genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  192  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53259778--53259808	14	2.2	14	94	0	53	9	29	3	58	1.46
53260166--53260195	12	2.4	13	94	5	53	76	13	3	6	1.11
53267592--53267700	37	2.8	38	91	5	175	25	22	28	23	1.99
53267556--53267741	38	4.8	38	81	8	173	23	22	28	25	1.99
53275587--53275733	39	3.7	39	86	6	147	24	23	27	24	2.00
53275625--53275736	39	2.8	39	93	4	181	25	23	27	23	2.00
53275587--53275776	40	4.8	40	83	7	169	24	23	27	24	2.00
53281134--53281225	45	2.1	44	97	2	175	34	17	0	47	1.48
53281696--53281881	96	1.9	97	84	3	250	25	23	18	32	1.97
53281696--53281876	48	3.8	48	82	4	204	24	23	19	32	1.98
53286772--53286854	25	3.3	26	64	24	68	25	14	28	31	1.95
53286773--53286944	49	3.5	49	89	0	245	23	16	29	30	1.97
53292699--53292883	40	4.6	40	79	5	171	27	23	26	22	2.00
53292699--53292878	80	2.2	80	79	11	199	26	23	27	22	2.00
53295090--53295129	21	1.9	21	85	10	55	30	15	17	37	1.90
53300043--53300186	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
53300044--53300226	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
53306983--53307167	40	4.6	40	79	5	171	27	23	26	22	2.00
53306983--53307162	80	2.2	80	79	11	199	26	23	27	22	2.00
53309377--53309416	21	1.9	21	85	10	55	30	15	17	37	1.90
53314438--53314669	49	4.7	49	81	3	250	25	17	27	29	1.98
53321431--53321640	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53328650--53328859	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
53329884--53329908	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
53330643--53330768	44	2.9	44	86	2	173	28	20	22	28	1.98
53337293--53337327	12	2.9	12	86	0	52	20	31	31	17	1.95
53343100--53343412	46	6.6	48	77	10	258	27	17	29	24	1.98
53346109--53346165	28	2.0	28	100	0	114	38	17	14	29	1.89
53349615--53349823	46	4.5	44	73	18	160	28	18	29	23	1.98
53352490--53352657	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
53368860--53369003	39	3.7	40	84	0	175	23	22	29	23	1.99
53370813--53370923	39	2.8	39	93	1	177	23	20	31	24	1.98
53375229--53375411	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
53379875--53380013	37	3.8	37	84	11	153	24	23	28	23	1.99
53379875--53380052	40	4.7	38	79	14	151	25	21	28	24	1.99
53386119--53386334	38	5.6	38	89	7	278	26	20	27	25	1.99
53394205--53394319	61	1.9	61	90	3	187	26	20	26	26	1.99
53394265--53394398	40	3.4	39	89	4	171	25	20	26	26	1.99
53394266--53394421	80	2.0	79	82	8	192	26	20	26	26	1.99
53394266--53394417	40	3.8	40	86	5	123	26	21	26	25	1.99
53407487--53407525	20	1.9	21	84	5	53	33	7	23	35	1.83
53408038--53408133	28	3.5	28	78	5	106	23	14	34	27	1.94
53412339--53412366	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53412868--53413067	80	2.5	80	85	4	267	27	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53412904--53413067	40	4.1	40	91	1	249	29	19	24	26	1.98
53419991--53420154	40	4.1	40	93	3	260	29	20	25	25	1.99
53419955--53420161	80	2.6	80	84	8	276	27	21	26	24	1.99
53419966--53420189	80	2.8	80	83	7	240	27	20	26	25	1.99
53425986--53426088	28	3.7	28	81	3	118	21	17	34	26	1.95
53427307--53427340	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
53436161--53436332	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
53436153--53436328	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
53436204--53436347	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
53440448--53440485	10	3.8	10	92	0	67	68	0	0	31	0.90
53441569--53441615	19	2.5	19	77	16	53	59	0	8	31	1.27
53443007--53443068	32	1.9	33	83	3	81	22	9	24	43	1.83
53447793--53447910	29	4.2	29	80	9	129	27	29	12	30	1.93
53447795--53447906	57	2.0	57	84	7	147	25	30	13	30	1.94
53447979--53448015	19	2.0	18	89	5	56	18	37	16	27	1.92
53448122--53448172	8	6.4	8	80	8	59	7	21	19	50	1.72
53448122--53448172	24	2.1	24	88	0	75	7	21	19	50	1.72
53460498--53460558	24	2.5	24	100	0	122	36	26	18	19	1.94
53462912--53463014	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
53470945--53471047	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
53481703--53481732	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
53492490--53492539	26	1.9	26	91	0	82	42	16	24	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53494663--53494719	30	1.9	30	85	7	80	45	12	8	33	1.72
53497178--53497255	27	3.0	25	85	9	102	20	26	17	34	1.95
53505063--53505160	48	2.0	48	90	0	151	27	17	26	28	1.98
53506956--53507025	27	2.6	27	77	8	79	31	22	15	30	1.95
53509661--53509868	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
53509663--53509868	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
53517708--53517915	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
53517710--53517915	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
53521235--53521298	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
53521492--53521681	24	8.0	24	89	4	269	26	21	23	28	1.99
53521491--53521682	47	4.0	48	89	4	282	26	20	22	29	1.99
53521492--53521682	71	2.7	72	88	4	280	26	20	23	29	1.99
53521736--53521798	20	3.2	20	93	0	108	33	19	12	34	1.89
53523030--53523113	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
53523030--53523123	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
53523175--53523282	27	3.9	27	73	13	85	31	9	17	41	1.81
53523258--53523364	27	4.0	27	79	7	128	30	8	20	40	1.82
53523393--53523565	81	2.1	81	93	0	292	37	5	26	30	1.80
53523393--53523565	27	6.4	27	89	2	258	37	5	26	30	1.80
53523393--53523589	81	2.4	81	89	0	268	36	6	25	31	1.82
53527738--53527900	47	3.5	47	85	0	218	31	9	29	29	1.89
53529248--53529462	40	5.2	40	84	7	270	22	28	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53529457--53529504	20	2.3	21	89	7	71	33	16	4	45	1.67
53529457--53529515	22	2.8	22	87	5	77	35	16	3	44	1.65
53540980--53541082	38	2.6	39	90	3	154	26	21	30	22	1.99
53546223--53546429	40	5.2	39	82	2	209	25	25	22	26	2.00
53546223--53546427	79	2.6	81	81	6	222	25	25	22	25	2.00
53548865--53549063	40	5.0	40	91	3	278	27	21	25	26	1.99
53548873--53549112	80	3.0	80	84	8	258	27	20	25	27	1.99
53548863--53549110	120	2.1	120	79	8	274	27	20	25	26	1.99
53562089--53562138	26	1.9	26	88	8	75	42	16	26	16	1.88
53567703--53567852	67	2.2	67	91	2	239	31	23	26	18	1.97
53571040--53571070	16	1.9	16	93	0	53	48	12	22	16	1.80
53571298--53571354	29	2.0	29	92	0	96	29	14	28	28	1.95
53576607--53576648	15	2.7	15	79	17	50	59	0	14	26	1.35
53580485--53580634	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53580509--53580692	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53583969--53584006	2	19.0	2	88	0	58	47	2	0	50	1.15
53585481--53585607	64	2.0	64	100	0	254	44	18	1	35	1.60
53587397--53587558	43	3.8	42	83	5	166	27	14	23	33	1.94
53591941--53591996	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
53594380--53594504	46	2.7	46	91	0	196	21	20	27	30	1.98
53610238--53610315	26	3.2	26	73	21	71	21	11	1	65	1.32
53610250--53610315	26	2.3	29	82	14	77	22	10	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53614112--53614220	27	4.0	26	84	8	137	36	22	23	17	1.94
53614112--53614220	54	2.0	54	87	3	157	36	22	23	17	1.94
53614327--53614378	26	2.0	26	88	0	77	28	17	19	34	1.94
53614332--53614391	26	2.2	26	85	5	75	30	13	23	33	1.93
53619278--53619395	43	2.8	43	78	6	125	27	16	22	33	1.96
53627858--53627967	57	1.9	57	85	3	150	26	30	16	26	1.97
53627867--53627980	28	4.0	28	79	6	115	28	29	15	26	1.96
53628187--53628222	16	2.2	16	95	0	63	13	25	13	47	1.80
53628187--53628233	16	2.9	16	90	0	58	12	25	19	42	1.86
53628195--53628233	8	4.9	8	83	0	51	12	25	20	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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