genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.345.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  345  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100479735--100479791	29	2.0	28	82	6	69	31	12	10	45	1.76
100480006--100480048	12	3.5	12	80	3	50	46	0	9	44	1.35
100485437--100485933	247	2.0	246	95	1	897	32	13	21	32	1.91
100486365--100486392	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
100502595--100502650	24	2.3	24	93	0	94	26	26	17	28	1.98
100505505--100505542	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
100509781--100510099	46	7.0	46	88	1	390	41	14	24	20	1.89
100511437--100511482	19	2.3	20	92	3	76	45	17	13	23	1.83
100516815--100516849	11	3.2	11	100	0	70	20	8	0	71	1.11
100529409--100529463	16	3.4	16	89	0	74	34	3	29	32	1.75
100529445--100529538	44	2.1	46	88	4	138	30	6	28	34	1.82
100529609--100529659	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
100529661--100529781	57	2.2	54	78	11	127	54	2	0	42	1.13
100532792--100532869	40	2.0	40	100	0	156	38	15	12	33	1.85
100534801--100534838	18	2.0	19	90	10	60	63	0	0	36	0.95
100540012--100540039	6	4.7	6	100	0	56	32	17	14	35	1.90
100540281--100540317	7	5.3	7	100	0	74	13	0	0	86	0.57
100540821--100540853	17	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
100541508--100541577	28	2.4	29	90	9	117	44	2	11	41	1.55
100542536--100542588	24	2.2	24	90	3	81	45	20	15	18	1.85
100542885--100542929	16	2.8	15	83	12	54	35	0	4	60	1.17
100542868--100542929	16	3.8	17	72	17	51	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100544963--100545076	25	4.6	25	94	2	185	28	20	27	23	1.99
100547014--100547215	85	2.4	85	88	1	307	31	14	22	30	1.94
100547141--100547217	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
100552415--100552456	15	2.7	15	81	3	57	64	0	0	35	0.94
100552917--100552951	17	2.0	18	88	5	54	31	0	2	65	1.07
100553776--100553817	21	2.0	21	85	0	57	28	21	2	47	1.63
100559149--100559198	24	2.1	24	100	0	100	22	24	16	38	1.93
100561070--100561114	19	2.3	19	84	3	54	26	4	6	62	1.39
100562335--100562375	21	1.9	22	85	5	57	26	0	7	65	1.18
100563283--100563376	41	2.3	41	98	1	181	13	29	30	25	1.94
100563522--100563571	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
100563514--100563571	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
100564795--100565243	27	16.6	27	85	5	525	27	21	9	41	1.83
100565221--100565306	27	3.2	27	76	0	91	38	24	6	30	1.82
100566482--100566529	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
100566573--100566631	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
100566577--100566631	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
100566679--100566801	24	5.1	24	91	3	176	28	22	21	26	1.99
100566993--100567056	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
100569379--100569415	18	2.1	18	89	0	56	18	24	13	43	1.86
100569889--100570177	55	5.0	54	67	20	192	40	3	8	47	1.51
100569806--100570191	116	3.3	116	94	0	637	40	4	9	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100573217--100573751	125	4.3	125	91	2	869	26	21	18	33	1.96
100573872--100574045	96	1.8	96	84	2	242	40	14	1	42	1.56
100574032--100574076	16	2.9	15	81	18	56	51	24	0	24	1.49
100580768--100580810	19	2.1	21	87	8	63	37	18	9	34	1.83
100581360--100581517	46	3.5	47	69	15	127	24	24	19	32	1.98
100581326--100581593	87	3.0	87	82	4	261	27	21	19	32	1.97
100581392--100581596	87	2.3	87	85	1	266	26	21	18	33	1.97
100581715--100582142	79	5.2	86	85	9	604	23	22	23	30	1.99
100581718--100582142	166	2.6	166	96	0	771	23	22	24	29	1.99
100582091--100582202	56	2.0	56	98	0	215	29	25	15	30	1.95
100582147--100582474	84	3.9	84	92	0	557	26	22	21	29	1.99
100582015--100582286	140	2.0	135	89	5	420	26	23	20	29	1.99
100582157--100582464	43	7.3	43	67	19	200	26	22	21	30	1.98
100582198--100582429	41	5.6	40	67	14	130	25	22	22	29	1.99
100581925--100582370	224	2.0	221	89	4	691	26	22	21	30	1.99
100583423--100583474	27	1.9	27	88	0	77	1	13	0	84	0.70
100583419--100583477	19	3.3	18	81	9	77	1	11	0	86	0.65
100589070--100589116	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
100589087--100589165	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
100589087--100589159	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
100589088--100589175	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
100590574--100590609	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100590863--100590938	22	3.7	21	75	15	59	40	17	5	36	1.72
100590899--100590961	18	3.5	19	89	8	96	36	15	11	36	1.84
100591321--100591502	45	4.1	45	82	2	197	28	28	11	31	1.92
100591321--100591502	88	2.0	90	84	2	233	28	28	11	31	1.92
100591533--100591827	78	3.8	78	91	1	475	25	24	18	31	1.97
100591854--100592048	90	2.2	90	86	3	261	26	24	20	28	1.99
100591769--100592353	220	2.7	221	93	0	967	24	22	20	32	1.98
100593656--100593917	46	5.7	44	76	13	253	20	19	30	29	1.97
100593647--100593909	92	2.8	93	92	0	438	21	20	29	28	1.98
100605448--100605527	17	4.5	18	88	3	101	37	16	10	36	1.82
100605448--100605527	35	2.2	36	84	6	101	37	16	10	36	1.82
100609742--100609766	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
100610931--100611143	42	5.1	42	78	3	178	15	21	15	47	1.82
100610958--100611076	21	5.6	22	75	16	108	15	19	15	48	1.81
100610941--100611143	84	2.4	84	79	1	201	16	21	15	47	1.83
100611041--100611139	21	4.7	21	74	7	94	13	21	17	48	1.80
100612163--100612203	18	2.2	18	86	4	55	51	9	17	21	1.74
100612175--100612302	45	2.6	51	72	15	135	43	13	17	25	1.85
100612274--100612308	12	2.9	12	86	0	52	42	14	22	20	1.88
100612186--100612296	45	2.5	45	84	0	141	42	13	18	26	1.87
100613365--100613401	17	2.1	17	90	10	56	16	5	2	75	1.10
100616435--100616622	25	7.6	25	74	5	139	35	19	26	18	1.95
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100619252--100619293	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
100621439--100621838	55	7.1	55	80	5	401	32	16	18	32	1.93
100621452--100621838	112	3.5	110	79	8	388	31	17	18	32	1.94
100621468--100621838	170	2.2	167	81	5	451	32	17	18	31	1.94
100621821--100621919	46	2.1	46	81	1	108	33	20	22	24	1.97
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100624905--100625101	46	4.2	45	74	18	163	59	1	14	23	1.43
100624930--100625102	49	3.8	46	74	14	162	60	1	15	23	1.42
100625076--100625190	27	4.4	27	70	19	109	57	0	14	26	1.44
100625018--100625190	76	2.3	73	91	6	265	57	0	16	25	1.43
100625152--100625254	41	2.5	42	80	10	124	63	0	9	27	1.26
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100625241--100625297	5	10.6	5	81	10	60	54	0	26	19	1.44
100625236--100625294	22	2.7	22	84	7	75	50	0	25	23	1.49
100625523--100625644	5	22.4	5	69	18	59	54	1	17	27	1.52
100625580--100625679	23	4.6	22	67	20	68	59	0	13	28	1.35
100625746--100625802	5	10.6	5	80	10	60	59	0	17	22	1.37
100625741--100625803	22	2.9	22	83	7	83	58	0	15	25	1.37
100625741--100625803	11	5.7	11	74	7	56	58	0	15	25	1.37
100628124--100628201	31	2.5	31	80	4	93	29	3	3	62	1.30
100628124--100628220	31	3.1	30	75	10	88	30	3	3	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100629427--100629533	55	2.0	52	85	5	142	28	15	21	34	1.94
100638393--100638440	12	3.7	12	79	17	51	62	0	4	33	1.14
100638404--100638447	12	3.2	15	72	21	51	59	0	2	38	1.10
100638393--100638447	27	2.0	26	89	6	83	60	0	3	36	1.15
100649797--100650156	46	7.8	46	92	0	506	40	14	23	22	1.90
100653703--100653751	10	5.1	9	85	11	62	55	2	10	32	1.45
100666702--100666780	39	2.0	39	97	0	149	26	10	8	54	1.63
100666994--100667039	9	5.2	9	81	5	58	26	0	2	71	0.97
100671138--100671180	20	2.2	20	91	0	68	27	11	11	48	1.74
100671243--100671285	20	2.2	20	95	0	77	25	13	11	48	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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