genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  18  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4987352--4987412	25	2.4	25	78	8	70	54	1	3	40	1.27
4990263--4990345	39	2.1	39	90	0	130	33	25	13	27	1.93
4995409--4995467	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
4995987--4996066	38	2.1	38	90	4	126	37	0	0	62	0.95
4996661--4996701	18	2.3	18	86	0	55	43	4	2	48	1.37
4997246--4997284	14	2.8	14	88	0	60	53	2	5	38	1.37
4997267--4997311	19	2.3	19	96	3	81	37	11	2	48	1.51
4998963--4999015	25	2.1	25	82	6	63	43	13	16	26	1.85
4999234--4999290	28	2.0	28	96	0	105	29	17	12	40	1.86
5000536--5000563	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
5001175--5001328	40	3.8	40	85	1	218	34	20	24	21	1.97
5001880--5001925	21	2.2	21	80	0	56	36	0	36	26	1.57
5002035--5002078	19	2.2	20	92	4	72	68	2	4	25	1.20
5002318--5002348	6	5.2	6	92	0	53	0	51	0	48	1.00
5005752--5005799	20	2.4	21	82	10	64	25	0	6	68	1.12
5005740--5005799	20	3.1	20	77	13	63	25	0	5	70	1.08
5005846--5005904	17	3.4	17	75	11	57	27	1	1	69	1.07
5009984--5010107	62	2.0	62	96	0	230	41	7	28	23	1.81
5010879--5010917	19	2.1	19	100	0	78	28	20	0	51	1.48
5016944--5017007	9	6.8	9	74	15	58	42	0	0	57	0.98
5016945--5017019	37	2.0	38	89	7	118	38	0	0	61	0.96
5016963--5017019	19	3.2	18	76	16	64	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5023855--5023884	9	3.4	9	90	9	53	40	0	0	60	0.97
5024155--5024187	17	2.0	16	94	5	57	72	0	0	27	0.85
5028767--5028859	44	2.1	45	85	2	125	54	5	9	30	1.55
5029029--5029062	13	2.6	14	86	13	54	38	0	0	61	0.96
5029012--5029062	26	2.0	25	85	14	68	39	0	3	56	1.18
5030001--5030073	19	3.9	18	70	22	62	60	0	1	38	1.06
5030004--5030060	22	2.6	23	81	10	59	61	0	1	36	1.07
5048428--5048493	21	3.2	21	64	12	55	37	4	4	53	1.42
5048413--5048494	41	2.0	41	97	0	155	36	4	3	54	1.39
5051194--5051236	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
5051194--5051236	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
5055841--5055883	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
5055841--5055883	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
5056022--5056054	4	8.2	4	100	0	66	27	0	24	48	1.51
5057951--5058014	32	2.0	32	93	0	110	35	14	20	29	1.92
5063079--5063207	40	3.3	38	79	13	129	23	26	24	25	2.00
5063077--5063260	78	2.3	80	82	7	214	24	27	23	24	2.00
5063110--5063260	40	3.8	37	78	10	122	24	27	23	25	2.00
5071133--5071261	40	3.3	38	79	13	129	23	26	24	25	2.00
5071131--5071314	78	2.3	80	82	7	214	24	27	23	24	2.00
5071164--5071314	40	3.8	37	78	10	122	24	27	23	25	2.00
5078649--5078723	18	4.2	18	87	0	87	33	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5080299--5080340	22	1.9	22	90	0	66	35	23	9	30	1.87
5082115--5082166	21	2.5	21	83	0	68	67	1	1	28	1.12
5082313--5082347	14	2.4	14	90	4	52	28	0	0	71	0.86
5090892--5090941	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
5091276--5091379	30	3.5	30	76	2	102	25	24	20	29	1.99
5094713--5094764	12	3.8	13	75	24	54	55	0	0	44	0.99
5094673--5094806	31	4.4	29	73	18	96	54	0	1	43	1.14
5094892--5094987	20	4.5	21	68	24	58	51	4	3	41	1.37
5097514--5097560	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
5097531--5097569	19	2.0	21	85	10	55	38	17	7	35	1.79
5097924--5098123	45	4.5	45	83	1	231	25	28	14	32	1.95
5098246--5098465	46	4.8	46	71	13	168	28	23	16	32	1.96
5098193--5098367	44	4.0	43	73	13	133	30	24	14	30	1.94
5098188--5098465	134	2.1	134	88	0	421	29	24	15	30	1.96
5098518--5099784	44	29.0	44	68	18	541	29	26	15	28	1.96
5098562--5099649	175	6.2	175	84	6	1264	30	26	15	28	1.96
5098562--5099649	262	4.1	260	81	8	1174	30	26	15	28	1.96
5098562--5099784	437	2.8	432	83	7	1509	30	26	15	28	1.96
5099305--5099797	131	3.8	131	71	13	420	29	25	15	29	1.95
5100740--5100788	21	2.4	20	90	6	80	0	12	0	87	0.54
5100741--5100782	8	5.6	8	86	11	54	0	14	0	85	0.59
5100734--5100788	21	2.8	19	84	10	74	1	14	0	83	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5106237--5106279	19	2.2	20	91	8	70	34	16	9	39	1.80
5108568--5108605	16	2.3	17	81	4	51	28	0	0	71	0.87
5108628--5108679	24	2.2	23	83	10	61	34	0	0	65	0.93
5112535--5112774	75	3.2	75	90	0	374	26	17	22	33	1.96
5112535--5112815	149	1.9	150	85	2	395	25	17	22	34	1.96
5116314--5116449	43	3.2	42	78	10	143	26	15	25	33	1.95
5121256--5121342	44	2.0	44	100	0	174	45	10	18	25	1.80
5127559--5127591	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
5135599--5135647	25	2.0	25	88	8	73	12	4	0	83	0.77
5135757--5135846	41	2.1	41	84	8	110	34	34	12	18	1.88
5141285--5141314	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
5141286--5141311	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
5141285--5141313	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5157971--5158041	35	2.0	35	94	0	124	28	35	23	12	1.92
5160216--5160244	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
5162238--5162276	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
5162771--5162800	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
5162949--5162973	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
5163239--5163293	12	4.4	12	75	22	51	25	0	3	70	1.03
5163332--5163382	6	8.7	6	79	12	61	80	0	3	15	0.86
5163327--5163382	29	1.9	29	85	7	78	80	0	5	14	0.88
5163622--5163655	15	2.4	14	95	5	59	5	0	35	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5163609--5163690	43	1.9	44	87	5	123	4	3	25	65	1.29
5164491--5164783	72	4.1	71	80	13	325	32	22	16	28	1.96
5164452--5164711	78	3.4	77	84	8	352	29	21	16	32	1.95
5164924--5164958	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
5165070--5165382	74	4.3	71	77	9	285	34	22	15	27	1.95
5165032--5165382	74	4.9	71	76	9	282	33	22	15	28	1.95
5177416--5177445	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
5177599--5177652	18	2.8	19	78	16	58	57	0	3	38	1.17
5177618--5177672	24	2.3	24	78	12	60	58	3	3	34	1.33
5177878--5177933	12	4.4	12	75	18	51	25	0	3	71	1.02
5177979--5178023	17	2.6	17	83	13	56	77	0	4	17	0.92
5178262--5178296	15	2.3	15	95	0	61	5	0	31	62	1.18
5178238--5178336	49	2.0	50	90	2	155	5	6	21	67	1.32
5179174--5179208	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
5180288--5180317	13	2.3	13	100	0	60	40	10	0	50	1.36
5183631--5183981	175	2.0	176	89	1	544	32	11	18	38	1.86
5185574--5185652	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
5191346--5191397	16	3.2	16	83	5	68	65	0	25	9	1.23
5202576--5202626	5	10.2	5	77	8	50	41	1	15	41	1.58
5205412--5205559	74	2.0	74	81	7	176	35	2	13	47	1.57
5211494--5211526	12	2.5	13	90	9	50	21	3	0	75	0.93
5211807--5211846	7	5.9	7	85	5	55	0	0	20	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5211807--5211846	13	3.0	13	88	3	53	0	0	20	80	0.72
5215172--5215220	6	7.7	6	78	13	53	16	6	0	77	0.96
5215170--5215219	22	2.3	22	80	13	59	18	6	0	76	0.99
5215163--5215219	27	2.2	26	87	9	80	19	5	0	75	0.99
5215170--5215231	17	3.6	18	75	16	53	16	6	0	77	0.97
5217997--5218034	2	19.0	2	88	0	58	44	50	5	0	1.24
5218684--5218727	9	5.2	9	81	18	51	38	0	0	61	0.96
5220488--5220535	6	7.8	6	85	2	51	43	14	22	18	1.87
5220515--5220625	45	2.5	44	89	5	161	42	17	18	21	1.89
5220513--5220640	45	2.7	45	79	7	130	42	18	18	20	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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