genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  238  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67540039--67540143	34	3.1	34	79	1	122	30	14	15	40	1.87
67540187--67540329	48	3.0	48	89	0	214	27	23	16	32	1.95
67540969--67541004	19	1.9	19	88	5	56	52	2	8	36	1.46
67542319--67542352	17	2.0	17	88	11	52	41	11	5	41	1.66
67545711--67545770	22	2.7	24	72	25	60	66	1	30	1	1.11
67559024--67559122	45	2.2	45	81	3	110	33	17	24	25	1.96
67560045--67560097	27	1.9	28	84	3	72	18	7	15	58	1.60
67560507--67560562	27	2.0	29	82	6	71	60	12	10	16	1.58
67565079--67565345	49	5.6	48	75	10	237	23	28	19	28	1.98
67565033--67565345	94	3.3	95	77	10	268	23	28	19	28	1.98
67574818--67575045	40	5.8	40	93	4	340	23	22	27	26	2.00
67574818--67575045	118	1.9	120	88	8	351	23	22	27	26	2.00
67580438--67580503	32	2.1	32	100	0	132	16	12	31	39	1.85
67583173--67583357	40	4.6	40	89	4	234	24	20	28	27	1.99
67583738--67583942	40	5.2	40	91	2	274	23	20	27	27	1.99
67582966--67584103	567	2.0	567	97	0	2132	28	15	23	33	1.95
67587240--67587282	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
67587236--67587282	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
67587248--67587282	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
67587325--67587355	4	7.5	4	92	7	53	70	0	29	0	0.87
67588661--67588707	5	9.2	5	92	2	67	38	0	23	38	1.55
67589116--67589265	45	3.3	45	89	0	210	20	18	22	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67589245--67589269	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
67589432--67589599	72	2.3	72	81	7	180	38	11	14	35	1.83
67589433--67589697	18	14.3	18	70	12	133	36	10	15	37	1.83
67591930--67592024	24	3.9	24	72	10	77	25	21	17	35	1.95
67591940--67592079	23	5.9	23	72	15	81	25	22	17	34	1.96
67591940--67592071	45	2.8	45	79	10	124	25	21	17	34	1.95
67592034--67592098	26	2.6	25	88	7	89	26	23	20	30	1.98
67592238--67592344	20	5.4	19	79	9	97	32	12	17	37	1.87
67592238--67592344	40	2.7	38	83	9	124	32	12	17	37	1.87
67595497--67595580	26	3.2	26	94	0	141	38	25	4	32	1.77
67600517--67600680	71	2.3	71	97	0	310	19	27	17	35	1.94
67600517--67600714	71	2.8	70	88	5	242	21	27	16	34	1.95
67608084--67608247	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67608084--67608281	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
67615715--67615901	27	6.9	27	80	8	177	36	20	22	20	1.95
67615718--67615901	54	3.4	55	84	4	221	36	20	22	20	1.95
67615715--67615901	81	2.3	81	83	3	216	36	20	22	20	1.95
67618577--67618624	19	2.5	19	96	0	87	20	25	6	47	1.73
67624799--67624826	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
67625539--67625729	40	4.8	40	82	8	219	24	20	28	26	1.99
67625536--67625745	79	2.6	79	77	11	232	25	20	27	27	1.99
67631836--67631935	29	3.4	29	76	0	83	43	13	20	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67634698--67634753	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
67636141--67636215	26	2.8	26	79	4	78	36	21	10	32	1.88
67636323--67636460	27	5.1	27	82	11	167	18	23	22	34	1.96
67636317--67636478	54	3.0	54	90	2	229	19	24	20	34	1.96
67636323--67636478	27	5.8	27	76	19	139	19	24	21	34	1.96
67636323--67636478	81	1.9	80	83	8	201	19	24	21	34	1.96
67645719--67645784	17	3.7	17	78	15	71	71	1	0	27	0.95
67645719--67645785	9	7.4	9	85	6	82	71	1	0	26	0.94
67645993--67646100	41	2.6	41	84	8	139	33	17	17	31	1.94
67648278--67648368	45	2.0	45	89	0	137	37	25	14	23	1.92
67649763--67649903	39	3.6	39	84	1	158	46	19	4	29	1.71
67649835--67649868	16	2.1	17	88	5	52	52	17	5	23	1.66
67654147--67654263	30	3.9	30	78	3	121	28	23	5	42	1.75
67654947--67655019	36	2.1	34	82	10	85	16	0	34	49	1.46
67655009--67655069	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
67666899--67666928	14	2.1	14	93	0	51	23	6	3	66	1.30
67666758--67667410	87	7.8	86	78	8	606	29	15	19	34	1.93
67666852--67667410	172	3.3	169	80	10	591	28	15	19	36	1.92
67666842--67667335	259	1.9	255	85	5	672	29	14	19	36	1.92
67667182--67667455	80	3.6	75	79	7	293	30	16	19	33	1.94
67667688--67667806	30	4.1	29	81	5	134	31	21	4	42	1.71
67667685--67667810	59	2.1	60	78	10	143	33	19	3	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67668028--67668065	16	2.4	16	91	4	60	63	13	5	18	1.48
67668027--67668065	15	2.4	17	83	12	55	64	12	5	17	1.46
67668556--67668613	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
67669984--67670043	9	6.9	9	81	9	54	36	1	0	61	1.06
67669987--67670052	19	3.5	19	79	2	62	36	1	1	60	1.15
67670006--67670082	25	3.0	24	79	9	66	35	2	1	61	1.18
67670013--67670076	14	4.6	14	75	16	53	35	3	1	59	1.23
67670022--67670124	44	2.2	44	80	14	111	33	4	2	58	1.34
67670401--67670499	30	3.3	30	86	0	135	28	48	3	20	1.64
67671795--67671979	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
67671796--67671987	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
67678942--67679131	39	4.8	39	75	8	154	25	24	27	23	2.00
67682063--67682159	11	9.6	10	70	16	58	34	3	2	60	1.24
67682063--67682124	20	3.0	21	83	6	65	33	1	3	61	1.22
67682115--67682199	25	3.6	25	66	26	69	34	5	3	56	1.41
67682115--67682199	44	1.9	44	83	9	111	34	5	3	56	1.41
67682476--67682574	30	3.3	30	86	0	144	27	47	6	19	1.72
67686686--67686790	17	6.0	16	76	15	93	37	10	13	39	1.79
67686677--67686802	35	3.5	36	82	11	168	36	10	14	38	1.80
67686677--67686802	54	2.3	54	94	0	225	36	10	14	38	1.80
67686677--67686825	18	7.9	19	82	13	184	36	9	14	38	1.79
67690816--67690846	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67691152--67691254	43	2.5	41	82	6	118	31	26	16	26	1.97
67691152--67691267	43	2.7	43	78	10	107	32	25	16	25	1.96
67694973--67695011	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
67695060--67695116	29	2.0	29	89	0	87	59	8	7	24	1.52
67695203--67695229	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67695751--67695784	13	2.6	13	90	0	59	64	0	2	32	1.08
67698708--67698879	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
67698700--67698875	46	3.8	46	78	10	205	29	28	20	21	1.98
67700280--67701083	210	3.8	210	87	2	1086	28	21	18	30	1.97
67708882--67708931	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
67710723--67710903	40	4.6	39	81	10	133	23	26	22	28	1.99
67710785--67710904	40	3.0	40	90	1	159	23	27	22	26	1.99
67710756--67710904	81	1.9	78	83	4	190	23	28	22	26	1.99
67718809--67718975	40	4.2	38	85	3	127	23	26	22	26	2.00
67718825--67718975	80	1.9	81	81	1	187	24	27	21	26	1.99
67718850--67718975	40	3.1	40	88	1	153	23	28	22	25	1.99
67723850--67723906	29	2.0	29	92	0	96	57	8	8	24	1.57
67723993--67724023	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
67724547--67724580	13	2.6	13	90	0	59	64	0	2	32	1.08
67728597--67728632	6	6.0	6	96	0	63	66	0	2	30	1.06
67730296--67730339	5	8.8	5	100	0	88	81	0	0	18	0.68
67734664--67734690	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67737090--67737138	24	2.0	24	100	0	98	42	16	16	24	1.87
67737715--67737971	39	6.5	39	93	1	408	30	29	22	17	1.97
67737990--67738025	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67741259--67741302	18	2.5	17	78	7	61	52	0	0	47	1.00
67741257--67741311	27	2.2	27	87	12	82	47	0	0	52	1.00
67751707--67751902	105	1.9	101	84	8	261	33	15	25	26	1.95
67758712--67759001	61	5.2	53	75	15	248	31	16	18	33	1.93
67758710--67759001	114	2.6	115	80	9	325	31	17	18	33	1.94
67759959--67759994	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
67761464--67761753	47	6.1	47	87	4	286	33	9	28	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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