genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118877--2119786	501	1.8	499	86	5	1328	33	19	19	27	1.96
2119933--2120063	54	2.4	54	97	1	246	37	19	16	27	1.92
2119902--2120328	179	2.4	178	82	7	479	36	21	15	26	1.93
2130245--2130295	19	2.8	18	85	8	68	45	1	11	41	1.52
2131532--2131580	20	2.5	20	76	6	55	67	2	8	22	1.28
2134430--2134484	16	3.4	17	80	16	71	67	0	0	32	0.91
2134680--2134724	21	2.1	22	84	12	58	64	2	0	33	1.06
2136939--2136968	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2141045--2141076	2	15.5	2	93	6	55	46	0	3	50	1.17
2143094--2143129	19	2.0	18	89	10	56	55	0	2	41	1.14
2143353--2143384	12	2.6	13	85	14	50	25	0	0	75	0.81
2159739--2159807	33	2.0	33	86	5	93	43	5	2	47	1.42
2169862--2169926	33	2.0	32	85	8	87	38	18	7	35	1.80
2177272--2177338	31	2.1	31	83	8	82	41	10	11	35	1.76
2180232--2180265	17	1.9	17	88	5	50	32	8	5	52	1.56
2186252--2186281	10	2.9	10	95	5	51	90	0	10	0	0.47
2186251--2186284	13	2.6	13	90	0	59	91	0	8	0	0.43
2204944--2205001	22	2.6	22	86	5	73	18	6	17	56	1.62
2218418--2218466	26	1.9	25	87	4	71	61	0	2	36	1.08
2218444--2218500	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
2218978--2219056	35	2.2	37	84	13	112	36	15	8	39	1.78
2218985--2219047	18	3.5	17	89	4	90	36	12	11	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227956--2228013	26	2.2	26	90	0	89	36	5	22	36	1.77
2229456--2229530	26	2.8	26	79	4	69	34	18	12	34	1.88
2229634--2229746	27	4.2	27	80	3	111	17	25	22	34	1.96
2229633--2229755	54	2.3	54	81	2	140	17	26	21	33	1.96
2233688--2233823	26	5.2	25	90	5	209	33	5	23	37	1.77
2235688--2235859	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
2235681--2235856	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
2243249--2243420	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
2243242--2243417	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
2245941--2246215	137	2.0	137	94	0	487	25	17	24	33	1.96
2250000--2250130	25	5.2	24	91	7	201	34	4	23	37	1.76
2250000--2250130	51	2.6	48	91	8	210	34	4	23	37	1.76
2251900--2252182	135	2.1	135	96	2	462	24	19	24	31	1.98
2253341--2253385	22	2.0	24	83	12	60	33	4	31	31	1.78
2253961--2254120	78	2.1	76	84	2	203	52	1	16	30	1.51
2253986--2254123	38	3.6	38	94	2	231	50	2	15	31	1.57
2258608--2258636	13	2.2	13	100	0	58	55	0	37	6	1.27
2266561--2267318	205	3.7	205	92	1	1193	29	17	22	29	1.97
2267415--2267984	44	13.0	45	74	10	416	31	18	24	26	1.97
2267377--2267738	131	2.8	132	87	2	541	30	18	24	27	1.98
2267679--2267985	133	2.3	132	90	1	490	31	18	24	25	1.98
2267460--2267955	221	2.3	219	91	1	778	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286312--2286363	20	2.5	20	81	3	68	51	9	11	26	1.68
2290608--2290633	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
2292444--2292553	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
2296508--2296600	45	2.1	45	97	0	177	35	21	8	34	1.84
2297245--2297435	54	3.5	54	77	11	203	22	25	15	36	1.94
2297543--2297628	45	1.9	45	90	0	136	20	26	18	33	1.96
2297634--2297761	44	2.9	44	85	2	168	25	24	11	38	1.89
2300753--2300795	21	2.0	21	90	0	68	20	20	9	48	1.77
2300759--2300803	21	2.1	21	83	0	54	24	15	11	48	1.77
2302411--2302441	12	2.6	12	94	0	53	58	19	0	22	1.40
2303413--2303458	17	2.8	17	81	18	62	52	2	0	45	1.13
2311492--2311541	18	2.8	18	84	0	64	30	18	14	38	1.89
2320267--2320300	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
2329779--2329883	40	2.6	40	95	0	183	22	18	30	28	1.97
2344513--2344561	26	1.9	25	87	4	71	46	0	2	51	1.12
2347138--2347190	22	2.5	21	82	11	63	32	3	0	64	1.12
2348162--2348199	20	1.9	20	100	0	76	36	26	26	10	1.89
2350270--2350384	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
2350270--2350384	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
2351994--2352127	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
2351994--2352127	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
2356045--2356159	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356045--2356159	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
2357769--2357901	25	5.2	25	90	6	189	36	23	5	35	1.77
2357769--2357901	50	2.6	52	91	5	211	36	23	5	35	1.77
2366229--2366270	19	2.4	18	84	11	52	30	2	0	66	1.04
2368967--2369001	17	2.1	17	100	0	70	34	5	5	54	1.48
2378796--2378829	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2392081--2392308	46	5.0	46	91	0	332	39	15	22	21	1.91
2394662--2394712	25	2.0	25	100	0	102	23	23	15	37	1.93
2394700--2394912	88	2.4	87	80	6	216	36	18	15	29	1.92
2395009--2395035	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
2394818--2395171	181	2.0	181	84	3	462	35	19	16	28	1.94
2395111--2395233	62	2.0	62	93	0	210	32	24	17	25	1.97
2395236--2395270	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
2395329--2395355	14	1.9	14	100	0	54	51	7	25	14	1.68
2395175--2395676	89	5.7	88	85	5	622	33	20	16	29	1.95
2395418--2395448	15	2.1	15	93	0	53	67	6	9	16	1.39
2394848--2395498	327	2.0	320	84	9	843	35	20	17	27	1.95
2394758--2395586	415	2.0	407	82	9	982	35	20	16	27	1.94
2395602--2395836	72	3.2	71	82	8	274	31	19	17	31	1.95
2395617--2395836	75	3.0	72	83	6	273	31	20	17	30	1.95
2397714--2397896	25	7.5	26	70	19	110	35	6	3	54	1.45
2397662--2397896	25	9.9	25	71	16	108	34	5	3	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397780--2397815	2	18.5	2	88	5	56	44	0	0	55	0.99
2397874--2397932	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
2398049--2398096	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
2398049--2398100	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
2411473--2412058	75	7.5	75	78	12	461	31	17	19	32	1.94
2411473--2412058	154	3.7	154	78	9	564	31	17	19	32	1.94
2411854--2412015	88	1.8	88	86	2	236	28	16	19	35	1.93
2412015--2412121	53	2.0	55	92	3	182	28	13	18	39	1.88
2411924--2412379	238	1.9	238	95	0	833	26	14	20	37	1.92
2412253--2412360	53	2.0	55	92	3	184	28	12	19	38	1.89
2412332--2412389	30	1.9	30	92	0	98	22	10	27	39	1.86
2412276--2412431	84	1.9	83	94	1	276	26	12	23	36	1.91
2413844--2413868	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2413889--2413953	25	2.8	24	86	6	89	33	6	6	53	1.50
2414104--2414146	16	2.7	15	92	7	68	32	0	2	65	1.06
2414104--2414150	8	5.9	8	82	9	60	31	0	2	65	1.04
2422140--2422166	14	1.9	14	100	0	54	3	14	0	81	0.82
2422138--2422188	24	2.1	25	82	10	61	9	13	0	76	1.02
2422162--2422196	18	2.0	17	88	5	52	22	11	0	65	1.24
2422112--2422188	37	2.1	37	83	11	95	11	9	2	76	1.11
2422349--2422451	52	2.0	51	83	7	127	50	3	0	44	1.26
2422552--2422576	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2422656--2422708	22	2.4	21	81	12	63	56	3	0	39	1.17
2422735--2422879	62	2.3	62	90	4	222	65	2	4	28	1.22
2422723--2422911	61	3.2	59	75	15	174	61	2	3	32	1.25
2430506--2430551	6	7.7	6	87	7	67	15	2	0	82	0.76
2430576--2430606	10	3.1	10	95	0	53	77	3	0	19	0.90
2430575--2430615	14	2.9	15	82	10	50	73	2	2	21	1.07
2431280--2431388	3	34.7	3	70	18	62	34	3	2	58	1.30
2431282--2431318	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
2431640--2431681	22	1.9	22	85	0	57	33	19	0	47	1.49
2432060--2432172	34	3.3	32	70	18	77	34	4	6	54	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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