genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  207  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58103747--58103960	54	3.9	54	76	9	164	30	9	19	39	1.84
58103855--58104007	81	1.9	81	84	2	209	30	7	22	39	1.81
58103946--58104239	81	3.6	80	85	2	318	39	8	21	30	1.82
58103975--58104239	54	4.9	54	86	3	338	41	8	21	28	1.82
58103976--58104239	81	3.3	81	88	3	352	41	8	21	28	1.82
58105676--58105849	46	3.7	47	78	13	189	31	28	18	21	1.97
58105683--58105854	93	1.8	93	90	2	274	30	27	19	22	1.98
58105727--58105863	47	3.0	46	70	20	115	29	27	18	23	1.98
58111747--58111804	30	1.9	31	96	3	109	32	41	1	24	1.65
58113512--58113641	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
58113528--58113679	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
58113528--58113677	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
58115714--58115781	29	2.4	27	79	13	75	45	17	4	32	1.68
58115830--58115901	32	2.3	30	86	9	92	48	27	5	18	1.70
58118504--58118634	21	6.3	21	77	1	104	18	20	15	45	1.85
58118503--58118607	42	2.5	42	85	0	138	19	21	15	43	1.87
58120197--58120221	11	2.3	11	100	0	50	20	24	32	24	1.98
58134706--58134760	21	2.8	20	78	8	58	49	5	10	34	1.61
58135210--58135274	21	3.1	21	75	0	67	18	20	13	47	1.82
58135209--58135319	42	2.7	41	79	5	118	18	19	13	48	1.80
58135248--58135308	21	2.9	21	78	9	70	18	21	14	45	1.84
58141031--58141087	15	3.8	16	72	23	61	26	28	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58141031--58141087	8	7.6	8	81	16	61	26	28	0	45	1.54
58147799--58147847	20	2.4	20	82	3	53	59	6	4	30	1.41
58147821--58147859	21	1.9	21	84	5	53	61	7	2	28	1.37
58155690--58155828	69	2.0	69	97	0	260	28	32	12	26	1.92
58156965--58157224	129	1.9	137	81	8	320	39	23	16	20	1.92
58158020--58158069	25	2.0	25	100	0	100	52	20	4	24	1.63
58161567--58161676	26	4.2	26	95	0	184	35	5	22	36	1.78
58163451--58163737	137	2.1	137	95	0	511	25	18	24	32	1.97
58176096--58176175	39	2.1	39	97	0	151	36	12	18	32	1.89
58177337--58177398	22	2.8	23	87	7	92	33	20	22	22	1.97
58177543--58177667	42	3.0	42	84	1	153	28	30	19	21	1.97
58177904--58177976	27	2.7	27	84	0	92	32	13	19	34	1.91
58177924--58178273	27	13.0	27	83	4	280	32	10	18	39	1.83
58177924--58178326	27	14.9	27	79	7	230	32	11	18	38	1.86
58178262--58178338	27	2.9	27	86	0	109	28	20	16	33	1.95
58180349--58180397	18	2.7	18	96	0	89	28	20	14	36	1.92
58180907--58180957	25	2.0	25	96	0	93	25	47	5	21	1.73
58181074--58181124	22	2.3	22	93	0	84	47	19	19	13	1.83
58181534--58181690	41	3.8	41	91	0	233	27	27	22	22	1.99
58181934--58182006	27	2.7	27	82	0	83	35	13	16	34	1.88
58181992--58182249	27	9.6	27	77	8	125	30	7	20	42	1.79
58182017--58182249	54	4.3	54	79	3	175	30	7	20	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58181937--58182242	81	3.8	81	76	6	244	30	8	19	40	1.82
58182019--58182214	27	7.3	26	78	9	178	28	7	20	42	1.80
58182231--58182314	27	3.1	27	75	0	87	29	20	19	30	1.97
58187631--58187691	3	20.3	3	89	0	95	34	3	0	62	1.12
58187667--58187732	15	4.5	15	75	22	61	22	4	1	71	1.13
58192426--58192602	51	3.5	52	86	7	224	29	14	28	27	1.95
58197176--58197261	43	2.0	43	88	4	129	19	11	24	44	1.84
58202211--58202275	32	2.0	32	100	0	130	32	3	15	49	1.60
58202288--58202324	2	19.0	2	88	5	58	54	0	0	45	1.00
58202729--58202770	22	1.9	22	85	0	57	42	4	9	42	1.58
58203794--58203865	18	3.8	18	69	16	56	56	6	2	33	1.40
58203957--58203996	21	2.0	20	90	5	62	62	0	10	27	1.27
58203945--58203994	23	2.1	24	88	3	75	64	0	8	28	1.22
58203958--58204063	27	3.9	27	73	18	76	65	1	10	22	1.34
58204948--58204972	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
58205163--58205201	21	1.9	21	84	5	53	7	12	12	66	1.43
58210037--58210091	29	1.9	28	88	3	83	16	21	27	34	1.95
58211489--58211529	21	2.0	21	85	0	55	29	2	17	51	1.58
58221072--58221120	20	2.5	20	86	0	62	28	12	18	40	1.86
58221083--58221121	20	2.0	20	94	0	69	28	12	15	43	1.83
58226289--58226519	48	4.9	48	74	13	176	27	27	18	26	1.98
58228464--58228727	51	5.3	51	79	9	267	40	20	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58228530--58228703	95	1.8	95	86	4	253	39	21	10	28	1.86
58229979--58230004	12	2.2	12	100	0	52	34	7	11	46	1.69
58230074--58230134	32	1.9	32	89	0	95	29	8	24	37	1.84
58230120--58230183	33	1.9	34	90	3	103	31	9	26	32	1.88
58233336--58233559	78	2.8	79	88	5	319	24	21	27	25	1.99
58233336--58233559	40	5.7	40	88	6	323	24	21	27	25	1.99
58241394--58241616	40	5.6	39	86	4	272	25	20	27	26	1.99
58241394--58241616	78	2.8	78	86	4	279	25	20	27	26	1.99
58246655--58246704	20	2.5	19	84	9	64	68	8	2	22	1.26
58246651--58246754	46	2.3	45	86	5	138	63	6	2	26	1.34
58246740--58246897	30	5.7	27	76	17	137	63	1	4	29	1.24
58246774--58246822	16	3.2	15	77	11	55	67	2	0	30	1.02
58246769--58246809	21	2.0	20	85	4	55	68	2	0	29	1.03
58246769--58246873	51	2.1	51	82	10	126	66	1	1	29	1.13
58246799--58246873	24	3.0	23	72	23	71	66	1	2	29	1.13
58246911--58247005	23	4.0	22	69	20	66	62	4	5	28	1.36
58246926--58247065	26	5.5	26	70	13	96	59	2	6	31	1.37
58248772--58249054	132	2.2	131	83	2	345	29	19	21	29	1.98
58248854--58249054	44	4.6	43	75	13	137	29	18	21	29	1.97
58249297--58249475	44	4.0	44	73	10	148	29	24	16	29	1.97
58249302--58249584	134	2.1	131	84	3	361	28	25	16	28	1.97
58249307--58249622	131	2.4	133	83	2	377	29	24	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58257800--58257844	19	2.4	19	88	7	65	46	6	17	28	1.73
58261464--58261697	26	9.6	25	69	18	127	61	4	4	29	1.35
58261560--58261690	46	2.8	45	82	5	145	62	5	3	28	1.34
58261716--58261762	24	2.0	24	84	12	62	68	0	4	27	1.08
58261870--58262012	25	5.6	25	70	14	96	60	2	5	30	1.34
58261850--58261950	23	4.3	22	70	24	64	62	3	3	29	1.31
58261923--58262019	27	3.7	26	76	9	99	57	3	5	34	1.36
58261965--58262013	16	3.4	16	71	26	54	63	2	4	30	1.24
58263021--58263069	15	3.5	15	75	8	50	0	20	22	57	1.41
58263480--58263595	57	2.0	57	100	0	232	37	18	8	35	1.82
58265033--58265077	20	2.2	21	88	4	65	28	8	4	57	1.48
58272310--58272397	43	2.0	43	100	0	176	48	11	19	20	1.79
58276714--58276747	17	2.0	17	100	0	68	35	35	17	11	1.87
58284941--58285026	35	2.5	34	80	10	86	44	24	2	29	1.66
58285657--58285761	42	2.5	42	79	4	122	31	20	20	27	1.97
58295230--58295287	21	2.8	20	80	12	73	43	12	17	27	1.84
58295238--58295317	20	4.0	20	79	8	72	48	12	13	25	1.77
58296744--58296801	21	2.8	21	84	5	64	20	25	36	17	1.94
58308274--58308457	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
58308314--58308502	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
58316393--58316576	40	4.6	39	76	6	138	27	23	27	21	1.99
58316433--58316621	80	2.4	80	77	5	184	24	23	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58318155--58318240	30	2.9	30	87	6	113	15	30	30	24	1.95
58327690--58327819	57	2.3	58	85	4	165	26	32	16	25	1.96
58327661--58327819	29	5.5	29	82	5	171	25	31	16	25	1.97
58332314--58332383	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
58332391--58332497	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
58334228--58334343	43	2.7	42	84	6	162	28	25	16	30	1.97
58349370--58349425	7	8.0	7	77	15	53	16	7	37	39	1.76
58349370--58349425	21	2.7	20	76	13	60	16	7	37	39	1.76
58349450--58349481	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
58351433--58351508	39	1.9	39	97	0	143	23	10	14	51	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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