genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6016369--6016412	12	3.8	11	81	6	52	65	0	2	31	1.05
6018301--6018578	147	1.9	147	100	0	556	32	27	21	19	1.97
6024139--6024178	21	1.9	21	84	0	53	62	2	27	7	1.35
6031678--6031728	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
6031882--6031951	16	4.4	16	81	3	79	28	25	5	40	1.78
6034053--6034087	18	1.9	18	100	0	70	17	11	22	48	1.79
6042334--6042444	33	3.2	33	84	7	125	32	10	18	38	1.85
6047117--6047165	24	2.0	24	100	0	98	36	0	8	55	1.30
6052939--6052967	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
6054650--6054818	83	2.0	83	98	0	329	51	4	20	23	1.66
6054969--6054996	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
6054913--6055055	74	2.0	74	81	5	175	40	1	2	55	1.20
6055108--6055213	44	2.6	39	84	15	158	39	29	1	29	1.67
6055122--6055227	44	2.4	44	100	0	212	41	30	1	26	1.66
6055235--6055306	16	4.6	16	84	1	92	26	25	6	41	1.80
6055825--6055856	16	1.9	17	93	6	57	21	0	6	71	1.07
6056486--6056527	16	2.6	16	79	20	52	52	4	0	42	1.22
6056488--6056532	16	2.6	18	74	25	51	46	4	0	48	1.22
6060556--6060597	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
6067516--6067555	21	1.9	21	89	0	62	42	7	7	42	1.61
6069959--6069998	18	2.2	19	86	8	57	55	2	7	35	1.42
6070277--6070306	14	2.1	15	93	6	53	70	0	6	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6070612--6070653	15	2.7	16	77	7	50	40	4	0	54	1.21
6070643--6070667	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
6070908--6070942	10	3.7	9	85	14	52	77	0	2	20	0.90
6076727--6077196	114	4.3	112	79	7	457	18	28	27	25	1.98
6077851--6077889	19	2.1	19	100	0	78	25	15	5	53	1.62
6080383--6080484	18	5.7	18	78	0	114	21	12	33	32	1.91
6082786--6082813	6	4.7	6	100	0	56	50	35	0	14	1.43
6094617--6094659	21	2.0	21	90	0	68	76	0	9	13	1.01
6094612--6094656	10	4.5	10	83	8	56	77	0	8	13	0.98
6096649--6096677	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6098021--6098154	46	2.9	46	95	0	232	27	29	22	20	1.98
6100533--6100621	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
6100533--6100612	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
6100544--6100621	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
6103568--6103701	46	2.9	46	95	0	232	27	29	22	20	1.98
6105611--6105646	19	1.9	18	94	5	63	66	0	0	33	0.92
6110762--6110789	13	2.2	13	100	0	56	10	28	25	35	1.89
6114094--6114131	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
6114715--6114822	26	4.2	26	91	0	171	32	7	25	35	1.84
6114818--6114952	64	2.1	64	98	0	261	35	6	21	36	1.80
6114818--6114956	32	4.3	32	90	0	215	35	7	21	35	1.81
6117445--6117490	25	1.9	23	82	8	56	60	0	10	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6117641--6117694	3	17.7	3	85	11	74	64	1	0	33	1.04
6119228--6119280	26	2.0	26	85	7	72	39	24	11	24	1.88
6122355--6122394	15	2.5	17	80	19	50	57	0	5	37	1.21
6124099--6124187	31	2.9	31	72	1	90	41	5	11	41	1.64
6135882--6135909	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6139677--6139717	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6143554--6143624	37	1.9	37	91	0	115	38	7	5	49	1.54
6144735--6144775	20	2.0	20	100	0	82	46	9	14	29	1.77
6146606--6146632	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
6153342--6153378	18	2.0	19	89	5	58	67	0	0	32	0.91
6153632--6153707	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
6153661--6153739	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
6153682--6153737	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
6153668--6153739	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
6154081--6154354	45	6.1	45	78	6	295	25	27	15	32	1.96
6154081--6154354	89	3.0	89	83	6	311	25	27	15	32	1.96
6154294--6154666	78	4.8	78	88	1	543	23	23	19	33	1.97
6154627--6155175	214	2.5	217	90	2	843	27	22	17	32	1.96
6156237--6156295	24	2.5	24	100	0	118	33	5	35	25	1.78
6157408--6157433	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6159471--6159503	16	2.1	16	100	0	66	39	24	0	36	1.56
6167926--6167981	20	2.6	21	81	10	69	57	5	1	35	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6167933--6167982	23	2.3	22	86	10	68	58	6	2	34	1.34
6168081--6168146	21	3.2	21	78	6	73	57	7	1	33	1.36
6168356--6168428	26	3.0	25	78	9	71	53	1	4	41	1.28
6168391--6168524	2	68.0	2	74	16	93	48	2	5	42	1.42
6170239--6170279	19	2.2	19	86	8	57	34	2	0	63	1.08
6170670--6170713	19	2.3	18	77	11	52	40	4	0	54	1.21
6172833--6172911	25	3.2	25	87	5	124	30	7	25	36	1.84
6177490--6177569	26	3.2	26	94	5	146	31	6	26	36	1.81
6184495--6184576	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
6193319--6193362	20	2.1	21	87	4	63	40	2	2	54	1.25
6194844--6194885	21	2.0	21	100	0	84	23	9	28	38	1.86
6199740--6200123	69	5.6	68	76	9	266	20	22	22	34	1.97
6199818--6200065	132	1.9	132	84	3	338	20	23	23	31	1.98
6200073--6200169	48	2.0	48	87	0	140	23	22	19	34	1.97
6200004--6200240	117	2.0	117	82	1	287	21	23	20	34	1.97
6200306--6200861	129	4.4	129	88	3	776	16	21	20	40	1.91
6200244--6201636	318	4.4	317	79	9	1254	16	22	21	40	1.91
6200121--6201568	258	5.6	255	82	8	1206	16	21	21	40	1.92
6200821--6201636	129	6.3	129	91	0	1258	15	22	21	39	1.91
6200237--6201312	447	2.4	446	90	1	1636	16	22	20	40	1.91
6200237--6201636	387	3.6	385	80	9	1303	16	22	21	40	1.91
6201558--6201805	123	2.0	123	82	4	304	19	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6201517--6201874	192	1.9	192	86	1	520	18	22	22	37	1.94
6201683--6202056	69	5.5	69	80	6	339	16	22	24	36	1.94
6206068--6206243	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
6206065--6206236	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
6208264--6208320	2	28.5	2	89	0	87	45	1	1	50	1.22
6211040--6211149	26	4.2	26	94	2	177	37	23	4	34	1.75
6213433--6213488	24	2.3	25	82	11	64	26	3	10	58	1.48
6213542--6213578	3	13.0	3	88	11	60	35	0	0	64	0.94
6213533--6213579	14	3.6	14	83	11	55	36	2	0	61	1.08
6213839--6213899	16	3.6	16	77	12	59	29	3	3	63	1.26
6213818--6213880	19	3.4	18	76	14	58	33	1	3	61	1.21
6213818--6213894	35	2.2	36	88	2	111	32	2	3	61	1.28
6213854--6213934	24	3.5	24	70	14	71	32	1	3	62	1.20
6213854--6214048	26	8.1	24	68	22	76	31	3	4	61	1.32
6213854--6213940	45	1.9	45	84	9	115	32	1	3	63	1.19
6213959--6214048	24	3.7	24	78	11	94	28	3	4	63	1.30
6215537--6215646	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
6216207--6216259	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
6216507--6216793	137	2.1	137	97	0	538	25	19	24	31	1.98
6221850--6221959	26	4.2	26	92	0	175	33	6	23	36	1.80
6222520--6222572	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
6222820--6223106	137	2.1	137	98	0	547	25	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6234978--6235439	150	3.1	149	83	5	567	29	16	20	33	1.95
6234978--6235440	77	6.2	75	86	4	533	29	16	20	33	1.95
6235423--6235457	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
6235346--6235755	88	4.6	89	79	8	399	28	15	18	37	1.91
6235361--6235755	176	2.2	178	81	7	448	28	15	19	36	1.92
6237315--6237370	24	2.3	25	82	11	64	26	3	10	58	1.48
6237397--6237490	25	3.6	25	77	13	75	35	2	2	60	1.20
6237424--6237463	3	14.0	3	89	10	66	35	0	0	65	0.93
6237424--6237466	17	2.5	17	100	0	86	34	0	0	65	0.93
6237432--6237460	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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