genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  31  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7988806--7989088	132	2.2	132	88	3	410	25	24	17	32	1.97
7988806--7989119	133	2.4	133	85	5	352	26	26	17	30	1.97
7989137--7989703	204	2.8	205	95	1	1014	29	22	18	30	1.97
7997695--7997744	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
8002113--8002263	39	3.9	39	93	2	243	30	18	3	47	1.65
8004036--8004060	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8004925--8004959	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
8005121--8005311	25	7.8	25	70	13	103	56	4	5	32	1.44
8005201--8005332	23	5.6	24	74	12	103	56	3	5	35	1.38
8005272--8005332	24	2.6	23	80	10	61	59	3	3	34	1.30
8005812--8005910	30	3.3	30	91	0	171	18	6	49	26	1.70
8007324--8007376	26	2.0	27	85	7	74	24	13	20	41	1.88
8008863--8008970	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
8009535--8009576	21	2.0	21	90	0	66	28	28	9	33	1.88
8009767--8009806	13	2.9	13	85	10	53	67	12	7	12	1.41
8009869--8009918	15	3.6	14	84	10	66	56	6	18	20	1.62
8009690--8009973	103	2.7	103	87	3	374	38	20	17	23	1.93
8009940--8010128	73	2.6	73	88	4	292	31	23	14	29	1.95
8011471--8011636	53	3.1	53	87	6	212	25	15	28	30	1.95
8024752--8024786	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
8024926--8025073	48	3.0	48	77	11	129	56	4	7	31	1.48
8024947--8025148	25	8.2	25	70	13	98	54	3	5	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8025672--8025727	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
8025639--8025736	30	3.3	30	88	0	151	18	6	47	27	1.72
8027621--8027659	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8036590--8036892	3	101.7	3	74	13	225	61	0	5	32	1.25
8036683--8036889	23	8.8	23	70	22	85	60	1	4	32	1.26
8036740--8036892	14	10.9	14	74	16	70	64	1	3	30	1.20
8036704--8036892	77	2.5	73	80	10	181	61	1	4	32	1.24
8036891--8036916	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8038113--8038145	14	2.2	15	89	10	50	9	0	9	81	0.87
8038403--8039266	45	18.3	45	66	17	229	28	23	18	29	1.98
8038410--8039044	143	4.4	143	87	0	795	28	22	19	29	1.98
8038418--8039022	286	2.1	286	88	0	895	27	23	19	29	1.98
8038920--8039144	99	2.3	99	84	0	279	30	20	17	32	1.95
8039152--8039281	45	2.9	45	81	6	158	30	26	15	27	1.96
8039067--8039281	89	2.4	89	80	7	240	29	24	17	28	1.97
8042023--8042055	16	2.0	17	88	5	50	42	6	0	51	1.26
8042115--8042157	19	2.3	19	84	8	52	62	0	32	4	1.15
8049450--8049557	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	32	1.80
8060125--8060514	195	2.0	195	98	0	762	25	23	20	30	1.99
8063102--8063137	12	3.0	12	91	0	54	44	5	22	27	1.75
8064769--8064870	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
8065646--8065716	32	2.4	27	75	20	79	2	7	15	74	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8065682--8065736	17	3.5	17	68	27	57	3	3	18	74	1.11
8065648--8065733	30	2.7	32	94	5	149	3	5	18	72	1.20
8065812--8065852	17	2.3	18	84	12	50	14	0	41	43	1.45
8067588--8067646	30	2.0	30	100	0	118	54	3	13	28	1.55
8067688--8067771	43	2.0	43	83	4	107	23	11	14	50	1.76
8071849--8071954	53	2.0	53	100	0	212	30	9	1	58	1.40
8072092--8072126	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8072651--8073346	367	1.9	363	83	3	912	33	16	13	36	1.88
8076499--8076610	57	2.0	57	98	0	215	36	9	4	49	1.56
8076518--8076608	28	3.1	30	66	30	88	34	10	5	49	1.61
8080866--8080898	16	2.1	16	100	0	66	30	24	12	33	1.91
8101873--8101912	21	1.9	21	90	10	64	62	0	12	25	1.30
8102198--8102318	3	41.7	3	67	15	51	61	1	6	29	1.30
8102222--8102253	12	2.7	12	100	0	64	84	0	0	15	0.63
8110353--8110530	89	2.0	89	90	3	279	35	22	10	31	1.88
8110553--8110593	18	2.3	18	87	8	57	53	0	4	41	1.22
8110888--8110942	28	2.0	28	89	7	85	36	0	0	63	0.95
8110851--8110953	20	5.3	20	68	15	56	32	5	0	61	1.26
8110872--8110959	29	3.0	29	80	11	99	34	3	1	61	1.20
8111027--8111237	90	2.4	87	81	6	255	33	10	18	36	1.85
8112753--8112914	88	1.8	88	87	0	243	27	20	17	33	1.96
8112849--8113786	176	5.3	176	90	0	1437	27	18	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113071--8113164	43	2.2	44	80	5	111	27	18	23	30	1.97
8113244--8113340	43	2.2	44	80	5	108	27	17	21	32	1.96
8113312--8113408	45	2.2	45	88	3	142	26	17	25	29	1.97
8116801--8117483	338	2.0	339	94	1	1190	34	15	11	37	1.84
8119609--8119758	51	2.9	51	98	0	291	32	16	14	36	1.89
8125795--8125917	29	4.4	29	75	13	105	60	3	17	17	1.48
8125818--8125893	24	2.9	25	84	9	91	67	3	14	14	1.38
8125928--8125985	29	2.0	29	93	0	98	48	0	22	29	1.51
8126642--8126668	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8140513--8140538	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8141506--8141550	23	2.0	23	86	4	65	55	2	0	42	1.12
8148632--8148945	46	6.8	46	90	1	407	40	14	24	21	1.90
8149985--8150146	26	6.2	26	94	0	261	33	4	24	37	1.77
8149985--8150146	78	2.1	78	96	0	297	33	4	24	37	1.77
8151320--8151356	8	4.6	8	93	0	65	51	21	24	2	1.61
8151772--8151912	27	5.2	26	82	8	167	17	24	23	34	1.96
8151772--8151912	54	2.6	53	89	2	210	17	24	23	34	1.96
8151783--8151930	27	5.5	26	81	7	136	19	24	20	35	1.96
8154896--8154979	31	2.8	31	83	3	109	48	0	3	47	1.19
8155435--8155461	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8160906--8160940	18	1.9	18	94	0	61	34	22	17	25	1.96
8163273--8163321	17	3.0	16	79	11	55	57	8	2	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8163359--8163389	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
8164976--8165159	49	3.7	50	76	5	192	25	17	26	30	1.97
8166941--8166984	20	2.1	21	88	12	65	52	0	4	43	1.22
8179009--8179041	2	16.5	2	100	0	66	48	51	0	0	1.00
8179974--8180020	22	2.0	24	84	16	62	70	0	14	14	1.18
8185823--8185860	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
8185864--8185912	20	2.4	21	82	3	64	34	2	6	57	1.35
8187014--8187075	30	2.1	29	82	14	74	53	1	8	37	1.40
8192003--8192093	46	2.0	46	93	0	155	38	0	9	51	1.35
8192304--8192461	79	2.0	79	100	0	316	36	22	11	29	1.89
8194841--8194873	13	2.6	13	95	4	59	45	0	0	54	0.99
8197489--8197522	12	2.9	12	86	4	52	64	14	14	5	1.46
8197693--8197717	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8198038--8198136	9	10.7	9	75	14	51	56	8	1	34	1.35
8198043--8198118	23	3.5	22	69	25	63	59	5	0	35	1.20
8198050--8198102	25	2.1	25	82	6	63	60	1	0	37	1.08
8200036--8200115	30	2.7	30	96	0	142	18	23	23	33	1.97
8200454--8200690	44	5.4	44	71	9	171	20	21	22	35	1.96
8200452--8201036	87	6.7	87	74	7	450	21	23	21	34	1.97
8200895--8201175	43	6.5	44	69	9	157	23	22	20	34	1.97
8200895--8201188	130	2.2	132	88	4	427	23	21	20	34	1.97
8201232--8201356	61	2.0	64	87	7	186	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8202993--8203033	11	3.6	11	86	3	55	0	14	0	85	0.60
8202988--8203033	12	3.6	12	85	8	56	0	15	0	84	0.62
8205679--8205710	6	5.5	6	96	3	57	46	15	18	18	1.84
8207784--8207812	6	4.8	6	100	0	58	65	17	17	0	1.27
8207784--8207821	18	2.1	18	90	0	58	68	15	13	2	1.32
8208338--8208387	26	2.0	25	85	11	68	56	4	0	40	1.18
8210324--8210402	29	2.7	30	92	4	133	18	24	24	32	1.97
8210742--8210978	44	5.4	44	71	9	171	20	21	22	35	1.96
8210740--8211324	87	6.7	87	74	6	450	21	22	21	34	1.97
8211184--8211456	42	6.3	44	68	9	141	23	22	20	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427