genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.370.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  370  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107450256--107450289	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
107455619--107455653	5	6.8	5	90	6	52	0	14	2	82	0.77
107456741--107456805	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
107456911--107456999	27	3.2	27	82	10	110	20	23	23	32	1.98
107465149--107465350	68	3.0	67	87	2	287	25	22	25	26	2.00
107465364--107465954	43	13.6	44	65	12	206	20	24	21	34	1.97
107465358--107466000	87	7.4	87	89	3	942	20	23	21	34	1.97
107465358--107466000	173	3.7	173	90	2	999	20	23	21	34	1.97
107465358--107466000	260	2.5	261	90	1	1024	20	23	21	34	1.97
107466070--107466197	64	2.0	64	93	0	220	37	14	17	31	1.89
107466854--107466936	26	3.2	26	67	21	64	55	7	10	26	1.60
107469773--107470184	46	9.0	46	95	0	700	23	23	15	37	1.93
107472622--107472689	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
107474458--107474503	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
107474458--107474503	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
107478096--107478282	6	30.8	6	75	16	172	48	14	16	20	1.81
107478075--107478282	30	7.1	29	78	14	187	48	14	16	20	1.81
107478096--107478282	85	2.2	85	95	1	331	48	14	16	20	1.81
107478400--107478465	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
107478638--107478696	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
107478784--107478866	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
107479065--107479260	27	7.3	27	85	0	248	25	19	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107479265--107479755	27	18.2	27	85	5	634	40	10	21	26	1.86
107482208--107482249	22	1.9	23	85	9	61	38	4	19	38	1.73
107484583--107484836	55	4.8	54	79	10	269	36	17	24	21	1.95
107484590--107484789	107	1.8	110	89	5	318	34	18	25	22	1.96
107489831--107490329	190	2.6	190	84	5	600	41	18	9	31	1.81
107489823--107490334	27	18.9	27	79	4	302	41	18	9	31	1.82
107490583--107490704	41	3.0	41	91	0	190	21	21	29	27	1.98
107491114--107491167	22	2.5	22	87	0	81	11	22	25	40	1.87
107501433--107501476	22	2.0	22	95	0	79	50	2	22	25	1.61
107502103--107502128	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
107512636--107513614	353	2.8	346	81	3	1160	34	17	17	30	1.94
107512953--107514284	670	2.0	662	81	2	1576	34	16	17	31	1.93
107513617--107514615	354	2.8	354	85	0	1266	34	15	17	32	1.92
107514693--107514757	31	2.1	31	100	0	130	40	18	3	38	1.66
107516112--107516244	48	2.8	48	82	6	146	33	25	19	21	1.97
107516358--107516413	11	5.2	11	73	4	51	28	14	21	35	1.92
107517531--107519789	354	6.4	354	81	2	2277	34	17	17	31	1.93
107517532--107519789	709	3.2	702	81	3	2350	34	17	17	31	1.93
107527601--107527647	6	8.2	6	86	9	71	17	2	0	80	0.80
107527601--107527647	11	4.1	12	91	5	71	17	2	0	80	0.80
107527591--107527647	17	3.4	17	83	7	71	19	3	0	77	0.92
107527859--107527945	42	2.1	42	100	0	174	22	19	0	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107529520--107529576	30	1.9	30	88	0	87	24	35	29	10	1.89
107532522--107532640	23	5.3	22	77	8	107	32	18	25	23	1.97
107532521--107532640	45	2.6	44	79	8	134	32	19	25	23	1.97
107538628--107538670	13	3.4	13	93	3	70	18	34	34	11	1.87
107540991--107541015	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
107544626--107544658	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
107544939--107544963	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
107549928--107550013	6	14.7	6	76	11	63	16	4	3	75	1.11
107549929--107549977	15	3.6	14	78	13	57	18	4	0	77	0.92
107549935--107549999	31	2.1	31	88	5	96	16	6	1	75	1.08
107549926--107549999	26	2.8	26	80	17	82	17	5	1	75	1.06
107554737--107555091	46	7.5	47	75	14	252	23	29	17	28	1.97
107554728--107555091	140	2.5	143	82	9	424	23	29	17	28	1.97
107554733--107555091	94	3.8	95	78	12	330	23	29	17	28	1.97
107558997--107559056	31	1.9	31	89	0	93	26	23	16	33	1.96
107559266--107559394	24	5.4	24	88	2	179	27	22	20	30	1.98
107559266--107559393	47	2.7	48	87	3	177	27	22	20	29	1.98
107559444--107559504	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
107559547--107559594	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
107560835--107561125	27	10.8	27	86	3	354	40	8	23	28	1.84
107561076--107561325	27	9.3	27	82	3	213	32	8	21	38	1.84
107561148--107561304	53	2.9	53	83	3	127	32	8	19	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107561174--107561325	53	2.9	54	87	4	211	31	7	20	40	1.79
107562983--107563042	30	2.0	31	90	3	95	40	15	18	26	1.90
107567345--107567449	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
107575334--107575438	39	2.7	39	89	1	156	25	20	31	21	1.98
107577427--107577483	30	1.9	30	96	0	105	14	24	24	36	1.92
107581481--107581658	43	4.2	43	82	3	207	29	28	14	27	1.95
107582579--107582920	168	2.0	168	96	1	632	39	19	13	27	1.89
107585920--107586007	42	2.1	41	87	6	124	30	15	10	43	1.80
107585920--107586008	41	2.1	41	87	6	126	30	15	11	42	1.82
107586148--107586174	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
107586176--107586214	7	5.4	7	96	3	69	28	0	0	71	0.86
107586776--107586809	14	2.3	15	90	5	52	38	44	2	14	1.61
107586770--107586814	21	2.1	22	83	4	56	42	42	2	13	1.56
107586854--107586892	14	2.8	14	92	0	69	48	28	0	23	1.51
107586991--107587032	14	2.9	14	82	6	57	42	28	0	28	1.56
107587502--107587760	116	2.2	116	89	0	394	33	16	21	28	1.95
107588962--107589088	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
107589148--107589419	31	8.8	31	89	5	399	26	28	18	26	1.98
107589148--107589419	123	2.2	124	88	4	415	26	28	18	26	1.98
107589401--107589523	50	2.4	51	87	5	178	26	21	15	37	1.93
107594882--107594916	16	2.2	16	90	5	54	60	0	8	31	1.27
107595047--107595090	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107595148--107595194	16	3.1	15	81	12	51	57	2	2	38	1.23
107596160--107596196	19	1.9	19	88	0	56	29	2	10	56	1.47
107609411--107609576	52	3.2	53	81	10	189	29	28	16	24	1.97
107610389--107610419	12	2.6	12	100	0	62	77	0	16	6	0.97
107611938--107611970	6	5.5	6	100	0	66	30	0	69	0	0.88
107616671--107616710	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
107616921--107616965	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
107619156--107619207	22	2.4	22	96	0	95	23	7	1	67	1.27
107619184--107619213	15	1.9	16	93	6	53	26	10	3	60	1.45
107622307--107622752	27	16.4	27	86	1	568	31	15	15	37	1.89
107622307--107622752	82	5.5	82	85	3	576	31	15	15	37	1.89
107622306--107622752	109	4.1	109	89	1	628	31	15	15	37	1.88
107622765--107622829	27	2.4	27	92	0	103	33	15	13	36	1.87
107622782--107622867	27	3.2	26	80	9	77	34	20	15	29	1.93
107622670--107622844	95	1.8	95	81	2	217	30	14	14	40	1.87
107622946--107623001	23	2.4	22	82	14	60	25	16	19	39	1.91
107623254--107623322	18	3.8	18	77	11	79	21	21	17	39	1.93
107629906--107629957	27	1.9	27	96	0	95	25	1	36	36	1.67
107631375--107631423	2	25.0	2	85	4	64	42	2	0	55	1.11
107631461--107631515	21	2.8	19	79	12	67	34	0	0	65	0.93
107631470--107631518	15	3.2	16	86	13	68	36	0	0	63	0.95
107631461--107631518	3	19.3	3	73	19	50	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107631592--107631634	19	2.3	20	80	15	56	34	0	4	60	1.17
107631893--107631964	28	2.6	27	78	12	74	31	4	0	63	1.13
107643993--107644577	206	2.8	205	90	1	884	31	18	21	28	1.96
107646124--107646187	2	34.0	2	80	12	73	42	1	0	56	1.09
107646233--107646294	7	8.7	7	76	16	56	35	1	1	61	1.16
107646234--107646282	15	3.2	16	86	13	68	36	0	0	63	0.95
107646234--107646346	3	36.0	3	68	21	54	34	3	1	60	1.24
107646234--107646279	21	2.3	20	88	7	67	36	0	0	63	0.95
107646234--107646294	19	3.1	19	86	11	70	34	1	1	62	1.15
107646236--107646391	30	5.0	30	71	15	113	33	3	2	60	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427