genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.391.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  391  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113379799--113379964	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
113386311--113386476	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
113387647--113387908	119	2.2	119	89	0	398	33	19	17	29	1.94
113387832--113388683	83	10.2	83	94	1	1472	32	20	20	27	1.97
113387832--113388684	333	2.6	333	95	0	1539	32	20	20	27	1.97
113389070--113389211	35	4.0	35	93	2	230	39	9	13	37	1.78
113389079--113389211	18	7.5	18	86	5	191	39	10	12	36	1.78
113389694--113389752	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
113389687--113389761	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
113389729--113389778	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
113393807--113394268	235	2.0	235	94	0	816	33	22	8	35	1.85
113394886--113394915	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
113401942--113401990	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
113402064--113402096	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
113403226--113403250	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
113403897--113403970	37	2.0	37	82	12	91	39	0	1	59	1.06
113404301--113404362	24	2.6	22	80	12	61	48	17	1	32	1.57
113410067--113410098	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
113411627--113411653	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
113421253--113421282	15	2.0	15	93	0	51	36	0	6	56	1.26
113421361--113421425	9	6.9	9	72	16	51	27	0	3	69	1.03
113421361--113421425	20	3.3	20	73	23	59	27	0	3	69	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113427639--113427676	13	2.9	14	84	7	53	34	0	0	65	0.93
113427971--113428042	34	2.1	35	84	2	92	51	2	2	43	1.30
113429985--113430026	21	2.1	20	86	8	59	35	2	4	57	1.33
113429981--113430031	21	2.4	21	75	21	52	33	1	3	60	1.26
113432626--113432652	6	4.5	6	100	0	54	18	48	0	33	1.49
113441684--113441822	42	3.2	43	77	5	147	26	17	23	32	1.97
113441684--113441840	43	3.7	43	74	9	158	25	17	24	31	1.97
113445639--113445679	21	2.0	21	85	0	55	19	24	14	41	1.89
113446139--113446199	2	30.5	2	100	0	122	0	0	49	50	1.00
113448670--113448701	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
113448670--113448700	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
113453106--113453138	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
113453107--113453137	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
113453106--113453138	14	2.3	15	94	5	59	18	0	0	81	0.68
113453220--113453272	26	2.0	26	96	0	97	18	28	11	41	1.85
113456435--113456486	20	2.6	20	81	0	59	46	5	5	42	1.51
113462421--113462741	162	2.0	162	93	1	545	23	22	19	35	1.96
113467498--113467535	19	2.0	20	90	10	62	44	0	0	55	0.99
113469834--113470377	46	11.8	46	90	1	759	21	23	14	40	1.90
113469834--113470368	139	3.9	138	89	1	768	21	23	14	40	1.90
113469834--113470376	185	2.9	185	92	1	858	21	23	14	40	1.90
113486508--113486798	131	2.3	130	88	3	419	37	17	15	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113486784--113486821	13	3.0	13	92	3	60	44	0	7	47	1.32
113487768--113487812	23	2.0	22	83	12	56	53	2	11	33	1.49
113492338--113492417	25	3.3	24	71	11	74	67	3	3	25	1.24
113496574--113496603	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
113496633--113496664	12	2.5	13	95	5	57	28	0	34	37	1.57
113498047--113498087	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
113498048--113498164	54	2.1	54	82	4	146	17	0	32	48	1.54
113498175--113498301	41	3.1	40	89	3	182	20	22	21	35	1.96
113500119--113500143	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
113517181--113517245	34	1.9	34	90	0	103	23	20	32	24	1.98
113517259--113517336	38	2.1	38	95	4	140	43	23	7	25	1.80
113517649--113517674	12	2.2	12	100	0	52	23	23	15	38	1.92
113520738--113520780	21	2.1	20	86	4	59	32	4	6	55	1.47
113526839--113526866	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
113532705--113532749	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
113533906--113534033	39	3.3	39	79	6	152	23	25	19	31	1.98
113538429--113538598	92	1.8	93	92	1	288	27	29	21	21	1.99
113538421--113538595	46	3.8	46	78	11	196	28	29	21	21	1.98
113538426--113538614	46	4.1	46	71	20	126	28	29	21	21	1.99
113540587--113540758	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
113540592--113540758	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
113548076--113548241	35	4.6	35	86	8	192	33	24	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113548071--113548243	75	2.4	72	83	11	221	33	23	10	31	1.90
113554067--113554244	46	3.9	46	77	5	198	28	26	21	23	1.99
113554076--113554245	92	1.8	93	89	1	270	27	27	21	22	1.99
113560701--113560727	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
113561730--113561784	27	2.0	27	100	0	110	38	10	0	50	1.37
113561934--113561972	19	2.1	19	90	9	62	53	7	7	30	1.57
113564726--113564778	27	2.0	27	88	3	81	43	0	0	56	0.99
113564732--113564791	26	2.3	26	80	8	68	51	0	1	46	1.10
113564732--113564786	27	2.1	26	82	3	65	52	0	0	47	1.00
113581320--113581352	16	2.1	16	100	0	66	0	6	0	93	0.33
113581318--113581351	11	3.1	11	91	8	52	0	8	0	91	0.43
113581822--113581875	23	2.2	24	75	15	58	61	9	1	27	1.37
113592832--113592958	39	3.3	39	94	0	227	23	30	25	19	1.98
113592832--113592986	39	4.0	39	88	3	188	25	30	23	20	1.98
113592851--113593015	39	4.2	39	88	3	156	26	30	23	20	1.98
113592832--113592986	78	2.0	78	87	2	222	25	30	23	20	1.98
113592832--113593015	78	2.4	78	80	7	178	26	30	23	20	1.98
113596566--113596604	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
113597169--113597214	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
113597176--113597220	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
113600725--113600894	47	3.6	46	77	8	173	22	28	19	28	1.98
113600721--113600894	94	1.9	94	88	0	267	22	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113602376--113602447	30	2.5	29	86	4	92	36	19	18	26	1.94
113602537--113602614	37	2.1	37	88	2	113	34	23	2	39	1.68
113604399--113604441	18	2.4	18	77	11	52	72	4	2	20	1.14
113604426--113604463	20	1.9	21	84	10	53	73	5	0	21	1.02
113607644--113607708	21	3.1	21	79	0	85	38	24	20	16	1.93
113609751--113609809	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
113609780--113609829	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
113611983--113612007	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
113613323--113613376	21	2.8	20	83	11	67	55	1	3	38	1.28
113613323--113613395	10	7.7	10	70	23	52	56	1	2	39	1.22
113613852--113613915	10	6.7	9	78	10	56	39	1	1	57	1.17
113618513--113618540	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
113618537--113618615	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
113618538--113618619	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
113618574--113618619	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
113619468--113620393	462	2.0	461	98	0	1807	26	19	30	24	1.98
113633800--113633895	47	2.0	47	100	0	192	32	21	14	31	1.94
113642905--113642978	29	2.5	31	82	4	89	47	6	13	32	1.69
113644087--113644196	54	2.0	55	80	5	125	55	6	2	35	1.40
113645861--113645904	20	2.2	20	87	0	61	31	4	18	45	1.69
113646119--113646156	2	19.5	2	83	5	51	44	0	5	50	1.24
113647523--113647570	5	9.8	5	80	13	55	14	2	4	79	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113648205--113648241	14	2.6	14	91	0	56	40	2	0	56	1.13
113648258--113648841	3	195.3	3	71	11	301	29	6	2	61	1.34
113648232--113648318	41	2.1	41	85	8	115	35	1	3	59	1.22
113648203--113648302	17	5.6	17	67	19	53	40	2	2	56	1.22
113648370--113648475	37	2.9	35	80	14	117	23	5	0	69	1.15
113649074--113649230	3	53.3	3	76	5	88	31	8	0	59	1.32
113651933--113651978	20	2.3	20	85	7	58	73	2	21	2	1.04
113656766--113656797	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
113664661--113664745	43	2.0	43	95	0	152	50	11	15	22	1.76
113669396--113669462	28	2.3	28	82	14	75	56	1	2	38	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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