genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78126177--78126255	39	2.0	39	97	0	149	31	12	16	39	1.86
78138433--78138463	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
78140966--78141004	15	2.5	15	83	8	51	35	12	5	46	1.65
78149116--78149172	26	2.2	25	81	9	62	19	24	19	36	1.94
78149323--78149387	25	2.6	25	80	4	69	26	21	15	36	1.93
78152376--78152451	10	7.7	10	71	16	52	64	3	1	30	1.20
78152664--78152713	26	2.0	25	88	4	73	40	2	0	58	1.10
78158069--78158122	26	2.1	26	100	0	108	25	14	11	48	1.77
78179912--78179956	22	2.0	22	82	0	54	17	4	8	68	1.32
78196441--78196533	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
78196556--78196595	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
78200649--78200809	40	4.0	40	76	6	146	27	21	25	25	1.99
78204433--78204525	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
78204552--78204587	19	1.9	18	88	5	54	44	19	2	33	1.65
78213715--78213797	31	2.7	30	89	7	132	30	15	25	28	1.96
78220407--78220571	43	3.9	42	79	12	158	32	24	18	24	1.97
78224254--78224430	40	4.5	40	83	9	204	25	21	26	26	1.99
78224280--78224463	79	2.3	77	81	10	210	27	21	25	26	1.99
78232333--78232516	40	4.6	39	83	7	160	24	22	26	26	2.00
78232333--78232535	39	5.1	40	82	9	238	25	22	26	26	2.00
78232333--78232516	79	2.3	81	84	8	236	24	22	26	26	2.00
78232386--78232549	79	2.1	78	83	7	199	26	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78239607--78239640	18	1.9	18	88	5	52	20	14	41	23	1.89
78240079--78240154	25	3.0	25	80	3	98	17	23	25	34	1.96
78241245--78241304	24	2.5	24	100	0	120	38	11	35	15	1.83
78243281--78243535	55	4.8	54	75	12	217	22	24	15	37	1.93
78256363--78256535	46	3.7	46	80	10	217	21	19	30	28	1.98
78256357--78256528	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
78260328--78260487	29	5.5	29	82	6	191	41	13	24	20	1.88
78260328--78260490	58	2.8	59	87	6	242	41	13	24	20	1.88
78260478--78260546	29	2.4	29	78	4	77	33	11	27	27	1.91
78260328--78260511	58	3.2	57	81	9	228	40	13	23	22	1.89
78260328--78260604	116	2.4	116	81	5	301	39	12	24	23	1.90
78260527--78260605	29	2.7	29	70	5	61	43	10	24	22	1.84
78265005--78265102	26	3.7	25	70	17	72	38	24	8	28	1.84
78265029--78265101	27	2.7	27	80	4	85	39	23	6	30	1.81
78265086--78265524	27	16.3	27	86	1	497	36	18	18	25	1.94
78265769--78265820	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
78265941--78266068	6	21.0	6	69	15	75	19	17	14	48	1.81
78265941--78266048	31	3.5	31	88	1	155	18	17	15	48	1.82
78269822--78269933	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
78269822--78269933	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
78270952--78271025	27	2.7	26	79	8	85	39	25	8	27	1.84
78271009--78271473	27	17.3	27	84	3	526	36	18	18	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78271718--78271769	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78271891--78271955	19	3.8	19	69	26	63	18	15	16	49	1.80
78271888--78271998	31	3.6	31	90	2	170	18	16	15	49	1.80
78271888--78272018	6	21.3	6	72	18	101	19	16	15	49	1.80
78271917--78272035	25	4.8	25	77	11	72	18	15	15	50	1.78
78275429--78275531	53	1.9	53	96	0	188	32	22	13	32	1.93
78288075--78288112	18	2.1	19	90	9	62	13	36	28	21	1.91
78294302--78294361	6	10.0	6	92	0	102	16	20	0	63	1.31
78297933--78298172	118	2.0	118	98	0	462	28	23	22	25	1.99
78299419--78299486	25	2.7	25	90	0	100	35	27	14	22	1.93
78302495--78302623	54	2.4	54	80	6	138	31	22	9	37	1.86
78302495--78302623	27	4.8	27	80	4	118	31	22	9	37	1.86
78302605--78302747	27	5.3	26	73	11	85	37	22	11	28	1.88
78302617--78302825	54	3.9	54	74	8	165	39	21	11	28	1.88
78302645--78302795	27	5.6	27	77	4	144	39	22	9	29	1.85
78302645--78302796	81	1.9	81	82	8	193	38	22	9	29	1.85
78303675--78303743	24	2.8	25	77	4	77	27	27	17	27	1.98
78303963--78304045	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
78321783--78321953	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
78329745--78329915	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
78344182--78344278	27	3.6	26	81	9	106	43	24	5	26	1.75
78344263--78344349	27	3.2	26	78	12	95	36	18	18	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78344259--78344377	54	2.2	54	75	3	123	35	17	19	27	1.94
78344622--78344672	27	1.9	26	88	4	75	19	25	17	37	1.94
78344603--78344756	67	2.3	67	96	0	281	19	28	21	30	1.97
78344858--78344957	6	16.3	6	74	15	89	18	18	15	49	1.81
78344858--78344936	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
78350282--78350384	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
78358301--78358403	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
78362231--78362263	13	2.5	13	100	0	66	24	24	45	6	1.75
78369282--78369364	23	3.6	23	95	0	139	10	34	28	25	1.90
78371926--78372002	13	5.9	13	81	0	82	29	7	27	35	1.85
78373082--78373143	30	2.1	30	90	6	99	25	3	12	58	1.50
78374266--78374320	19	2.8	20	75	10	51	70	5	12	10	1.31
78375240--78375285	13	3.1	15	81	15	51	30	0	2	67	1.03
78377283--78377383	50	2.0	50	96	0	184	41	28	11	17	1.85
78380088--78380145	30	1.9	30	96	0	107	17	22	37	22	1.93
78389320--78389345	8	3.2	8	100	0	52	15	0	50	34	1.45
78410054--78410086	17	1.9	17	93	0	57	30	0	15	54	1.41
78415506--78415558	6	8.7	6	88	12	81	16	0	0	83	0.66
78417927--78418063	60	2.3	60	84	6	170	27	24	18	29	1.98
78417926--78418027	28	3.5	27	71	19	80	25	28	19	26	1.99
78420385--78420424	15	2.7	15	88	0	62	57	0	0	42	0.98
78420510--78420552	19	2.4	18	84	7	52	41	9	0	48	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78421982--78422006	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
78422561--78422783	47	4.8	48	79	8	221	23	29	19	27	1.98
78422561--78422783	94	2.4	93	83	9	267	23	29	19	27	1.98
78427596--78427677	27	3.0	27	96	0	146	20	31	24	23	1.98
78429813--78429857	23	2.0	23	86	8	65	33	8	2	55	1.43
78430719--78430784	32	2.1	32	100	0	132	36	3	19	40	1.67
78436567--78436726	27	5.9	27	80	12	168	35	21	24	19	1.96
78436585--78436726	54	2.6	54	92	3	223	35	22	23	18	1.96
78442472--78442656	40	4.6	40	80	5	180	26	23	27	22	2.00
78442472--78442659	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
78447716--78447857	27	5.2	28	80	10	161	35	22	23	18	1.95
78447716--78447862	54	2.7	54	91	3	224	36	22	23	17	1.95
78450619--78450648	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
78450619--78450649	16	1.9	16	100	0	62	16	0	0	83	0.64
78450616--78450648	11	3.1	11	95	4	59	18	0	0	81	0.68
78451083--78451114	16	2.0	17	88	11	50	56	0	9	34	1.32
78451088--78451156	26	2.5	26	79	6	66	59	1	8	30	1.36
78451255--78451285	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
78451368--78451397	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
78458352--78458406	2	27.5	2	96	0	101	50	1	0	47	1.11
78459054--78459093	2	19.5	2	94	5	71	47	0	2	50	1.14
78465920--78465986	26	2.6	26	86	6	100	38	22	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78467270--78467485	101	2.1	101	88	0	324	23	25	33	17	1.96
78469442--78469528	30	2.9	30	94	0	147	26	29	27	16	1.96
78474827--78474865	18	2.1	19	90	4	62	35	10	10	43	1.73
78476681--78476779	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
78484343--78484441	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
78494592--78494690	28	3.5	28	79	9	112	29	24	16	30	1.96
78499362--78499427	7	8.9	7	80	12	69	78	1	1	18	0.90
78499362--78499427	23	3.0	22	80	13	73	78	1	1	18	0.90
78499362--78499421	30	1.9	32	83	12	81	78	1	1	18	0.92
78503874--78503975	50	2.0	50	96	0	186	37	11	11	39	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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