	84	0	13	1	0.69
24480954--24481024	32	2.2	32	85	9	92	83	1	14	1	0.79
24480965--24481024	25	2.4	25	86	2	86	85	0	13	1	0.69
24480954--24481024	33	2.2	32	85	7	90	83	1	14	1	0.79
24480973--24481021	18	2.5	21	87	9	68	83	0	16	0	0.64
24481984--24482251	84	3.2	82	83	7	340	31	21	22	23	1.98
24482260--24483053	207	3.8	207	92	0	1257	30	17	23	29	1.97
24483453--24483640	17	10.6	17	83	6	223	37	10	14	37	1.81
24483453--24483640	35	5.3	35	94	1	304	37	10	14	37	1.81
24487975--24488050	10	7.5	10	69	18	50	39	10	2	47	1.52
24490133--24490165	5	6.6	5	86	13	50	18	0	0	81	0.68
24495805--24495839	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
24496093--24496168	22	3.7	21	76	15	68	40	17	7	34	1.78
24496122--24496219	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
24496129--24496219	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
24496338--24496376	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24496575--24496723	45	3.3	45	83	3	194	22	30	14	32	1.94
24496737--24496951	78	2.8	78	89	2	333	26	23	19	30	1.98
24496710--24497238	287	1.8	287	89	0	826	26	23	18	31	1.97
24497025--24497396	78	4.8	78	85	1	485	25	23	18	32	1.97
24502259--24502646	47	8.3	47	92	0	607	27	30	8	33	1.87
24502568--24502643	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
24518388--24518419	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24520438--24520543	36	3.1	36	75	18	118	32	30	12	25	1.92
24520474--24520532	30	2.0	30	93	0	100	32	28	13	25	1.94
24522497--24522530	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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