genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  214  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60300441--60300466	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
60300442--60300475	13	2.6	13	90	0	50	35	38	17	8	1.81
60301305--60301377	25	2.9	25	77	0	74	30	20	27	21	1.98
60301373--60301425	24	2.2	25	86	3	72	37	26	18	16	1.93
60301405--60301533	25	5.2	25	71	10	77	34	21	24	19	1.96
60301563--60301799	129	1.8	129	94	0	420	33	21	25	19	1.97
60304052--60304143	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
60304293--60304360	25	2.7	26	90	4	104	22	25	27	25	1.99
60305169--60305233	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
60305589--60305696	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
60307183--60307235	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
60308383--60308591	27	7.7	27	77	8	145	32	9	18	39	1.83
60308363--60308599	54	4.4	54	73	9	158	31	9	19	39	1.83
60308392--60308599	54	3.8	53	78	7	168	30	8	19	41	1.81
60308450--60308599	81	1.9	81	87	2	221	29	8	20	42	1.81
60308449--60308632	27	6.8	27	79	5	176	29	9	20	40	1.84
60308449--60308632	81	2.3	81	80	7	205	29	9	20	40	1.84
60308621--60308747	27	4.7	25	77	12	94	35	8	23	32	1.85
60308631--60308722	27	3.4	27	86	5	123	39	6	23	30	1.80
60308611--60308747	54	2.5	53	76	10	134	34	8	24	33	1.84
60309791--60309835	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
60311670--60311932	46	5.7	46	90	0	375	41	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60312228--60312260	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
60315708--60315733	5	5.2	5	100	0	52	19	0	19	61	1.35
60320654--60321114	55	8.5	53	83	4	476	21	24	18	35	1.95
60320643--60321122	217	2.2	217	95	0	852	21	24	17	35	1.95
60325811--60325848	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
60330328--60330422	42	2.2	42	79	1	100	29	23	20	27	1.98
60336568--60336608	21	2.0	20	85	4	55	17	19	46	17	1.85
60343429--60343494	25	2.6	25	82	0	78	33	21	25	19	1.97
60343606--60343685	26	3.1	25	80	7	79	35	18	23	22	1.96
60350005--60350153	40	3.7	40	89	3	228	26	26	22	24	2.00
60355413--60355469	29	2.0	29	96	0	105	40	31	8	19	1.82
60360144--60360318	46	3.8	45	75	9	174	28	29	18	22	1.98
60360152--60360323	93	1.8	92	88	4	265	27	30	19	22	1.98
60360149--60360338	46	4.1	46	68	15	124	28	29	18	22	1.98
60362022--60362091	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
60362022--60362103	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
60364929--60365051	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
60365154--60365231	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
60367243--60367697	29	15.7	29	96	0	786	24	16	33	24	1.96
60368181--60368279	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
60371379--60371501	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
60371604--60371680	36	2.1	37	97	2	147	27	19	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60385013--60385043	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
60388888--60389048	62	2.7	60	90	2	243	47	16	14	21	1.82
60392830--60393012	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
60392809--60393012	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
60400901--60401083	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
60400880--60401083	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
60403064--60403111	18	2.7	18	90	3	71	54	4	12	29	1.56
60408256--60408288	13	2.5	13	100	0	66	51	27	0	21	1.48
60411895--60411924	6	5.0	6	100	0	60	0	16	50	33	1.46
60413220--60413245	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
60413238--60413273	19	1.9	18	88	5	54	33	0	0	66	0.92
60413911--60413944	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
60416066--60416186	59	2.0	60	93	1	208	47	12	7	32	1.69
60416159--60416218	27	2.2	28	88	11	97	68	8	3	20	1.30
60416307--60416341	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
60422528--60422575	18	2.8	17	84	6	53	66	0	0	33	0.92
60427755--60427826	36	2.0	36	94	0	126	36	2	20	40	1.67
60427886--60428092	70	3.0	70	82	1	209	22	22	23	30	1.99
60444879--60444980	48	2.1	48	87	0	141	30	24	17	27	1.97
60451236--60451268	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
60455818--60455848	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
60455851--60455987	46	3.0	46	83	0	175	24	31	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60455994--60456130	47	2.9	45	86	7	184	26	30	10	32	1.89
60456004--60456078	22	3.3	21	70	23	62	28	29	9	33	1.88
60456063--60456262	66	3.0	66	96	0	364	26	29	11	32	1.91
60456176--60456215	19	2.1	19	100	0	80	27	30	10	32	1.89
60456001--60456284	113	2.5	117	78	12	331	26	29	10	33	1.90
60456195--60456284	47	1.9	47	95	0	162	26	28	11	33	1.91
60459797--60459835	19	2.1	19	100	0	78	41	20	5	33	1.74
60460212--60460307	28	3.4	28	74	8	86	29	27	21	21	1.99
60460317--60460553	40	5.9	40	94	1	397	25	26	22	25	2.00
60462048--60462184	46	3.0	46	81	0	166	24	31	10	34	1.89
60462198--60462434	47	5.2	47	82	10	323	26	29	10	33	1.90
60462248--60462323	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
60462307--60462365	19	3.1	19	97	0	109	27	28	10	33	1.89
60462219--60462455	132	1.8	129	86	6	334	29	27	10	32	1.89
60467177--60467274	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60478099--60478250	40	3.8	40	77	5	146	26	25	26	21	2.00
60478137--60478266	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
60481276--60481453	89	2.0	89	100	0	356	30	28	6	34	1.83
60486395--60486566	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60486387--60486562	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60488947--60489035	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
60488947--60489026	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60488958--60489035	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
60491984--60492155	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60491976--60492151	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60496686--60496721	18	2.0	18	88	0	54	41	11	22	25	1.86
60500646--60500691	13	3.5	13	78	0	56	34	8	19	36	1.83
60502319--60502351	10	3.4	10	87	8	50	57	6	0	36	1.23
60508173--60508238	6	10.8	6	82	9	80	45	15	19	19	1.85
60508173--60508248	37	2.1	37	92	0	125	46	14	19	19	1.84
60508398--60508499	27	3.8	26	87	5	132	37	21	22	18	1.94
60508658--60508722	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
60509149--60509586	27	16.3	27	86	1	531	25	21	19	33	1.97
60509184--60509830	81	8.0	81	84	5	480	27	16	20	36	1.94
60509541--60509830	27	10.7	27	88	0	445	30	8	21	39	1.84
60512237--60512407	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
60512229--60512404	46	3.8	46	79	12	207	28	28	20	22	1.98
60517919--60517962	18	2.5	18	88	3	72	47	4	0	47	1.22
60519882--60520069	40	4.7	40	89	2	263	26	29	21	23	1.99
60519862--60520069	80	2.6	79	88	5	303	27	28	20	23	1.99
60522603--60522654	27	1.9	27	84	0	68	30	21	19	28	1.97
60522799--60522859	27	2.2	28	85	5	88	34	11	32	21	1.89
60538039--60538156	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60538007--60538170	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60545614--60545731	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60545582--60545745	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60557834--60557895	24	2.6	23	75	7	70	38	16	19	25	1.92
60562934--60563069	47	2.9	46	87	8	195	30	26	19	23	1.98
60563484--60563541	30	1.9	30	89	0	89	31	24	8	36	1.85
60570490--60570527	20	1.9	20	88	0	58	39	18	7	34	1.80
60570631--60570758	24	5.2	25	80	11	113	31	17	21	28	1.97
60571626--60571682	28	2.0	28	93	0	96	31	10	14	43	1.79
60574511--60574540	15	2.0	15	100	0	60	20	6	33	40	1.78
60574836--60574896	31	2.0	31	90	0	95	47	8	18	26	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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