Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  336  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98008078--98008122
21
2.1
21
87
0
63
28
31
8
31
1.88
98008192--98008397
87
2.4
86
82
2
223
36
18
14
30
1.91
98008436--98008770
91
3.7
87
81
8
363
35
18
18
28
1.94
98008438--98008770
182
1.8
178
84
6
456
34
18
18
28
1.95
98008727--98009214
73
6.6
73
86
3
665
31
20
16
31
1.95
98008719--98009234
147
3.5
147
93
2
813
32
20
15
31
1.94
98009404--98009446
12
3.3
12
82
17
59
65
6
13
13
1.46
98009403--98009447
13
3.4
13
81
6
63
66
6
13
13
1.43
98009240--98009591
100
3.6
100
82
6
399
36
19
18
25
1.95
98009416--98009591
90
2.0
87
85
3
235
35
21
19
23
1.96
98011914--98011987
20
3.7
19
74
25
73
68
4
0
27
1.07
98020404--98020439
3
12.3
3
94
5
65
33
0
0
66
0.92
98020446--98020485
17
2.3
18
83
12
57
52
0
0
47
1.00
98020444--98020482
16
2.6
14
81
18
51
51
0
0
48
1.00
98034552--98034593
15
2.8
15
96
0
75
64
11
2
21
1.38
98039134--98039258
53
2.4
53
83
2
162
40
14
21
24
1.90
98039174--98039293
53
2.3
53
82
0
132
40
11
20
26
1.87
98039440--98039506
29
2.3
29
87
5
100
28
17
25
28
1.98
98041113--98041711
27
22.2
27
86
1
779
30
21
7
40
1.80
98042041--98042098
27
2.2
26
87
3
80
18
25
20
34
1.96
98042215--98042324
31
3.5
31
74
7
100
20
17
12
49
1.79
98042215--98042345
6
21.3
6
70
16
90
20
16
12
49
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98042236--98042336
37
2.7
37
87
0
139
19
18
12
48
1.80
98044473--98044498
3
8.7
3
100
0
52
30
0
0
69
0.89
98052186--98052327
71
2.0
71
92
0
239
19
7
14
58
1.59
98053763--98053793
2
15.5
2
93
0
53
48
0
3
48
1.17
98057104--98057239
26
5.2
26
91
0
218
32
5
25
37
1.78
98059021--98059306
136
2.1
137
94
1
495
24
17
25
32
1.96
98063086--98063218
49
2.6
52
94
3
227
33
4
24
36
1.76
98063086--98063218
26
5.2
26
92
5
209
33
4
24
36
1.76
98064699--98064751
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
98064999--98065281
133
2.1
137
95
2
511
24
18
25
31
1.97
98066246--98066360
27
4.3
26
84
9
133
36
23
23
16
1.94
98066246--98066360
54
2.1
54
85
3
151
36
23
23
16
1.94
98067949--98068058
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
98070939--98070986
10
4.8
10
82
10
53
20
8
4
66
1.35
98074517--98074588
36
2.0
36
100
0
144
30
2
8
58
1.42
98075852--98075890
20
1.9
21
89
5
62
79
0
2
17
0.84
98075852--98075892
21
2.0
21
85
9
57
78
0
2
19
0.87
98078083--98078107
12
2.1
12
100
0
50
40
0
8
52
1.31
98079271--98079313
17
2.5
17
84
0
50
72
2
4
20
1.14
98080971--98080996
1
26.0
1
100
0
52
100
0
0
0
0.00
98081641--98081690
26
2.0
24
92
7
82
64
4
0
32
1.12
98081673--98081705
12
2.8
12
86
4
50
75
6
0
18
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98081645--98081706
26
2.6
25
80
12
67
69
4
0
25
1.08
98096374--98096398
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
98125717--98125745
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
98134056--98134110
28
2.0
28
100
0
110
32
18
7
41
1.78
98135194--98135260
29
2.2
31
92
5
111
23
13
10
52
1.71
98137087--98137116
10
3.0
10
95
0
51
70
16
10
3
1.29
98141838--98141906
32
2.2
32
82
7
88
62
0
4
33
1.15
98141847--98141906
17
3.6
16
73
22
61
58
0
5
36
1.20
98143601--98143637
18
2.1
18
100
0
74
51
5
10
32
1.60
98149580--98149976
131
3.0
130
81
4
485
34
14
12
39
1.83
98157076--98157125
2
25.0
2
100
0
100
50
0
0
50
1.00
98159612--98159662
5
9.4
5
89
10
66
17
80
0
1
0.81
98159612--98159666
11
5.0
11
89
8
85
18
80
0
1
0.81
98159612--98159666
6
9.8
6
90
7
73
18
80
0
1
0.81
98159772--98159804
3
11.0
3
100
0
66
0
66
0
33
0.92
98164429--98164482
26
2.1
26
100
0
108
33
24
14
27
1.94
98165002--98165043
10
4.2
10
87
0
57
26
4
0
69
1.08
98166602--98166654
5
10.4
5
80
11
63
43
0
0
56
0.99
98167049--98167097
15
3.4
15
72
16
50
69
6
22
2
1.21
98167055--98167090
18
1.9
19
88
5
56
66
5
25
2
1.27
98167529--98167580
11
4.5
11
81
11
50
57
0
13
28
1.36
98167534--98167574
12
3.5
11
90
6
55
56
0
17
26
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98168759--98168799
20
2.0
20
85
9
55
63
12
4
19
1.46
98170962--98171733
177
4.4
178
84
2
966
27
25
17
30
1.97
98171821--98172013
64
3.0
64
91
1
314
38
12
17
31
1.87
98173095--98173136
18
2.4
17
80
11
57
11
7
7
73
1.23
98178104--98178144
20
2.0
20
85
9
55
63
12
4
19
1.46
98178594--98178648
30
2.0
30
86
13
82
58
3
9
29
1.46
98178748--98178800
21
2.5
21
75
6
54
54
5
5
33
1.47
98180263--98180317
24
2.3
23
76
17
58
30
0
20
49
1.49
98180853--98180955
48
2.1
48
85
0
134
37
9
16
35
1.82
98180912--98180962
20
2.7
19
82
8
68
39
3
17
39
1.68
98180898--98180963
10
6.8
10
72
6
55
36
7
16
39
1.77
98184697--98184743
16
2.9
16
84
12
60
27
0
2
70
0.99
98185747--98185794
25
2.0
24
88
12
71
45
2
2
50
1.25
98194478--98194512
3
11.7
3
100
0
70
68
0
0
31
0.90
98194652--98194685
10
3.1
11
87
12
52
88
0
0
11
0.52
98194654--98194685
13
2.5
13
94
0
55
90
0
0
9
0.45
98209031--98209169
75
1.9
75
90
0
224
32
17
20
29
1.96
98209085--98209271
102
1.8
103
90
2
304
28
16
17
37
1.92
98209262--98209295
16
2.1
16
88
0
50
17
8
2
70
1.25
98209176--98209447
88
3.1
90
86
4
358
27
16
18
37
1.92
98209188--98209496
88
3.6
87
83
7
332
29
16
18
36
1.92
98214368--98214442
33
2.3
31
86
6
96
26
8
1
64
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98215164--98215201
17
2.2
18
85
4
51
31
18
0
50
1.47
98215313--98215362
25
2.0
25
81
11
59
42
0
2
56
1.11
98223169--98223201
14
2.4
14
94
0
57
36
6
15
42
1.71
98224739--98224807
24
2.7
26
76
13
72
49
31
2
15
1.60
98225422--98225451
6
5.2
6
92
8
53
0
16
0
83
0.65
98235233--98235273
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
98239570--98239638
32
2.2
29
82
12
84
52
2
5
39
1.41
98239854--98239918
3
21.7
3
100
0
130
66
0
0
33
0.92
98240018--98240054
3
12.3
3
100
0
74
67
0
0
32
0.91
98240532--98240566
11
3.2
11
88
12
54
45
0
54
0
0.99
98240660--98240702
12
3.6
12
93
0
77
13
2
6
76
1.08
98241432--98241530
44
2.2
44
80
3
101
29
15
17
38
1.90
98241923--98242357
72
5.8
72
79
13
457
33
20
17
28
1.95
98242181--98242209
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
98242035--98243221
163
7.5
163
90
5
1746
33
20
17
28
1.95
98242344--98242372
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
98242356--98242980
72
8.2
72
78
14
557
33
20
17
28
1.95
98242804--98242832
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
98241840--98243221
623
2.2
623
96
2
2532
33
20
17
29
1.95
98243134--98243162
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
98255604--98255676
33
2.3
30
82
11
92
54
2
5
36
1.38
98255892--98255950
3
19.7
3
100
0
118
66
0
0
33
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98256049--98256082
3
11.3
3
100
0
68
67
0
0
32
0.91
98256556--98256589
11
3.1
11
87
12
52
47
0
52
0
1.00
98256688--98256712
11
2.3
11
100
0
50
16
0
8
76
1.02
98257096--98257166
35
2.0
35
94
0
124
25
9
46
18
1.79
98259250--98259412
39
4.2
39
91
0
254
23
20
31
24
1.98
98259250--98259442
39
4.9
39
88
0
242
23
21
31
23
1.98
98261542--98261575
13
2.6
13
90
0
59
23
20
47
8
1.78
98261952--98262315
48
7.6
48
88
3
466
25
17
29
27
1.97
98264777--98265094
46
6.7
46
69
17
154
27
19
29
23
1.98
98264779--98265048
94
2.9
93
77
13
272
26
20
30
22
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427