genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  256  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73327479--73327702	40	5.6	39	84	6	238	25	27	21	24	1.99
73327479--73327701	80	2.8	79	83	8	283	26	27	21	24	1.99
73327481--73327703	119	1.9	120	84	6	301	26	27	21	24	2.00
73335720--73336009	40	7.2	40	91	1	465	25	23	28	22	1.99
73343865--73344154	40	7.2	40	91	1	465	25	23	28	22	1.99
73347781--73347899	27	4.4	27	88	0	166	32	19	21	26	1.97
73348226--73348312	28	2.8	33	76	16	103	26	22	22	27	2.00
73356456--73356668	24	9.0	24	89	3	290	28	19	22	30	1.98
73356456--73356669	47	4.5	48	86	4	283	28	19	22	29	1.98
73356714--73356783	20	3.5	20	90	3	115	31	21	11	35	1.89
73356719--73356772	11	5.4	11	70	20	55	29	20	12	37	1.90
73361054--73361213	29	5.5	29	81	4	171	26	31	16	26	1.96
73367875--73368043	24	7.2	24	91	4	249	29	21	21	27	1.98
73367896--73368076	47	4.1	46	86	10	245	29	20	20	28	1.98
73368028--73368058	15	2.1	15	100	0	62	41	19	6	32	1.77
73368123--73368173	20	2.5	20	93	0	84	31	21	11	35	1.90
73379642--73379711	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
73379642--73379723	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
73387642--73387707	32	2.2	28	85	15	96	54	7	19	18	1.67
73387659--73387727	32	2.2	32	81	5	77	53	8	20	17	1.69
73390042--73390070	15	2.0	15	93	6	51	34	17	6	41	1.76
73392337--73392503	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73392337--73392503	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
73393328--73393373	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73400340--73400490	40	3.8	40	83	4	171	24	27	21	25	1.99
73400340--73400490	80	1.9	79	83	6	198	24	27	21	25	1.99
73401311--73401356	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73403369--73403534	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
73403385--73403496	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
73403385--73403534	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
73404359--73404404	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73411356--73411522	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
73411356--73411522	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
73412347--73412392	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
73413312--73413340	13	2.2	13	100	0	58	37	13	0	48	1.43
73414801--73414973	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
73414794--73414969	46	3.8	46	78	10	187	28	30	21	20	1.98
73414802--73414988	46	4.0	44	69	19	112	28	29	20	21	1.98
73417340--73417423	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
73417336--73417414	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
73417347--73417423	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
73420325--73420498	45	3.8	45	81	9	217	28	29	20	21	1.98
73420333--73420503	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	21	1.98
73420330--73420518	46	4.1	44	71	20	129	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73433833--73433890	25	2.4	25	85	2	73	25	20	20	32	1.97
73434095--73434217	27	4.6	27	89	2	122	26	21	17	34	1.95
73434095--73434236	54	2.6	54	88	2	169	26	19	18	35	1.95
73434113--73434236	27	4.6	27	91	0	185	25	19	19	35	1.95
73434219--73434346	27	4.7	27	82	3	150	30	9	22	37	1.86
73434221--73434460	27	8.9	27	80	2	135	33	9	21	35	1.86
73435679--73436032	40	9.1	40	69	7	192	30	18	20	31	1.96
73435753--73435821	36	1.9	36	84	0	93	36	18	11	33	1.87
73435679--73435845	76	2.1	78	84	6	214	32	19	17	29	1.95
73435700--73436148	196	2.3	188	82	4	549	30	17	20	31	1.96
73435969--73436205	116	2.1	114	80	4	262	31	16	21	29	1.96
73435998--73436222	114	2.0	116	80	5	260	33	16	20	29	1.95
73436533--73436746	7	30.1	7	73	10	121	20	0	35	43	1.55
73437240--73437391	72	2.1	73	81	6	184	11	36	4	47	1.61
73441249--73441426	59	3.0	57	87	7	250	18	15	33	33	1.92
73441601--73441652	24	2.2	24	82	6	61	21	5	25	48	1.72
73450340--73450387	25	1.9	25	100	0	96	37	29	4	29	1.76
73450890--73450965	36	2.1	36	100	0	152	34	19	5	40	1.74
73452369--73452497	46	2.8	46	89	0	195	20	20	28	29	1.98
73453883--73454032	44	3.5	42	70	16	112	34	25	17	23	1.96
73461568--73461608	20	2.0	20	90	0	64	29	29	21	19	1.98
73467505--73467543	21	1.9	20	89	5	60	20	20	41	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73467919--73467975	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
73467907--73467983	20	3.8	20	94	0	136	35	12	19	32	1.90
73467908--73467983	11	7.5	11	73	16	74	35	13	19	31	1.90
73469099--73469127	5	6.0	5	92	8	51	82	0	0	17	0.66
73469096--73469126	14	2.2	14	100	0	62	87	0	0	12	0.55
73473024--73473099	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
73480722--73480797	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
73490196--73490363	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
73501615--73501657	20	2.1	21	91	4	70	37	20	9	32	1.85
73512153--73512181	15	2.0	15	93	6	51	48	3	27	20	1.66
73515392--73515428	19	1.9	19	88	0	56	35	18	16	29	1.93
73515673--73515721	25	2.0	25	83	0	62	34	16	16	32	1.91
73526747--73526773	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
73527004--73527127	57	2.2	57	84	11	157	29	15	24	31	1.95
73527004--73527143	57	2.5	57	81	6	142	29	15	22	32	1.95
73528114--73528146	15	2.1	16	88	5	50	54	3	18	24	1.57
73529121--73529162	17	2.5	17	96	0	75	19	14	33	33	1.91
73543172--73543196	13	1.9	13	100	0	50	16	40	36	8	1.77
73544028--73544056	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
73557132--73557287	40	3.9	40	77	10	151	27	23	26	22	1.99
73557173--73557303	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
73565137--73565287	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73565173--73565303	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
73571308--73571393	43	2.0	43	88	0	127	30	30	13	25	1.94
73596793--73596961	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
73600253--73600283	15	2.1	14	94	5	53	70	0	29	0	0.87
73600252--73600289	15	2.5	15	80	16	51	71	0	28	0	0.87
73602341--73602635	163	1.8	164	83	3	398	26	16	26	30	1.97
73606879--73607050	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	21	1.98
73606872--73607047	46	3.8	46	78	10	196	30	28	19	21	1.98
73610843--73610974	29	4.6	29	83	1	97	26	32	16	24	1.96
73610842--73610974	58	2.3	58	81	2	142	26	32	16	24	1.96
73618294--73618425	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
73619789--73619828	13	3.0	13	81	3	53	7	12	0	80	0.91
73621985--73622214	84	2.8	82	75	11	227	27	25	17	29	1.97
73632386--73632472	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
73632386--73632494	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
73632386--73632494	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
73640267--73640353	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
73640267--73640375	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
73640267--73640375	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
73660989--73661172	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
73661029--73661217	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
73669107--73669290	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73669147--73669335	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
73671278--73671329	22	2.4	22	90	0	86	23	11	28	36	1.90
73676975--73677025	25	2.0	25	100	0	102	27	11	15	45	1.81
73678148--73678200	26	2.0	26	100	0	106	39	7	11	41	1.69
73681460--73681626	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
73689478--73689645	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
73694077--73694187	43	2.6	43	73	8	109	34	26	10	28	1.90
73694909--73695022	57	2.0	57	100	0	228	38	24	10	26	1.88
73707642--73707666	13	1.9	13	100	0	50	44	40	16	0	1.47
73720987--73721166	96	1.8	96	86	8	256	25	30	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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