genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  276  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79805112--79805149	15	2.6	15	79	4	51	10	10	15	63	1.52
79808259--79808344	45	1.9	45	92	2	147	24	8	24	43	1.81
79809382--79809425	22	2.0	22	95	0	79	38	9	25	27	1.86
79810512--79810684	27	6.4	27	89	0	265	34	19	21	24	1.96
79811415--79811474	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
79819695--79819863	90	1.9	90	87	2	250	27	24	21	26	1.99
79819695--79819863	45	3.8	45	83	1	223	27	24	21	26	1.99
79827572--79827603	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
79827784--79827842	29	2.0	29	100	0	118	57	16	15	10	1.64
79841669--79841700	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
79843455--79843627	93	1.9	93	96	0	319	38	21	5	34	1.76
79845589--79845805	46	4.7	45	76	12	199	29	18	29	23	1.98
79847619--79847710	43	2.1	43	89	0	139	30	25	18	26	1.98
79849896--79850104	79	2.6	79	85	1	258	33	13	9	44	1.76
79849912--79850138	79	2.9	79	82	3	226	33	12	8	45	1.73
79854475--79854647	46	3.7	46	75	7	179	30	28	19	21	1.98
79854480--79854650	93	1.8	93	91	2	281	29	29	19	21	1.98
79861563--79861732	93	1.8	92	96	1	313	28	28	21	21	1.99
79861557--79861741	45	4.0	46	74	17	159	28	29	20	22	1.98
79864618--79864755	24	5.8	24	97	0	251	35	26	17	20	1.95
79864738--79864810	29	2.5	29	97	0	137	27	32	15	24	1.95
79872542--79872632	24	3.8	24	97	0	164	35	27	17	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79872615--79872685	28	2.6	28	91	8	110	29	33	15	21	1.94
79880427--79880516	24	3.8	24	95	1	155	34	27	17	20	1.95
79880499--79880570	29	2.6	28	93	4	119	29	33	15	22	1.94
79890407--79890446	21	1.9	21	84	0	53	52	10	17	20	1.72
79893187--79893211	13	1.9	13	100	0	50	72	20	0	8	1.10
79895891--79895925	6	5.8	6	100	0	70	31	17	17	34	1.93
79903747--79903820	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
79918628--79918717	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
79918669--79918906	27	8.8	26	73	11	149	29	20	8	41	1.82
79918709--79918906	54	3.7	54	86	0	261	29	19	8	42	1.80
79918669--79918905	81	2.9	82	85	7	263	29	19	8	41	1.82
79918885--79918997	27	4.2	27	81	8	106	43	22	6	28	1.77
79918669--79918933	54	4.9	54	79	3	201	31	20	8	40	1.82
79918720--79918906	81	2.3	80	90	2	293	28	19	8	43	1.79
79918885--79918998	54	2.1	54	80	6	124	42	22	6	28	1.77
79918899--79919025	54	2.4	54	81	6	141	44	19	8	27	1.80
79918924--79919043	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
79919662--79919758	28	3.5	28	88	4	144	45	24	8	21	1.79
79925716--79925896	40	4.5	40	84	2	211	25	22	25	25	2.00
79933767--79933947	40	4.5	40	86	2	229	25	22	26	25	2.00
79938263--79938436	94	1.9	94	85	2	242	22	29	19	28	1.98
79938310--79938436	47	2.7	46	82	9	159	22	31	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79945817--79946038	46	4.7	46	78	8	198	22	29	20	28	1.98
79949782--79949894	43	2.7	42	79	2	118	30	24	15	29	1.96
79951562--79951586	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
79957867--79958020	43	3.6	44	76	9	140	29	25	18	25	1.98
79964779--79964816	20	2.0	18	90	10	58	55	0	39	5	1.23
79967294--79967396	42	2.4	43	79	6	111	34	23	16	25	1.95
79967359--79967443	44	1.9	45	87	2	127	32	22	18	25	1.97
79980807--79980923	54	2.2	55	81	3	130	29	29	21	20	1.98
79984310--79984369	28	2.2	28	96	3	113	46	13	18	21	1.83
79985253--79985301	20	2.4	20	96	3	89	12	26	24	36	1.91
79986764--79986797	11	3.2	10	88	12	50	0	14	2	82	0.79
79988063--79988094	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
79991372--79991723	27	13.3	27	75	6	220	40	21	7	30	1.81
79991486--79991761	54	5.1	54	82	1	275	38	22	9	30	1.85
79991500--79991762	81	3.2	81	83	1	294	38	21	9	30	1.85
79991553--79991760	27	7.7	27	85	0	263	38	21	9	30	1.85
79991553--79991787	81	2.9	81	83	1	211	38	20	10	29	1.87
79991745--79992099	27	13.3	27	87	2	475	34	20	20	24	1.96
79992749--79992850	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
79992987--79993097	31	3.5	31	84	6	125	18	18	14	49	1.80
79995040--79995134	27	3.5	26	78	13	102	41	18	9	30	1.83
79995179--79995377	27	7.3	27	85	2	236	39	18	9	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79995178--79995377	55	3.7	54	84	4	249	40	18	9	32	1.82
79995380--79995863	27	18.0	27	88	0	702	33	20	21	25	1.97
79996290--79996354	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
79996513--79996614	27	3.8	27	85	5	116	19	23	20	36	1.95
79996505--79996614	54	2.1	52	82	3	130	19	22	20	38	1.94
79996751--79996861	31	3.5	31	82	3	125	18	17	13	51	1.77
80006854--80006909	27	2.1	27	96	0	103	44	3	1	50	1.29
80014795--80014833	19	2.1	19	95	4	71	28	10	0	61	1.28
80017285--80017344	28	2.2	28	90	3	95	30	26	20	23	1.98
80026416--80026447	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
80030289--80030323	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
80030885--80030938	21	2.6	21	77	14	58	22	7	1	68	1.24
80038761--80038874	31	3.5	31	75	22	92	55	4	1	38	1.30
80038759--80038887	33	4.0	33	79	13	135	55	4	1	38	1.30
80038811--80038864	23	2.2	24	84	15	67	55	3	1	38	1.28
80038738--80038886	64	2.3	67	76	8	153	56	3	1	38	1.24
80042088--80042238	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
80042125--80042254	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
80050107--80050257	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
80050144--80050273	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
80055140--80055190	19	2.6	19	75	9	50	37	7	9	45	1.67
80055223--80055254	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80055227--80055269	15	2.9	15	82	3	52	58	2	2	37	1.24
80059206--80059246	22	1.9	22	85	5	57	36	4	14	43	1.67
80061085--80061241	43	3.7	42	73	10	131	31	24	19	24	1.98
80066731--80066853	58	2.1	58	83	3	149	35	12	18	33	1.88
80066893--80067371	70	6.8	70	76	7	337	22	16	21	39	1.92
80066893--80067371	141	3.4	140	80	3	480	22	16	21	39	1.92
80066893--80067371	140	3.4	140	78	4	475	22	16	21	39	1.92
80067722--80067770	24	2.0	24	92	0	80	20	28	18	32	1.96
80070523--80070591	26	2.7	24	78	14	66	78	4	15	1	0.98
80073515--80073782	41	6.5	41	85	3	122	35	22	23	19	1.96
80073546--80073805	41	6.3	41	88	2	337	34	21	23	20	1.97
80073964--80074058	14	6.9	14	70	13	63	29	2	24	44	1.65
80074247--80074279	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
80075642--80075715	7	10.9	7	78	11	73	16	1	39	43	1.56
80076563--80076664	44	2.3	44	84	3	125	23	43	1	31	1.65
80079890--80079926	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
80080501--80080987	241	2.0	241	96	0	893	34	17	14	33	1.90
80081423--80081550	9	13.6	9	75	9	112	46	20	2	31	1.63
80081423--80081535	39	3.1	36	83	9	138	46	20	2	30	1.65
80081434--80081526	48	1.9	48	84	0	123	44	21	2	32	1.64
80081436--80081548	57	2.0	57	85	0	154	45	22	2	30	1.66
80087350--80087454	42	2.5	43	80	9	117	26	16	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80088330--80088756	234	1.8	234	93	0	737	22	19	26	31	1.98
80090299--80090361	26	2.4	26	89	0	99	7	23	36	31	1.84
80096123--80096180	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
80096521--80096692	47	3.7	46	81	6	197	26	19	30	23	1.98
80101174--80101208	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
80101452--80101549	42	2.3	42	100	0	196	18	30	32	18	1.95
80102842--80102898	30	1.9	30	92	0	96	33	7	26	33	1.83
80103236--80103506	48	5.8	46	72	15	191	29	17	30	23	1.97
80105135--80105241	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
80105249--80105318	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427