genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  216  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60884201--60884268	27	2.5	27	92	0	109	36	5	30	26	1.80
60884163--60884244	38	2.2	38	84	0	101	37	6	31	24	1.80
60884146--60884268	65	1.9	65	84	0	165	36	7	29	26	1.83
60884274--60884359	27	3.2	27	83	3	93	33	11	17	37	1.86
60884293--60884372	27	2.9	27	83	5	90	33	11	15	40	1.82
60887718--60887743	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
60894171--60894342	56	3.1	56	86	4	258	27	6	16	48	1.72
60895455--60895604	50	3.0	50	85	0	183	27	14	26	32	1.95
60895410--60895590	100	1.8	100	87	3	274	27	13	25	33	1.94
60895802--60895831	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
60899679--60900179	126	4.0	126	84	4	633	27	17	15	38	1.90
60900231--60900332	34	3.1	35	73	16	117	44	14	0	41	1.45
60902974--60903191	47	4.7	47	75	13	175	30	18	27	23	1.98
60902971--60903142	94	1.8	94	89	2	274	28	18	29	23	1.97
60902978--60903191	94	2.3	94	82	7	247	30	18	27	23	1.98
60911904--60911963	30	2.0	30	100	0	120	26	23	30	20	1.98
60911929--60912100	46	3.7	47	83	7	199	27	20	29	22	1.98
60911934--60912146	47	4.5	48	81	8	190	29	19	28	23	1.98
60911934--60912142	93	2.2	93	80	6	226	29	19	28	22	1.98
60916664--60916697	15	2.3	15	89	0	50	11	8	2	76	1.12
60921240--60921447	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
60921241--60921447	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60923096--60923138	8	5.4	8	83	10	61	60	2	34	2	1.22
60927542--60927706	39	4.2	39	89	3	233	23	21	26	28	1.99
60931676--60931748	34	2.2	33	85	2	101	24	19	26	30	1.98
60941361--60941619	40	6.6	40	91	3	382	22	21	30	25	1.99
60949465--60949728	40	6.6	40	86	8	358	22	20	29	26	1.98
60949465--60949728	79	3.3	80	88	6	358	22	20	29	26	1.98
60954115--60954195	39	2.1	39	92	0	135	49	4	22	23	1.69
60954139--60954195	18	2.9	19	75	19	64	50	5	21	22	1.68
60954133--60954197	21	3.2	21	72	12	73	53	4	20	21	1.63
60954127--60954211	39	2.3	37	83	6	100	57	3	22	16	1.54
60959766--60959891	36	3.4	36	84	7	157	15	15	30	38	1.89
60962936--60963052	46	2.5	46	83	6	130	23	29	16	31	1.96
60963485--60963546	30	2.1	29	84	3	79	25	24	16	33	1.95
60966629--60966701	27	2.7	27	79	10	96	30	24	8	36	1.85
60966683--60966872	27	7.1	26	78	11	138	39	22	10	27	1.87
60966681--60966845	54	3.1	53	81	6	156	38	21	10	28	1.87
60966654--60966845	80	2.4	80	80	6	192	38	22	9	29	1.86
60966723--60966873	54	2.8	53	83	3	196	41	21	8	28	1.83
60966720--60966955	110	2.2	107	80	5	251	39	19	9	30	1.84
60967864--60967933	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
60967863--60967946	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
60967948--60968061	56	2.0	56	100	0	228	21	15	35	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60968204--60968286	31	2.7	31	94	3	143	30	16	26	26	1.97
60972820--60972859	21	1.9	21	89	0	62	20	25	40	15	1.90
60974062--60974234	46	3.7	46	78	9	181	23	28	19	28	1.98
60977580--60977623	5	8.8	5	90	9	72	22	0	0	77	0.77
60977580--60977623	14	2.9	15	90	10	72	22	0	0	77	0.77
60977580--60977616	19	1.9	19	100	0	74	21	0	0	78	0.75
60978769--60978870	49	2.1	49	88	3	152	29	24	21	24	1.99
60986719--60986821	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
60986962--60987194	48	4.9	48	95	0	403	30	27	6	35	1.82
60990468--60990618	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
60990504--60990634	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
60993838--60993988	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
60993875--60994004	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
61001853--61002003	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
61001889--61002019	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
61007934--61008000	28	2.4	28	77	5	73	23	2	2	70	1.15
61007944--61007982	16	2.4	16	82	0	51	25	2	5	66	1.25
61012594--61012628	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
61015042--61015182	42	3.3	44	77	10	132	25	14	26	33	1.95
61015066--61015182	42	2.7	43	81	6	139	24	14	25	35	1.94
61015042--61015200	43	3.7	43	75	10	146	24	16	27	32	1.96
61017735--61017766	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61023912--61023967	29	2.0	28	86	10	80	51	5	3	39	1.42
61026317--61026368	18	2.9	18	82	5	70	25	15	13	46	1.82
61042157--61042445	50	5.8	50	79	4	269	31	25	17	24	1.97
61042209--61042394	101	1.8	101	90	0	300	28	25	20	25	1.99
61048837--61048866	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
61049078--61049355	50	5.5	50	76	5	195	31	25	16	25	1.97
61049121--61049355	50	4.6	50	76	8	206	31	25	17	25	1.97
61053744--61053812	26	2.7	26	88	4	95	27	26	20	26	1.99
61060167--61060213	23	2.1	23	92	4	78	68	0	21	10	1.20
61060667--61060801	40	3.4	40	94	1	227	48	5	24	20	1.71
61060773--61060842	23	3.0	24	81	6	99	50	7	22	20	1.72
61076723--61076766	22	2.0	22	82	8	54	40	2	0	56	1.11
61076744--61076812	25	2.8	25	82	6	77	47	0	1	50	1.09
61079140--61079209	34	2.1	34	100	0	140	30	18	14	37	1.90
61085065--61085255	40	4.8	40	87	0	238	25	24	26	23	2.00
61085064--61085283	80	2.7	79	81	4	253	26	24	25	23	2.00
61085065--61085288	40	5.6	40	83	5	211	27	24	25	22	2.00
61085065--61085283	120	1.8	121	82	4	282	26	24	26	22	2.00
61091185--61091240	17	3.4	17	75	25	57	60	0	1	37	1.07
61091185--61091264	41	1.9	41	82	10	99	58	0	3	37	1.16
61091722--61091854	18	7.5	17	88	5	185	36	12	11	39	1.79
61091722--61091863	35	4.0	35	95	2	239	37	13	10	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61091699--61091863	70	2.2	72	88	8	244	38	13	9	38	1.78
61092090--61092189	46	2.2	45	84	8	123	24	29	20	27	1.99
61092344--61092470	47	2.8	44	81	11	148	22	28	19	29	1.98
61092296--61092470	46	3.8	46	75	15	164	22	28	20	29	1.98
61098393--61098691	49	6.3	49	77	13	261	23	28	19	28	1.98
61098424--61098705	46	6.0	46	72	13	159	23	29	19	27	1.98
61103817--61103876	30	2.0	30	96	0	111	18	26	15	40	1.90
61106221--61106377	48	3.4	47	73	14	148	26	22	24	27	2.00
61106290--61106398	48	2.2	48	90	1	164	24	21	25	28	1.99
61106221--61106392	90	1.9	90	84	2	229	26	21	24	27	1.99
61112566--61112815	41	6.1	41	89	2	342	36	23	22	17	1.95
61112946--61112993	25	1.9	25	95	0	87	47	2	8	41	1.45
61112998--61113095	14	6.7	14	70	9	61	28	1	24	45	1.60
61113009--61113090	21	3.7	21	75	12	83	28	1	26	43	1.62
61113013--61113106	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
61113155--61113232	14	5.3	15	73	13	65	23	0	39	37	1.55
61113135--61113233	7	13.9	7	69	16	51	21	0	42	36	1.53
61117906--61117948	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
61118000--61118213	43	5.0	43	87	0	311	22	18	27	31	1.97
61122163--61122316	40	3.8	40	80	1	157	25	26	21	26	1.99
61131374--61131527	40	3.8	40	80	1	157	25	26	21	26	1.99
61137859--61138012	40	3.8	40	80	1	157	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61143405--61143459	2	27.5	2	92	0	92	50	45	1	1	1.22
61166895--61166992	20	4.9	20	72	12	85	35	16	30	17	1.92
61166895--61167024	40	3.3	40	80	9	158	36	16	30	16	1.91
61171484--61171556	36	2.0	36	97	0	137	34	10	15	39	1.82
61178255--61178297	22	2.0	22	100	0	86	25	0	13	60	1.34
61184027--61184140	43	2.7	42	78	11	117	23	17	28	29	1.97
61190599--61190793	39	4.9	39	86	1	210	29	27	22	20	1.99
61190599--61190824	78	2.9	79	81	4	233	28	27	22	21	1.99
61190599--61190822	39	5.7	40	83	4	188	28	27	22	21	1.99
61195511--61195665	85	1.8	84	86	4	222	29	25	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427